genome.fa.s15276.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015276.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130321, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  629240

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4667--4827	79	2.0	79	97	0	304	36	15	11	36	1.84
6393--7069	173	4.0	173	87	3	822	30	15	22	32	1.94
14445--14513	33	2.0	34	81	10	79	56	5	1	36	1.32
14672--14702	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
16495--16524	15	2.0	15	100	0	60	40	13	20	26	1.89
18202--18292	21	4.2	22	72	14	57	48	1	1	49	1.15
18248--18292	24	1.9	23	86	4	63	51	0	2	46	1.13
21605--21661	29	2.0	29	86	6	80	26	10	5	57	1.53
22684--22711	6	4.7	6	100	0	56	35	0	14	50	1.43
38449--38503	28	2.0	28	88	0	83	21	14	18	45	1.85
38607--38639	16	1.9	18	88	11	52	66	3	0	30	1.06
42928--43077	23	6.3	25	83	7	95	13	20	20	46	1.84
42948--43095	23	6.4	23	84	3	174	12	19	21	45	1.83
46435--46475	19	2.1	19	86	4	55	36	4	2	56	1.34
46866--46937	31	2.4	30	81	4	90	36	11	11	41	1.76
47679--47717	18	2.1	18	85	4	51	61	0	2	35	1.10
49670--49707	17	2.3	17	86	4	51	76	5	0	18	0.97
49675--49715	22	1.9	21	85	14	57	75	4	0	19	0.98
50059--50130	21	3.5	20	77	5	81	59	2	2	34	1.26
54090--54122	3	11.0	3	100	0	66	33	0	33	33	1.58
54493--54546	22	2.5	22	85	5	67	27	0	3	68	1.06
57427--57471	23	2.0	23	82	8	56	35	2	2	60	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73679--73725	19	2.4	19	85	7	58	55	10	0	34	1.35
73679--73725	20	2.3	21	85	10	62	55	10	0	34	1.35
85912--85962	26	2.0	25	81	7	59	27	9	7	54	1.60
86452--86502	19	2.7	18	77	20	50	37	1	1	58	1.20
86500--86560	15	3.9	15	76	16	52	37	1	1	59	1.17
114760--114789	16	1.9	15	93	6	51	36	6	10	46	1.64
120738--120883	72	2.0	74	89	2	224	19	26	17	36	1.94
130153--130568	210	2.0	209	90	2	656	36	15	18	29	1.92
132291--132328	20	1.9	19	85	15	51	36	0	13	50	1.42
134444--134476	16	2.1	16	88	11	50	39	3	0	57	1.14
134710--134751	6	7.0	6	88	0	66	69	2	0	28	1.01
140286--140316	8	3.9	8	95	0	53	0	58	0	41	0.98
141193--141223	16	1.9	16	93	0	53	45	22	9	22	1.81
141291--141330	15	2.6	16	84	8	64	45	30	10	15	1.78
142815--142861	21	2.2	21	81	11	60	61	4	4	29	1.34
142815--142865	20	2.5	22	81	12	63	60	3	3	31	1.33
143702--143903	111	1.8	111	90	2	325	14	15	35	35	1.88
143903--143955	18	2.9	18	77	8	63	22	0	43	33	1.54
144848--144877	5	6.0	5	96	0	51	36	3	0	60	1.14
147033--147072	20	1.9	22	90	10	66	62	0	5	32	1.17
148450--148474	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
150103--150271	59	2.9	59	84	6	186	26	10	10	52	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150419--150533	61	1.9	60	82	7	142	51	9	15	23	1.73
150506--150565	31	1.9	31	90	6	95	45	8	18	28	1.78
150547--150601	29	1.9	28	92	3	92	56	9	12	21	1.64
151098--151138	19	2.0	21	86	9	59	36	4	17	41	1.71
151759--151871	28	3.9	29	76	13	106	53	7	10	29	1.62
151759--151871	59	1.9	59	83	8	149	53	7	10	29	1.62
155273--155313	22	1.9	21	85	5	55	29	26	17	26	1.97
156885--156909	13	1.9	13	100	0	50	0	0	16	84	0.63
158648--158688	19	2.0	21	86	9	59	36	4	17	41	1.71
159211--159247	19	2.1	18	90	10	58	67	5	0	27	1.12
161019--161049	15	2.1	15	93	0	53	90	0	9	0	0.46
174258--174286	10	2.7	11	94	5	51	10	0	51	37	1.36
176643--176681	20	1.9	21	89	5	62	30	5	0	64	1.15
179078--179155	43	1.9	40	82	17	99	58	3	3	33	1.34
187679--188140	242	1.9	242	90	2	739	34	19	17	27	1.95
193588--193627	17	2.2	19	86	13	57	27	5	0	67	1.11
