genome.fa.s15223.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015223.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130267, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  583935

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10027--10149	30	4.1	30	72	16	94	43	9	14	32	1.78
15737--15781	21	2.1	21	88	8	65	40	28	8	22	1.84
15742--15785	14	3.1	15	81	12	58	36	29	9	25	1.86
15825--15859	16	2.2	16	90	5	54	8	8	34	48	1.64
18057--18140	24	3.5	24	86	0	123	30	13	3	52	1.57
22324--22376	26	2.2	23	83	12	70	52	7	1	37	1.41
22877--22928	27	2.0	26	88	3	77	55	3	11	28	1.53
33211--33395	96	1.9	96	82	6	232	34	15	21	29	1.93
34044--34228	96	1.9	96	82	6	232	35	15	20	28	1.93
32739--34403	833	2.0	832	97	0	3123	37	15	18	28	1.91
34452--34821	29	12.6	30	74	14	274	31	4	30	34	1.76
34452--34818	59	6.3	59	87	4	510	31	4	29	34	1.76
35943--35976	12	2.7	13	95	4	61	44	2	0	52	1.16
36610--36685	11	6.7	11	77	15	75	50	0	2	47	1.15
36611--36685	22	3.3	22	94	3	123	49	0	2	48	1.15
38476--38524	19	2.8	18	84	9	66	75	2	0	22	0.90
48995--49036	7	6.0	7	79	20	52	28	0	0	71	0.86
48995--49036	13	3.0	14	80	20	52	28	0	0	71	0.86
51619--51719	48	2.1	48	96	0	184	29	17	9	42	1.82
52209--52261	20	2.7	20	88	11	74	33	0	7	58	1.26
53379--53442	19	3.3	19	79	16	69	59	6	1	32	1.32
59543--59753	105	2.0	105	94	0	368	36	8	19	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60070--60117	14	3.5	13	81	16	53	16	2	6	75	1.11
60076--60117	16	2.7	15	82	13	50	16	2	7	73	1.15
63996--64034	16	2.8	13	79	20	51	28	20	10	41	1.85
70013--70431	98	4.3	98	81	4	434	40	17	23	19	1.91
70009--70507	49	10.2	49	73	6	249	41	18	21	19	1.91
70046--70429	147	2.6	147	76	5	321	39	17	23	19	1.92
70566--70688	46	2.7	46	78	3	115	31	21	15	31	1.94
71331--71371	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
71393--71434	15	2.9	15	83	13	52	16	2	7	73	1.15
71377--71433	19	2.9	19	71	10	53	19	3	7	70	1.26
71700--71740	21	2.0	21	85	9	57	29	4	4	60	1.38
72648--72687	19	2.1	19	100	0	80	27	10	10	52	1.66
72933--72972	17	2.4	17	83	8	55	70	7	0	22	1.12
75455--75512	28	2.0	29	93	3	100	41	27	15	15	1.87
80033--80066	17	2.0	18	88	11	54	26	0	0	73	0.83
80036--80067	15	2.1	16	88	11	50	28	0	0	71	0.86
83145--83190	24	1.9	24	95	0	83	36	2	41	19	1.64
89891--89988	48	2.0	48	100	0	196	28	20	10	40	1.85
91496--91546	22	2.4	22	87	9	70	19	11	7	60	1.55
92401--92440	20	2.0	20	100	0	80	20	10	25	45	1.81
96967--97409	194	2.3	190	81	7	486	28	18	25	27	1.98
100837--101093	37	6.9	37	83	0	289	36	30	19	13	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107682--107938	37	6.9	37	81	4	277	36	31	19	12	1.89
107682--107939	74	3.5	74	86	0	327	36	31	18	12	1.89
107682--107938	111	2.3	111	85	0	343	36	31	19	12	1.89
109610--109641	16	1.9	17	93	6	57	28	0	0	71	0.86
109697--109833	71	1.9	72	86	6	195	58	16	10	15	1.63
113413--113873	156	3.0	155	83	10	558	42	8	3	44	1.53
113402--113905	150	3.3	146	79	12	496	43	8	3	44	1.52
114350--114387	3	12.7	3	100	0	76	34	0	31	34	1.58
114416--114440	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
114744--115620	42	20.9	42	85	2	1089	35	23	19	21	1.96
122654--122703	20	2.4	21	80	16	59	36	0	4	60	1.16
122528--122897	148	2.4	149	84	8	455	44	8	5	41	1.57
126642--126739	48	2.0	48	100	0	196	14	11	39	34	1.81
132096--132151	21	2.7	21	82	0	67	32	17	12	37	1.88
133567--133646	39	2.1	39	97	0	151	30	16	5	48	1.67
