genome.fa.s15273.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015273.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130318, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  423685

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34--130	23	4.2	23	87	7	142	41	21	23	13	1.89
38--129	47	2.0	45	89	8	141	42	20	22	14	1.88
9985--10106	60	2.0	60	96	0	226	37	13	21	27	1.90
13987--14051	31	2.2	29	81	10	78	47	10	4	36	1.59
15107--15140	5	6.8	5	93	0	59	20	2	17	58	1.51
18973--19011	18	2.2	19	86	9	55	51	0	2	46	1.14
19005--19086	30	2.6	32	79	12	89	53	2	0	43	1.13
20029--20341	150	2.1	153	96	3	580	48	7	8	35	1.62
22618--22676	24	2.5	25	74	20	63	38	0	5	55	1.22
24614--24672	31	1.9	31	86	6	84	33	5	1	59	1.29
29281--29454	96	1.8	96	86	5	253	37	14	18	28	1.90
29713--30005	29	10.0	29	77	10	292	32	4	29	34	1.76
29712--30009	59	5.1	60	81	6	294	32	4	30	33	1.76
29709--30009	88	3.4	87	81	5	295	31	4	29	33	1.77
31809--31847	19	2.1	19	95	0	69	56	0	5	38	1.22
31797--31853	25	2.3	25	78	0	60	52	1	3	42	1.28
40739--40803	30	2.2	30	88	0	94	26	3	13	56	1.52
44693--44732	18	2.2	19	86	13	57	35	5	0	60	1.19
46839--46897	29	2.1	28	84	9	75	54	0	8	37	1.31
47495--47531	18	2.1	17	90	5	56	59	0	0	40	0.97
49069--49101	2	16.5	2	100	0	66	0	0	51	48	1.00
58686--58718	17	2.0	17	88	5	50	51	12	0	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58815--58846	17	1.9	16	93	6	55	28	0	0	71	0.86
58865--58908	19	2.4	19	81	11	56	34	0	6	59	1.24
59001--59207	108	1.9	108	100	0	414	32	12	9	44	1.75
60341--60384	22	2.0	23	82	13	56	52	0	2	45	1.13
76369--76399	5	6.2	5	96	0	53	54	22	0	22	1.44
77823--77857	18	1.9	18	88	0	52	54	5	0	40	1.24
84139--84193	27	2.0	27	82	6	67	38	9	5	47	1.58
87402--87475	4	18.2	4	77	13	62	64	0	33	1	1.02
87403--87430	13	2.2	13	100	0	56	78	0	21	0	0.75
91421--91501	28	2.9	27	83	8	110	23	7	22	46	1.76
91747--91880	45	3.0	45	84	2	180	20	20	26	32	1.97
91976--92012	18	2.1	18	89	0	56	5	18	43	32	1.73
93809--93858	16	3.2	16	73	21	52	34	0	6	60	1.21
98222--98353	57	2.2	58	89	6	194	35	2	9	52	1.47
98229--98323	31	3.2	30	67	24	76	37	3	10	48	1.54
98266--98353	31	2.8	32	70	11	83	30	1	9	59	1.36
104624--104659	18	2.0	18	88	0	54	61	2	13	22	1.46
106950--106990	3	13.7	3	100	0	82	34	0	34	31	1.58
110984--111029	24	1.9	24	81	0	56	45	0	0	54	0.99
121324--121383	22	2.7	22	78	0	66	45	5	1	48	1.34
124837--124934	30	3.4	28	73	19	85	28	21	4	45	1.70
124917--125010	29	3.2	29	76	11	102	34	29	1	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124917--125008	31	3.1	31	72	15	102	34	30	1	33	1.65
124917--125017	28	3.5	28	73	11	87	31	29	0	37	1.64
124839--125214	29	12.8	28	67	19	85	32	23	3	40	1.71
124917--125194	29	9.5	29	67	15	101	34	25	2	38	1.68
124851--125283	59	7.4	58	79	9	378	32	24	3	40	1.71
125065--125215	29	5.2	28	68	15	101	35	21	3	39	1.72
126367--126400	17	2.0	17	88	0	50	26	8	8	55	1.59
137379--138170	193	4.1	193	84	6	995	35	18	23	22	1.96
138527--138583	6	9.3	6	76	14	55	42	1	5	50	1.35
138563--138588	11	2.4	11	100	0	52	46	0	7	46	1.31
140386--140841	29	15.5	29	65	17	124	30	25	4	40	1.74
140411--140686	30	9.3	30	67	13	124	31	25	3	39	1.73
140353--140847	58	8.4	58	80	6	389	30	25	4	40	1.74
140345--140699	29	12.1	30	67	16	127	30	25	3	40	1.72
142964--143099	39	3.5	39	80	4	159	25	19	20	34	1.96
144502--144561	21	3.1	21	63	22	58	11	21	33	33	1.90
