genome.fa.s15188.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015188.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130232, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  508151

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3214--3353	69	2.0	69	91	0	226	23	24	20	32	1.98
11089--11140	17	2.7	20	77	22	65	76	0	23	0	0.78
21574--21690	50	2.3	50	85	0	162	37	19	20	22	1.94
22016--22198	101	1.8	100	85	3	260	33	17	21	26	1.96
22016--22236	101	2.2	100	82	4	257	33	18	20	27	1.96
25884--25934	24	2.1	24	85	0	66	43	5	1	49	1.38
29297--29362	30	2.2	30	83	2	80	30	10	13	45	1.77
30219--30259	15	2.8	15	82	17	59	48	2	0	48	1.14
31532--31579	13	3.8	13	83	5	62	39	18	6	35	1.76
32805--32849	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
33429--33484	27	2.1	27	86	6	78	64	3	1	30	1.21
34626--34779	77	2.0	77	96	0	281	27	25	16	29	1.97
35492--35601	40	2.7	40	76	12	109	66	15	5	12	1.42
35552--35625	24	3.0	24	88	2	103	68	14	5	10	1.35
35552--35616	12	5.3	12	81	1	76	69	13	6	10	1.36
35563--35625	12	5.2	12	82	0	81	69	14	4	11	1.32
35592--35667	32	2.3	32	82	8	91	65	18	7	7	1.43
35598--35668	33	2.2	33	87	5	99	67	16	7	8	1.39
35611--35721	36	3.3	36	78	9	103	66	19	5	8	1.37
35629--35721	36	2.7	36	76	14	106	66	20	5	7	1.37
37653--37678	9	2.9	9	100	0	52	69	0	7	23	1.14
44553--44638	41	2.1	41	86	0	118	33	20	13	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45159--45186	7	4.0	7	100	0	56	14	0	14	71	1.15
49341--49540	97	2.1	97	82	1	240	44	19	7	29	1.78
49579--49634	19	3.2	17	78	14	60	62	0	1	35	1.06
49864--49897	11	3.2	11	91	4	52	67	0	5	26	1.13
49939--50014	20	3.9	17	72	21	53	27	3	3	64	1.29
50003--50043	19	2.2	19	86	0	55	31	4	2	60	1.30
50132--50302	87	1.9	89	87	4	249	33	9	20	35	1.86
54485--54901	71	5.9	71	86	1	541	33	23	17	25	1.96
55348--55379	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
56931--57190	55	4.7	55	86	0	306	24	17	24	33	1.96
56932--57190	109	2.4	110	83	2	324	24	17	24	33	1.96
57593--57647	24	2.4	23	90	6	85	34	0	21	43	1.53
58920--58986	30	2.2	30	87	10	93	37	4	19	38	1.72
59828--59876	25	1.9	25	84	12	64	22	24	12	40	1.88
73577--73635	21	2.8	21	84	0	82	23	13	27	35	1.92
74493--74580	40	2.2	40	80	8	99	20	22	13	43	1.87
75824--75883	26	2.3	25	82	8	66	65	0	0	35	0.93
77236--77277	20	2.1	20	90	0	66	45	14	9	30	1.77
77227--77380	56	2.7	56	90	1	236	44	16	9	29	1.79
77447--77484	17	2.2	17	86	9	51	60	7	0	31	1.25
77447--77505	17	3.2	17	76	23	50	55	8	0	35	1.30
77497--77527	10	3.1	10	90	0	53	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77662--77692	16	1.9	16	93	0	53	45	6	0	48	1.28
78617--78653	5	7.4	5	93	0	56	18	5	0	75	0.99
78790--78847	29	2.1	27	83	6	71	34	10	1	53	1.45
89967--90060	30	3.2	30	81	1	109	53	25	12	8	1.67
94784--94825	22	1.9	22	85	9	59	26	11	30	30	1.92
104254--104297	20	2.2	20	84	8	54	34	13	6	45	1.70
104340--104364	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
109203--109276	11	6.7	11	75	14	64	13	6	24	55	1.62
109242--109270	12	2.5	12	94	5	51	13	10	24	51	1.72
109215--109278	23	2.8	23	77	11	69	15	7	23	53	1.68
109954--110004	21	2.4	21	83	0	66	37	25	19	17	1.94
111151--111215	3	22.7	3	87	9	100	1	29	0	69	0.98
111450--111484	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
125373--125419	16	2.9	16	72	15	51	31	0	0	68	0.90
126195--126234	20	2.0	21	90	5	64	72	20	0	7	1.08
