genome.fa.s15208.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015208.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130252, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  339328

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2441--2488	24	2.0	24	87	0	69	18	41	2	37	1.63
31552--31593	21	2.0	22	85	4	59	59	0	33	7	1.25
42188--42236	21	2.3	21	82	10	64	55	0	2	42	1.11
42528--42582	3	18.3	3	100	0	110	34	0	0	65	0.93
44434--44466	16	2.1	16	94	0	57	39	0	21	39	1.53
52316--52358	18	2.4	19	84	11	63	53	0	0	46	1.00
55434--55479	17	2.7	17	77	16	51	17	2	4	76	1.06
64894--64930	17	2.2	17	100	0	74	43	5	10	40	1.63
65524--65580	25	2.2	27	78	9	64	68	7	8	15	1.37
65530--65584	25	2.2	25	83	6	67	69	7	7	16	1.35
66550--66585	5	7.2	5	87	0	54	38	22	2	36	1.69
66805--66840	6	6.0	6	100	0	72	50	16	0	33	1.46
77315--77362	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
79061--79134	37	2.0	37	86	0	103	10	16	33	39	1.83
81337--81612	137	2.0	137	92	0	462	26	19	17	36	1.93
81622--81669	9	5.8	9	72	18	50	52	0	0	47	1.00
81622--81669	16	3.1	15	73	8	51	52	0	0	47	1.00
82306--82348	21	2.0	23	90	9	72	53	0	0	46	1.00
83071--83133	18	3.6	18	68	23	62	31	12	0	55	1.37
93114--93200	2	45.5	2	76	21	89	47	2	1	49	1.21
93511--93554	20	2.2	20	91	0	70	31	0	2	65	1.05
95034--95088	27	2.1	26	83	10	67	52	1	1	43	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97690--97737	24	1.9	26	83	8	64	22	6	8	62	1.46
97749--97784	18	2.0	19	89	10	58	47	11	0	41	1.39
105763--105845	27	3.1	26	82	3	94	32	21	18	27	1.96
105824--105890	27	2.5	27	80	0	80	26	23	19	29	1.98
109745--109804	28	2.1	28	82	11	70	40	0	1	58	1.08
117244--117306	24	2.6	24	84	0	81	49	9	14	26	1.74
117615--117691	21	3.7	21	96	1	138	29	29	14	25	1.95
119268--119332	24	2.7	24	95	0	103	55	7	10	26	1.61
120269--120302	17	2.0	17	88	11	52	47	2	20	29	1.65
122375--122419	22	2.0	23	86	4	65	40	2	0	57	1.11
122434--122490	25	2.3	25	84	6	71	54	0	1	43	1.10
124818--124852	9	3.9	9	100	0	70	22	11	22	42	1.85
125080--125194	57	2.0	58	86	5	162	46	19	0	34	1.50
125748--125778	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
126259--126450	98	2.0	97	83	5	244	42	13	15	29	1.84
126828--127074	30	8.4	28	83	12	291	37	2	27	32	1.69
126804--127124	59	5.5	58	85	8	325	37	3	26	33	1.72
129074--129139	6	10.8	6	71	9	53	57	1	3	37	1.23
129547--129617	37	1.9	37	85	0	97	18	21	21	39	1.93
129496--130462	411	2.4	412	86	1	1271	22	21	19	36	1.95
129571--130462	205	4.3	206	87	1	1207	22	21	19	36	1.95
130547--130791	78	3.1	78	86	2	305	27	17	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130544--130959	39	10.7	39	69	16	179	27	18	28	25	1.98
130573--130869	117	2.6	114	83	7	341	28	19	27	23	1.99
130573--130830	78	3.3	76	84	6	254	28	20	27	23	1.99
130661--130952	117	2.5	117	88	2	417	28	19	28	23	1.99
130768--130947	78	2.3	78	86	0	270	27	21	27	23	1.99
131034--131215	101	1.8	101	81	0	229	32	16	16	34	1.91
131283--131463	100	1.8	100	80	2	220	16	27	16	39	1.90
131283--131652	49	7.4	49	67	12	184	17	26	18	37	1.93
131488--131675	100	1.9	100	88	0	286	19	25	18	37	1.94
131465--131690	100	2.3	100	81	2	285	17	24	21	36	1.95
132893--132943	16	3.2	16	83	10	52	11	7	0	80	0.90
138296--138497	59	3.5	56	82	9	210	36	3	26	33	1.74
138326--138714	89	4.4	87	78	11	373	32	2	29	35	1.72
138331--138721	59	6.6	58	82	8	330	33	3	28	35	1.73
