genome.fa.s15258.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015258.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130303, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  342652

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11326--11389	26	2.4	27	89	2	103	23	17	21	37	1.94
11383--11444	24	2.6	25	76	7	74	24	24	22	29	1.99
16374--16440	20	3.3	20	75	8	64	34	8	10	46	1.70
16479--16584	20	5.2	20	78	9	92	38	8	12	40	1.73
16479--16564	41	2.1	40	83	10	104	38	5	12	43	1.67
16479--16600	20	6.1	20	75	11	88	40	7	13	39	1.72
16674--16753	19	4.2	19	83	3	106	50	8	2	38	1.47
16676--16782	39	2.7	39	89	1	151	48	7	2	41	1.46
16676--16783	20	5.5	20	80	3	121	48	7	2	41	1.46
18415--18579	88	1.9	88	85	2	233	33	10	29	27	1.90
23457--23519	31	2.0	31	96	0	117	30	23	17	28	1.97
26797--26876	21	3.8	21	86	3	99	31	13	25	30	1.94
27965--28059	35	2.7	34	86	3	118	41	16	17	24	1.90
27976--28091	35	3.4	34	84	4	135	40	17	16	25	1.90
28247--28360	35	3.3	35	80	7	110	42	16	14	26	1.87
34344--34383	17	2.4	17	87	4	55	55	7	2	35	1.42
46364--46398	17	2.1	17	94	0	61	54	14	17	14	1.72
47644--47718	38	2.0	38	89	0	105	25	18	25	30	1.98
55033--55087	29	1.9	29	85	3	76	23	3	1	70	1.12
59493--59538	20	2.3	20	88	7	67	60	2	0	36	1.09
59935--59973	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
60385--61004	126	4.8	126	80	7	690	27	18	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60276--61000	391	1.9	391	86	2	1037	28	18	20	32	1.97
61301--61351	21	2.4	21	83	0	57	47	23	5	23	1.73
71889--71922	17	2.0	17	88	0	50	17	8	2	70	1.25
72006--72134	30	4.3	30	86	3	179	31	21	3	42	1.71
72006--72165	60	2.7	60	83	2	205	32	22	3	41	1.72
74953--75029	38	2.0	38	85	9	104	55	3	6	33	1.44
77293--77770	237	2.0	240	92	2	811	29	12	13	44	1.80
82263--82774	275	1.9	266	87	3	745	33	16	18	30	1.94
91258--91353	42	2.3	42	92	0	165	30	8	27	34	1.86
96256--96328	27	2.7	27	84	0	101	30	15	31	23	1.95
98285--98471	51	3.6	51	84	2	232	32	13	24	29	1.94
103506--103568	32	1.9	31	87	9	90	65	3	0	31	1.09
103506--103566	16	3.6	17	80	8	72	65	3	0	31	1.09
105243--105286	12	3.7	12	78	0	52	27	11	9	52	1.67
109038--109084	8	6.1	8	80	9	53	48	10	0	40	1.38
109043--109084	10	4.2	10	87	0	66	50	9	0	40	1.35
109038--109079	14	3.0	14	96	0	75	50	9	0	40	1.35
113979--114017	18	2.2	18	85	0	51	25	17	12	43	1.85
114460--114593	40	3.4	40	75	16	118	25	11	20	41	1.87
114421--114627	40	5.2	40	77	0	110	25	13	19	41	1.88
116934--116998	16	3.9	16	76	13	53	35	0	1	63	1.04
116934--117015	25	3.2	26	75	8	87	34	0	1	64	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116933--117024	10	10.3	9	71	20	61	33	0	1	65	1.00
116985--117024	10	3.9	10	96	3	71	32	0	0	67	0.91
120057--120140	21	4.1	19	70	20	53	30	3	1	64	1.18
120625--120667	20	2.2	20	84	8	54	69	2	0	27	1.00
120729--120759	12	2.6	12	89	0	53	0	74	0	25	0.82
121446--121488	6	7.5	6	92	2	63	18	2	65	13	1.38
138385--138420	6	6.0	6	86	0	54	0	61	0	38	0.96
138385--138419	18	1.9	18	94	0	61	0	60	0	40	0.97
140492--140690	99	2.0	99	96	0	362	30	18	22	29	1.97
141508--141556	17	3.0	16	76	5	53	61	0	0	38	0.96
141927--141969	20	2.2	20	100	0	86	18	4	37	39	1.72
148233--148275	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
149155--149199	22	2.0	22	87	8	65	46	0	0	53	1.00
149158--149239	29	2.7	30	83	12	105	48	1	0	50	1.08
149406--149488	39	2.1	39	100	0	166	44	16	7	31	1.75
