genome.fa.s15275.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015275.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130320, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  493191

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2254--2349	50	1.9	50	89	0	147	34	18	19	27	1.96
2254--2361	50	2.2	50	86	0	144	35	20	18	25	1.95
7516--7562	15	3.2	15	75	6	51	36	2	4	57	1.30
8070--8119	18	2.6	19	78	6	57	58	0	2	40	1.10
8072--8119	19	2.5	20	80	10	55	58	0	2	39	1.10
8092--8142	22	2.5	20	78	12	57	54	1	1	41	1.22
11025--11072	16	2.9	16	84	3	60	27	2	16	54	1.54
14871--15038	82	2.0	83	97	1	320	41	22	8	27	1.83
16552--16600	22	2.3	22	96	3	91	26	4	0	69	1.06
34289--34374	17	4.8	18	75	13	72	39	2	6	51	1.42
35063--35099	3	12.7	3	88	5	58	64	0	0	35	0.94
35026--35108	23	3.6	23	78	4	78	54	2	1	42	1.21
36175--36562	59	6.5	59	83	4	456	34	27	3	34	1.74
36175--36561	30	13.0	29	75	14	335	34	27	3	34	1.74
36336--36648	119	2.7	112	80	8	285	34	29	3	31	1.75
36913--37098	97	1.9	96	81	7	225	30	18	13	37	1.90
44465--44516	13	4.2	12	73	7	50	53	0	3	42	1.19
46402--46438	18	2.1	18	89	0	56	29	2	5	62	1.31
60112--60153	17	2.3	18	84	12	59	9	14	0	76	1.02
61935--62492	29	19.4	28	73	12	325	34	25	3	36	1.74
62431--62501	29	2.4	29	79	4	81	32	18	5	43	1.73
62627--62677	14	3.4	15	83	8	59	23	7	3	64	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62648--62678	16	1.9	16	93	0	53	25	12	6	54	1.62
74063--74458	39	10.2	39	69	8	223	24	31	17	27	1.97
74138--74543	78	5.2	75	80	7	357	24	31	17	27	1.97
74146--74543	156	2.6	156	82	2	469	24	31	17	26	1.97
75380--75423	4	11.2	4	80	4	54	68	0	0	31	0.90
75635--75679	21	2.3	21	85	11	60	62	2	15	20	1.43
76436--76541	29	3.6	30	75	6	101	32	28	3	35	1.75
76436--76541	30	3.6	30	76	3	108	32	28	3	35	1.75
76548--76813	29	9.2	29	76	9	204	35	25	3	36	1.73
76470--76618	77	1.9	78	88	1	228	35	24	4	36	1.74
76542--76781	58	4.1	58	78	9	245	34	26	2	36	1.72
76566--76787	119	1.9	118	87	3	331	33	26	2	37	1.71
76918--76970	14	3.6	15	82	10	65	22	9	5	62	1.47
78196--78233	17	2.2	17	86	9	51	55	15	13	15	1.70
82304--82402	49	2.0	49	98	0	189	37	13	16	33	1.87
105413--105449	15	2.4	16	82	13	51	78	2	10	8	1.06
108098--108133	11	3.2	11	88	7	54	86	0	13	0	0.58
108097--108134	10	3.8	10	80	13	51	81	0	18	0	0.69
109220--109294	36	2.1	36	89	0	114	29	21	21	28	1.98
109878--110207	50	6.6	49	78	5	234	43	18	15	23	1.88
109886--110207	100	3.2	100	79	6	294	42	18	15	23	1.89
110064--110207	56	2.7	56	88	6	210	42	20	14	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110325--110796	198	2.4	198	83	2	579	39	18	15	25	1.91
111066--111094	12	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
114564--114589	12	2.2	12	100	0	52	34	7	34	23	1.83
119162--119775	204	3.0	202	91	2	962	34	11	19	34	1.88
122144--122176	9	3.6	9	92	8	57	27	3	0	69	1.03
122143--122183	10	4.3	10	84	9	59	29	2	0	68	1.03
133040--133072	15	2.3	14	94	5	57	90	0	9	0	0.44
133040--133169	66	2.0	65	100	0	251	66	7	20	4	1.34
133105--133138	15	2.3	15	94	0	59	91	0	8	0	0.43
133105--133138	14	2.4	14	90	9	52	91	0	8	0	0.43
133928--134658	93	7.9	93	77	6	607	32	18	23	25	1.97
134444--134783	93	3.7	91	68	12	225	32	17	23	27	1.96
136856--136891	18	1.9	19	88	5	56	55	0	2	41	1.14
140832--140871	9	4.3	9	83	3	53	27	2	0	70	1.01
140834--140869	18	1.9	19	94	5	65	30	2	0	66	1.06
