genome.fa.s15234.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015234.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130279, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  325792

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28--1282	433	2.9	427	81	5	1400	28	17	14	40	1.88
10--1311	217	6.0	216	81	4	1419	28	17	13	40	1.88
41065--41093	14	2.0	15	93	6	51	75	6	0	17	1.01
42873--42918	20	2.4	19	83	16	60	32	0	2	65	1.05
50749--50774	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
53587--53676	43	2.1	43	89	0	135	44	11	14	30	1.80
59597--59642	20	2.3	20	100	0	92	23	4	32	39	1.75
65136--65402	87	3.1	87	84	2	320	29	15	23	30	1.96
67156--67326	93	1.8	93	85	6	238	47	2	3	46	1.32
67628--67702	16	4.6	16	70	12	55	56	1	2	40	1.22
67680--67704	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
76171--76251	35	2.3	35	80	6	92	34	12	17	35	1.87
82513--82548	18	2.0	18	88	0	54	52	8	25	13	1.68
83967--84081	48	2.4	48	86	0	158	38	12	26	23	1.90
83906--84082	24	7.4	24	74	5	133	41	12	23	22	1.88
84649--84808	71	2.3	71	82	2	187	30	15	23	30	1.95
91085--91261	24	7.4	24	83	0	201	40	16	24	17	1.90
91085--91258	72	2.4	72	82	0	222	40	17	24	17	1.90
93016--93055	9	4.3	9	83	3	53	52	0	2	45	1.14
93402--93435	13	2.7	13	90	4	52	79	0	8	11	0.94
109551--109584	13	2.7	13	90	4	52	79	0	8	11	0.94
111922--112070	23	6.3	23	75	12	99	13	28	18	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111945--112070	46	2.7	46	78	14	123	11	30	19	38	1.87
114022--114438	201	2.1	202	94	2	730	30	14	20	34	1.93
118569--118670	23	4.3	23	79	11	109	10	27	22	39	1.87
118570--118669	48	2.1	48	85	7	132	11	28	21	40	1.87
120764--120863	48	2.1	48	83	7	123	11	27	21	41	1.86
120764--120863	23	4.2	24	78	14	109	11	27	21	41	1.86
123322--123454	72	1.9	72	87	6	202	39	3	4	51	1.40
126441--126497	20	2.8	20	81	0	69	33	8	12	45	1.72
127455--127509	25	2.2	25	96	0	101	21	5	29	43	1.75
127767--127804	19	2.0	20	89	5	60	10	15	0	73	1.09
127867--127891	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
138070--138114	16	2.8	16	80	10	56	51	0	6	42	1.28
138051--138115	17	3.9	17	72	11	55	50	3	6	40	1.43
139112--139152	21	2.0	22	90	9	68	56	7	4	31	1.48
142224--142430	95	2.2	96	96	3	384	48	5	9	36	1.60
143659--143695	18	2.1	18	89	0	56	29	2	13	54	1.53
146807--146879	33	2.3	33	84	11	98	26	13	10	49	1.75
148106--148200	47	2.0	47	93	0	163	30	6	20	43	1.76
149368--149450	24	3.5	24	89	0	130	24	19	25	31	1.98
153185--153250	31	2.1	31	88	5	98	34	10	24	30	1.89
155050--155179	42	3.1	42	77	4	127	25	15	27	31	1.96
155201--155679	38	12.3	39	70	15	280	26	15	22	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155099--155679	78	7.4	78	78	7	465	26	16	23	33	1.96
155099--155606	156	3.2	155	83	3	574	26	16	23	33	1.96
155474--155717	116	2.1	115	84	0	317	25	15	26	32	1.96
155099--155606	234	2.2	236	80	5	625	26	16	23	33	1.96
155099--155679	156	3.7	153	79	8	546	26	16	23	33	1.96
155906--156075	92	1.8	92	88	2	261	18	27	16	37	1.93
155903--156315	49	8.6	49	75	5	322	21	28	15	34	1.94
156003--156377	98	3.8	97	83	2	426	20	29	15	33	1.94
155903--156220	147	2.2	141	84	4	395	21	27	16	34	1.94
155987--156315	147	2.2	146	81	4	376	21	28	16	33	1.95
155911--156377	49	9.7	49	73	8	321	20	28	15	34	1.94
156038--156415	98	3.9	97	80	3	398	21	27	15	35	1.94
156058--156415	196	1.8	196	83	3	470	21	28	15	35	1.93
156808--157026	112	2.0	112	90	0	348	37	12	21	28	1.89