144482--144624	37	3.9	37	90	0	223	11	20	33	34	1.88
147939--147991	12	4.4	12	76	9	54	30	11	15	43	1.81
147928--148012	24	3.6	23	76	9	73	29	12	14	43	1.82
149440--149477	18	2.1	18	90	0	58	36	0	5	57	1.21
150958--151099	29	5.0	28	77	13	121	29	2	31	35	1.72
151051--151343	59	5.0	59	75	8	199	34	2	25	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151013--151360	30	11.8	30	73	9	209	33	2	25	38	1.68
154767--154792	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
159358--159535	29	6.1	29	70	8	96	33	3	26	35	1.75
159434--159682	30	8.4	29	71	10	132	32	6	25	35	1.81
160806--160841	9	3.9	10	89	10	51	27	0	0	72	0.85
165401--165486	31	2.8	30	77	8	93	50	10	3	36	1.54
165442--165499	30	2.0	29	86	10	82	51	10	0	37	1.36
179261--179321	31	2.0	31	90	0	95	32	8	9	49	1.66
180271--180327	23	2.5	22	81	13	62	12	10	7	70	1.34
186200--186238	15	2.7	14	84	7	51	23	0	2	74	0.94
187329--187368	20	2.1	19	90	4	62	35	0	5	60	1.19
189604--189922	125	2.6	124	86	1	415	30	11	20	37	1.88
191266--191313	25	1.9	25	83	8	62	47	6	0	45	1.27
191266--191491	126	1.8	125	80	8	280	40	5	6	47	1.52
192819--192861	16	2.7	16	82	10	52	53	4	0	41	1.21
200446--200488	20	2.2	20	86	0	59	48	0	0	51	1.00
205290--205344	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
212823--212882	31	1.9	31	93	0	102	25	16	30	28	1.97
221725--221766	23	1.9	21	81	18	50	35	23	4	35	1.76
221759--221815	17	3.4	16	88	9	78	42	1	1	54	1.21
222536--222563	10	2.8	10	100	0	56	60	0	0	39	0.97
223685--223767	29	2.9	30	69	18	86	32	24	1	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223690--223818	28	4.5	29	66	13	70	33	20	3	42	1.68
223747--223900	83	1.9	81	85	5	211	35	20	3	40	1.71
223926--223996	29	2.5	30	84	6	85	36	28	5	29	1.80
226980--227027	18	2.7	18	83	6	53	37	0	2	60	1.09
230307--230362	19	2.9	18	75	19	51	8	10	3	76	1.12
230651--230716	29	2.2	30	91	2	107	27	0	1	71	0.95
230673--230715	12	3.5	12	78	6	50	27	0	0	72	0.85
230664--230735	29	2.3	29	83	9	81	30	4	2	62	1.28
230942--231000	31	1.9	31	86	6	84	47	8	13	30	1.73
230942--231011	31	2.2	32	82	12	81	51	8	14	25	1.70
240884--240916	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
245915--246791	222	3.9	222	81	6	939	20	14	19	45	1.84
245925--246740	230	3.7	217	81	7	852	20	14	19	45	1.84
249023--249073	23	2.3	22	80	9	59	23	3	1	70	1.14
263088--263162	29	2.6	29	87	4	98	45	5	9	40	1.59
279521--279705	29	6.3	29	77	7	142	36	4	27	32	1.76
283472--283742	30	9.1	29	75	11	194	36	2	23	36	1.70
283466--283701	59	4.0	57	81	9	233	34	3	25	36	1.73
283502--283824	30	10.9	30	77	11	229	36	1	23	37	1.66
283502--283780	60	4.7	59	86	6	334	37	1	22	37	1.65
283502--283824	29	11.0	30	75	15	228	36	1	23	37	1.66
284962--285010	22	2.2	22	89	10	82	42	0	4	53	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285740--285768	14	2.0	15	93	6	51	20	6	20	51	1.70
285794--285854	6	10.7	6	77	10	65	55	3	0	40	1.16
285796--285853	11	5.2	11	81	4	53	55	3	0	41	1.17
285779--285854	17	4.4	17	83	3	98	53	2	1	42	1.23
285790--285855	11	6.4	11	70	19	52	59	3	0	37	1.13
286152--286969	206	4.0	206	87	0	1136	20	23	20	35	1.96
286877--287084	115	1.8	114	89	3	328	23	23	19	33	1.97
288078--288167	46	1.9	47	84	6	121	13	20	18	47	1.82
293792--293846	3	17.7	3	81	7	56	40	0	1	58	1.09
293806--293846	16	2.6	16	84	0	55	43	0	2	53	1.13

Tables:   1   2