genome.fa.s15287.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015287.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130332, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  310313

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178--1817	216	7.6	215	82	4	1760	40	14	16	28	1.88
183--3459	431	7.7	430	79	6	3360	40	14	16	28	1.89
1879--3459	215	7.4	214	81	4	1593	39	14	17	28	1.89
4139--8865	216	22.0	216	81	4	4861	40	14	16	28	1.88
4139--8865	863	5.5	861	81	4	5011	40	14	16	28	1.88
9427--9496	35	1.9	36	83	11	90	4	24	0	71	1.04
9442--9498	12	4.5	13	76	12	57	3	28	0	68	1.06
9454--9518	31	2.2	29	82	12	80	4	24	0	70	1.06
9456--9508	24	2.2	25	77	12	67	3	26	0	69	1.05
12620--14533	216	8.9	216	83	2	2217	40	14	16	27	1.88
14961--15117	80	2.0	79	91	1	251	28	14	22	35	1.93
15554--15732	48	3.7	48	91	3	238	52	14	9	23	1.71
15554--15732	96	1.9	97	91	1	297	52	14	9	23	1.71
21678--21841	80	2.1	79	91	2	267	30	15	19	34	1.93
22272--22440	48	3.5	48	90	1	250	52	14	8	24	1.68
28043--28206	80	2.1	79	83	4	206	31	12	19	37	1.88
28634--28761	48	2.6	48	92	2	202	53	14	9	23	1.69
28634--28778	48	3.0	47	87	6	177	54	13	9	22	1.68
29066--33170	216	19.0	216	81	3	4425	39	14	17	28	1.89
29067--33170	862	4.8	862	82	3	4745	39	14	17	28	1.89
38098--38253	50	3.1	50	77	8	163	35	15	12	36	1.85
39443--39494	17	3.1	16	76	13	50	75	3	11	9	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40499--40550	9	5.8	9	77	6	52	75	1	9	13	1.14
40505--40568	26	2.4	27	79	10	69	67	3	12	17	1.35
40505--40576	28	2.7	27	78	18	78	68	2	13	15	1.33
40560--40625	29	2.3	30	76	7	73	75	3	13	7	1.13
41755--41853	39	2.5	39	93	0	171	25	5	16	53	1.63
41899--41960	32	1.9	32	90	0	97	33	11	16	38	1.84
45238--45276	13	2.9	14	80	7	53	66	0	28	5	1.12
48373--48463	39	2.3	39	90	0	146	25	6	16	51	1.68
48509--48570	32	1.9	32	93	0	106	33	11	16	38	1.84
50217--53000	216	13.0	216	82	4	3022	40	14	16	28	1.88
50217--53000	859	3.2	857	84	4	3396	40	14	16	28	1.88
54381--55786	215	6.5	215	82	2	1507	40	14	16	28	1.88
54381--55786	431	3.3	429	81	4	1643	40	14	16	28	1.88
55496--56075	291	2.0	291	84	3	765	42	14	14	28	1.84
55786--56522	215	3.4	212	85	4	917	41	14	16	27	1.87
71836--72015	28	6.4	27	74	8	128	23	16	24	36	1.94
71803--72015	56	3.8	55	82	7	234	22	16	25	35	1.94
78670--78910	56	4.3	55	80	8	222	21	17	24	36	1.94
78704--78915	28	7.7	26	72	12	136	21	17	24	36	1.95
79960--80006	25	1.9	24	95	4	85	38	17	21	23	1.93
81767--81877	28	3.9	28	74	9	107	30	15	23	30	1.95
85088--85210	34	3.6	34	95	0	210	19	13	30	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85215--87025	215	8.4	216	84	3	2139	28	16	15	40	1.88
87134--87167	15	2.3	15	90	10	52	23	23	29	23	1.99
93892--94030	58	2.4	58	84	7	176	51	2	0	45	1.21
102954--103017	8	8.2	8	73	13	53	34	3	25	37	1.72
104093--104178	26	3.3	26	93	0	145	17	8	19	54	1.67
109587--109621	17	2.0	18	88	5	54	60	5	11	22	1.52
124141--124199	21	2.9	21	94	2	102	27	3	20	49	1.65
139561--139602	16	2.5	17	81	14	52	47	2	0	50	1.14
146150--146188	21	2.0	20	85	10	53	23	25	23	28	1.99