157333--157396	6	10.8	6	75	9	60	0	21	0	78	0.76
157333--157375	11	3.8	12	78	9	54	0	23	0	76	0.78
157350--157432	7	12.3	7	74	14	50	3	15	0	80	0.84
157343--157408	30	2.2	30	91	2	105	0	22	0	77	0.77
157342--157424	30	2.8	29	83	8	96	2	19	0	78	0.86
157338--157433	47	2.0	47	80	7	106	3	16	0	80	0.84
157406--157432	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
158226--158250	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158298--158348	16	3.2	16	88	0	57	3	23	13	58	1.52
158308--158348	16	2.6	16	96	0	73	4	26	14	53	1.61
162560--162664	30	3.5	30	88	3	149	38	2	20	38	1.68
164782--164820	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
165150--165181	2	15.5	2	93	6	55	50	0	3	46	1.17
165649--165684	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
168384--168521	52	2.7	51	82	3	159	32	23	15	28	1.95
180611--180648	12	3.3	12	89	7	53	7	15	2	73	1.17
180609--180638	10	3.1	10	95	4	53	10	16	0	73	1.09
186729--186773	3	15.0	3	95	0	54	33	42	0	24	1.55
188016--188046	15	2.1	15	93	0	53	90	9	0	0	0.46
189658--189692	17	2.1	17	88	0	52	40	8	0	51	1.33
190646--190685	18	2.1	20	90	9	66	67	0	7	25	1.16
190911--190983	30	2.5	30	82	6	78	52	2	1	43	1.24
190971--191008	15	2.5	15	83	8	51	63	0	0	36	0.95
191823--191881	31	1.9	31	89	6	93	55	13	13	16	1.68
199634--199673	18	2.2	18	86	8	55	70	5	0	25	1.08
205854--205894	21	2.0	21	95	0	73	36	2	26	34	1.70
213263--213321	31	1.9	31	82	6	75	50	11	5	32	1.61
215753--215785	13	2.4	14	90	5	50	66	0	3	30	1.06
215760--215807	15	3.3	15	83	11	64	62	0	0	37	0.95
215932--216013	33	2.4	33	82	13	87	51	4	2	41	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215958--216026	36	1.9	35	82	11	86	59	2	2	34	1.27
218261--218323	23	2.7	23	90	0	90	41	22	19	17	1.90
219419--219459	21	1.9	22	90	5	66	36	7	7	48	1.59
219400--219468	21	2.9	24	71	20	65	36	4	14	44	1.65
219811--219848	15	2.4	16	86	8	51	21	0	2	76	0.91
219843--219905	32	2.0	32	81	12	76	22	6	3	68	1.27
220145--220205	23	2.7	24	73	19	58	34	3	4	57	1.36
220204--220264	23	2.7	24	80	10	74	27	3	6	62	1.36
220139--220234	29	3.4	28	70	23	69	33	2	5	59	1.31
220204--220259	22	2.5	22	85	8	69	26	3	7	62	1.38
221891--221922	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
223732--223769	19	2.1	19	90	5	60	65	2	0	31	1.06
223730--223774	18	2.3	21	77	18	60	62	2	0	35	1.08
224630--224676	20	2.3	20	81	0	58	72	8	4	14	1.24
224793--224897	30	3.5	30	89	2	140	36	5	21	36	1.78
224796--224959	30	5.5	29	79	7	125	36	3	21	39	1.69
226109--226143	17	2.1	17	88	0	52	22	0	2	74	0.95
226113--226160	16	2.9	16	81	3	51	20	0	6	72	1.05
226169--226208	20	2.0	20	95	0	71	77	0	0	22	0.77
226289--226330	22	1.9	22	90	9	68	76	0	2	21	0.90
227001--227036	16	2.2	16	90	0	54	55	2	0	41	1.14
229200--229450	30	8.4	29	82	5	227	38	2	25	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229191--229450	89	2.9	87	79	6	279	38	2	25	33	1.70
229191--229450	60	4.4	60	83	2	292	38	2	25	33	1.70
230138--230192	21	2.7	20	74	5	56	21	7	3	67	1.31
231464--231556	48	2.0	47	84	2	123	23	25	12	37	1.91
231474--231724	86	2.9	85	82	2	306	23	22	15	38	1.92
231766--231934	86	2.0	86	83	3	216	22	23	16	37	1.94
231554--232778	209	5.9	209	75	11	1111	23	22	16	37	1.94
232238--232292	27	2.0	27	100	0	110	27	21	10	40	1.87
232029--232501	236	2.0	236	92	0	793	24	22	16	36	1.94
232437--232554	48	2.4	48	83	4	130	22	26	17	33	1.96

Tables:   1   2