genome.fa.s15288.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015288.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130333, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  637797

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7187--7270	39	2.2	40	80	10	102	28	17	20	33	1.95
11181--11226	18	2.5	19	79	13	51	8	15	19	56	1.65
27388--27434	24	2.0	24	86	0	67	29	21	14	34	1.93
39886--39924	19	2.0	20	85	5	53	28	5	20	46	1.72
40562--40608	24	1.9	25	86	4	69	46	2	2	48	1.25
44905--44942	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
48417--48454	19	2.0	19	100	0	76	26	26	21	26	1.99
51244--51269	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
51945--51980	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
53315--53365	8	6.2	8	75	11	50	56	1	0	41	1.10
60200--60227	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
63391--63425	13	2.7	13	95	0	61	14	22	22	40	1.90
63895--63962	33	2.1	31	83	5	82	44	0	7	48	1.30
67131--67328	63	3.1	63	81	2	225	28	18	28	24	1.98
67558--67736	39	4.6	39	71	2	144	34	20	20	25	1.97
67555--67736	78	2.3	78	83	1	231	34	20	20	24	1.97
67724--67816	39	2.4	39	79	0	105	38	19	16	25	1.92
82291--82328	16	2.4	16	100	0	76	26	10	21	42	1.85
84288--84317	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
87253--87279	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
87304--87330	12	2.2	12	100	0	54	7	0	25	66	1.17
88590--88643	16	2.9	20	68	21	62	62	3	7	25	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97565--97602	19	2.0	19	85	10	51	21	21	13	44	1.85
97567--97612	24	1.9	24	95	0	83	21	19	13	45	1.84
100890--100943	17	2.9	17	82	15	63	53	0	11	35	1.36
104203--104295	31	3.0	31	81	4	109	58	8	3	30	1.44
119786--119828	22	2.0	21	86	4	59	60	2	2	34	1.22
123347--123392	19	2.5	18	82	3	56	84	10	2	2	0.79
131018--131063	19	2.4	20	82	17	62	52	0	0	47	1.00
131037--131068	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
132577--132648	30	2.4	30	83	6	83	54	4	1	40	1.28
135280--135317	17	2.2	18	90	4	60	28	2	0	68	1.03
141524--141664	69	2.0	69	98	0	273	41	12	7	39	1.71
145924--145961	19	2.1	19	85	5	51	36	5	5	52	1.47
149742--150441	135	5.2	135	94	1	1134	25	20	17	36	1.94
151478--151502	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
151693--151739	25	1.9	24	82	4	58	19	6	4	70	1.26
164223--164260	20	1.9	20	84	10	51	23	13	15	47	1.81
171795--171875	29	2.7	30	84	5	83	50	4	12	32	1.61
171811--171875	29	2.2	31	88	5	98	55	3	7	33	1.44
184872--184921	25	2.0	25	100	0	100	28	20	8	44	1.79
185036--185106	37	1.9	37	82	5	90	50	12	2	33	1.55
188097--188175	40	2.0	41	92	2	133	46	1	10	41	1.45
193563--193608	24	2.0	23	83	12	58	34	2	4	58	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193631--193679	13	3.8	13	76	15	57	48	0	2	48	1.12
196140--196176	18	2.0	19	89	5	58	59	0	5	35	1.20
201109--201134	12	2.2	12	100	0	52	69	7	7	15	1.35
214520--214594	39	1.9	39	100	0	150	45	25	13	16	1.83
214952--214990	18	2.2	18	90	0	60	12	28	10	48	1.74
227788--227822	17	2.0	18	88	5	54	37	5	2	54	1.39
228474--228500	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
232344--232445	49	2.1	49	98	0	195	28	23	11	36	1.90
232797--232862	29	2.2	30	84	7	82	34	4	7	53	1.50
233882--233934	20	2.6	19	77	14	52	37	0	3	58	1.16
233876--233941	26	2.5	25	82	9	78	40	0	3	56	1.15
234801--234857	3	19.3	3	75	10	55	1	26	3	68	1.15
242645--242696	25	2.1	25	89	7	79	38	1	9	50	1.46
