genome.fa.s15286.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015286.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130331, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  659172

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2925--2952	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
5846--6004	79	2.0	79	98	0	309	44	16	11	28	1.82
16535--16622	33	2.6	34	77	10	94	37	0	4	57	1.19
16992--17025	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
21631--21733	23	4.5	23	86	7	115	38	26	22	12	1.90
21603--21752	23	6.4	23	81	11	107	40	22	24	12	1.89
48225--48277	22	2.4	22	100	0	106	45	9	0	45	1.36
49373--49401	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
59180--59273	46	2.0	46	80	8	102	37	3	5	54	1.39
71442--71476	17	2.1	17	89	5	54	62	0	0	37	0.95
79531--79676	72	2.0	71	97	1	274	26	17	17	38	1.92
91094--91139	19	2.4	20	75	10	51	63	2	2	32	1.19
108830--108875	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
108941--108974	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
113530--113634	38	2.8	38	98	0	201	38	5	21	34	1.78
120100--120157	30	2.0	29	86	3	80	51	3	6	37	1.46
120197--120269	30	2.5	30	90	2	112	34	4	9	52	1.53
120817--120843	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
120861--120889	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
128176--128255	9	9.6	9	68	28	61	55	0	0	45	0.99
128174--128214	19	2.0	21	90	9	68	48	0	0	51	1.00
128177--128252	29	2.7	29	93	2	136	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128269--128320	18	3.1	18	71	21	58	21	34	0	44	1.52
128598--128652	13	4.2	13	79	6	58	1	0	25	72	0.94
128891--128920	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
131822--132216	211	1.9	212	87	1	587	36	12	7	44	1.70
138553--138615	22	2.9	22	95	0	108	26	9	15	47	1.76
143667--143784	48	2.5	48	91	0	191	19	49	7	23	1.74
143743--143814	30	2.4	30	88	2	99	19	51	5	23	1.68
147161--147380	48	4.6	48	81	0	251	21	49	2	26	1.61
147164--147434	48	5.6	48	79	1	166	22	47	2	27	1.65
147416--147509	27	3.7	27	71	16	101	23	45	5	25	1.73
147425--148559	48	23.6	48	82	3	1131	20	48	4	26	1.68
147449--147573	21	5.4	21	65	20	70	20	55	1	22	1.52
147326--147557	123	1.9	123	83	1	304	21	48	3	25	1.67
147518--147603	27	3.4	26	70	18	83	20	55	1	22	1.50
147267--147605	171	2.0	171	79	1	365	21	49	3	25	1.64
147219--147619	219	1.8	219	83	1	525	20	49	3	25	1.64
147831--147913	27	3.3	27	64	19	70	15	56	3	24	1.55
147803--147987	27	7.5	26	60	21	60	20	50	5	23	1.68
148389--148467	27	3.1	27	63	20	71	20	48	7	24	1.75
147429--148778	192	7.1	191	78	7	1196	20	48	4	26	1.68
148375--149112	219	3.4	218	78	3	669	21	45	5	28	1.72
148583--148767	48	3.9	48	80	0	190	20	48	3	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148613--148938	171	1.9	171	82	1	402	21	46	4	28	1.70
148667--148890	123	1.8	123	82	1	288	21	45	4	29	1.70
148775--149003	48	4.8	48	87	2	316	21	46	5	27	1.72
148865--149030	27	6.6	27	70	15	131	22	45	6	25	1.76
148892--148976	21	3.8	21	70	22	73	18	52	4	23	1.64
148994--149178	48	4.1	48	67	16	133	21	45	4	28	1.72
148913--149078	75	2.2	75	86	0	224	22	43	5	27	1.75
148865--149257	132	3.1	123	84	7	491	22	44	5	28	1.74
148989--149280	132	2.2	132	96	0	539	22	42	5	29	1.75
149158--149257	48	2.1	48	82	0	119	23	43	3	31	1.69
149217--149331	36	3.3	35	78	7	126	22	41	6	29	1.78
149216--149313	33	2.9	34	80	4	117	22	38	7	31	1.81
149217--149325	33	3.2	33	77	3	110	22	41	6	29	1.79
