genome.fa.s15284.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015284.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130329, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  395889

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
384--469	12	7.1	12	72	18	63	66	10	0	23	1.22
472--496	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
698--743	4	11.2	4	86	4	65	0	21	0	78	0.76
696--743	25	1.9	25	91	0	78	0	22	0	77	0.78
11214--11242	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42
13622--13691	29	2.5	27	80	15	79	38	1	14	45	1.53
13621--13763	71	2.0	71	100	0	286	37	1	13	46	1.53
13692--13763	29	2.5	30	79	4	85	37	1	13	47	1.52
18604--18796	29	6.5	29	70	17	112	47	16	13	22	1.81
18601--18796	89	2.2	89	90	4	306	48	15	13	22	1.80
18690--18860	60	2.9	59	83	6	199	53	12	9	23	1.69
18775--18862	26	3.3	25	77	18	97	62	7	5	23	1.44
20880--20941	29	2.1	30	84	6	81	29	11	20	38	1.88
33044--33079	6	6.0	6	93	0	63	0	36	0	63	0.94
38450--38510	4	14.5	4	75	21	54	24	4	0	70	1.07
45786--45838	23	2.4	22	80	3	61	54	3	1	39	1.29
45829--45892	25	2.7	25	81	11	73	51	0	1	46	1.10
46959--47006	19	2.4	19	86	6	60	60	6	12	20	1.54
50575--50616	18	2.3	18	84	8	50	47	0	2	50	1.14
52841--52891	24	2.1	24	85	0	66	17	9	11	60	1.57
61940--61975	5	7.2	5	100	0	72	0	38	0	61	0.96
75435--75496	32	1.9	32	87	12	92	24	25	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89402--89428	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
90616--90653	17	2.1	19	85	14	53	18	5	5	71	1.25
102328--102364	18	2.1	18	89	0	56	43	16	21	18	1.88
108053--108254	105	1.9	105	88	0	305	31	3	17	47	1.65
116031--116102	16	4.7	14	72	25	58	66	2	2	27	1.19
118333--118365	16	2.1	16	88	5	50	42	0	0	57	0.98
118492--118531	21	1.9	21	85	10	55	47	7	2	42	1.45
119133--119225	9	10.6	9	70	16	61	68	5	0	25	1.10
119133--119225	17	5.3	18	71	20	72	68	5	0	25	1.10
119133--119226	26	3.6	26	72	10	84	69	5	0	25	1.10
119246--119328	19	4.4	19	70	3	60	63	3	3	28	1.28
121456--121582	55	2.3	56	82	6	161	51	8	4	35	1.54
123516--123578	17	3.7	17	91	4	92	44	0	4	50	1.23
123622--123680	15	3.9	15	77	6	66	40	25	16	16	1.90
123602--123671	30	2.3	29	80	7	77	47	25	12	14	1.80
125223--125247	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
126282--126306	12	2.1	12	100	0	50	32	24	0	44	1.54
128073--128103	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
136853--136969	45	2.5	46	82	8	148	24	20	13	41	1.89
147141--147182	21	2.0	21	95	0	75	35	9	19	35	1.84
151932--152003	26	2.8	25	72	4	72	37	19	13	29	1.90
162502--162548	15	3.1	15	90	0	67	8	10	6	74	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168751--168792	21	2.0	21	85	0	57	59	4	28	7	1.44
169224--169257	17	2.0	17	94	0	59	14	17	14	52	1.74
170308--170390	38	2.2	38	80	4	96	32	21	19	26	1.97
173112--173407	52	5.7	52	86	5	357	37	22	14	25	1.92
173549--173834	144	2.0	144	92	0	482	35	21	9	33	1.86
176089--176158	26	2.7	25	82	8	86	35	21	14	28	1.92
176122--176242	27	4.5	27	84	0	125	31	23	18	27	1.97
176285--176342	28	2.1	28	80	6	64	31	24	20	24	1.98
180751--180797	16	2.9	16	81	6	51	68	4	8	19	1.33
184452--184505	21	2.6	21	82	8	65	55	31	0	12	1.38
184931--185115	26	7.1	26	86	2	237	57	10	1	30	1.41
184931--185115	77	2.4	78	87	2	246	57	10	1	30	1.41
185057--185121	28	2.6	24	79	15	62	50	13	1	33	1.51
185479--185543	27	2.4	27	92	0	103	24	30	18	26	1.98