152512--152558	16	3.0	16	79	14	62	34	6	0	59	1.23
155982--156033	26	2.0	26	100	0	104	42	7	26	23	1.81
163634--163662	12	2.4	12	100	0	58	37	10	37	13	1.79
163772--163874	51	2.0	51	100	0	206	38	18	9	33	1.83
167313--167750	193	2.3	194	89	1	673	30	18	25	26	1.98
169515--169570	29	1.9	29	85	7	78	58	10	3	26	1.48
175037--175068	9	3.8	9	84	16	50	43	0	43	12	1.42
175037--175070	16	2.1	16	100	0	68	44	0	44	11	1.40
176252--176322	29	2.5	26	77	20	72	35	0	18	46	1.49
177059--177430	186	2.0	186	97	0	708	25	22	18	34	1.96
183409--183449	12	3.4	12	82	0	55	17	34	12	36	1.87
183433--183472	18	2.2	18	90	0	62	10	30	7	52	1.62
187891--187940	25	2.0	25	88	4	73	66	0	2	32	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187902--187953	24	2.2	24	83	13	63	69	0	3	26	1.06
197337--197389	23	2.3	23	86	0	79	9	13	24	52	1.69
200081--200110	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
225278--225329	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
228123--228165	21	2.1	21	87	12	63	32	0	11	55	1.36
228118--228213	35	2.8	34	84	6	131	30	0	16	53	1.44
228138--228180	14	2.8	15	79	13	52	30	0	13	55	1.39
228545--228576	16	1.9	17	93	6	57	21	0	12	65	1.25
228716--228777	30	2.0	31	87	3	90	50	12	1	35	1.51
228908--228989	29	2.8	29	90	3	130	41	3	23	31	1.72
240386--240513	63	2.0	63	93	0	220	26	22	13	37	1.91
245994--246061	35	2.0	33	91	8	111	33	20	4	41	1.72
253992--254052	24	2.4	24	83	8	59	47	27	8	16	1.75
254008--254060	24	2.2	24	100	0	106	41	35	7	15	1.75
264541--264632	46	2.0	46	95	0	166	33	33	9	22	1.87
265490--265544	3	18.3	3	78	14	51	67	0	29	3	1.08
265482--265544	21	3.0	20	79	4	63	68	0	28	3	1.05
269929--270081	80	1.9	80	94	2	272	34	22	14	28	1.93
273333--273428	15	6.4	15	72	4	77	29	23	21	25	1.99
275091--275136	9	5.0	9	91	2	74	67	10	0	21	1.21
275093--275149	27	2.0	27	83	12	71	68	12	0	19	1.20
279794--279825	13	2.5	13	100	0	64	34	25	0	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279847--279921	34	2.2	34	92	0	123	48	12	17	22	1.80
281166--281213	21	2.2	21	82	10	53	25	22	2	50	1.60
286480--286536	31	1.9	28	86	10	78	66	1	28	3	1.18
286516--286554	13	2.9	14	80	7	53	66	0	28	5	1.12
289786--289848	32	2.0	32	93	0	108	31	11	19	38	1.86
290737--290799	32	2.0	32	90	0	99	31	9	19	39	1.83
291611--291699	44	2.0	44	100	0	178	23	31	6	38	1.81
293318--293459	18	7.9	18	76	1	106	31	22	21	23	1.98
293304--293459	54	2.9	53	78	2	168	30	23	21	25	1.99
293304--293460	36	4.3	36	82	4	181	30	22	21	25	1.99
293911--293953	21	2.0	22	86	4	61	53	23	0	23	1.46
298319--298416	50	1.9	52	83	4	128	34	18	11	35	1.86
300993--301090	50	2.0	49	80	9	112	37	14	11	36	1.82
301006--301161	50	3.1	50	78	6	154	35	15	12	37	1.85
302378--306593	216	19.9	216	79	6	4228	28	17	14	39	1.89
302024--306593	417	10.8	430	82	5	4444	28	17	14	39	1.89
307183--310313	216	14.8	216	79	7	3006	27	17	15	39	1.90
308915--310126	202	5.9	202	75	13	877	28	18	14	38	1.90
307844--310313	410	5.9	411	81	6	2267	27	18	15	38	1.90
306768--310310	626	5.6	618	78	9	2918	27	17	15	39	1.90

Tables:   1

The End!