genome.fa.s15282.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015282.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130327, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  423680

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18038--18067	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
18379--18422	14	2.8	16	80	16	56	47	0	0	52	1.00
18665--18726	32	1.9	32	93	0	106	24	24	20	30	1.99
23100--23139	19	2.2	18	86	4	53	62	12	12	12	1.55
23403--23472	26	2.6	28	84	4	90	48	1	11	38	1.48
26324--26356	7	4.7	7	100	0	66	27	0	30	42	1.56
32265--32289	13	1.9	13	100	0	50	4	16	16	64	1.44
32624--32660	19	2.0	18	89	5	56	59	2	0	37	1.12
35049--35091	22	2.0	22	81	9	52	37	0	20	41	1.53
48913--48990	20	4.2	18	78	15	79	57	1	3	37	1.25
48913--48990	9	8.3	9	72	10	59	57	1	3	37	1.25
50377--50401	8	3.1	8	100	0	50	60	0	0	40	0.97
50394--50418	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
57231--57383	50	3.1	50	74	7	132	15	24	18	41	1.89
57503--57699	100	2.0	100	85	0	268	18	26	18	36	1.94
58904--58989	6	14.0	6	74	20	54	4	13	1	80	0.93
58906--58984	7	11.4	7	76	11	56	5	12	1	81	0.92
58912--58989	9	9.2	8	76	13	50	5	12	1	80	0.93
64193--64250	18	3.1	19	77	5	55	44	1	0	53	1.10
64195--64266	37	1.9	37	86	10	103	45	1	0	52	1.09
64212--64271	19	3.3	18	73	13	61	48	1	0	50	1.11
64937--64982	16	2.9	16	84	12	67	17	2	0	80	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67968--68040	22	3.3	22	71	9	67	41	10	9	38	1.73
67977--68039	22	2.9	21	77	9	72	41	9	9	39	1.70
68829--68900	30	2.5	30	89	10	114	48	0	0	51	1.00
68829--68900	29	2.5	31	91	8	116	48	0	0	51	1.00
70664--70705	15	2.8	15	88	0	57	30	2	11	54	1.49
71248--71303	11	5.0	11	78	8	51	39	0	3	57	1.16
71276--71323	17	2.9	16	87	6	69	45	2	4	47	1.33
71260--71307	23	2.1	23	92	7	80	43	0	4	52	1.20
71260--71307	6	8.3	6	77	9	55	43	0	4	52	1.20
73333--73403	26	2.8	24	78	16	72	56	4	0	39	1.19
74202--74289	45	2.0	45	100	0	176	31	14	29	23	1.95
82427--82458	12	2.7	12	95	0	55	50	6	6	37	1.53
91330--91386	18	3.2	17	75	20	55	35	3	3	57	1.33
93026--93069	21	2.0	21	86	4	61	50	0	2	47	1.13
94999--95087	43	2.0	44	82	2	108	52	4	10	32	1.55
96433--96547	23	5.2	21	73	10	68	6	6	18	67	1.36
96448--96567	55	2.2	55	85	5	161	8	6	17	67	1.38
98747--98816	25	2.9	23	75	21	72	32	2	2	61	1.25
99627--99686	31	1.9	31	90	6	95	41	10	13	35	1.78
100620--100650	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
102585--102621	12	3.2	12	85	11	51	64	0	0	35	0.94
103613--103699	30	3.0	29	73	9	86	35	24	2	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103609--103715	29	3.7	29	73	14	94	33	24	2	39	1.70
103609--103736	29	4.4	28	71	15	82	34	25	3	37	1.72
103603--103721	59	2.0	59	86	3	168	33	26	4	36	1.76
105309--105343	18	1.9	18	88	0	52	20	0	2	77	0.90
110458--110513	29	1.9	29	85	7	78	57	8	8	25	1.58
125341--125382	22	2.0	22	86	13	61	57	0	7	35	1.26
126301--126348	22	2.2	22	92	0	78	25	18	27	29	1.98
137188--137233	21	2.2	21	84	0	56	36	28	2	32	1.69
137103--137545	222	2.0	219	84	6	570	29	30	7	32	1.86
138389--138441	26	2.0	25	89	7	79	47	0	1	50	1.12
143973--144019	18	2.6	19	83	6	62	70	4	2	23	1.16
144909--144939	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
158270--158388	59	2.0	59	100	0	238	23	26	18	31	1.97
163788--163836	20	2.6	19	81	12	66	51	2	0	46	1.12
164993--165035	21	2.1	21	86	4	61	32	2	2	62	1.20
