genome.fa.s15206.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015206.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130250, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  388724

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6141--6193	20	2.7	20	78	16	58	67	5	0	26	1.12
8392--8449	29	2.0	29	100	0	116	31	10	6	51	1.62
9362--9431	21	3.4	21	80	13	83	67	5	1	25	1.21
9396--9430	11	3.3	11	84	8	54	74	5	2	17	1.14
14950--15026	32	2.3	34	85	12	106	55	7	5	31	1.50
20079--20131	8	6.6	8	83	10	56	67	0	32	0	0.91
20209--20242	17	1.9	18	88	5	52	35	0	5	58	1.22
20274--20308	18	1.9	18	94	0	61	25	0	14	60	1.35
20480--20522	21	2.1	20	91	4	68	27	0	13	58	1.37
20901--20995	30	3.2	30	66	8	77	36	7	13	42	1.73
22156--22240	43	2.0	43	83	4	109	32	9	10	47	1.70
22808--22899	45	2.0	45	85	0	121	33	27	18	20	1.96
24918--24965	4	11.8	4	82	4	60	4	22	0	72	1.01
25111--25135	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
26975--27086	23	4.8	23	81	12	129	13	24	20	41	1.88
29202--29296	31	3.1	32	76	8	81	47	7	4	41	1.51
29271--29332	29	2.1	29	81	0	70	53	6	0	40	1.27
30970--31001	5	6.6	5	96	3	57	84	0	15	0	0.63
31378--31430	28	1.9	28	84	3	72	45	13	9	32	1.75
46527--46731	101	2.0	101	98	0	392	36	12	18	33	1.88
47539--47571	16	2.1	16	88	11	50	48	0	15	36	1.45
49696--49846	23	6.5	23	77	11	146	11	22	21	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49696--49797	48	2.2	46	89	3	150	11	21	22	44	1.85
49697--49846	71	2.1	69	89	4	221	12	22	20	44	1.84
50975--51007	16	2.1	16	88	11	50	48	0	15	36	1.45
53132--53282	23	6.5	23	77	11	146	11	22	21	44	1.84
53132--53233	48	2.2	46	89	3	150	11	21	22	44	1.85
53133--53282	71	2.1	69	89	4	221	12	22	20	44	1.84
53824--53909	38	2.3	38	85	0	109	15	19	29	36	1.92
53882--53971	27	3.4	27	84	4	103	20	17	27	34	1.95
53900--53971	27	2.6	28	89	4	112	22	15	27	34	1.94
55566--55610	18	2.6	18	74	19	51	35	0	4	60	1.17
62148--62186	15	2.5	16	83	4	53	58	2	2	35	1.25
62715--62783	35	2.0	35	91	0	111	33	24	8	33	1.86
70216--70266	14	3.6	14	84	5	68	52	0	0	47	1.00
70201--70280	28	2.8	29	74	10	85	51	2	0	46	1.14
70291--70334	20	2.3	19	81	11	54	52	11	0	36	1.38
70295--70333	20	2.0	20	89	0	60	51	10	0	38	1.36
70897--70984	43	2.0	43	97	0	167	21	27	15	35	1.94
77158--77204	23	2.0	23	95	0	85	44	19	12	23	1.85
87156--87190	7	5.0	7	89	10	54	42	0	0	57	0.99
87451--87617	88	1.9	86	91	3	273	49	15	7	27	1.70
101158--101194	18	2.1	18	100	0	74	27	21	10	40	1.86
118154--118202	23	2.1	23	92	0	80	44	0	10	44	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122706--122763	30	1.9	30	85	0	80	48	12	6	32	1.67
126417--126446	15	2.0	15	93	0	51	20	16	6	56	1.62
130144--130176	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
142959--142983	13	1.9	13	100	0	50	92	0	0	8	0.40
155202--155255	23	2.3	23	93	0	90	40	24	16	18	1.90
158655--158721	31	2.2	31	84	5	84	43	5	4	46	1.48
159122--159429	155	2.0	151	90	2	481	36	8	20	34	1.84
160651--160708	20	2.9	21	71	21	52	65	0	1	32	1.03
164037--164063	10	2.7	10	100	0	54	59	0	0	40	0.98
165563--165597	17	2.1	17	89	10	54	68	0	0	31	0.90
166373--166436	32	2.0	31	82	11	76	50	3	6	40	1.43
175864--175911	2	24.5	2	85	4	62	45	47	2	4	1.33
177298--177480	97	1.9	97	88	6	282	40	13	14	30	1.85
177735--177868	29	4.5	30	71	15	82	43	2	22	32	1.66
177762--177959	58	3.4	60	78	10	214	40	2	25	31	1.69
