genome.fa.s15201.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015201.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130245, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  585754

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2706--2746	15	2.6	16	78	17	50	56	0	0	43	0.99
9571--9604	16	2.1	17	88	5	52	29	0	20	50	1.49
9877--10035	70	2.3	70	97	0	300	44	28	8	19	1.79
12316--12566	29	8.8	28	69	7	146	52	8	16	22	1.70
12417--12566	29	5.2	29	77	4	151	52	8	16	22	1.69
12417--12583	58	2.9	56	78	7	158	52	7	17	22	1.70
14326--14508	26	7.0	26	77	4	154	27	22	18	30	1.97
19901--19934	17	2.0	17	94	0	59	47	2	17	32	1.63
30753--30789	13	2.8	14	88	8	51	51	5	0	43	1.24
31232--31256	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
31981--32024	23	1.9	23	90	0	70	6	27	20	45	1.76
32348--32400	26	2.0	27	82	10	65	15	3	7	73	1.20
33292--33325	10	3.5	10	88	8	52	76	0	0	23	0.79
33292--33325	9	3.7	9	88	7	50	76	0	0	23	0.79
34737--34800	27	2.4	27	91	0	101	34	28	12	25	1.92
40495--40656	79	2.1	79	95	0	288	51	17	9	22	1.73
46550--46671	63	1.9	65	81	8	151	18	24	15	41	1.89
47531--47573	15	2.9	15	96	0	77	30	6	0	62	1.21
51101--51146	24	1.9	24	100	0	92	52	0	0	47	1.00
52440--52489	20	2.4	21	81	15	52	48	0	10	42	1.37
55221--55407	40	4.7	40	80	5	155	21	22	14	40	1.90
55299--55440	40	3.6	40	86	1	205	22	20	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58101--58138	4	9.5	4	94	0	67	47	23	2	26	1.65
62779--63155	29	12.7	30	72	14	257	34	30	4	30	1.77
62784--63162	59	6.4	59	84	3	442	34	31	4	30	1.77
62784--63157	176	2.1	176	81	3	430	34	30	4	30	1.76
71691--71791	53	1.9	53	100	0	202	37	11	16	33	1.86
72527--72569	22	1.9	23	85	4	61	46	4	6	41	1.51
80819--80895	38	2.0	38	92	0	127	28	20	27	23	1.99
117228--117279	20	2.6	20	87	0	68	30	11	11	46	1.76
117241--117281	20	2.0	20	95	0	73	36	9	7	46	1.65
128465--128495	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
132422--132466	24	1.9	23	86	4	63	11	40	0	48	1.39
139132--139732	46	13.1	45	80	3	594	25	16	23	34	1.95
139132--139732	138	4.4	137	83	2	677	25	16	23	34	1.95
140836--140874	9	4.1	9	83	9	51	0	15	2	82	0.79
147840--147872	15	2.1	16	88	5	50	24	6	0	69	1.10
152710--152739	15	2.1	14	93	6	51	40	6	33	20	1.78
166431--166473	17	2.4	19	88	7	63	18	9	9	62	1.51
167003--167037	10	3.7	10	92	7	56	85	0	14	0	0.59
167005--167048	15	2.9	15	93	3	70	84	0	15	0	0.63
172056--172314	71	3.7	71	83	2	324	33	22	16	26	1.95
172047--172314	141	1.9	141	82	1	340	33	22	16	26	1.96
174766--174795	13	2.3	13	94	0	51	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180398--180478	6	13.8	6	93	2	103	17	7	0	75	1.02
180395--180478	12	7.2	12	90	5	118	16	7	0	76	1.00
180395--180478	18	4.8	18	91	4	127	16	7	0	76	1.00
180440--180499	22	2.7	22	86	2	75	23	1	1	73	1.01
181322--181417	11	9.2	10	74	17	72	40	1	4	54	1.27
181322--181416	6	16.8	6	67	20	62	41	1	4	53	1.27
181322--181417	17	5.7	17	73	9	90	40	1	4	54	1.27
181322--181416	23	4.5	21	69	24	67	41	1	4	53	1.27
183302--183522	29	7.7	28	74	11	128	39	22	3	34	1.70
183331--183405	30	2.6	29	85	6	89	41	21	2	34	1.67
183361--183433	30	2.5	30	80	6	78	41	17	4	36	1.69
183485--183624	58	2.4	59	81	5	162	35	25	6	33	1.81
183515--183691	28	6.1	28	67	13	99	32	26	7	33	1.85
194110--194943	209	4.0	209	90	0	1247	37	19	21	22	1.94