165130--165182	15	3.4	15	82	15	63	37	11	0	50	1.38
189562--189619	30	1.9	30	100	0	116	36	20	10	32	1.87
194709--194773	23	2.7	23	74	9	60	3	43	6	47	1.43
196867--197246	133	2.9	133	91	2	595	30	20	20	28	1.97
202835--202877	18	2.4	18	77	11	52	34	2	0	62	1.08
208776--208813	19	2.0	20	89	5	60	63	0	7	28	1.23
210395--210509	56	2.0	57	96	1	214	40	6	13	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210489--210562	22	3.2	23	77	11	80	45	1	0	52	1.09
210489--210586	46	2.2	45	82	10	112	45	1	0	53	1.07
217504--217587	40	2.1	40	100	0	168	35	11	20	32	1.89
219579--219603	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
219666--219700	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
220547--220583	19	2.1	19	90	10	60	40	0	0	59	0.97
222069--222100	6	5.2	6	96	3	55	15	0	0	84	0.63
222768--222815	21	2.2	23	85	7	64	41	6	6	45	1.54
223111--223154	20	2.1	21	83	8	54	79	2	4	13	0.98
224401--224472	31	2.4	31	76	2	74	36	5	11	47	1.63
226542--226573	15	2.1	15	94	0	55	18	3	50	28	1.62
230634--230658	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
230758--230822	24	2.7	23	88	6	94	27	6	3	63	1.33
230758--230822	25	2.7	24	90	4	96	27	6	3	63	1.33
231242--231304	30	2.1	30	88	5	92	38	0	4	57	1.20
231247--231317	30	2.4	30	77	13	74	39	0	4	56	1.19
236508--236865	197	1.8	197	82	4	461	27	15	18	38	1.91
246486--246553	28	2.4	28	83	11	86	29	1	4	64	1.21
246486--246532	14	3.3	14	78	3	58	27	2	6	63	1.30
248443--248515	30	2.4	30	82	11	78	36	1	6	54	1.36
250831--250872	20	2.1	20	82	8	50	47	2	2	47	1.28
252213--252246	17	2.0	17	88	11	52	70	5	0	23	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255043--255107	32	2.1	31	82	5	78	38	0	0	61	0.96
258966--259012	25	1.9	24	91	4	76	57	0	4	38	1.18
261533--261563	7	4.4	7	91	0	53	29	16	29	25	1.96
263652--263701	6	8.8	6	85	12	70	18	68	14	0	1.22
263652--263701	15	2.9	18	80	17	70	18	68	14	0	1.22
263655--263698	9	4.9	9	80	0	52	15	68	15	0	1.22
263652--263701	21	2.4	21	86	0	73	18	68	14	0	1.22
269255--269357	31	3.4	31	90	1	145	50	15	11	22	1.76
270308--270374	30	2.2	31	84	7	84	19	11	17	50	1.77
272697--272737	22	1.9	21	85	5	55	58	0	0	41	0.98
278790--278825	18	2.0	18	89	10	56	36	0	2	61	1.11
278965--279010	23	2.0	23	82	0	56	28	15	15	41	1.87
279683--279730	25	1.9	25	83	8	62	43	2	2	52	1.24
279683--279730	26	1.9	24	83	8	60	43	2	2	52	1.24
294082--294116	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
302850--302891	8	5.0	8	85	8	57	54	0	0	45	0.99
302850--302899	17	3.0	17	88	8	68	58	0	0	42	0.98
302870--302913	9	4.8	9	85	2	61	70	0	0	29	0.88
302861--302913	18	2.9	19	86	8	67	66	0	0	33	0.92
303478--303570	48	2.0	46	81	10	107	7	24	1	66	1.24
305883--305935	21	2.5	21	70	11	54	15	15	1	67	1.31
309244--309286	15	2.9	15	79	6	52	69	2	20	6	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315254--315279	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
315756--315802	19	2.6	18	78	15	51	46	0	2	51	1.13
315756--315809	17	3.2	17	75	17	58	44	0	1	53	1.11
330276--330356	40	2.0	40	97	0	153	24	20	18	35	1.95
333303--333333	16	1.9	16	93	0	53	41	0	0	58	0.98
334812--334836	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
339551--339580	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
344530--344561	15	2.1	15	94	0	55	46	0	53	0	1.00
349025--349076	27	1.9	27	88	0	77	44	26	0	28	1.55
349094--349136	22	2.0	22	85	0	59	41	32	0	25	1.56

Tables:   1   2