genome.fa.s15294.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015294.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130339, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  417562

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245--2291	23	2.0	23	100	0	94	21	27	12	38	1.90
6751--6789	13	3.2	12	82	17	53	5	15	0	79	0.90
6753--6790	16	2.4	17	83	16	55	5	18	0	76	0.97
6741--6790	22	2.3	23	83	13	61	6	18	0	76	0.99
7307--7336	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
8235--8405	31	5.8	31	66	22	82	48	13	14	23	1.79
8235--8405	89	1.9	88	83	9	222	48	13	14	23	1.79
12702--12738	18	2.1	18	89	0	56	5	5	10	78	1.08
12707--12768	27	2.3	27	81	8	74	9	6	6	77	1.12
17708--17743	18	1.9	19	88	5	56	27	5	11	55	1.57
22630--22693	24	2.7	24	83	9	85	26	21	25	26	2.00
26220--26282	31	2.0	31	100	0	126	28	15	31	23	1.96
30206--30254	25	2.0	25	87	0	71	57	6	2	34	1.35
43032--43091	3	20.0	3	81	13	70	0	26	3	70	1.03
43832--43954	41	3.0	41	81	0	156	39	10	27	22	1.87
43786--43954	82	2.0	85	85	5	229	37	10	26	26	1.87
46385--46430	21	2.2	21	92	0	74	26	15	21	36	1.93
46392--46438	21	2.2	21	84	0	58	36	14	17	31	1.90
54400--54859	119	3.9	117	83	6	513	29	13	17	40	1.87
54400--54859	239	2.0	232	82	6	559	29	13	17	40	1.87
67720--67912	62	3.1	62	88	3	291	30	11	21	36	1.89
69641--69827	52	3.6	52	85	2	232	34	22	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73939--74006	36	1.9	36	90	3	111	42	2	4	50	1.37
75824--75864	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
82598--82642	23	2.0	23	95	0	81	28	26	13	31	1.94
83222--83417	40	4.9	40	85	0	212	34	28	19	16	1.94
83258--83417	80	2.0	80	90	0	248	33	29	21	15	1.94
89640--89693	13	4.2	13	74	9	56	24	46	9	20	1.79
90342--90394	26	2.0	26	82	7	63	43	16	1	37	1.60
95213--95283	11	6.2	11	71	9	52	66	11	7	15	1.44
95241--95293	28	1.9	27	81	11	63	67	11	9	11	1.41
95816--95859	22	2.0	22	95	0	79	65	0	0	34	0.93
96236--96269	1	34.0	1	87	0	50	0	2	0	94	0.23
105096--105125	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
105096--105132	16	2.2	17	86	13	51	51	0	0	48	1.00
105715--105743	13	2.3	13	94	5	51	86	0	0	13	0.58
109216--109256	15	2.9	15	75	24	52	36	17	7	39	1.77
112249--112275	9	3.0	9	100	0	54	77	11	0	11	0.99
124845--124911	29	2.4	28	76	11	66	34	1	10	53	1.44
125089--125167	31	2.6	30	82	6	79	41	11	10	36	1.75
127602--127796	100	2.0	100	90	0	309	29	16	25	28	1.97
134090--134165	20	4.0	18	70	19	57	55	3	1	39	1.27
134888--134972	40	2.2	40	78	6	93	30	11	15	42	1.83
137346--137411	30	2.2	30	83	5	80	50	6	1	42	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142595--142629	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
144648--144818	30	5.7	29	76	9	139	39	23	6	30	1.80
144649--144817	60	2.8	60	76	10	175	39	23	6	30	1.80
144794--145008	29	7.4	30	80	8	198	39	24	1	34	1.64
144794--144974	57	3.1	57	80	7	197	38	25	1	34	1.66
144870--145008	57	2.4	57	83	8	165	41	21	1	35	1.62
146262--146321	14	4.0	16	82	10	65	61	5	10	23	1.47
146498--147101	29	20.9	29	77	9	461	36	2	25	35	1.72
146962--147134	61	2.9	59	77	6	154	38	1	24	35	1.63
146962--147140	30	6.0	30	76	7	116	37	1	24	36	1.63
147084--147158	28	2.6	28	83	6	80	37	2	24	36	1.69
153092--153131	2	21.0	2	85	10	57	47	0	0	52	1.00
159014--159061	21	2.3	21	78	7	53	62	10	0	27	1.27
159800--159898	34	2.9	34	87	1	128	38	9	15	37	1.79
163339--163370	16	2.0	16	100	0	64	50	31	0	18	1.48
