genome.fa.s15292.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015292.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130337, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  338957

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5770--5809	14	2.9	13	82	10	53	0	5	15	80	0.88
14720--14780	28	2.1	29	82	11	81	27	9	24	37	1.87
14798--15103	29	10.5	29	71	14	114	38	2	23	35	1.70
14874--15106	30	7.9	29	72	15	135	34	1	26	37	1.67
14877--15113	59	4.0	60	82	9	256	35	1	26	37	1.65
16174--16207	15	2.2	16	89	5	52	50	2	0	47	1.16
16182--16227	24	1.9	24	95	0	83	43	4	2	50	1.34
16162--16210	18	2.8	17	78	15	55	46	2	0	51	1.12
17017--17096	17	4.7	17	87	4	99	52	5	1	41	1.31
17032--17123	6	15.8	6	74	10	84	52	4	1	42	1.28
17065--17133	23	3.0	23	86	2	102	53	1	2	42	1.24
19408--19615	43	4.9	42	74	15	169	26	25	17	29	1.98
19452--19614	82	2.0	82	86	2	229	26	24	17	30	1.97
23877--23944	33	2.1	33	91	0	109	42	22	8	26	1.82
38778--39066	30	9.7	30	70	12	125	37	18	4	39	1.71
38870--39025	60	2.6	59	81	8	172	39	17	2	40	1.63
51186--51712	38	13.5	39	74	14	412	31	23	18	26	1.97
51181--51711	76	6.8	76	84	7	631	31	23	18	26	1.97
53339--53578	60	4.1	60	79	6	247	35	23	5	35	1.77
53339--53578	30	8.1	29	77	2	201	35	23	5	35	1.77
53338--53595	90	2.9	89	82	4	236	34	23	5	36	1.77
55898--56028	30	4.5	30	83	11	191	51	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55875--55999	56	2.2	56	97	0	232	45	0	5	48	1.25
55875--55969	26	3.5	26	73	16	93	42	0	7	50	1.30
55968--56026	18	3.6	18	74	25	76	57	0	0	42	0.98
55898--56056	86	1.8	86	95	2	293	50	0	3	45	1.19
56007--56093	34	2.6	34	96	0	156	45	0	6	47	1.29
59911--59960	24	2.1	24	85	3	66	10	6	18	66	1.42
65065--65112	22	2.2	21	77	3	51	50	0	14	35	1.44
65914--66014	43	2.3	43	93	0	175	35	13	27	22	1.92
66000--66152	41	3.7	41	92	0	243	37	11	26	24	1.89
66000--66183	41	4.5	41	88	3	203	37	10	26	25	1.89
72273--72320	22	2.2	21	77	3	51	50	0	14	35	1.44
73168--73352	41	4.5	41	86	2	219	38	8	22	29	1.84
80498--80539	18	2.2	19	91	8	68	71	4	9	14	1.28
82223--82269	18	2.4	20	75	17	53	68	6	2	23	1.24
82247--82296	20	2.6	19	78	6	55	66	2	0	32	1.03
82657--82698	20	2.1	20	100	0	84	28	4	0	66	1.12
84062--84119	26	2.3	26	81	3	73	0	27	0	72	0.85
89315--89358	22	1.9	24	81	9	56	27	6	11	54	1.61
90242--90284	19	2.3	18	84	11	59	30	2	2	65	1.18
90419--90452	16	2.1	17	94	5	61	41	0	0	58	0.98
91145--91182	18	2.2	17	90	4	58	50	5	7	36	1.54
94172--94207	17	2.1	17	89	0	54	16	11	27	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94197--94289	41	2.3	41	98	0	177	26	6	30	36	1.82
96635--96659	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
101221--101482	143	1.8	142	84	10	336	40	4	3	50	1.42
101376--101650	107	2.7	99	87	7	383	41	4	4	49	1.43
101583--101745	87	1.9	86	91	3	265	41	4	3	51	1.37
101774--101947	87	2.0	88	88	3	262	40	5	5	49	1.47
101482--101936	189	2.4	184	80	7	513	38	5	4	51	1.45
103431--103486	15	3.5	15	77	13	58	44	8	33	12	1.73
103429--103486	18	3.4	18	81	13	68	46	8	32	12	1.71
106116--106140	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
107583--107630	20	2.5	20	86	6	64	27	27	16	29	1.97
108606--108652	18	2.6	19	84	15	57	55	0	2	42	1.12
112135--112183	9	5.6	8	85	7	53	26	4	2	67	1.19
112142--112182	3	14.0	3	84	5	57	29	2	2	65	1.18
115911--115950	19	2.1	19	100	0	80	42	0	20	37	1.52
