genome.fa.s15219.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015219.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130263, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  403163

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011--2060	16	3.2	16	73	21	52	34	0	6	60	1.21
2533--2577	21	2.2	21	84	4	56	57	13	0	28	1.36
6249--6321	31	2.4	31	97	0	137	41	27	4	27	1.74
18605--18632	14	2.0	14	100	0	56	21	0	0	78	0.75
25910--25943	14	2.4	14	90	9	52	44	41	0	14	1.45
25921--25970	20	2.5	21	83	9	68	46	38	0	16	1.47
30208--30265	17	3.4	16	76	23	57	39	0	0	60	0.97
30936--30977	20	2.0	20	86	13	59	71	0	4	23	1.05
43180--43273	31	3.1	29	70	8	80	35	11	11	41	1.78
59744--59800	21	2.7	21	71	13	53	29	8	17	43	1.79
65881--66043	58	2.8	58	83	5	204	43	1	2	52	1.25
66008--66060	28	2.0	26	88	7	79	50	1	0	47	1.12
69864--69910	23	2.0	23	83	0	58	6	12	2	78	1.02
69879--69907	10	2.7	11	94	5	51	0	10	0	89	0.48
69879--69909	12	2.6	12	89	0	53	0	9	0	90	0.46
70068--70117	23	2.2	23	100	0	100	52	16	4	28	1.61
73669--73719	15	3.3	15	81	8	50	29	0	56	13	1.38
73681--73729	5	9.8	5	93	0	53	30	0	55	14	1.40
85040--85068	13	2.1	14	93	6	51	82	3	0	13	0.79
93398--93457	4	15.0	4	76	13	61	75	1	23	0	0.90
93398--93447	21	2.6	19	87	9	66	78	2	20	0	0.86
94501--94585	43	2.0	43	86	4	118	31	11	9	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95153--95289	45	3.0	45	86	0	193	31	27	22	18	1.97
95284--95322	21	1.9	21	89	5	62	17	35	15	30	1.91
98612--98657	20	2.4	19	82	7	56	60	0	4	34	1.16
98696--98741	12	3.8	12	80	13	51	2	34	0	63	1.07
98701--98742	16	2.6	16	82	10	50	2	35	0	61	1.09
114696--114743	3	16.0	3	91	0	78	64	0	33	2	1.05
128358--128517	73	2.2	73	100	0	320	31	1	43	23	1.65
128358--128550	73	2.6	73	89	4	212	34	1	41	21	1.63
134519--134548	3	10.0	3	92	0	51	30	36	0	33	1.58
136598--136673	40	1.9	40	97	2	145	27	26	15	30	1.96
138505--138529	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
143050--143088	20	2.1	19	85	9	53	56	5	0	38	1.22
143088--143118	11	2.8	11	95	0	53	67	0	0	32	0.91
151500--151530	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
152137--152169	14	2.3	15	89	5	50	18	0	15	66	1.25
152180--152214	17	2.0	18	88	5	54	25	0	17	57	1.40
164703--164744	21	2.0	21	95	0	75	28	11	19	40	1.87
173093--173144	8	6.5	8	83	14	63	26	0	0	73	0.84
173093--173142	24	2.1	24	92	3	84	26	0	0	74	0.83
173093--173132	7	5.4	7	88	11	62	27	0	0	72	0.85
173098--173165	33	2.1	32	83	5	84	25	1	0	73	0.92
175961--175985	9	2.8	9	100	0	50	32	20	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179900--179955	28	2.0	28	86	3	78	55	12	12	19	1.68
181371--181403	16	2.1	16	94	0	57	15	33	6	45	1.70
185891--185935	14	3.1	15	78	15	51	24	6	2	66	1.27
185967--186011	22	2.0	22	82	0	54	48	4	6	40	1.49
186034--186063	16	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
188673--188724	15	3.4	16	71	7	54	55	11	1	30	1.46
188713--188749	19	1.9	19	88	0	56	56	16	5	21	1.59
189496--189533	10	3.8	10	83	10	51	52	0	0	47	1.00
191396--191435	20	2.0	21	90	5	64	57	2	7	32	1.40
191647--191804	72	2.2	72	98	0	307	51	12	4	31	1.60
195850--195889	16	2.4	17	84	16	57	65	0	22	12	1.26
197152--197280	68	2.0	64	86	6	177	48	7	18	24	1.74
207313--207475	92	1.8	86	84	8	220	26	16	17	39	1.91
208120--208157	19	2.0	19	85	10	51	26	10	7	55	1.61
211257--211333	37	2.2	32	77	22	75	48	2	2	46	1.29
215059--215090	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