185606--185639	6	5.7	6	96	0	50	5	35	41	17	1.74
185582--185643	12	5.2	12	84	0	70	12	33	35	17	1.88
185582--185639	18	3.2	18	80	0	62	12	34	34	18	1.88
187591--187666	25	3.0	26	83	7	77	48	3	6	40	1.48
187623--187674	25	2.0	26	81	7	61	57	3	5	32	1.40
189162--189186	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
189243--189299	29	2.0	29	82	6	71	29	3	7	59	1.40
189243--189300	30	2.0	29	83	10	73	29	3	6	60	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199660--199698	15	2.6	15	83	0	51	28	28	17	25	1.98
200996--201030	12	2.9	12	82	0	52	37	17	11	34	1.85
201023--201055	11	2.8	12	81	9	50	15	15	15	54	1.71
218787--218826	21	1.9	19	85	14	53	42	0	10	47	1.37
220437--220495	24	2.5	24	97	0	109	20	23	27	28	1.99
221372--221449	17	4.6	16	76	7	57	21	20	8	48	1.77
240727--240771	21	2.1	22	80	19	60	40	0	0	60	0.97
242060--242114	22	2.5	22	91	5	85	12	10	14	61	1.56
243395--243420	6	4.3	6	100	0	52	0	65	0	34	0.93
247726--248041	29	10.8	28	75	13	205	33	2	29	34	1.72
247784--248071	59	4.9	57	83	6	344	34	2	28	34	1.69
247789--248047	88	2.9	88	91	2	396	33	2	28	35	1.70
247785--248071	29	9.8	29	81	8	314	34	2	28	34	1.69
247741--248071	88	3.8	86	84	7	382	33	2	28	35	1.70
249855--249941	17	5.1	17	78	8	86	59	4	1	34	1.25
250464--250997	39	13.7	38	72	14	286	25	20	30	24	1.99
250455--251008	78	7.1	78	84	2	648	24	20	30	24	1.99
254443--254479	17	2.2	17	100	0	74	37	10	8	43	1.69
254483--254676	97	2.0	97	85	2	264	37	15	19	26	1.92
254979--255211	28	8.1	28	79	5	144	33	4	27	34	1.78
254991--255178	56	3.3	58	79	8	172	32	5	27	34	1.79
254949--255308	30	12.3	30	77	10	230	34	3	26	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254991--255294	59	5.2	59	79	9	223	33	3	26	35	1.75
255026--255294	59	4.6	58	79	9	235	33	3	28	34	1.75
255067--255310	89	2.8	88	83	6	289	35	2	25	35	1.71
257133--257188	28	2.0	28	92	0	94	60	1	0	37	1.07
257139--257169	11	2.8	11	95	0	53	64	0	0	35	0.94
257499--258383	209	4.3	208	86	3	1108	21	22	19	36	1.95
269986--270162	97	1.8	97	84	4	241	39	14	19	25	1.90
270427--270490	28	2.2	30	81	10	71	37	0	29	32	1.58
270464--270680	58	3.7	56	79	5	209	34	6	26	32	1.82
270526--270677	29	5.2	29	82	7	182	34	5	28	31	1.80
272421--272564	17	8.4	17	77	6	139	56	2	0	40	1.13
272441--272530	46	2.0	46	100	0	180	58	3	0	37	1.14
272425--272530	23	4.9	22	78	16	114	58	2	0	38	1.13
272434--272553	23	5.4	23	69	22	87	56	3	0	40	1.16
272421--272564	46	3.1	46	84	7	161	56	2	0	40	1.13
280149--280184	14	2.5	15	90	4	56	69	2	5	22	1.22
280339--280504	58	2.8	59	80	4	176	33	3	27	35	1.74
280374--280531	29	5.4	29	80	6	133	35	2	25	36	1.70
280369--280531	58	2.8	56	80	7	164	34	2	26	36	1.70
280279--280524	30	8.4	29	73	10	153	34	2	26	35	1.70
280442--280542	30	3.4	29	83	5	105	32	2	26	37	1.72
281572--281602	16	1.9	16	100	0	62	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282322--282402	6	13.7	6	74	6	58	58	3	0	38	1.16
282330--282399	17	4.1	17	88	1	95	60	4	0	35	1.17
282330--282399	34	2.0	35	91	2	115	60	4	0	35	1.17
292527--292640	55	2.1	55	100	0	228	33	23	5	37	1.77
293007--293245	52	4.6	52	80	2	255	32	25	16	25	1.96
293705--293742	17	2.2	17	100	0	76	44	23	0	31	1.54
296949--297010	21	3.0	21	73	0	70	16	29	17	37	1.92
300735--300766	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
301682--301711	15	2.0	15	93	0	51	40	23	6	30	1.80
317115--317189	30	2.4	30	77	20	75	54	4	5	36	1.42

Tables:   1   2