genome.fa.s15261.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015261.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130306, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  318933

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
373--493	59	2.1	57	86	6	163	38	30	2	28	1.70
373--707	87	3.8	87	75	13	299	34	29	3	31	1.75
418--713	117	2.5	114	80	10	312	33	31	4	31	1.76
453--708	59	4.4	58	84	4	300	34	28	3	33	1.75
373--708	30	11.5	28	72	17	213	34	29	3	32	1.75
7586--7900	170	1.9	169	89	2	497	34	26	8	31	1.86
9240--9287	17	2.8	17	96	0	87	33	0	4	62	1.14
9304--9358	14	4.0	14	75	15	53	47	18	5	29	1.71
10110--10155	24	1.9	24	90	0	74	50	4	4	41	1.42
10163--10187	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
11192--11302	29	3.8	29	79	3	114	42	21	0	35	1.59
11202--11302	30	3.5	28	78	6	103	40	22	0	35	1.61
11297--11350	28	1.9	28	88	7	83	29	31	11	27	1.91
23855--24041	51	3.7	50	84	5	216	27	24	15	33	1.95
23856--24041	102	1.8	103	86	5	270	26	24	15	33	1.95
31088--31326	51	4.6	51	84	2	291	29	23	14	32	1.94
35714--35760	20	2.4	19	82	3	58	51	0	0	48	1.00
35715--35769	27	2.0	27	82	6	67	47	0	0	52	1.00
36883--36945	24	2.7	24	82	2	74	41	15	12	30	1.85
46832--46898	33	2.0	34	97	2	127	23	11	11	52	1.71
69833--69979	78	1.9	78	87	2	215	29	15	23	31	1.95
72867--72915	21	2.4	20	75	3	53	65	4	2	28	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74497--74527	16	1.9	16	93	0	53	77	0	3	19	0.90
74504--74550	18	2.5	19	74	19	53	70	0	2	27	0.99
74598--74679	10	8.9	9	70	19	53	63	1	3	31	1.19
74595--74703	38	2.9	39	81	13	113	60	1	3	33	1.25
74597--74703	9	11.4	9	68	19	60	61	1	3	32	1.24
74646--74701	19	2.9	21	75	24	68	64	1	5	28	1.26
74615--74703	10	9.3	10	68	21	57	61	2	3	32	1.24
74916--74979	32	2.1	29	82	8	74	28	0	3	68	1.04
74864--74990	40	3.1	39	72	10	103	27	1	3	66	1.18
77361--77412	15	3.4	15	75	15	52	73	0	1	25	0.94
77367--77414	22	2.2	22	85	7	62	75	0	2	22	0.91
77367--77413	16	3.0	15	79	14	51	74	0	2	23	0.93
77681--77733	9	5.6	9	74	12	52	79	3	0	16	0.88
79780--79814	18	1.9	18	88	0	52	22	2	0	74	0.95
79810--79855	23	2.0	24	82	4	58	19	8	4	67	1.35
80064--80100	19	1.9	19	88	0	56	32	0	2	64	1.07
80572--80609	20	1.9	20	88	0	58	50	7	15	26	1.72
81408--81511	37	2.7	37	75	10	93	31	25	18	24	1.97
82125--82310	95	1.9	95	84	7	243	35	13	19	31	1.90
82675--83044	59	6.3	59	83	5	419	32	4	28	34	1.76
82664--83074	30	13.9	30	82	9	386	34	4	27	34	1.77
93016--93049	17	2.1	17	94	5	61	38	20	5	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96211--96264	20	2.6	21	82	5	65	64	5	16	12	1.45
100198--100364	52	2.9	58	79	14	195	33	24	14	27	1.94
100253--100390	52	2.7	52	94	0	240	34	25	15	24	1.94
103428--103497	29	2.4	29	73	4	70	41	18	11	28	1.85
104696--105142	157	2.8	158	89	2	675	30	23	22	23	1.99
110535--110614	40	2.0	40	97	0	151	32	16	5	46	1.68
116164--116204	15	2.7	15	96	0	73	39	26	14	19	1.90
117901--118493	30	20.0	29	74	13	365	36	27	3	32	1.72
117901--118526	59	10.5	57	79	9	553	37	27	3	32	1.72
117901--118457	119	4.7	117	82	5	638	37	27	3	32	1.72
118293--118359	32	2.2	30	86	5	89	50	25	0	23	1.49
125396--125459	20	3.4	18	80	6	74	59	0	4	35	1.18
125399--125458	10	6.4	9	80	12	59	58	0	5	36	1.20
125663--125710	10	4.7	10	82	10	53	37	4	2	56	1.30
125646--125726	31	2.6	30	81	9	83	41	2	1	54	1.21