195260--195332	17	4.3	17	77	6	85	41	1	4	53	1.28
196034--196081	3	16.0	3	93	0	78	62	2	0	35	1.07
197220--197416	29	6.7	29	77	13	154	36	25	4	34	1.75
197250--197416	57	2.9	58	87	5	223	35	26	3	34	1.74
197268--197420	29	5.2	29	83	8	204	33	27	4	33	1.77
197399--197530	58	2.3	59	82	6	162	31	25	9	34	1.87
197459--197614	84	1.9	84	81	5	190	30	27	10	31	1.91
198844--198891	13	3.8	12	89	8	69	72	0	14	12	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198837--198892	25	2.3	24	84	9	69	75	0	14	10	1.06
203849--204032	90	2.1	89	79	6	201	40	22	8	29	1.83
204406--204503	9	10.6	9	75	10	72	32	5	1	61	1.25
207207--207261	25	2.2	25	77	6	58	25	3	5	65	1.31
221257--221304	19	2.5	19	81	18	55	6	16	0	77	0.97
238360--238405	20	2.3	20	82	14	51	36	8	0	54	1.32
243742--243780	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
245551--245893	52	6.6	52	87	2	492	37	23	14	25	1.92
246881--246913	16	2.1	16	94	0	57	24	18	3	54	1.57
249389--249421	15	2.3	15	90	10	52	66	0	33	0	0.92
249870--249909	18	2.3	18	86	4	55	22	10	12	55	1.67
254251--254291	17	2.4	18	84	12	59	31	17	0	51	1.46
262756--262801	24	2.0	24	82	4	58	65	2	4	28	1.23
263026--263065	20	1.9	22	85	10	57	37	12	7	42	1.71
268212--268251	17	2.3	18	87	12	57	77	2	2	17	0.99
268339--268380	19	2.3	19	88	8	61	40	0	0	59	0.97
274355--274392	17	2.2	18	85	4	51	7	13	2	76	1.11
274818--274847	12	2.5	12	94	0	51	33	3	20	43	1.68
278578--278636	21	2.7	21	77	15	57	69	1	20	8	1.23
279124--279154	16	1.9	16	100	0	62	35	12	25	25	1.92
281750--281784	12	2.9	12	91	0	52	17	5	0	77	0.96
281745--281784	17	2.4	17	87	8	55	15	7	0	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284849--284910	21	2.9	21	83	9	72	50	11	8	30	1.67
289579--289607	15	1.9	15	100	0	58	37	13	20	27	1.91
305252--305289	19	2.0	19	89	0	58	21	18	34	26	1.96
316786--316818	17	1.9	17	88	11	50	72	3	6	18	1.18
331746--331977	26	8.9	26	79	2	196	25	20	21	33	1.97
331752--331950	52	3.8	52	85	1	238	25	20	21	32	1.98
334897--334964	27	2.5	26	81	6	91	10	11	41	36	1.76
354636--354680	20	2.2	21	92	4	74	0	15	0	84	0.62
355247--355294	17	2.8	17	81	6	62	52	12	20	14	1.74
355246--355302	17	3.4	16	76	11	60	50	12	22	14	1.75
355707--355748	21	2.0	22	90	4	68	0	30	4	64	1.14
366449--366488	9	4.3	9	81	6	53	7	7	0	85	0.76
367507--367561	3	18.3	3	78	14	60	0	29	0	70	0.87
367510--367559	18	2.8	18	87	9	75	0	30	0	70	0.88
367507--367561	24	2.4	23	82	8	69	0	29	0	70	0.87
367507--367563	15	3.8	15	80	15	73	0	28	0	71	0.86
371315--371358	22	2.0	22	100	0	88	27	13	13	45	1.81
378361--378412	19	2.7	19	96	0	95	42	28	5	23	1.77
384815--384852	17	2.2	18	90	4	60	5	10	0	84	0.77
390686--390747	6	10.3	6	85	0	61	24	37	0	38	1.56
392966--393010	21	2.1	21	95	0	81	40	6	11	42	1.67
395385--395545	84	1.9	84	83	2	207	41	13	24	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
400814--400928	28	4.1	28	74	4	106	27	13	23	35	1.92
400808--400928	56	2.2	56	81	0	143	27	12	23	36	1.91
407207--407244	2	19.0	2	94	0	67	50	47	0	2	1.15
407945--407993	2	24.5	2	83	8	64	46	4	0	48	1.20
412259--412306	24	2.0	24	87	0	69	20	16	14	47	1.82
412286--412317	11	2.8	11	95	4	55	15	18	15	50	1.79
412407--412436	12	2.4	12	94	5	51	30	16	20	33	1.94
414731--414797	31	2.2	31	86	5	93	52	10	4	32	1.56
416171--416316	49	2.9	49	93	2	238	44	13	4	36	1.65
425056--425096	18	2.2	19	83	12	50	68	2	0	29	1.03

Tables:   1   2