genome.fa.s15216.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015216.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130260, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  531577

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1562--1745	48	3.8	48	86	1	217	27	9	11	50	1.71
2796--5736	215	13.9	215	80	7	2966	28	17	13	40	1.88
2796--5087	216	10.8	216	80	6	2418	28	17	13	40	1.88
2796--5736	433	6.9	431	81	6	3217	28	17	13	40	1.88
4504--5087	210	2.7	211	79	5	629	29	16	13	39	1.87
5635--5864	127	1.8	128	87	4	349	27	13	14	44	1.82
8887--8927	11	4.1	10	81	18	50	9	29	0	60	1.28
20215--20298	42	2.0	43	84	11	111	32	25	11	30	1.92
23795--23843	17	2.9	17	77	17	57	6	10	4	79	1.03
26602--26739	48	2.9	48	91	0	213	23	10	13	51	1.73
27893--27927	14	2.5	14	90	0	52	34	17	0	48	1.47
39735--39767	13	2.6	13	90	4	50	60	0	39	0	0.97
40358--40387	15	2.0	15	93	0	51	60	3	0	36	1.14
41408--41456	19	2.5	19	76	3	53	22	18	20	38	1.93
45018--45060	21	2.0	21	86	4	59	20	11	13	53	1.71
45586--45626	20	2.0	20	85	4	55	36	7	4	51	1.51
46773--46818	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
48860--48915	23	2.5	23	94	2	96	67	10	1	19	1.29
48872--48914	17	2.5	17	88	3	68	67	13	0	18	1.23
48861--48973	6	18.3	6	83	6	77	72	5	5	16	1.22
48912--48963	14	3.8	14	87	10	72	76	0	9	13	1.01
48925--48969	14	3.1	15	90	6	67	77	0	8	13	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48912--48973	20	3.0	20	82	11	72	77	0	8	14	0.98
48979--49029	10	5.1	10	83	7	68	19	1	1	76	0.98
49048--49111	32	2.0	32	96	0	119	60	9	10	18	1.56
51249--51297	21	2.3	21	86	6	64	34	24	10	30	1.89
51433--51472	21	1.9	21	89	0	62	32	20	17	30	1.95
54976--55011	19	1.9	19	88	5	56	75	2	13	8	1.15
56623--56663	12	3.4	12	80	12	57	78	2	14	4	1.03
56623--56671	24	2.0	24	100	0	98	75	4	16	4	1.11
60945--60979	17	2.1	17	94	0	61	54	0	2	42	1.15
60943--60980	6	6.3	6	84	9	51	50	0	2	47	1.15
61676--61942	39	6.8	39	75	10	206	24	19	31	24	1.98
61597--61976	156	2.4	156	81	3	442	26	21	29	23	1.99
61765--62097	117	2.8	113	82	6	312	27	22	28	21	1.99
61598--62022	78	5.4	78	79	4	367	26	21	29	22	1.99
61763--62097	39	8.6	39	76	9	245	27	22	28	21	1.99
61838--62097	116	2.2	117	88	2	371	28	22	28	21	1.99
61916--62113	77	2.6	77	74	16	201	29	22	25	22	1.99
79148--79270	37	3.3	37	77	7	108	33	25	11	30	1.91
79188--79284	37	2.6	37	77	3	106	29	24	14	30	1.95
79280--79331	26	2.0	25	88	3	77	30	21	21	26	1.98
81942--81978	17	2.2	17	90	0	56	18	13	8	59	1.58
83135--83231	37	2.6	37	80	0	113	30	25	12	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83221--83273	26	2.0	26	88	0	79	30	20	18	30	1.97
88142--88186	20	2.3	20	88	3	65	55	0	0	44	0.99
88193--88230	17	2.2	18	90	4	60	60	0	2	36	1.11
88158--88272	57	2.0	56	80	11	128	60	2	2	34	1.25
94535--94927	216	1.8	216	92	1	662	29	16	14	39	1.88
94831--95055	115	2.0	115	88	0	333	27	11	17	43	1.84
94617--95274	331	2.0	331	91	0	1066	27	14	15	42	1.86
94948--96597	216	7.7	215	86	3	2227	27	16	13	41	1.87
94948--96597	645	2.6	641	87	2	2339	27	16	13	41	1.87
99272--99779	216	2.4	216	87	1	696	40	14	17	27	1.89
104537--104583	25	2.0	25	87	8	71	44	0	0	55	0.99
104553--104589	16	2.3	17	86	9	51	43	0	0	56	0.99
109693--109722	7	4.3	7	91	0	51	43	30	0	26	1.55
112265--112297	14	2.4	14	85	5	50	24	0	3	72	0.98
114906--114997	30	3.0	30	77	12	98	56	5	1	36	1.30