149942--149967	13	2.0	13	100	0	52	69	15	7	7	1.35
150154--150216	30	2.1	30	82	8	74	49	1	0	49	1.10
150142--150224	11	7.7	11	75	14	59	48	2	0	49	1.14
150578--150647	36	1.9	37	83	13	92	54	2	2	40	1.30
151665--151747	29	2.7	32	74	7	82	36	4	14	44	1.66
151851--152002	75	2.0	75	100	0	304	26	19	10	43	1.83
152596--152645	24	2.0	24	85	11	66	24	40	22	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154294--154370	31	2.5	30	81	6	84	59	6	9	24	1.51
157685--157768	38	2.2	39	89	6	127	52	0	2	45	1.13
157685--157780	38	2.5	37	81	6	95	51	1	4	43	1.28
158814--158867	28	1.9	28	100	0	108	50	3	0	46	1.19
158814--158888	28	2.6	28	89	6	105	50	2	0	46	1.15
159138--159178	19	2.2	19	86	0	55	29	0	7	63	1.21
159450--159593	56	2.5	58	82	8	172	33	11	6	48	1.65
164357--164671	29	10.8	28	73	13	194	37	2	23	36	1.68
164304--164448	59	2.5	59	81	3	177	42	6	20	31	1.76
164417--164580	59	2.8	59	83	6	174	38	0	23	37	1.59
165775--165851	3	24.7	3	74	12	66	33	2	2	61	1.24
165778--165851	30	2.4	30	82	15	80	33	2	2	60	1.25
166387--166431	18	2.4	19	85	3	56	15	8	44	31	1.77
166618--166695	6	14.0	6	68	20	53	52	0	1	46	1.08
166649--166693	17	2.6	17	89	0	72	60	0	0	40	0.97
167114--167827	49	14.7	49	68	15	349	18	24	18	38	1.93
167102--167828	98	7.5	98	83	2	786	19	24	18	38	1.93
168250--168284	18	1.9	18	94	0	61	57	11	11	20	1.64
179692--180122	29	14.7	30	72	16	187	38	2	23	34	1.70
179757--180070	30	10.7	30	74	16	207	37	2	25	34	1.70
179692--180018	59	5.6	57	76	14	199	38	3	24	33	1.72
179757--180165	88	4.6	86	73	15	243	37	1	24	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179757--180136	59	6.4	59	77	13	261	38	2	24	34	1.67
179753--180166	30	14.1	29	72	15	198	37	1	25	35	1.67
181252--181334	3	27.7	3	71	9	53	36	4	1	57	1.28
181273--181334	21	3.3	19	77	20	60	38	3	0	58	1.15
181251--181334	36	2.3	35	82	8	89	35	4	1	58	1.27
182120--182182	17	3.7	17	85	8	83	50	3	1	44	1.27
183166--183225	11	5.5	11	72	18	54	50	0	3	46	1.18
183261--183327	19	3.6	19	78	6	66	53	4	1	40	1.30
202281--202322	21	2.0	21	86	9	59	38	2	2	57	1.25
205502--205539	13	2.9	14	80	11	53	36	18	2	42	1.64
206969--207070	52	2.0	52	92	3	170	25	18	32	23	1.97
206976--207054	26	3.0	26	89	7	133	25	18	32	22	1.97
206971--207083	52	2.2	52	88	3	165	27	18	30	23	1.97
210002--210048	25	2.0	24	83	8	60	31	4	6	57	1.43
215702--215983	140	2.0	140	96	1	521	28	19	16	35	1.94
216238--216484	39	6.5	39	68	15	162	25	15	25	33	1.95
216163--216486	79	4.2	79	79	10	332	25	15	25	33	1.95
216227--216443	68	3.0	68	77	14	229	24	15	25	34	1.95
216163--216443	147	1.9	148	90	0	447	25	15	25	33	1.95
216843--217046	96	2.1	95	80	6	214	20	28	16	35	1.94
217932--217987	22	2.6	22	86	8	80	0	17	0	82	0.68
217936--217987	28	1.9	26	88	7	77	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217929--217987	14	4.1	14	75	14	50	0	18	0	81	0.69
223764--223850	28	3.0	28	86	9	122	45	1	0	52	1.08
223777--223850	28	2.6	29	89	6	125	47	1	0	51	1.09
237483--237510	7	4.0	7	100	0	56	14	0	42	42	1.45
248941--248969	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
251722--251771	24	2.1	24	84	0	64	42	2	34	22	1.65
255981--256171	96	2.0	95	81	9	219	38	14	17	29	1.89
256388--256507	28	4.3	27	72	17	93	29	7	30	32	1.85
256510--256625	29	4.0	29	76	6	126	44	3	22	29	1.69
256519--256715	59	3.3	60	85	7	237	38	4	24	31	1.76

Tables:   1   2