138427--138878	226	2.0	225	96	0	841	30	8	17	43	1.79
149985--150030	18	2.4	20	85	7	60	26	41	4	28	1.74
149985--150152	33	5.1	33	81	2	178	25	40	1	32	1.63
151170--151226	16	3.5	16	73	2	51	24	3	29	42	1.71
159831--159879	24	2.0	25	92	4	82	24	36	12	26	1.91
169521--169574	21	2.6	21	82	5	65	33	11	22	33	1.89
177440--177602	81	2.0	81	97	0	308	39	11	19	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177738--177772	14	2.5	14	86	13	54	71	0	0	28	0.86
177708--177787	42	2.0	43	82	9	105	62	3	0	33	1.13
183512--183542	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
187522--187637	29	4.0	29	75	8	119	33	18	6	40	1.78
187522--187628	28	3.8	28	76	3	124	32	17	6	42	1.75
188150--189077	464	2.0	464	98	0	1793	36	14	8	40	1.77
189433--189458	10	2.6	10	100	0	52	46	0	7	46	1.31
201004--201054	24	2.1	24	96	0	93	64	1	3	29	1.22
205928--206014	39	2.3	38	78	9	88	40	13	8	37	1.75
206030--206054	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
207008--207192	96	1.9	96	86	6	268	35	12	19	31	1.90
207541--207759	29	7.4	29	81	8	237	33	2	26	36	1.71
207541--207759	59	3.7	59	83	8	259	33	2	26	36	1.71
207541--207759	88	2.5	87	86	4	280	33	2	26	36	1.71
208844--208878	15	2.3	15	95	0	61	34	0	2	62	1.10
209522--209574	6	9.0	6	79	10	56	49	5	0	45	1.26
209523--209605	17	4.7	17	81	10	87	50	8	2	38	1.46
210009--210799	201	3.9	197	83	5	871	21	23	19	35	1.96
211691--211775	43	2.0	43	84	6	111	12	23	14	49	1.77
221368--221552	96	1.9	96	86	6	268	36	13	19	30	1.90
221786--222179	58	6.8	56	74	9	235	34	2	26	35	1.71
221924--222189	29	9.1	30	77	12	259	32	2	28	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223923--223985	17	3.6	17	75	10	56	50	7	0	41	1.31
228008--228052	22	2.1	21	84	12	56	68	6	2	22	1.24
229887--230071	29	6.3	29	77	3	158	34	5	21	37	1.78
229942--230088	58	2.5	57	83	3	195	37	6	17	38	1.75
231911--232100	39	4.8	39	76	8	172	26	14	23	35	1.93
231891--232100	40	5.3	40	75	7	180	26	13	24	35	1.93
231890--232100	79	2.7	79	87	0	287	26	13	25	35	1.93
232157--232289	50	2.7	50	82	4	162	23	25	17	33	1.96
233468--233563	37	2.6	37	78	3	104	30	30	15	23	1.96
233677--233726	26	1.9	26	87	0	73	34	20	20	26	1.96
237182--237283	37	2.8	37	78	3	116	29	31	16	22	1.96
249093--249296	30	6.8	29	75	11	146	35	4	19	40	1.72
249094--249305	61	3.5	59	80	12	236	34	4	20	40	1.72
253666--253711	23	2.0	23	91	0	74	56	4	2	36	1.31
254761--254818	18	3.2	18	80	9	55	20	6	3	68	1.27
254772--254831	18	3.3	19	81	9	72	23	5	3	68	1.24
269633--269708	28	2.6	29	76	16	84	39	3	22	34	1.73
269656--270035	30	12.9	30	82	6	377	38	1	21	37	1.65
278633--278899	116	2.3	117	81	4	299	26	18	31	23	1.97
278500--279448	39	24.3	39	71	5	463	26	18	30	24	1.98
279203--279524	155	2.1	154	85	1	376	26	19	30	23	1.98
279779--279898	50	2.4	51	82	8	133	20	28	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291888--292201	30	10.6	29	77	11	255	37	3	23	35	1.72
291908--292132	119	1.9	119	84	3	301	39	2	22	35	1.68
291916--292201	149	1.9	148	82	7	357	37	3	23	34	1.72
291818--292179	60	6.1	59	76	8	272	39	4	22	33	1.74
298999--299052	20	2.8	21	72	13	53	22	16	18	42	1.89
301959--302120	36	4.5	36	74	7	141	27	14	24	33	1.94
301961--302150	72	2.6	72	86	1	247	26	15	23	34	1.94
303300--303344	23	1.9	22	86	13	63	51	2	11	35	1.50
306794--306939	25	5.7	25	69	11	89	25	17	23	33	1.96
306797--306894	50	2.0	50	85	4	135	26	16	24	32	1.96

Tables:   1   2