genome.fa.s15245.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015245.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130290, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  767229

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 253 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751--823	36	2.0	36	100	0	146	45	2	10	41	1.54
3586--4066	98	4.9	98	84	0	602	19	25	15	38	1.92
3618--4058	49	9.0	49	70	7	275	19	25	16	38	1.92
14928--15246	114	2.8	113	92	2	525	40	19	13	26	1.89
16037--16085	22	2.3	22	78	3	55	14	8	6	71	1.29
16245--16278	17	2.0	17	100	0	68	29	29	29	11	1.92
18089--18120	6	5.3	6	100	0	64	0	65	18	15	1.27
18190--18290	51	2.0	51	86	7	143	19	27	30	21	1.98
19063--19087	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19081--19156	33	2.3	33	78	15	84	44	2	5	47	1.39
20158--20206	23	2.1	23	92	0	80	40	12	8	38	1.72
20163--20240	22	3.5	22	80	1	57	34	19	8	37	1.83
22244--22441	23	8.5	23	82	8	154	35	24	29	11	1.90
23659--24018	180	2.0	180	98	0	693	37	14	17	30	1.90
28561--28700	23	6.0	23	76	12	115	38	23	25	12	1.89
28532--28697	48	3.5	48	79	13	146	37	22	27	12	1.89
28531--28672	23	5.9	24	76	15	109	36	21	28	13	1.91
28588--28695	46	2.3	48	80	12	134	38	25	25	11	1.88
30965--31018	26	2.0	26	82	13	65	70	7	7	14	1.32
31949--31999	24	2.1	25	89	10	79	39	19	23	17	1.92
38350--38894	47	11.6	47	81	1	475	22	15	25	35	1.94
38350--38894	94	5.8	94	82	4	571	22	15	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38348--38894	233	2.3	235	82	5	669	22	15	25	35	1.94
38350--38890	141	3.8	141	80	3	545	22	15	25	35	1.94
40268--40411	37	3.9	37	85	0	207	32	25	13	27	1.94
42723--43234	47	10.9	47	75	7	380	26	15	20	36	1.93
42723--43234	94	5.4	93	77	6	460	26	15	20	36	1.93
42723--43234	141	3.6	141	77	7	489	26	15	20	36	1.93
47280--47377	21	4.7	21	88	2	108	33	16	32	17	1.92
51745--51790	22	2.1	22	84	4	58	45	6	13	34	1.69
52255--52371	59	2.0	58	88	6	173	31	20	20	27	1.97
57535--57567	13	2.7	13	90	9	52	12	0	0	87	0.53
58949--59170	39	5.7	40	80	6	233	28	19	17	34	1.94
59028--59093	22	3.2	22	70	27	72	28	18	18	34	1.94
59036--59099	19	3.3	19	71	26	62	29	23	15	31	1.95
58950--59170	78	2.8	77	82	2	262	28	19	17	34	1.94
59021--59080	20	3.0	20	71	28	65	26	18	18	36	1.94
58953--59170	117	1.9	117	85	0	301	28	19	17	34	1.94
67137--67379	39	6.2	39	87	0	351	26	18	20	35	1.95
71366--71502	36	3.8	36	90	1	213	34	16	25	23	1.95
71366--71501	72	1.9	72	93	0	236	33	16	25	23	1.96
72170--72220	21	2.4	21	80	0	57	29	17	15	37	1.91
73821--73950	39	3.3	39	69	16	115	23	33	19	23	1.97
73818--74354	78	6.9	78	85	0	687	26	30	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73854--74222	39	9.5	39	64	9	135	26	31	17	25	1.97
74328--74461	42	3.2	42	78	8	157	31	25	14	28	1.95
74347--74455	40	2.6	42	81	5	132	33	24	16	24	1.96
76406--76793	29	13.1	30	77	7	314	35	24	2	37	1.70
80148--80198	23	2.2	23	92	0	84	37	13	11	37	1.82
80679--80711	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
80908--81063	50	3.1	50	77	8	163	35	14	12	37	1.84
83344--83381	19	2.0	20	89	5	60	55	0	0	44	0.99
83372--83422	19	2.7	18	85	11	66	56	1	1	39	1.22
83325--83394	28	2.4	29	74	9	72	47	2	1	48	1.25
89253--89595	177	1.9	177	94	2	600	18	29	26	26	1.98
90657--90720	26	2.6	25	77	5	67	50	0	0	50	1.00
91763--91849	22	3.9	22	76	10	86	32	19	13	34	1.91
97950--98039	47	1.9	47	93	4	155	51	13	17	17	1.77
98595--98641	8	5.8	8	92	5	76	38	0	0	61	0.96