244273--244340	28	2.4	28	80	4	75	45	17	1	35	1.58
245095--245140	21	2.1	22	84	11	60	34	2	2	60	1.21
245094--245143	23	2.3	22	80	16	59	36	2	2	60	1.20
253780--253876	9	10.6	9	69	19	58	67	1	3	28	1.13
253780--253857	19	4.3	19	75	9	65	66	1	2	29	1.13
253805--253866	19	3.2	20	77	4	58	66	0	1	32	1.02
254129--254185	26	2.2	25	81	6	60	31	3	5	59	1.36
258880--258915	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
260857--260995	69	2.0	69	98	0	269	22	14	20	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262024--262053	12	2.5	12	94	0	51	26	6	40	26	1.81
264047--264275	111	2.1	111	98	0	440	37	10	8	43	1.70
266620--266670	20	2.5	21	78	15	61	29	0	5	64	1.17
266685--266727	22	2.0	21	86	4	59	65	0	0	34	0.93
266685--266725	20	2.0	21	90	4	66	63	0	0	36	0.95
266781--266871	11	8.0	11	73	10	67	38	2	3	56	1.28
266782--266873	17	5.4	17	80	5	105	40	2	3	54	1.29
266782--266873	6	16.0	6	69	13	68	40	2	3	54	1.29
266782--266869	23	3.9	23	76	11	92	38	2	3	55	1.29
267520--267556	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
267847--267885	21	1.9	20	84	5	51	66	5	15	12	1.41
268615--268911	30	10.1	30	77	12	228	39	25	1	33	1.63
268615--268911	60	5.1	59	80	9	272	39	25	1	33	1.63
268866--268958	29	3.3	30	76	8	79	34	24	5	35	1.79
274524--274564	20	2.0	20	90	0	64	60	4	14	19	1.51
277018--277116	22	4.4	22	83	7	128	13	18	26	42	1.86
277018--277116	44	2.2	45	87	7	148	13	18	26	42	1.86
277104--277215	25	4.5	25	92	2	172	13	27	16	41	1.86
283189--283311	22	5.4	22	80	7	131	12	21	22	43	1.86
284476--284520	10	4.5	10	80	8	56	68	2	0	28	1.01
284481--284518	19	2.0	20	89	5	60	71	0	0	28	0.87
284434--284516	27	3.1	25	77	13	85	66	2	0	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284742--284792	26	1.9	27	92	4	86	66	5	0	27	1.14
284908--284946	20	1.9	20	84	5	51	69	20	0	10	1.17
284921--285061	32	4.2	32	76	12	140	67	20	6	5	1.34
284954--285045	24	3.9	24	72	13	66	67	21	6	4	1.32
284926--285070	34	4.3	34	74	15	129	66	21	6	5	1.34
284951--285047	23	4.3	22	71	15	83	67	22	6	4	1.31
289120--289290	30	5.8	30	70	13	115	32	5	25	36	1.80
289110--289302	59	3.3	57	81	3	233	32	5	25	37	1.78
289110--289314	30	7.0	29	71	17	109	32	4	25	37	1.77
290328--290384	26	2.1	27	90	3	89	38	1	0	59	1.08
290328--290367	3	12.7	3	89	5	53	37	0	0	62	0.95
291089--291125	6	6.5	6	81	12	51	51	0	2	45	1.15
292844--292927	6	14.7	6	69	18	54	48	3	2	45	1.32
292846--292928	17	4.9	17	82	5	96	49	3	2	44	1.32
292846--292928	34	2.4	34	85	0	112	49	3	2	44	1.32
293287--293476	84	2.3	83	89	0	281	20	23	20	36	1.95
293367--293967	207	2.9	206	90	1	963	21	22	20	36	1.95
305688--306187	29	17.1	29	75	13	361	31	6	30	31	1.83
305743--306187	58	7.6	59	85	5	503	31	6	30	31	1.82
305743--306187	59	7.6	59	86	5	503	31	6	30	31	1.82
307207--307249	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
307856--307932	17	4.8	17	75	10	65	50	3	2	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307851--307926	29	2.6	31	76	14	81	51	3	1	43	1.28
310792--310858	25	2.6	25	88	2	98	22	20	29	26	1.99
313892--313971	9	9.2	9	68	22	55	61	1	2	35	1.18
313922--313970	10	5.2	10	76	14	50	59	2	2	36	1.21
313892--313970	19	4.6	18	75	13	85	60	1	2	35	1.18
314108--314157	11	4.8	11	73	14	52	46	2	2	50	1.24
315576--315620	18	2.4	18	81	7	54	57	0	2	40	1.11
317767--317794	11	2.5	11	100	0	56	21	14	10	53	1.70
327312--327340	14	2.0	15	93	6	51	0	44	0	55	0.99
334180--334219	21	2.0	21	90	5	64	77	0	12	10	0.99

Tables:   1   2   3