genome.fa.s15253.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015253.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130298, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  611692

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84--123	4	10.0	4	84	10	55	0	22	0	77	0.77
75--121	18	2.7	17	86	3	67	0	23	0	76	0.78
88--127	21	2.0	19	90	9	62	0	22	0	77	0.77
82--133	12	4.4	11	81	15	59	1	19	0	78	0.84
6315--6341	14	1.9	14	100	0	54	59	0	18	22	1.38
7049--7128	27	3.0	27	96	0	142	33	16	17	32	1.92
18267--18334	29	2.4	27	80	14	66	48	17	1	32	1.56
18862--19097	42	5.6	42	79	4	242	25	23	25	26	2.00
18868--19085	84	2.6	84	85	1	267	25	23	25	25	2.00
22487--22528	3	13.7	3	95	5	75	64	2	0	33	1.07
23400--23451	25	2.1	23	83	16	61	34	0	1	63	1.06
23392--23451	23	2.5	24	84	10	70	30	1	1	66	1.11
23609--23637	6	4.8	6	100	0	58	34	34	0	31	1.58
24549--24610	31	2.0	31	100	0	124	16	16	16	51	1.77
25265--25331	16	4.1	16	72	11	55	52	7	2	37	1.45
39267--39462	107	1.8	107	95	0	356	44	7	6	41	1.58
40688--40724	19	1.9	19	94	0	65	54	21	0	24	1.45
45086--45144	31	1.9	31	86	6	84	44	8	10	37	1.69
52111--52167	30	1.9	29	85	3	78	71	3	14	10	1.25
59302--59339	20	1.9	20	88	0	58	21	23	2	52	1.59
59570--59609	16	2.5	16	87	0	62	40	5	0	55	1.22
59571--59655	12	7.4	12	71	24	51	34	2	1	62	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59571--59654	21	3.8	21	77	13	80	34	2	1	61	1.16
59604--59713	57	1.9	56	82	12	136	34	1	2	60	1.21
59686--59762	39	2.0	39	89	0	118	22	7	1	68	1.22
59685--59766	19	4.2	19	74	13	69	23	7	1	68	1.22
60250--60295	2	23.0	2	91	8	76	47	2	0	50	1.13
61462--61497	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
79969--80033	30	2.2	30	82	0	76	40	1	3	55	1.25
81461--81490	16	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
85139--85184	19	2.4	19	88	3	65	56	2	2	39	1.24
85138--85185	20	2.4	20	82	6	62	58	2	2	37	1.22
86615--86641	3	9.0	3	100	0	54	0	33	33	33	1.58
105238--105272	16	2.2	16	89	0	52	60	2	2	34	1.26
110482--110522	20	2.0	20	100	0	82	31	14	19	34	1.92
112248--112297	7	7.0	7	90	4	73	10	16	14	60	1.59
112256--112304	15	3.3	15	91	2	73	6	16	12	65	1.45
116775--117354	290	2.0	290	97	0	1088	30	18	13	37	1.89
117679--117731	23	2.3	23	80	6	72	35	24	22	16	1.95
120858--120900	20	2.2	20	83	8	52	69	4	2	23	1.18
133610--133655	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
134632--134672	21	2.0	21	90	0	64	19	4	4	70	1.24
135802--135861	21	2.8	22	85	7	88	56	6	3	33	1.42
138924--138974	19	2.7	18	81	6	57	70	1	3	23	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151812--151876	30	2.2	29	80	2	76	66	1	7	24	1.27
170323--170559	43	5.5	43	93	1	375	33	10	21	34	1.87
170323--170569	130	1.9	130	88	1	379	34	10	21	33	1.88
174566--174630	28	2.2	31	82	17	86	55	4	13	26	1.58
175412--175448	7	5.3	7	100	0	74	16	13	0	70	1.17
187372--187396	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
187505--187544	20	2.0	21	85	5	55	20	7	52	20	1.70
188550--188592	22	2.0	22	85	0	59	20	2	2	74	1.04
190730--190781	11	4.9	11	79	6	54	63	3	0	32	1.12
196898--196937	20	2.0	20	90	4	64	45	0	0	55	0.99
201362--201394	1	33.0	1	100	0	66	0	0	0	100	0.00
204813--204841	6	4.8	6	100	0	58	34	0	65	0	0.93
205143--205179	16	2.2	18	85	9	51	45	0	2	51	1.15
205396--205440	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
205576--205628	22	2.4	22	100	0	106	43	3	0	52	1.19