125744--125809	32	2.1	32	86	8	91	25	13	19	40	1.89
128169--128212	20	2.2	20	88	12	63	34	18	0	47	1.49
137777--137824	21	2.3	21	82	7	62	25	4	0	70	1.04
139210--139281	29	2.5	29	82	8	85	41	13	19	25	1.88
139864--139989	53	2.4	53	83	0	144	25	32	18	23	1.97
142450--142496	19	2.5	19	85	0	67	23	19	25	31	1.98
142464--142509	19	2.4	19	85	0	56	32	15	28	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146778--146959	91	2.0	91	100	0	364	29	9	26	34	1.89
150126--150164	19	2.1	19	100	0	78	28	30	25	15	1.96
150327--150780	155	2.9	155	89	0	692	21	24	25	28	1.99
154024--154081	29	2.0	29	89	3	89	50	10	6	32	1.63
155934--155972	16	2.4	16	95	0	69	38	17	17	25	1.92
162968--163048	30	2.7	30	84	3	101	37	28	4	29	1.78
166740--166787	22	2.2	22	85	10	64	43	4	35	16	1.67
171001--171052	25	2.0	26	92	3	88	26	7	23	42	1.81
175847--175982	30	4.6	29	76	9	78	35	22	2	38	1.70
175847--175982	58	2.3	61	80	8	156	35	22	2	38	1.70
182823--182910	46	1.9	46	81	4	106	55	11	5	27	1.57
183472--183860	197	2.0	198	91	1	636	26	26	16	30	1.96
190950--191003	22	2.5	22	87	6	74	44	7	14	33	1.73
191135--191169	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
197738--197938	29	7.0	29	77	6	185	29	18	4	46	1.69
197738--197931	86	2.3	87	81	5	216	29	19	4	46	1.70
198747--199078	127	2.6	126	81	2	405	26	23	16	33	1.96
198747--199120	127	2.9	125	77	4	390	27	22	16	32	1.96
212450--212524	36	2.1	36	94	0	132	20	17	25	37	1.94
212450--212509	20	3.2	20	67	23	58	20	16	25	38	1.93
212453--212510	18	3.2	18	67	26	50	20	17	24	37	1.93
214973--215015	15	2.9	15	83	10	52	4	20	0	74	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215803--215913	51	2.2	52	88	1	161	63	5	23	8	1.43
219466--219504	19	2.0	19	85	5	51	28	0	10	61	1.28
220031--220218	93	2.0	93	95	0	340	35	16	12	36	1.86
220309--220366	24	2.6	23	78	8	66	74	0	25	0	0.82
220309--220365	11	5.2	11	77	8	53	73	0	26	0	0.83
234828--234876	14	3.4	14	80	5	62	48	2	10	38	1.48
236530--236572	11	3.8	11	80	17	52	32	2	0	65	1.06
237791--237998	107	1.9	107	93	0	353	32	18	23	25	1.97
238551--238591	17	2.4	17	95	0	73	36	7	21	34	1.82
242938--242990	16	3.4	16	70	15	56	49	0	9	41	1.35
242942--242989	15	3.1	15	70	5	51	52	0	8	39	1.32
245590--245638	22	2.2	22	88	0	71	26	20	30	22	1.98
264991--265028	17	2.2	17	90	0	58	15	10	26	47	1.78
269915--270014	31	3.4	29	72	16	89	24	16	12	48	1.79
269915--270044	58	2.2	60	84	4	174	24	15	12	47	1.79
270251--270391	31	4.5	31	73	16	114	46	11	16	25	1.80
271506--271556	27	2.0	25	84	7	66	21	3	11	62	1.45
272665--272694	15	2.0	15	93	0	51	70	6	0	23	1.11
274041--274078	19	2.0	19	89	0	58	73	0	2	23	0.95
274224--274276	18	2.8	19	88	8	74	66	0	5	28	1.15
275677--275881	43	4.8	42	79	3	187	27	25	16	30	1.97
275677--275883	85	2.4	86	82	5	224	27	25	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277381--277620	52	4.6	52	92	0	381	26	15	23	34	1.94
277381--277670	52	5.6	52	88	1	377	27	14	22	35	1.93
290336--290400	23	2.8	23	95	2	112	26	21	15	36	1.93
291516--291641	40	3.0	40	77	11	137	21	26	14	38	1.91
291967--291999	13	2.5	13	85	14	50	21	9	0	69	1.15
292345--292390	18	2.6	18	82	6	58	28	41	2	28	1.68
293456--293527	19	3.7	19	75	14	67	41	1	2	54	1.23
293487--293527	20	2.2	18	91	8	64	48	0	2	48	1.14
293559--293640	40	2.0	40	83	4	101	19	28	15	36	1.93
293570--293835	82	3.3	82	77	4	261	18	21	19	40	1.91

Tables:   1   2