121975--122016	17	2.4	17	80	19	50	52	0	4	42	1.22
124088--124116	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
125416--125463	16	3.0	16	78	0	51	25	2	4	68	1.18
127677--127719	23	1.9	23	86	13	63	46	6	23	23	1.76
129260--129321	29	2.1	29	100	0	124	40	22	6	30	1.79
132248--132287	19	2.0	20	95	4	73	27	5	20	47	1.70
136170--136212	13	3.4	13	96	3	79	4	13	0	81	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138608--138642	16	2.2	16	89	0	52	22	37	34	5	1.78
139411--139458	22	2.2	22	78	14	55	66	2	2	29	1.14
139423--139487	28	2.4	28	79	7	71	55	4	3	36	1.36
139492--139539	19	2.5	20	75	21	50	54	0	0	45	0.99
141001--141055	21	2.6	21	79	0	56	23	23	18	34	1.96
146251--146285	18	1.9	18	88	0	52	57	14	5	22	1.59
147975--148204	41	5.7	40	82	1	210	25	26	18	29	1.98
151165--151343	37	4.8	37	86	4	245	34	29	22	13	1.93
151164--151343	74	2.4	74	87	2	272	33	29	22	13	1.93
153970--154152	52	3.5	52	82	5	219	25	15	22	36	1.93
161812--162044	40	5.8	40	85	0	259	23	24	20	31	1.98
165817--165928	37	3.2	36	67	17	99	28	16	28	26	1.97
165787--165946	69	2.3	69	87	1	230	28	17	26	27	1.98
165832--165985	33	4.6	32	70	13	112	27	14	27	29	1.96
170534--170727	102	1.9	102	93	0	334	28	15	26	28	1.96
170578--170758	33	5.4	33	72	10	145	29	14	25	30	1.95
171671--171716	21	2.2	21	84	0	56	30	10	23	34	1.89
173136--173188	23	2.3	23	96	0	97	33	13	7	45	1.71
181587--181620	15	2.4	14	90	5	50	52	8	0	38	1.33
184584--184766	37	4.9	37	83	1	206	32	30	21	15	1.95
184562--184766	111	1.8	111	86	2	295	32	29	21	16	1.96
191847--192027	37	4.9	37	77	2	175	31	32	20	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191847--192028	74	2.4	74	83	2	222	31	32	20	15	1.94
195320--195453	26	4.6	32	71	23	118	52	1	0	44	1.15
195338--195455	26	4.3	27	79	16	125	54	0	0	44	1.12
195352--195394	19	2.4	17	81	11	50	55	2	0	41	1.12
195323--195444	59	2.1	59	96	0	226	52	1	0	45	1.16
201195--201235	8	5.1	8	100	0	82	36	0	51	12	1.40
201197--201239	2	21.5	2	80	0	50	39	0	51	9	1.34
205288--205323	14	2.6	14	95	0	63	36	16	0	47	1.47
205942--205983	19	2.2	20	91	4	68	57	9	11	21	1.63
207548--207626	37	2.2	35	88	8	115	24	8	7	59	1.53
209195--209267	34	2.1	34	89	0	110	54	1	15	28	1.49
222877--222906	8	3.6	8	95	4	51	23	20	0	56	1.42
223970--224038	33	2.1	32	84	7	86	42	15	4	37	1.68
224370--224484	28	4.1	28	87	2	151	22	20	8	48	1.76
224350--224485	28	4.9	28	82	2	148	22	19	9	49	1.76
226008--226034	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
230426--230513	6	14.7	6	87	0	104	68	2	18	11	1.30
234246--234279	18	1.9	17	88	5	50	41	17	8	32	1.80
234748--234790	21	2.0	22	86	4	61	32	23	2	41	1.67
241159--241369	36	5.9	36	88	3	300	24	16	24	34	1.95
241162--241398	36	6.6	36	86	6	146	24	16	24	35	1.95
241159--241394	72	3.3	72	86	5	300	23	16	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241159--241394	108	2.2	108	86	4	316	23	16	24	34	1.95
242153--242255	54	1.9	54	89	0	161	31	24	17	27	1.97
244366--244493	65	2.0	65	87	3	186	46	13	12	28	1.79
244679--244737	16	3.7	16	83	0	73	45	1	22	30	1.62
244679--244746	32	2.1	32	86	0	91	42	2	22	32	1.68
244692--244746	16	3.4	16	82	0	65	36	3	25	34	1.74
254550--254583	4	8.2	4	87	6	50	29	0	0	70	0.87
254547--254583	12	2.9	13	88	8	58	29	0	0	70	0.88
259521--259557	18	2.0	19	89	5	58	56	8	2	32	1.43
260642--260670	14	2.1	14	100	0	58	0	62	0	37	0.96

Tables:   1   2