126209--126290	12	6.8	12	71	10	51	73	12	3	10	1.22
126215--126279	24	2.7	23	76	6	67	75	9	3	12	1.15
126307--126354	22	2.2	22	84	0	60	72	16	6	4	1.20
126317--126381	22	3.0	22	84	6	78	64	20	7	7	1.44
128689--128739	16	3.4	16	69	20	56	39	9	25	25	1.86
128679--128900	28	7.9	28	87	4	293	40	12	20	26	1.87
128803--128853	16	3.4	16	69	20	56	41	9	21	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128801--128881	16	5.6	16	61	21	52	45	11	18	24	1.82
139141--139232	30	3.1	30	85	0	121	44	18	5	31	1.72
142179--142321	27	5.3	27	88	3	184	32	16	23	27	1.96
152772--152820	25	2.0	25	84	8	64	38	8	24	28	1.84
154050--154110	29	2.1	30	87	3	88	32	1	1	63	1.13
154042--154112	29	2.5	29	77	11	83	32	1	2	63	1.18
154338--154414	38	2.0	38	100	0	154	44	12	7	35	1.72
155483--155581	49	2.0	49	94	0	171	24	29	6	40	1.79
155886--155938	15	3.3	17	80	17	60	75	3	1	18	1.05
156200--156252	23	2.3	24	78	21	60	62	13	16	7	1.53
157267--157330	29	2.2	29	80	5	67	18	18	4	57	1.57
157389--157458	24	2.8	25	80	10	81	25	14	1	58	1.44
159466--159500	18	2.0	17	94	5	61	34	17	22	25	1.96
161240--161300	30	2.0	30	96	0	113	37	24	13	24	1.91
162713--163161	98	4.6	98	76	5	413	35	16	26	22	1.94
162652--163156	49	10.3	49	75	4	340	35	15	26	22	1.94
163215--163437	49	4.6	49	78	2	198	38	15	22	23	1.92
163069--163295	114	2.0	115	81	4	271	34	17	24	24	1.96
163190--163440	97	2.6	97	79	5	265	38	15	23	23	1.92
163184--163480	146	2.0	146	79	7	318	39	14	22	23	1.91
164197--164246	24	2.1	24	85	14	68	68	14	16	2	1.31
165297--165351	24	2.2	25	90	3	85	29	12	1	56	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165383--165436	24	2.2	26	83	6	67	24	14	1	59	1.46
165382--165451	25	2.8	25	81	14	74	25	14	1	58	1.44
167724--167769	4	11.5	4	86	9	67	50	19	2	28	1.60
167719--167766	12	4.1	11	84	12	60	52	16	2	29	1.56
168360--168389	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
169064--169311	117	2.1	117	85	2	329	21	17	21	39	1.92
169070--169324	39	6.5	39	79	1	260	22	17	21	38	1.93
172233--172293	31	2.0	31	100	0	122	45	22	6	24	1.76
172404--172454	18	2.6	20	84	9	61	72	1	1	23	1.05
172404--172452	10	4.7	10	79	5	53	71	2	2	24	1.07
172490--172539	18	2.9	16	85	11	55	58	4	0	38	1.17
172635--172716	31	2.8	28	83	12	94	64	6	1	28	1.24
172635--172724	29	3.0	29	82	12	94	64	5	1	28	1.23
172708--172815	49	2.2	50	79	9	125	62	1	2	32	1.20
172948--172999	3	17.3	3	95	0	95	32	0	1	65	1.04
173417--173469	19	2.8	20	75	13	67	30	1	3	64	1.22
173415--173472	10	6.1	10	74	25	54	31	1	5	62	1.27
179271--179326	16	3.2	17	78	16	53	23	1	0	75	0.90
179274--179326	19	2.9	18	75	11	54	24	1	0	73	0.93
179277--179330	20	3.0	18	82	15	67	27	1	0	70	0.98
179296--179381	18	4.8	17	73	9	64	32	1	2	63	1.14
179297--179380	26	3.2	26	73	11	73	33	1	2	63	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183888--183966	39	2.0	39	100	0	158	26	15	25	32	1.95
196931--197065	39	3.5	39	82	0	153	29	19	14	36	1.92
203406--203582	39	4.5	39	79	1	129	25	17	16	40	1.90
206536--206561	9	2.9	9	100	0	52	80	7	0	11	0.89
209271--209342	22	3.2	22	64	14	56	22	12	12	52	1.72
209250--209342	46	2.0	46	97	0	177	21	12	12	52	1.73
209537--209600	31	2.1	31	87	0	92	34	12	10	42	1.78
213269--213323	17	3.1	18	70	19	53	41	1	12	43	1.53
213823--214014	38	5.0	38	73	7	147	15	19	28	35	1.93
215290--215341	21	2.5	21	75	6	52	30	25	15	28	1.96

Tables:   1   2