149279--149418	48	2.9	48	82	2	156	22	47	2	27	1.66
149387--149449	33	1.9	33	86	0	90	19	46	3	31	1.65
151459--151522	20	3.1	19	82	8	65	20	7	4	67	1.35
153249--153518	152	1.8	148	83	6	357	41	15	14	28	1.86
155462--155503	23	1.9	23	85	9	61	45	11	4	38	1.62
161515--161591	24	3.5	21	66	22	59	59	6	6	27	1.47
161735--161764	9	3.2	9	95	4	51	16	0	0	83	0.65
163644--163726	41	2.0	41	92	0	139	33	16	3	45	1.65
166150--166223	31	2.4	31	76	0	76	45	9	4	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171096--171153	24	2.3	25	82	8	64	31	0	1	67	1.01
172969--173020	23	2.3	22	84	15	70	53	1	0	44	1.11
183047--183100	28	1.9	28	88	0	81	33	7	7	51	1.58
183133--183278	28	5.2	28	88	4	179	28	12	12	46	1.78
183133--183278	55	2.6	56	84	4	188	28	12	12	46	1.78
183273--183842	28	20.6	27	74	13	360	51	4	13	31	1.59
183273--183839	56	10.2	56	76	8	412	51	4	12	31	1.59
183309--183380	24	2.8	25	82	16	85	59	2	12	25	1.46
183309--183442	52	2.5	54	85	4	173	58	3	11	26	1.49
183887--184052	28	5.9	28	77	4	138	33	15	7	43	1.74
188463--188528	18	3.6	18	76	15	64	68	6	1	24	1.21
188463--188554	19	4.9	19	70	17	59	67	4	3	25	1.24
188467--188527	10	6.4	9	77	20	54	72	4	1	21	1.13
188506--188574	27	2.4	28	77	17	72	63	2	4	28	1.28
188477--188574	28	3.5	28	76	14	85	66	4	4	25	1.27
188520--188621	46	2.2	46	81	11	111	58	4	2	33	1.34
189208--189259	16	2.9	18	83	11	54	32	1	1	63	1.16
189227--189268	16	2.7	15	82	13	50	33	0	0	66	0.92
195383--195408	12	2.2	12	100	0	52	7	15	0	76	0.99
195964--195991	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
198070--198128	29	2.0	29	87	6	84	35	13	23	27	1.92
199836--199890	24	2.3	24	78	12	60	49	5	1	43	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199906--199976	31	2.3	31	82	4	90	45	7	7	40	1.58
217205--217271	5	13.6	5	81	7	50	70	4	1	23	1.14
217205--217266	20	3.2	19	82	10	74	69	4	1	24	1.17
217275--217436	60	2.7	60	79	4	175	35	6	20	37	1.78
217275--217432	30	5.3	30	75	6	124	34	6	21	37	1.79
221061--221115	21	2.8	19	81	10	67	69	5	1	23	1.19
221044--221110	31	2.2	30	81	7	73	67	5	2	23	1.27
221129--221446	30	10.7	30	75	9	240	35	3	20	40	1.70
221129--221443	59	5.3	61	75	10	206	35	3	20	40	1.69
221168--221446	59	4.7	59	77	12	250	35	2	20	41	1.65
228582--228611	10	3.0	10	95	0	51	23	0	26	50	1.50
230427--230452	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
233610--233656	22	2.1	22	88	0	67	61	10	10	17	1.55
236721--236786	31	2.1	31	82	0	78	65	12	3	19	1.39
243464--243519	23	2.5	24	82	8	73	69	0	0	30	0.89
253225--253313	45	2.0	45	88	0	133	49	13	17	19	1.79
260146--260182	19	1.9	19	94	0	65	35	0	0	64	0.94
262165--262231	33	2.0	33	100	0	134	35	23	11	28	1.91
283838--283873	4	9.2	4	87	6	56	47	0	27	25	1.52
285809--285847	14	2.7	15	92	4	62	61	0	0	38	0.96
285809--285860	22	2.3	22	80	9	61	61	0	0	38	0.96
287635--287682	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287765--287859	22	4.2	23	84	2	86	11	24	23	41	1.87
287765--287811	23	2.1	22	88	7	69	12	29	23	34	1.92
287778--287858	22	3.6	22	84	1	99	13	20	23	41	1.88
287773--287858	44	1.9	45	85	2	120	12	20	23	43	1.86
296926--296958	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
298510--298538	6	4.8	6	100	0	58	17	0	13	68	1.20
306110--306348	117	2.0	117	87	1	354	34	17	25	22	1.96
309103--309134	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
310230--310263	16	2.1	16	88	5	50	55	0	2	41	1.15
314755--314831	31	2.4	32	82	4	93	37	2	7	51	1.45

Tables:   1   2