genome.fa.s15196.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015196.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130240, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  599855

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7949--8306	30	12.1	30	76	9	242	35	25	2	36	1.68
7970--8163	89	2.2	89	84	1	246	36	27	1	35	1.64
7949--8193	59	4.1	60	81	6	241	35	26	1	36	1.64
7970--8191	89	2.5	89	82	2	223	35	27	1	36	1.66
8215--8329	31	3.8	30	74	13	87	39	21	2	36	1.68
16891--16929	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
17852--17906	24	2.5	21	75	16	65	34	1	1	61	1.17
18000--18054	17	3.2	17	73	19	51	5	29	7	58	1.48
18705--18756	27	1.9	27	100	0	104	55	1	0	42	1.10
21012--21069	28	2.1	28	100	0	116	43	17	13	25	1.86
23522--23577	28	2.0	28	100	0	112	28	17	32	21	1.96
24244--24283	21	1.9	21	84	0	53	25	10	25	40	1.86
47751--47840	40	2.2	40	92	0	144	43	2	11	43	1.52
51471--51499	9	3.2	9	100	0	58	51	0	0	48	1.00
52484--52511	6	4.7	6	100	0	56	53	0	0	46	1.00
58301--58623	158	2.0	157	86	3	452	30	22	21	25	1.99
59673--59827	82	1.9	82	82	5	197	33	25	20	21	1.97
64434--64471	14	2.9	13	84	7	51	21	47	18	13	1.82
68964--69030	28	2.3	29	87	5	100	22	16	7	53	1.67
73890--73947	30	1.9	31	86	10	84	62	0	6	31	1.22
73924--73963	19	2.1	19	85	0	53	70	0	7	22	1.12
82080--82124	21	2.1	21	88	8	65	28	22	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91013--91079	25	2.5	28	86	11	88	59	13	2	23	1.48
92355--92414	30	2.1	29	81	12	70	28	23	0	48	1.51
97560--97596	19	1.9	19	94	0	65	40	16	18	24	1.90
101384--101428	22	2.0	23	82	4	56	77	2	0	20	0.87
105002--105044	22	1.9	23	90	4	70	37	0	6	55	1.27
107712--107766	17	3.2	17	70	10	58	34	0	7	58	1.26
107873--108041	41	4.1	41	83	3	214	15	31	22	30	1.95
113250--113287	16	2.3	17	90	4	60	60	7	28	2	1.38
115059--115103	18	2.5	18	100	0	90	28	15	28	26	1.96
119999--120238	40	6.0	40	83	3	268	29	14	18	37	1.90
120140--120199	20	3.1	19	65	15	50	36	13	13	36	1.84
120005--120238	120	2.0	120	84	3	310	29	14	18	37	1.90
120727--120846	56	2.1	56	79	0	132	31	30	18	19	1.95
122510--122549	18	2.2	18	86	8	55	5	12	7	75	1.18
130440--130470	11	2.9	11	95	4	55	0	16	0	83	0.64
142686--142739	21	2.6	21	82	5	65	29	27	12	29	1.94
146899--146936	9	4.2	9	96	0	58	50	34	5	10	1.59
151183--151226	20	2.2	20	87	0	61	15	9	0	75	1.05
161546--161609	19	3.3	19	82	8	76	57	3	0	39	1.14
161629--161669	21	2.0	21	85	9	57	70	0	2	26	0.99
161629--161661	11	3.1	11	86	8	50	72	0	0	27	0.85
174073--174145	29	2.5	28	80	10	74	31	4	15	49	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185398--185582	96	1.9	96	83	4	239	34	14	20	31	1.92
185625--185666	18	2.3	18	95	0	75	47	4	16	30	1.67
185845--186122	29	9.5	29	78	5	265	33	3	29	33	1.75
185893--186122	88	2.6	87	84	4	311	33	3	30	32	1.75
187363--187404	18	2.3	19	80	16	52	35	0	0	64	0.94
188117--188157	17	2.4	17	83	0	55	51	2	2	43	1.28
188655--188996	158	2.2	158	91	0	540	21	20	21	35	1.96
189141--189709	204	2.8	205	90	0	908	21	21	19	37	1.95
201403--201806	29	13.7	29	80	10	419	34	3	29	31	1.76
201403--201822	59	7.1	59	82	8	441	34	4	30	31	1.76
203075--203116	18	2.3	19	80	16	52	35	0	0	64	0.94
203831--203886	17	3.3	17	80	5	60	48	3	3	44	1.37
203845--203917	6	12.3	6	74	8	69	54	1	2	41	1.23
203861--203911	19	2.8	19	85	5	61	58	1	3	35	1.28
203883--203926	12	3.6	12	81	3	52	59	0	2	38	1.10