98586--98666	25	3.2	26	78	16	80	32	1	1	65	1.08
98595--98666	33	2.2	33	85	5	92	31	1	1	65	1.10
98604--98668	16	4.0	16	75	11	60	27	1	1	69	1.07
98729--98964	89	2.7	88	88	4	323	34	10	18	36	1.85
100618--100675	28	2.1	28	96	0	107	32	12	17	37	1.86
104686--104876	95	2.0	96	90	2	303	39	3	8	48	1.51
107827--108452	314	2.0	315	94	0	1103	32	9	22	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128552--128602	21	2.4	21	100	0	102	17	5	37	39	1.74
129105--129143	17	2.3	17	100	0	78	53	23	12	10	1.69
129444--129495	24	2.2	24	100	0	104	19	30	19	30	1.96
135599--135664	20	3.5	19	78	10	64	33	1	4	60	1.26
135888--136018	63	2.1	63	98	0	253	57	21	8	12	1.62
136106--136157	24	2.2	24	85	0	68	55	3	3	36	1.36
141107--141203	50	1.9	51	85	2	133	35	10	17	37	1.84
145566--145770	103	2.0	104	98	0	394	48	12	14	24	1.79
155882--155933	24	2.2	24	85	0	68	55	7	3	32	1.46
156358--156405	19	2.5	19	80	10	53	58	2	0	39	1.10
156515--156556	17	2.4	18	76	4	50	71	2	2	23	1.10
157180--157218	3	13.0	3	88	0	51	38	0	2	58	1.12
158870--158967	38	2.6	38	74	7	110	32	26	11	29	1.91
167062--167116	17	3.0	18	82	17	69	1	23	0	74	0.91
167323--167410	43	2.0	43	97	0	167	32	17	18	31	1.94
167812--167838	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
174661--174694	6	5.7	6	100	0	68	67	0	0	32	0.91
176489--176607	37	3.2	38	69	9	118	25	19	23	31	1.98
176476--176640	74	2.2	74	86	0	231	24	20	24	30	1.99
176772--176877	40	2.6	41	76	8	108	24	16	26	33	1.96
177195--177620	195	2.2	195	86	3	572	22	28	14	34	1.93
177214--177620	49	8.4	48	72	9	243	22	29	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184455--184512	28	2.1	27	84	12	75	34	17	0	48	1.47
185941--185995	26	2.1	26	89	0	83	27	18	23	30	1.97
202553--202623	13	5.4	13	79	12	65	32	18	4	45	1.69
214608--214635	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
219234--219293	29	2.0	30	84	9	79	70	3	3	23	1.18
219245--219318	36	2.1	36	87	10	107	74	2	2	20	1.07
219258--219321	18	3.6	17	75	21	60	73	3	3	20	1.11
219247--219322	4	18.8	4	71	24	54	73	2	2	21	1.07
220363--220404	20	2.0	21	86	9	59	21	0	7	71	1.09
221220--221628	101	4.1	100	80	7	352	27	18	19	34	1.95
221246--221628	199	1.9	201	80	5	445	27	18	18	34	1.95
224854--224894	18	2.3	19	87	8	59	31	26	19	21	1.97
230309--230337	15	1.9	15	100	0	58	72	0	27	0	0.85
232691--233336	101	6.4	101	86	2	859	26	17	19	36	1.94
232747--233009	48	5.3	48	62	15	129	25	19	18	36	1.94
234132--234186	20	2.8	20	72	10	58	54	10	14	20	1.69
248543--249089	101	5.4	100	84	3	666	27	17	19	36	1.94
248543--249089	204	2.7	202	85	2	711	27	17	19	36	1.94
258478--258603	62	2.0	62	96	0	234	52	8	23	15	1.71
261126--261150	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
261182--261215	17	2.0	17	100	0	68	11	0	41	47	1.40
268020--268098	37	2.1	38	83	2	97	35	21	17	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268226--268262	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
268975--269016	14	3.0	14	92	0	66	0	42	0	57	0.99
269025--269075	15	3.3	15	83	5	57	5	17	3	72	1.20
279812--279848	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
280145--280180	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
282930--282977	18	2.7	18	76	0	51	18	10	33	37	1.85
292446--292488	21	2.0	21	95	0	77	53	9	20	16	1.70
295803--295835	16	2.0	17	94	5	59	81	0	18	0	0.68
295802--295835	12	2.7	13	90	9	61	79	0	20	0	0.73
298601--298680	38	2.1	38	83	4	99	27	21	22	28	1.99

Tables:   1   2   3