223467--223501	17	2.1	18	89	10	56	45	0	11	42	1.40
228890--228968	26	3.0	26	77	5	79	55	2	2	39	1.27
230218--230255	20	1.9	20	88	0	58	73	10	0	15	1.09
230594--230637	22	2.0	22	90	0	70	61	2	4	31	1.28
230600--230642	22	2.0	22	95	0	77	60	0	9	30	1.28
230604--230652	22	2.2	22	85	0	62	61	0	12	26	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244401--244540	69	2.0	69	98	0	271	31	13	18	36	1.90
253525--253549	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
254138--254169	12	2.7	12	90	0	55	56	0	34	9	1.32
263351--263386	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
265342--265387	19	2.4	20	82	7	60	41	2	0	56	1.11
267877--267909	16	2.0	17	88	5	50	24	15	21	39	1.91
267923--267991	22	3.1	23	83	10	90	10	18	24	46	1.80
267994--268047	25	2.2	25	86	3	74	9	27	16	46	1.78
272066--272109	19	2.3	19	84	4	52	38	4	0	56	1.20
282919--283040	59	2.0	60	96	1	228	18	18	0	61	1.40
288865--288939	39	1.9	39	100	0	150	33	20	22	24	1.97
288982--289042	32	1.9	31	83	9	79	62	0	0	37	0.96
289040--289067	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
289670--289694	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
295274--295362	31	2.9	30	77	6	90	35	11	11	41	1.77
299941--300011	35	2.0	35	97	0	133	21	32	15	30	1.94
302261--302301	14	2.9	14	74	25	50	58	14	0	26	1.37
302511--302550	20	2.1	20	86	9	57	62	25	10	2	1.39
303001--303035	18	1.9	18	88	0	52	25	22	14	37	1.92
304290--304329	21	1.9	21	85	10	55	37	0	5	57	1.21
320348--320414	31	2.2	31	86	0	89	28	29	22	19	1.98
321040--321098	30	2.0	30	83	6	75	16	10	5	67	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322933--323015	17	4.7	17	78	10	87	38	4	6	50	1.48
322970--323016	6	8.0	6	79	13	53	46	0	4	48	1.21
323666--323742	3	26.0	3	72	12	52	59	2	1	36	1.19
323658--323718	15	4.1	15	79	8	70	54	4	3	37	1.39
323669--323728	12	4.8	12	75	18	59	55	3	1	40	1.27
324824--325074	29	8.7	29	73	14	164	32	24	5	37	1.77
324819--325074	58	4.4	58	80	7	231	32	24	5	37	1.78
324973--325093	29	4.2	28	75	19	97	32	24	8	34	1.85
335461--335672	115	1.8	115	84	0	289	32	19	24	23	1.98
335527--336537	194	5.1	194	81	5	1124	35	19	22	22	1.96
335576--336557	400	2.5	395	84	5	1219	36	19	22	22	1.95
336919--336971	17	3.1	17	83	2	61	35	0	9	54	1.33
336926--336972	18	2.7	18	87	9	62	40	0	6	53	1.27
337616--337676	15	4.1	15	72	8	61	54	4	4	36	1.44
338792--338945	29	5.2	30	75	13	126	33	25	3	37	1.75
338801--338996	30	6.7	30	75	13	158	33	25	4	37	1.75
338801--339057	59	4.4	59	80	6	265	33	24	5	36	1.79
338801--339057	118	2.2	117	82	8	301	33	24	5	36	1.79
339009--339100	29	3.1	28	71	20	89	31	23	8	35	1.86
339009--339166	59	2.7	59	82	6	189	28	20	9	41	1.84
341833--341869	16	2.4	16	86	8	51	32	2	0	64	1.07
343750--343788	12	2.9	15	82	17	50	25	7	0	66	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345752--345864	56	2.0	56	92	0	190	38	18	15	28	1.91
348972--349007	18	2.0	18	94	0	63	50	13	19	16	1.79
349160--349278	59	2.0	59	95	0	211	32	10	2	54	1.47
349627--349664	19	2.1	19	85	5	51	26	2	10	60	1.43
352939--353216	30	9.3	29	73	13	165	36	3	24	35	1.73
353103--353182	29	2.8	28	77	9	72	35	5	23	36	1.77
353050--353212	87	1.9	88	80	6	197	37	4	22	34	1.76
355590--355621	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
359144--359177	16	2.2	16	89	5	52	52	8	2	35	1.47
360279--360371	32	2.9	32	91	0	150	34	8	13	43	1.75

Tables:   1   2