195207--195245	15	2.6	14	84	11	51	43	0	0	56	0.99
200868--200915	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
204598--204691	47	2.0	47	97	0	179	25	11	21	41	1.87
208711--208735	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
208603--210806	353	6.1	366	80	8	2200	37	15	11	35	1.84
210507--210538	5	6.4	5	100	0	64	0	18	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209398--210813	360	3.9	359	82	6	1535	37	15	11	34	1.84
213291--213315	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
214174--214209	17	2.1	17	89	0	54	33	0	0	66	0.92
214516--214540	13	1.9	13	100	0	50	0	36	16	48	1.46
219288--219330	22	2.0	22	86	9	61	69	0	4	25	1.07
221195--221244	21	2.4	21	80	6	57	14	28	6	52	1.65
228293--228322	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
231451--231516	23	2.7	25	73	17	66	65	1	4	28	1.21
231486--231563	10	7.4	10	68	16	50	62	1	1	34	1.11
232840--232873	16	2.0	18	88	11	54	32	5	5	55	1.48
232910--233124	59	3.7	61	81	9	243	26	16	14	41	1.87
232927--233156	119	1.9	119	83	8	299	26	13	15	43	1.84
232902--233482	60	9.5	60	76	11	359	28	17	14	39	1.89
233219--233461	129	1.9	126	88	5	364	29	17	14	37	1.90
234320--234436	30	3.9	30	86	4	164	64	4	4	27	1.31
235932--236274	60	5.8	59	74	14	230	41	16	16	25	1.88
235932--236468	120	4.6	117	74	13	408	42	15	15	26	1.86
235937--236274	120	2.8	118	83	4	412	42	16	16	25	1.88
236611--236644	16	2.0	18	88	11	54	55	5	5	32	1.48
247316--247385	30	2.3	30	85	2	86	35	14	25	24	1.93
252317--252383	24	2.8	24	72	12	57	56	2	0	40	1.14
252326--252377	26	2.0	26	85	7	70	59	3	0	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252829--252893	30	2.2	30	81	10	71	36	6	10	46	1.64
256053--256128	34	2.2	34	100	0	152	5	46	2	46	1.39
263539--263597	30	2.0	31	86	6	86	33	11	1	52	1.48
264908--264961	10	5.7	9	79	14	56	33	1	1	62	1.16
264928--264961	17	2.0	17	94	0	59	35	0	2	61	1.11
264968--265039	19	3.7	20	80	17	80	36	0	6	56	1.26
264987--265039	21	2.6	22	86	13	71	35	0	5	58	1.22
268440--268470	10	2.9	11	90	9	55	70	0	9	19	1.14
268924--269024	23	4.3	23	87	5	132	12	21	20	44	1.85
268935--269074	69	2.0	68	88	10	205	14	21	19	45	1.85
268935--269074	23	6.1	23	79	10	128	14	21	19	45	1.85
270677--270733	25	2.3	23	85	8	69	31	3	5	59	1.36
270705--270777	31	2.4	31	86	9	96	24	8	8	58	1.54
270727--270791	30	2.1	31	83	8	80	27	6	12	53	1.61
273455--273576	61	2.0	61	90	0	190	24	18	25	31	1.98
277159--277282	12	9.8	12	70	18	74	66	20	5	7	1.36
277216--277285	24	3.0	23	87	6	97	68	22	4	4	1.25
277161--277270	55	2.0	55	85	5	150	66	20	6	7	1.38
277276--277365	19	4.5	20	78	10	96	67	23	4	4	1.27
279838--280027	95	2.0	95	95	0	344	35	14	21	28	1.93
280253--281110	308	2.8	307	82	4	970	36	14	16	32	1.89
285787--285816	13	2.2	14	94	5	53	43	6	0	50	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287015--287041	14	1.9	14	100	0	54	29	22	18	29	1.97
288122--288161	21	1.9	21	89	0	62	30	20	10	40	1.85
293880--293955	37	2.1	37	85	9	102	44	0	2	52	1.14
293880--293986	19	5.8	18	69	16	67	43	0	3	51	1.26
293879--293981	48	2.1	48	81	5	116	43	0	3	51	1.26
301198--301263	32	2.1	32	82	5	80	43	10	19	25	1.83
303020--303071	27	1.9	27	100	0	104	13	19	21	46	1.84
320874--320901	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
335995--336031	18	2.2	18	85	9	51	54	2	2	40	1.29
343317--343451	70	1.9	70	100	0	270	31	19	22	26	1.97

Tables:   1   2