206278--206309	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
208375--208470	20	4.7	20	73	10	70	26	1	27	45	1.60
208411--208544	69	1.9	69	79	8	148	28	2	22	46	1.66
208642--208680	19	2.0	18	85	14	51	64	0	2	33	1.08
208642--208679	20	1.9	20	84	10	51	65	0	2	31	1.06
217480--217550	26	2.6	28	88	6	110	19	0	30	49	1.49
217999--218057	29	2.0	29	83	0	73	47	6	3	42	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218077--218129	20	2.7	20	96	0	97	35	30	7	26	1.84
218147--218228	27	3.0	27	71	8	76	19	4	34	41	1.73
218625--218649	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
239222--239259	16	2.4	16	82	8	51	44	2	2	50	1.30
242673--242697	6	4.2	6	100	0	50	20	64	16	0	1.30
242959--243002	20	2.2	20	83	0	52	22	11	13	52	1.72
245325--245370	23	2.2	22	85	14	62	52	0	0	47	1.00
246651--246712	31	2.0	32	83	3	81	29	14	14	41	1.85
248811--249029	109	2.0	109	94	0	384	41	19	7	31	1.79
252614--252647	6	5.5	6	86	6	50	32	47	0	20	1.51
255134--255202	35	2.0	34	88	2	102	56	2	2	37	1.29
259390--259427	6	6.3	6	100	0	76	15	0	0	84	0.63
266138--266171	3	11.3	3	93	0	59	0	35	35	29	1.58
269582--269622	2	20.5	2	100	0	82	0	51	0	48	1.00
270271--270313	23	1.9	22	85	4	59	53	0	4	41	1.21
278695--278719	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
280934--280972	19	2.0	19	85	14	53	23	7	0	69	1.14
281784--281959	82	2.2	78	83	6	205	36	18	17	27	1.93
281820--281976	82	1.9	81	92	1	260	37	17	16	28	1.92
281921--282034	57	2.0	57	92	0	192	35	17	14	33	1.90
281839--282117	138	2.0	141	89	2	429	36	17	14	30	1.91
281980--282380	80	5.0	81	90	3	567	36	18	13	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292302--292388	28	3.0	27	75	20	79	34	2	3	59	1.27
294227--294255	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
295030--295054	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
295573--295602	4	7.5	4	100	0	60	50	23	0	26	1.50
299952--299991	15	2.9	14	86	13	57	37	7	0	55	1.29
304998--305024	10	2.7	10	100	0	54	7	0	0	92	0.38
307262--307297	14	2.6	14	90	0	54	44	2	8	44	1.48
314686--314821	68	2.0	68	100	0	272	45	7	0	47	1.31
315151--315193	22	2.0	22	90	0	68	51	0	2	46	1.13
316295--316719	208	2.0	208	94	0	744	33	15	17	33	1.91
319988--320122	72	1.9	72	87	0	198	26	17	25	30	1.97
324961--324990	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
339817--339861	19	2.3	20	84	3	56	55	4	2	37	1.32
348182--348248	9	7.2	9	72	24	50	62	2	0	34	1.10
348584--348621	13	3.0	13	80	7	51	47	15	0	36	1.46
356297--356324	14	2.0	14	100	0	56	0	7	0	92	0.37
368493--368528	2	18.0	2	88	0	54	47	5	0	47	1.25
372267--372470	102	2.0	102	99	0	399	37	9	10	42	1.72
374638--374828	29	6.5	29	79	13	178	34	24	1	39	1.65
374685--374919	58	4.1	58	79	11	200	32	28	2	37	1.69
374676--374896	29	7.6	28	72	19	116	33	26	1	38	1.67
374899--374970	28	2.6	28	80	8	67	29	29	11	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
381646--381686	21	1.9	22	95	5	75	39	2	4	53	1.35
382113--382171	29	1.9	32	83	16	81	23	13	11	50	1.74
382108--382173	29	2.3	27	78	21	71	21	12	10	56	1.65
382380--382405	6	4.3	6	100	0	52	15	69	0	15	1.20
382722--382828	31	3.5	30	75	14	110	44	10	26	18	1.81
384469--384557	19	4.6	19	72	15	58	37	5	2	55	1.36
384528--384566	19	2.2	18	86	9	53	41	0	0	58	0.98
391590--391635	17	2.7	17	89	0	65	47	2	0	50	1.13
391591--391635	23	2.0	23	86	8	65	46	2	0	51	1.13
392306--392345	13	3.1	13	81	0	53	50	2	0	47	1.14

Tables:   1   2