genome.fa.s15186.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015186.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130230, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  400691

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
587--619	15	2.3	15	89	5	50	45	0	0	54	0.99
2925--3170	22	11.4	22	87	4	358	10	20	26	42	1.84
5211--5262	21	2.5	21	90	0	77	36	26	13	23	1.92
5299--5547	116	2.1	116	87	4	367	36	26	10	26	1.88
6031--6103	35	2.1	34	90	7	112	23	27	10	38	1.88
12424--12517	44	2.1	46	86	4	129	30	3	26	39	1.72
12612--12829	58	3.8	58	82	10	229	51	4	2	41	1.33
13002--13028	14	1.9	14	100	0	54	37	7	7	48	1.59
33419--33457	20	2.0	20	85	10	53	28	12	2	56	1.50
33797--33836	20	2.0	20	85	0	53	50	5	5	40	1.46
36437--36466	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
36631--36683	21	2.5	22	88	11	76	35	26	13	24	1.92
37151--37192	17	2.5	17	88	0	57	28	19	16	35	1.93
46825--46934	58	1.9	58	83	3	141	23	24	18	33	1.97
56017--56046	5	6.2	5	96	3	53	40	0	0	60	0.97
66286--66619	167	2.0	167	100	0	668	29	16	16	37	1.91
68307--68346	22	2.0	21	85	14	57	55	2	10	32	1.47
75452--75476	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
76526--76563	20	1.9	20	88	0	58	18	0	23	57	1.40
80125--80413	30	9.8	29	75	12	196	34	2	25	37	1.71
80125--80416	59	4.9	60	82	7	312	34	2	26	36	1.71
82122--82174	17	3.2	16	76	7	52	41	1	1	54	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82133--82222	17	5.1	17	81	9	83	52	1	3	43	1.25
82147--82213	6	11.3	6	75	9	66	55	0	2	41	1.15
84103--84323	30	7.5	29	80	9	164	39	21	2	36	1.68
84103--84329	29	7.7	30	80	9	200	38	22	2	36	1.68
84091--84329	59	4.0	59	80	10	267	38	23	2	35	1.68
84113--84330	119	1.8	119	85	4	298	37	22	2	36	1.69
84322--84505	59	3.1	57	78	5	179	25	24	8	41	1.82
84431--84536	30	3.6	29	79	5	108	28	31	6	33	1.83
90164--90201	3	12.7	3	83	10	51	73	0	26	0	0.83
90163--90205	9	4.4	10	88	11	63	74	0	25	0	0.82
91256--91692	50	8.7	50	71	12	270	40	19	25	14	1.90
91315--91712	50	7.9	50	71	10	274	40	19	25	14	1.90
91264--91591	101	3.2	101	88	2	446	39	19	25	14	1.90
91451--91725	150	1.8	152	85	3	394	40	18	26	14	1.89
91557--91780	100	2.2	101	79	3	238	39	17	26	15	1.90
91838--92034	101	2.0	101	83	2	252	35	13	19	31	1.91
92187--93048	207	4.2	207	89	1	1192	35	18	22	22	1.95
92187--93048	410	2.1	414	86	1	1230	35	18	22	22	1.95
94068--94101	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
94897--95104	30	7.2	28	73	16	110	37	27	2	31	1.72
94922--95132	29	7.4	29	72	15	129	36	27	3	32	1.73
94897--95131	59	4.1	59	79	10	238	37	28	2	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94897--95100	112	1.8	113	84	3	286	37	27	2	32	1.70
100181--100250	28	2.4	29	92	2	124	45	4	11	38	1.60
117585--117629	23	2.0	23	90	0	72	35	17	6	40	1.76
120555--120581	5	5.4	5	100	0	54	18	40	18	22	1.91
123154--123201	25	2.0	24	84	11	64	31	2	0	66	1.03
129453--129497	20	2.2	20	92	0	72	37	15	11	35	1.83
130052--130082	9	3.4	9	90	0	53	48	22	9	19	1.78
130211--130336	58	2.2	56	83	8	146	42	3	5	49	1.42
131230--131267	18	2.1	19	85	5	51	50	5	2	42	1.39
132013--132430	198	2.1	199	86	1	581	32	16	12	38	1.86
132020--132430	197	2.1	198	86	1	574	33	16	12	37	1.86
135604--135641	17	2.2	18	85	4	51	47	10	2	39	1.52
135277--135815	218	2.5	214	83	4	676	40	14	11	33	1.82
136967--137009	14	2.9	14	86	6	50	11	0	9	79	0.95
137156--137642	40	12.4	40	76	10	274	24	17	25	31	1.97
