genome.fa.s15205.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015205.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130249, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  458668

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219--291	23	3.2	23	92	1	112	13	24	24	36	1.92
219--314	23	4.2	22	89	4	102	13	22	26	37	1.91
205--314	45	2.4	46	77	4	125	13	22	26	37	1.92
4651--4701	27	1.9	27	92	4	86	64	11	0	23	1.26
6142--6186	6	7.0	7	85	14	62	60	0	0	40	0.97
6142--6186	19	2.4	19	88	11	74	60	0	0	40	0.97
10320--10501	96	1.9	96	85	6	253	36	13	20	30	1.91
10719--10780	28	2.2	28	91	5	99	27	9	29	33	1.88
10852--10957	29	3.6	28	75	12	88	32	3	29	34	1.75
12026--12079	21	2.6	21	76	5	56	42	3	1	51	1.30
12773--12829	6	9.7	6	75	17	57	52	1	0	45	1.11
12728--12832	17	6.1	17	70	7	59	50	5	3	40	1.44
16078--16118	23	1.9	21	85	14	57	56	0	43	0	0.99
25275--25312	16	2.4	16	87	12	53	26	0	0	73	0.83
36095--36135	15	2.6	17	81	14	52	70	2	0	26	0.99
36091--36135	16	2.8	16	83	10	56	71	2	0	26	0.98
36573--36643	15	5.0	15	71	11	51	36	0	0	63	0.95
43955--44003	26	1.9	25	83	4	62	53	2	2	42	1.24
48464--48523	27	2.4	24	81	10	68	70	0	1	28	0.97
48464--48532	8	8.4	8	73	17	52	69	1	1	27	1.05
54435--54477	22	2.1	21	87	12	63	55	0	0	44	0.99
54395--54474	29	2.7	31	84	5	112	52	1	0	46	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54427--54483	20	3.0	20	74	23	59	50	1	0	47	1.11
70246--70275	5	6.0	5	100	0	60	80	0	20	0	0.72
71931--71999	17	4.0	17	83	5	77	39	1	4	55	1.29
73720--73862	29	4.8	30	77	16	118	37	24	2	35	1.67
73746--73854	29	3.7	29	79	13	123	36	28	1	33	1.68
73726--73927	58	3.4	59	82	6	207	35	26	2	35	1.70
73761--74148	59	6.7	59	80	6	323	31	26	6	35	1.82
73858--74148	111	2.6	111	82	8	311	29	26	7	36	1.85
79818--79879	31	2.0	31	93	0	106	27	22	9	40	1.85
80209--80932	305	2.3	306	83	6	891	27	15	17	39	1.90
84843--84897	29	1.9	29	88	3	85	54	3	1	40	1.28
95404--95460	15	3.5	15	72	22	53	61	1	0	36	1.07
100654--100720	18	3.8	18	77	13	68	74	0	25	0	0.82
100654--100724	27	2.6	27	77	6	81	76	0	23	0	0.79
100657--100726	23	3.1	24	80	10	85	77	0	22	0	0.78
100649--100722	19	3.9	19	76	16	73	74	0	25	0	0.82
100660--100724	9	7.1	9	72	10	51	76	0	23	0	0.78
102608--102648	19	2.2	19	100	0	82	41	4	9	43	1.59
102940--102980	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
122480--122524	18	2.5	17	85	10	54	71	2	2	24	1.09
128796--128830	17	1.9	19	88	11	56	25	17	5	51	1.67
130498--130582	39	2.2	38	89	6	136	54	5	17	22	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133374--133410	1	37.0	1	100	0	74	100	0	0	0	0.00
140868--140906	17	2.2	17	86	4	51	51	7	5	35	1.53
142591--142647	29	2.0	29	82	6	71	35	1	5	57	1.31
143885--143914	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
150380--150424	20	2.4	18	85	14	56	42	2	2	53	1.25
152006--152053	20	2.2	20	82	10	51	16	10	14	58	1.63
153133--153180	21	2.2	21	85	7	60	41	2	0	56	1.11
153151--153185	16	2.1	17	89	5	54	51	2	0	45	1.16
153151--153188	17	2.2	17	86	9	51	50	2	0	47	1.15
153347--153380	15	2.2	16	90	10	54	23	11	0	64	1.26
157070--157103	12	2.8	12	83	16	52	32	0	50	17	1.47
157358--157423	27	2.4	28	79	5	71	34	0	10	54	1.35
157750--157780	12	2.5	13	94	5	55	38	0	6	54	1.26
163061--163088	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
168982--169028	24	2.1	23	85	14	64	61	0	2	36	1.08