144305--144445	42	3.3	42	76	6	124	37	10	25	26	1.88
149342--149390	19	2.6	19	86	0	71	36	14	24	24	1.93
176560--176607	17	2.8	17	78	12	53	54	10	14	20	1.70
187207--187287	33	2.5	33	93	0	135	4	24	17	53	1.64
187564--187611	12	3.8	12	78	13	51	4	29	0	66	1.10
197737--197785	24	2.0	25	88	4	73	61	10	10	18	1.55
199006--199057	27	1.9	27	84	0	68	38	15	21	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200553--200599	22	2.1	22	84	7	60	29	17	27	25	1.97
200559--200606	22	2.2	22	85	7	62	29	18	22	29	1.98
203920--204137	107	2.0	107	96	0	400	22	18	11	47	1.80
216237--216362	57	2.2	57	80	8	139	47	4	2	45	1.36
217192--217231	2	20.0	2	89	0	62	47	2	0	50	1.14
220579--220612	17	2.0	17	94	0	59	17	14	14	52	1.74
224826--224872	23	2.0	23	100	0	94	44	25	8	21	1.80
232379--232569	40	4.8	39	90	1	283	31	17	25	25	1.97
232385--232602	40	5.4	40	87	4	246	31	17	24	26	1.97
232811--232850	21	1.9	21	85	10	55	37	12	7	42	1.71
239015--239055	22	2.0	20	90	9	64	34	0	0	65	0.93
239898--239937	18	2.2	18	86	4	53	47	2	0	50	1.14
239969--240033	23	2.9	22	76	13	78	44	0	3	52	1.16
244246--244286	21	2.0	21	85	0	55	48	2	12	36	1.54
245148--245347	51	3.9	51	85	2	267	30	13	24	31	1.93
246095--246152	21	2.8	20	82	10	64	34	12	22	31	1.91
251995--252040	24	2.0	23	86	4	65	17	26	6	50	1.70
255170--255244	29	2.5	30	85	8	100	41	6	20	32	1.78
255222--255440	29	7.5	30	76	11	88	33	4	23	37	1.76
255222--255401	29	6.2	28	76	12	100	33	5	23	37	1.77
255318--255442	58	2.1	58	92	4	198	32	4	25	37	1.75
255329--255442	29	3.9	29	83	5	149	34	2	23	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256171--256215	23	2.0	23	86	8	65	15	8	6	68	1.36
257494--257866	39	9.6	39	75	6	254	25	18	30	26	1.98
257484--257796	117	2.7	117	83	1	385	25	18	30	25	1.98
257484--257832	117	3.0	117	79	3	378	26	18	29	25	1.98
287168--287202	18	1.9	18	88	0	52	40	11	40	8	1.72
287307--287376	34	2.1	34	81	5	79	21	21	7	50	1.72
295636--295684	13	3.8	13	81	8	55	55	12	0	32	1.37
297039--297171	49	2.7	48	75	4	131	23	33	16	27	1.96
300060--300164	53	2.0	53	83	3	131	43	3	8	43	1.53
304922--306011	45	25.1	45	76	9	862	26	16	24	32	1.96
305312--305424	42	2.8	39	79	7	136	25	15	27	30	1.96
305709--306088	39	9.5	39	74	11	223	25	15	27	32	1.95
304954--305884	436	2.1	435	86	2	1287	27	16	23	32	1.96
305309--306024	164	4.2	164	76	10	530	25	17	24	32	1.97
307199--307256	8	7.2	8	82	5	73	0	17	0	82	0.66
307199--307256	16	3.6	16	95	4	100	0	17	0	82	0.66
320722--320778	11	5.4	10	72	12	51	0	21	0	78	0.74
320725--320778	22	2.6	21	85	8	74	0	22	0	77	0.76
321346--321387	17	2.4	18	88	4	59	57	14	11	16	1.66
321346--321399	18	3.1	18	86	2	65	57	14	11	16	1.65
326682--326736	18	3.1	18	81	0	74	20	23	20	36	1.95
334047--334072	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334446--334496	17	3.1	16	88	2	57	41	0	3	54	1.19
334454--334496	17	2.5	17	92	0	68	41	0	2	55	1.12
336519--336884	59	6.3	59	87	4	474	34	32	3	29	1.76
336593--336973	88	4.3	87	79	9	367	33	31	4	30	1.77
336540--336973	59	7.4	59	83	6	304	33	31	3	31	1.76
336530--336944	29	14.1	28	72	14	311	33	31	3	31	1.76
351242--351648	59	6.9	59	90	4	601	32	30	4	31	1.77
351233--351677	29	15.1	29	70	15	290	32	31	4	32	1.77
354975--355008	2	17.5	2	93	6	61	0	47	0	52	1.00
362978--363017	2	20.0	2	89	0	62	50	5	0	45	1.23

Tables:   1   2