137156--137726	78	7.2	79	81	7	486	24	17	25	31	1.97
137196--137704	118	4.3	117	79	10	437	24	17	26	31	1.97
137216--137748	39	13.5	39	76	10	406	25	16	26	31	1.97
137216--137748	120	4.5	118	80	9	358	25	16	26	31	1.97
145163--145207	21	2.1	21	91	0	72	8	22	28	40	1.84
148232--148284	26	2.0	26	82	7	63	58	5	1	33	1.32
151662--151789	42	3.0	42	83	10	154	35	10	28	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153981--154031	26	2.0	26	84	7	68	56	0	3	39	1.18
154007--154089	18	4.7	18	68	21	59	56	3	2	37	1.30
154856--154914	17	3.2	18	83	7	57	27	1	3	67	1.16
154885--154923	18	2.2	17	86	4	51	28	0	7	64	1.21
159520--159568	20	2.6	19	84	15	66	59	2	0	38	1.09
159522--159571	19	2.6	19	79	17	59	60	2	0	38	1.09
161874--162425	274	2.0	274	96	0	1023	22	17	17	42	1.89
169648--169688	5	8.2	5	88	0	55	21	4	36	36	1.75
176934--177081	61	2.5	58	80	5	163	25	20	8	46	1.77
176923--177081	60	2.7	59	79	6	171	25	19	8	46	1.77
178995--179034	20	2.0	20	90	0	62	45	0	0	55	0.99
180251--180357	25	4.2	25	68	7	72	34	25	13	27	1.93
180169--180383	76	2.8	76	85	5	292	33	24	12	28	1.92
189558--189639	36	2.2	36	93	2	137	35	15	20	28	1.94
190341--190385	22	2.0	22	84	16	58	40	0	8	51	1.33
191026--191065	18	2.2	18	90	0	62	27	12	7	52	1.66
198122--198147	9	2.9	9	100	0	52	57	0	19	23	1.40
203269--203308	18	2.2	19	86	4	55	40	0	2	57	1.12
205541--205569	7	4.1	7	100	0	58	27	0	44	27	1.54
210573--210632	31	1.9	32	83	10	79	28	23	8	40	1.83
210585--210648	30	2.1	30	82	8	76	29	20	10	39	1.87
210853--210909	28	2.2	26	84	12	73	54	5	8	31	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210860--210974	60	1.9	60	84	7	153	52	7	13	26	1.67
210877--210989	60	1.9	60	81	7	140	53	8	11	26	1.66
211534--211570	12	3.1	12	88	0	56	32	18	16	32	1.93
212651--212713	19	3.2	21	72	17	55	30	0	3	66	1.07
212988--213069	31	2.6	31	84	3	103	50	0	6	43	1.27
217641--217693	21	2.3	22	84	12	63	22	30	1	45	1.63
220892--220925	13	2.6	13	80	0	50	35	0	5	58	1.22
221246--221288	18	2.5	17	77	7	50	62	2	4	30	1.28
221537--221570	17	2.1	17	89	10	54	41	0	5	52	1.25
224140--224603	231	2.0	231	94	0	811	33	14	19	32	1.92
229115--229290	67	2.7	67	88	3	268	39	16	20	23	1.92
231610--231731	62	2.0	62	100	0	244	35	12	14	37	1.84
231917--231955	3	13.0	3	88	0	60	2	2	33	61	1.23
233941--233973	13	2.6	13	90	4	50	51	0	0	48	1.00
238430--238459	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
244549--244588	19	2.1	19	90	0	62	37	17	12	32	1.87
245400--245989	42	14.4	42	83	6	692	27	16	26	30	1.97
245421--246000	81	7.1	81	85	5	654	26	17	25	30	1.97
245417--246000	123	4.8	120	83	4	674	26	17	25	30	1.97
246092--246802	99	7.2	98	80	3	680	18	30	16	35	1.93
246090--246802	198	3.6	197	80	4	758	18	30	15	35	1.92
247752--247805	16	3.3	17	82	5	67	0	24	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251544--251591	14	3.6	14	78	16	66	33	22	12	31	1.91
251546--251595	25	2.0	25	100	0	100	32	24	12	32	1.91
253331--253471	30	4.8	29	72	7	113	34	7	20	37	1.80
253353--253468	30	3.9	29	80	7	128	31	6	22	39	1.78
253315--253469	59	2.6	60	80	10	156	34	6	20	38	1.79
258087--258120	12	2.8	12	86	0	50	0	17	2	79	0.86
258798--258823	6	4.3	6	100	0	52	15	19	0	65	1.27
265417--265441	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
265441--265472	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
268017--268060	21	2.1	21	100	0	88	47	13	4	34	1.63

Tables:   1   2