206830--206872	7	6.1	7	88	0	59	34	25	0	39	1.56
206876--206949	31	2.5	31	88	4	107	25	8	1	64	1.29
209301--209373	28	2.6	29	80	8	89	49	5	2	42	1.40
212078--212116	18	2.2	18	90	0	60	25	20	43	10	1.83
215254--215298	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
216096--216138	22	2.0	22	86	9	61	18	6	0	74	1.04
216105--216154	16	3.2	16	77	11	59	16	6	2	76	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221119--221166	19	2.6	18	80	6	51	62	4	0	33	1.14
221677--221708	15	2.1	15	94	0	55	46	0	0	53	1.00
221674--221717	15	2.8	16	75	10	54	38	0	0	61	0.96
227446--227533	10	9.0	10	67	14	58	67	2	2	28	1.15
227446--227531	28	3.0	29	78	10	104	66	2	2	29	1.16
227439--227531	29	3.2	29	80	11	118	65	2	2	30	1.16
227439--227550	59	1.9	58	85	7	154	66	1	4	27	1.21
229182--229237	29	2.0	29	86	13	82	42	1	0	55	1.10
234292--234343	23	2.3	24	80	12	65	53	1	1	42	1.23
241353--241399	22	2.1	22	88	0	67	40	8	6	44	1.60
242596--242642	20	2.4	19	80	13	60	65	2	2	29	1.15
242535--242911	188	2.0	184	84	9	480	53	6	3	36	1.46
243537--243561	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
244693--244732	5	8.2	5	97	2	73	82	0	0	17	0.67
248003--248069	31	2.1	31	83	2	80	41	7	25	25	1.81
257252--257283	5	6.8	5	96	3	50	87	0	0	12	0.54
268577--268608	6	5.3	6	100	0	64	0	15	68	15	1.21
284763--284814	22	2.4	22	80	0	59	17	11	42	28	1.84
287367--287424	26	2.2	26	100	0	116	37	27	17	17	1.92
301944--302001	31	2.0	28	83	10	71	18	13	6	60	1.55
307409--307544	59	2.3	58	79	7	141	40	7	20	31	1.80
307522--307728	30	7.0	29	79	9	213	33	1	25	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307522--307727	60	3.5	59	86	4	256	33	1	25	39	1.67
325948--325999	27	2.0	26	88	3	77	17	25	7	50	1.72
326543--327128	196	2.9	198	88	4	860	35	18	25	20	1.96
327440--327510	17	4.1	17	74	3	70	43	1	2	52	1.24
327439--327512	35	2.1	35	82	0	85	43	1	2	52	1.23
328156--328197	18	2.3	19	91	4	68	45	4	2	47	1.36
328265--328305	7	6.3	7	86	8	52	56	0	0	43	0.99
328670--328712	22	2.0	23	86	9	63	20	16	23	39	1.92
329514--329927	29	14.0	28	75	15	316	32	31	5	30	1.80
329514--329931	59	7.0	57	82	8	344	32	31	5	29	1.80
329592--329931	118	2.9	117	88	4	477	31	32	5	30	1.81
335079--335111	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
351245--351281	3	12.3	3	100	0	74	67	32	0	0	0.91
360238--360275	14	3.0	13	88	11	53	44	0	0	55	0.99
362080--362116	10	3.7	10	88	0	56	18	10	8	62	1.52
366099--366132	12	3.0	11	87	8	50	2	14	0	82	0.79
367473--367512	17	2.2	19	91	8	66	35	0	2	62	1.09
367945--367986	18	2.4	18	80	4	50	40	4	19	35	1.72
368578--368933	108	3.4	106	84	5	422	26	23	25	24	2.00
368772--368968	99	2.0	100	94	3	351	27	19	26	26	1.99
368797--369134	172	2.0	169	95	2	615	27	21	26	25	1.99
368969--369321	99	3.5	99	81	7	402	28	23	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
369122--369316	108	1.8	108	87	2	293	29	23	22	24	1.99
369195--369462	146	1.8	147	84	2	369	30	23	21	24	1.99
381308--381587	149	1.9	148	83	3	366	37	10	13	38	1.79
382019--382083	31	2.1	31	85	5	87	44	12	10	32	1.76
389222--389358	3	45.3	3	88	4	96	45	1	0	53	1.09
389223--389355	12	11.1	12	84	8	110	45	1	0	52	1.09
389983--390019	17	2.2	17	90	0	56	48	0	0	51	1.00
389989--390089	17	5.7	18	77	10	100	56	0	3	39	1.18
390007--390089	37	2.3	35	83	8	105	56	0	4	38	1.21
390556--390889	50	6.8	48	70	10	194	14	25	21	38	1.91

Tables:   1   2