172308--172421	42	2.7	42	77	0	120	43	19	17	19	1.88
172308--172436	42	3.1	41	76	10	118	44	20	17	18	1.87
172468--172496	7	4.1	7	100	0	58	27	31	0	41	1.56
172490--172692	88	2.3	89	83	2	255	34	22	2	39	1.69
177030--177106	32	2.4	33	80	4	93	25	3	6	63	1.36
180422--180459	9	4.2	9	80	12	51	44	10	13	31	1.77
180525--180549	13	1.9	13	100	0	50	72	8	4	16	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183498--183551	29	1.9	27	85	7	72	18	7	0	74	1.05
195299--196325	39	26.3	38	64	11	285	27	29	17	26	1.97
195295--196296	78	12.9	76	82	5	965	26	29	17	25	1.98
196265--196488	42	5.5	42	73	16	182	32	24	15	28	1.95
196312--196444	38	3.3	38	73	17	126	32	24	16	27	1.96
196273--196512	80	2.9	81	83	3	293	33	22	16	27	1.95
198192--198524	30	11.3	29	79	2	290	36	23	2	38	1.67
198181--198524	59	5.8	59	77	7	272	37	22	2	37	1.66
198192--198502	29	10.6	28	78	7	255	36	23	2	37	1.68
198738--198776	19	2.1	19	85	0	51	28	20	7	43	1.79
200297--200342	18	2.5	18	85	3	56	34	15	15	34	1.89
200446--200503	30	2.0	30	86	10	84	22	41	0	36	1.54
223001--223044	21	2.0	22	82	4	54	59	4	6	29	1.44
230257--230320	31	2.1	31	82	2	76	43	10	6	39	1.65
230277--230335	31	1.9	31	85	0	82	35	10	8	45	1.68
231676--231834	80	2.0	80	98	0	309	50	11	20	16	1.77
239793--239859	31	2.2	31	86	0	89	38	5	19	35	1.76
244263--244288	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
249752--249808	17	3.3	17	68	22	55	45	3	35	15	1.64
251725--251749	10	2.5	10	100	0	50	32	8	20	40	1.81
253567--253639	36	2.0	36	91	0	119	47	10	15	26	1.77
253762--253987	30	7.6	30	73	19	179	32	3	30	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253757--253994	59	4.0	60	86	7	326	31	4	31	31	1.78
255865--255907	18	2.4	18	88	3	61	51	0	2	46	1.13
255885--255930	23	2.0	24	95	4	85	56	2	2	39	1.24
255886--255930	12	3.9	11	85	8	63	57	2	2	37	1.23
255867--255964	17	5.4	17	72	15	79	52	2	1	44	1.19
255867--255933	6	11.5	6	70	17	52	50	1	1	46	1.19
263142--263215	29	2.4	32	80	10	84	28	13	9	48	1.73
263426--263472	24	1.9	25	82	4	60	48	8	4	38	1.53
278977--279019	21	2.0	21	86	4	59	74	4	4	16	1.16
283280--283324	18	2.5	18	77	0	54	68	0	0	31	0.89
283292--283319	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
296715--296784	29	2.4	31	81	11	85	37	0	2	60	1.12
298038--298329	141	2.1	141	82	8	353	50	11	11	26	1.73
298978--299047	32	2.2	32	81	0	77	41	11	5	41	1.65
306024--306109	17	5.2	17	79	18	92	41	1	37	19	1.59
311104--311196	34	2.7	34	80	8	109	45	2	31	21	1.64
311181--311223	15	2.9	15	96	0	77	48	0	30	20	1.50
312325--312584	30	8.8	29	66	17	135	38	4	23	33	1.74
312384--312579	30	6.6	30	72	12	138	39	3	24	32	1.73
312266--312584	59	5.4	58	78	8	265	38	4	23	32	1.76
313073--313112	20	2.0	20	100	0	80	35	25	25	15	1.94
313746--313893	49	3.0	49	78	11	176	15	25	20	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313657--313893	98	2.4	97	85	3	307	16	24	19	39	1.92
314318--314352	18	1.9	18	88	0	52	60	11	8	20	1.57
317832--318413	286	2.0	289	93	3	990	23	22	20	33	1.97
322407--322482	28	2.7	29	85	4	102	34	1	26	38	1.65
322527--322803	29	9.5	28	74	13	172	35	3	27	33	1.73
322522--322803	59	4.8	59	77	11	274	35	3	28	33	1.74
322551--322814	118	2.2	117	80	8	304	34	3	28	33	1.74
324466--324542	6	13.5	6	70	15	56	51	3	1	42	1.28
324466--324542	34	2.3	34	83	0	91	51	3	1	42	1.28
324466--324542	17	4.5	18	77	9	72	51	3	1	42	1.28

Tables:   1   2