138327--138721	30	13.3	29	76	10	345	33	3	28	34	1.73
140696--140778	6	13.8	6	68	14	55	55	1	4	38	1.29
140698--140766	17	3.9	16	78	19	68	55	1	5	37	1.33
140697--140778	37	2.3	35	87	12	114	56	1	4	37	1.29
141851--141898	24	1.9	26	84	16	66	54	16	0	29	1.43
147107--147305	57	3.4	57	74	10	186	37	19	3	40	1.67
147107--147420	30	10.6	29	73	8	222	37	21	3	37	1.71
147107--147420	60	5.3	59	75	6	269	37	21	3	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155532--155569	18	2.1	18	85	9	51	50	13	10	26	1.73
155707--155790	34	2.4	34	92	2	141	28	17	1	52	1.52
159099--159214	41	2.9	41	89	1	171	53	19	17	9	1.71
160126--160651	208	2.5	207	84	2	669	39	15	20	24	1.92
161159--161228	16	3.7	17	72	27	61	42	5	1	50	1.35
161158--161235	42	1.9	40	92	5	129	42	7	2	47	1.46
162549--162595	19	2.5	19	96	0	85	48	10	14	25	1.76
162928--163274	30	12.0	30	71	11	181	34	24	3	37	1.73
166505--166609	51	2.1	51	98	0	201	42	5	18	33	1.73
170119--170245	62	2.0	62	96	0	236	18	18	14	48	1.82
170637--170682	23	2.0	23	100	0	92	39	8	4	47	1.54
172146--172203	24	2.3	26	82	11	75	36	5	1	56	1.32
176712--176780	18	3.6	19	74	16	70	62	2	0	34	1.10
178349--178378	14	2.1	14	93	0	51	70	3	6	20	1.25
178369--178401	11	3.0	11	90	0	57	63	3	0	33	1.10
179960--180005	4	12.2	4	78	21	55	73	0	2	23	0.94
181748--181843	47	2.0	47	100	0	192	29	20	12	37	1.90
184653--184717	29	2.2	29	86	5	87	30	9	24	35	1.87
184702--185050	29	11.9	30	68	14	185	40	3	24	31	1.72
184702--184920	87	2.5	88	81	7	241	42	2	23	31	1.68
184874--185047	58	2.9	59	82	7	210	40	4	24	31	1.75
184789--185046	117	2.2	116	79	7	274	41	3	23	31	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184873--185058	59	3.2	59	79	6	207	39	4	25	30	1.76
186142--186213	3	23.7	3	87	2	99	37	2	0	59	1.12
186899--186964	6	11.5	6	71	9	57	60	0	1	37	1.06
186926--186964	18	2.2	18	100	0	78	64	0	0	35	0.94
186914--186946	11	2.8	12	86	9	50	63	0	3	33	1.10
189623--189679	14	4.0	16	78	21	56	75	0	5	19	0.99
189623--189679	15	4.0	14	76	17	55	75	0	5	19	0.99
189639--189685	23	1.9	25	83	12	62	78	0	2	19	0.85
190734--190780	25	2.0	23	87	8	67	59	4	2	34	1.29
197757--197795	20	1.9	21	85	15	55	64	0	5	30	1.15
198844--198938	31	2.9	34	75	16	99	25	11	10	52	1.69
213594--213656	23	2.9	22	78	4	74	44	6	0	49	1.28
214252--214293	2	21.0	2	85	0	57	52	4	0	42	1.22
214948--215272	30	10.8	29	68	17	150	37	17	24	20	1.94
232819--232866	20	2.4	21	82	6	64	64	2	0	33	1.05
235126--235183	31	1.9	30	85	3	80	36	12	25	25	1.91
237676--237741	34	1.9	34	100	0	132	36	9	27	27	1.87
241999--242077	30	2.7	30	78	9	83	49	0	1	49	1.09
243166--243237	30	2.4	31	81	6	85	50	20	9	19	1.76
244012--244087	30	2.6	29	79	8	82	21	10	21	47	1.80
244322--244405	38	2.2	39	82	2	107	45	2	2	50	1.27
247576--247601	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252654--252708	21	2.6	23	78	18	57	52	5	36	5	1.48
255059--255131	38	1.9	38	88	0	110	28	21	20	28	1.98
256385--256409	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
261730--261754	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
266834--266870	19	2.0	19	89	5	58	43	2	8	45	1.47
270566--270600	5	7.2	5	87	6	54	80	2	17	0	0.84
285099--285153	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
285535--285625	6	15.7	6	70	15	57	41	2	4	51	1.34
285506--285640	17	7.5	17	73	12	90	39	3	5	51	1.42
285552--285625	35	2.1	34	87	5	103	40	2	5	51	1.39

Tables:   1   2