177850--177997	30	5.1	28	75	11	95	35	2	30	32	1.69
177835--177997	29	5.6	30	72	15	110	35	1	28	33	1.68
179729--179857	30	4.3	29	75	19	99	29	1	31	37	1.67
179714--179913	60	3.4	60	85	7	207	28	2	33	36	1.69
179717--179913	29	6.7	29	76	11	170	28	1	32	37	1.67
179828--179972	58	2.5	58	82	8	161	31	3	26	38	1.73
182658--182806	23	6.4	23	78	11	128	12	23	21	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184274--184467	97	2.0	97	86	6	268	40	12	15	31	1.85
184700--185014	29	10.9	29	71	11	146	35	3	29	31	1.74
184742--185014	59	4.7	58	82	7	313	36	2	27	32	1.72
186510--186545	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
189735--189777	21	2.1	21	91	4	70	60	13	0	25	1.34
190123--190163	3	13.7	3	84	0	55	0	39	0	60	0.96
190123--190180	18	3.3	18	83	7	75	0	36	0	63	0.94
190159--190201	4	10.8	4	81	18	54	0	25	0	74	0.82
190122--190196	17	4.4	17	75	18	66	0	33	0	66	0.92
190119--190212	21	4.3	21	78	10	91	1	30	0	68	0.97
190156--190212	11	4.9	11	81	12	60	1	26	0	71	0.95
190115--190201	25	3.5	25	77	13	83	0	31	0	68	0.89
197245--197644	29	13.6	29	73	14	209	38	2	22	36	1.69
197298--197636	29	11.6	28	74	13	213	39	1	21	37	1.64
197245--197439	59	3.3	57	78	9	187	38	3	22	35	1.72
197328--197492	88	1.9	86	85	6	224	41	2	21	34	1.66
197245--197469	118	1.9	118	79	3	256	39	3	22	35	1.70
197443--197613	57	2.9	57	88	6	254	39	1	22	36	1.62
197927--197985	30	1.9	31	83	10	77	64	6	10	18	1.46
198083--198119	9	4.2	9	86	6	58	0	10	0	89	0.49
198081--198119	13	2.9	14	81	11	55	0	12	0	87	0.55
198083--198118	16	2.2	17	95	5	65	0	11	0	88	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199578--199620	11	3.8	11	81	6	50	53	2	4	39	1.34
199594--199638	17	2.6	18	89	3	65	55	0	4	40	1.20
199540--199638	6	16.0	6	70	12	67	51	4	4	40	1.40
199578--199626	23	2.1	23	92	0	80	53	2	4	40	1.32
199613--199667	28	1.9	28	85	3	74	56	5	0	38	1.23
200590--200633	20	2.2	20	84	8	54	54	2	4	38	1.33
200596--200645	19	2.7	18	75	22	50	62	0	4	34	1.14
201379--201415	19	1.9	19	89	10	58	43	0	29	27	1.55
211574--211617	21	2.1	21	100	0	88	22	18	11	47	1.80
222095--222124	16	1.9	15	93	6	51	33	0	0	66	0.92
222200--222310	31	3.7	30	79	6	91	34	10	13	41	1.79
222452--222510	29	2.0	30	86	3	84	47	11	8	32	1.70
223963--224069	53	2.0	54	96	1	198	42	3	6	47	1.47
228227--228293	31	2.2	30	84	5	82	32	10	13	43	1.78
228250--228306	29	1.9	29	85	3	78	31	8	12	47	1.72
229335--229361	5	5.4	5	100	0	54	22	59	0	18	1.38
244388--244466	29	2.8	28	80	14	83	63	2	0	34	1.08
244417--244480	28	2.3	27	82	12	69	62	4	0	32	1.16
246764--246808	22	2.0	22	83	8	56	35	0	6	57	1.25
248697--248723	12	2.2	12	100	0	54	44	40	0	14	1.46
249383--249414	13	2.3	15	89	10	50	75	6	6	12	1.19
251341--251522	91	2.0	91	98	0	355	36	15	12	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252978--253046	6	12.2	6	76	17	76	49	0	1	49	1.09
252980--253048	17	4.2	16	76	12	77	52	0	1	46	1.09
252950--253027	17	4.6	17	82	7	88	43	0	3	52	1.19
262175--262229	23	2.4	23	82	8	60	32	1	5	60	1.30
270212--270263	27	2.0	27	92	3	88	32	0	5	61	1.20
270744--270778	18	2.1	17	89	10	54	34	0	2	62	1.10
271461--271500	20	2.0	20	95	0	71	30	27	10	32	1.89
271739--271780	20	2.1	20	86	0	57	38	26	2	33	1.69
276337--276380	19	2.2	20	88	4	63	56	0	2	40	1.11
277458--277529	33	2.2	34	80	14	89	27	1	2	68	1.12

Tables:   1   2