168979--169035	22	2.5	24	81	16	75	59	0	3	36	1.14
175208--175249	20	2.2	19	86	4	57	78	2	7	11	1.04
177214--177266	27	2.0	27	85	7	72	67	15	3	13	1.35
187212--187309	15	6.5	15	89	0	133	24	53	12	10	1.69
187215--187382	15	11.2	15	75	0	111	23	50	10	9	1.65
187215--187382	45	3.7	45	78	0	165	23	50	10	9	1.65
195958--195993	17	2.1	18	89	5	56	44	0	8	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196043--196076	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
207515--207674	31	5.4	30	70	17	129	27	17	8	46	1.76
207516--207685	58	2.9	58	88	0	250	27	17	8	47	1.75
210975--211046	30	2.4	30	83	6	83	20	11	18	50	1.77
214920--214953	13	2.7	13	86	4	52	5	11	0	82	0.83
220421--220455	18	1.9	19	88	11	56	57	20	11	11	1.64
232562--232782	54	4.1	54	79	2	192	30	16	21	32	1.95
236399--236434	16	2.2	16	90	0	54	16	13	27	41	1.87
236406--236437	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
242550--242593	18	2.5	17	77	3	52	34	0	2	63	1.07
242715--242748	17	2.1	16	88	5	50	67	0	0	32	0.91
246459--246541	34	2.4	34	97	0	157	25	15	4	54	1.61
249106--249164	22	2.5	23	81	10	75	35	1	0	62	1.05
249104--249156	23	2.5	20	82	14	70	35	1	0	62	1.06
251116--251160	23	2.0	23	95	0	81	53	11	15	20	1.72
252777--252853	17	4.5	17	79	6	84	42	1	2	53	1.23
252775--252862	23	3.6	23	68	19	61	42	2	2	53	1.26
252775--252856	6	14.3	6	69	14	57	43	1	2	52	1.22
252775--252853	34	2.3	34	84	4	106	43	1	2	53	1.22
253655--253713	22	2.7	21	86	5	73	47	1	3	47	1.29
253722--253763	3	14.0	3	85	9	59	64	0	2	33	1.07
253722--253764	13	3.5	13	90	6	56	65	0	2	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254740--255131	29	13.6	28	72	15	239	36	28	2	32	1.71
254756--254856	53	1.9	53	85	4	141	38	29	1	29	1.68
254740--255131	58	6.8	58	76	9	304	36	28	2	32	1.71
254995--255155	29	5.6	29	72	14	127	35	28	4	31	1.77
255112--255173	28	2.2	28	88	0	88	33	30	9	25	1.88
260349--260465	35	3.3	35	80	7	146	30	17	26	25	1.97
260341--260498	71	2.2	70	92	3	255	31	18	24	25	1.97
260383--260498	35	3.3	36	79	8	148	31	18	25	25	1.98
260516--260556	22	1.9	21	85	5	55	48	14	0	36	1.44
261139--261178	15	2.6	16	84	11	57	30	5	10	55	1.54
261761--261851	6	15.5	6	67	17	57	57	3	2	37	1.28
261761--261851	17	5.2	17	80	15	87	57	3	2	37	1.28
261770--261851	37	2.3	35	87	8	112	57	3	2	36	1.30
262976--263217	30	8.2	29	76	12	208	34	27	4	33	1.78
262976--263263	59	4.9	59	79	5	271	34	26	4	34	1.77
268514--268630	35	3.3	35	80	7	146	30	17	26	25	1.97
268506--268663	71	2.2	70	92	3	255	31	18	24	25	1.97
268548--268663	35	3.3	36	79	8	148	31	18	25	25	1.98
268681--268721	22	1.9	21	85	5	55	48	14	0	36	1.44
269106--269143	19	2.0	19	85	10	51	60	5	2	31	1.33
270068--270101	11	3.0	11	86	4	50	50	44	2	2	1.32
271103--271127	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271098--271138	21	1.9	21	85	5	55	21	2	4	70	1.18
271712--271903	96	2.0	96	82	6	237	35	13	20	30	1.91
272272--272580	29	10.7	29	78	11	278	32	1	28	37	1.68
272272--272580	28	10.7	29	79	10	312	32	1	28	37	1.68
272273--272576	87	3.5	85	80	7	337	31	1	28	37	1.68
273315--273397	26	3.1	27	81	10	91	18	25	2	54	1.56
273316--273396	25	3.1	25	81	12	83	16	25	2	55	1.53
273606--273644	13	3.0	13	80	0	51	48	5	2	43	1.38
274331--274373	17	2.5	17	92	0	68	53	4	0	41	1.21
278276--278340	3	21.7	3	100	0	130	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2