117784--117808	13	1.9	13	100	0	50	40	20	24	16	1.91
117794--117840	21	2.3	21	85	3	60	40	21	17	21	1.91
124893--124935	7	6.1	7	83	0	59	30	23	27	18	1.98
124893--124935	21	2.0	21	95	0	77	30	23	27	18	1.98
131097--131129	12	2.8	12	100	0	66	0	51	0	48	1.00
134119--134314	43	4.5	43	76	6	162	26	16	26	31	1.96
134091--134314	43	5.1	44	77	4	132	26	16	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134972--135005	6	5.3	6	89	10	50	79	0	2	17	0.86
137820--137903	26	3.4	23	81	14	71	9	26	22	41	1.84
137841--137904	26	2.5	26	92	2	103	10	25	23	40	1.87
139066--139109	7	6.3	7	100	0	88	27	13	45	13	1.81
139852--139941	45	2.0	45	95	0	162	43	23	7	25	1.80
144477--144538	30	2.2	27	88	8	88	22	6	14	56	1.61
144563--144627	23	2.8	23	78	2	76	38	16	13	30	1.88
145843--145877	3	11.7	3	100	0	70	34	31	0	34	1.58
147634--147702	36	1.9	36	84	0	93	43	2	31	21	1.67
153325--153478	77	2.0	77	100	0	308	28	9	20	41	1.83
155761--155802	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
159014--159047	17	2.0	17	88	11	52	64	0	0	35	0.94
159489--159547	30	2.0	30	93	0	100	57	11	3	27	1.50
160059--160135	6	13.7	6	67	22	51	46	1	1	50	1.17
160058--160116	17	3.5	17	81	2	75	45	1	1	50	1.21
160093--160147	17	3.3	17	72	7	51	47	3	0	49	1.19
160062--160147	44	2.0	44	83	0	109	45	2	1	51	1.21
161989--162257	29	9.5	29	70	16	113	36	27	2	33	1.71
162076--162257	86	2.1	88	82	8	230	35	28	1	34	1.67
162100--162302	59	3.5	58	81	4	205	33	27	2	35	1.72
162076--162355	29	9.6	29	74	9	183	33	26	3	36	1.75
163916--163959	21	2.0	22	86	4	63	36	20	6	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171194--171303	35	3.2	34	84	7	125	43	0	2	53	1.15
171226--171303	6	13.5	6	74	12	74	46	0	1	52	1.08
171194--171303	52	2.1	52	88	3	159	43	0	2	53	1.15
171194--171303	17	6.4	17	83	7	132	43	0	2	53	1.15
171908--171932	13	1.9	13	100	0	50	20	16	0	64	1.30
179787--179896	35	3.2	34	84	7	125	43	0	2	53	1.15
179819--179896	6	13.5	6	74	12	74	46	0	1	52	1.08
179787--179896	52	2.1	52	88	3	159	43	0	2	53	1.15
179787--179896	17	6.4	17	83	7	132	43	0	2	53	1.15
180501--180525	13	1.9	13	100	0	50	20	16	0	64	1.30
181667--182100	29	15.0	28	72	14	260	34	27	4	33	1.78
181666--182052	58	6.6	58	83	5	451	34	26	4	34	1.77
181675--182052	117	3.2	117	82	5	446	34	26	4	34	1.77
182349--182524	97	1.8	97	85	4	248	28	17	13	40	1.88
193960--194840	205	4.3	204	90	1	1334	34	19	23	22	1.97
195197--195270	6	12.8	6	69	18	50	43	1	1	54	1.17
195163--195270	35	3.2	34	83	7	123	43	0	1	53	1.17
195163--195270	33	3.2	34	81	5	112	43	0	1	53	1.17
195163--195270	17	6.4	17	82	11	123	43	0	1	53	1.17
195888--195914	13	2.1	13	100	0	54	22	14	0	62	1.31
197065--197368	29	10.3	29	76	12	248	34	27	3	34	1.73
197065--197368	58	5.2	58	81	8	321	34	27	3	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197065--197402	87	3.9	85	74	14	264	33	28	3	34	1.75
202180--202239	32	1.9	32	86	3	86	21	1	3	73	1.07
203728--203778	22	2.3	22	75	0	57	62	3	9	23	1.42
208344--208434	28	3.1	28	77	17	78	53	5	14	26	1.62
214762--214798	6	6.2	6	87	0	56	21	62	0	16	1.33
214762--214798	12	3.1	12	96	0	65	21	62	0	16	1.33
229794--229825	6	5.3	6	96	0	55	37	0	12	50	1.41
231385--231415	4	7.8	4	100	0	62	25	0	25	48	1.52
240034--240083	23	2.2	22	78	3	55	52	4	0	44	1.20
241521--241560	21	1.9	21	84	0	53	37	37	5	20	1.74

Tables:   1   2