genome.fa.s15302.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015302.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130347, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  404437

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1066--1112	7	6.9	7	80	2	51	0	46	0	53	1.00
1059--1112	14	3.9	14	80	4	65	1	48	0	50	1.11
1167--1205	14	2.8	14	92	0	60	2	33	2	61	1.23
3675--3718	20	2.2	20	84	8	54	54	9	0	36	1.32
3675--3718	21	2.2	20	83	4	52	54	9	0	36	1.32
6816--6914	33	3.0	32	66	11	92	36	7	14	42	1.72
6779--6914	66	2.0	68	97	2	258	33	8	13	44	1.74
31819--31873	27	2.0	27	100	0	110	27	32	0	40	1.57
35539--35751	43	5.0	43	86	0	259	28	26	20	24	1.99
36019--36152	66	2.0	66	82	2	162	14	23	19	43	1.87
41779--41949	43	4.1	41	77	7	184	22	23	16	36	1.94
41959--42018	31	2.0	29	84	9	77	38	10	1	50	1.46
46182--46328	71	2.1	71	80	2	161	29	23	15	30	1.96
46786--47152	24	15.3	24	77	1	313	21	24	14	38	1.91
60170--60199	15	2.1	15	93	6	53	20	33	6	40	1.78
66521--66587	34	2.0	34	100	0	134	23	11	14	49	1.77
69504--69537	13	2.6	13	90	0	50	50	0	8	41	1.34
80800--80846	24	2.0	24	86	0	67	63	8	23	4	1.40
96745--96791	24	2.0	24	83	8	60	51	6	14	27	1.67
98187--98236	15	3.3	15	76	18	50	14	4	8	74	1.20
105928--106027	50	2.0	50	100	0	200	34	16	12	38	1.85
107086--107221	68	2.0	68	98	0	263	41	11	19	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108712--108740	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
111431--111486	22	2.5	22	82	8	60	26	21	5	46	1.73
111848--111952	20	5.4	20	67	28	66	50	0	0	48	1.07
111857--111953	37	2.6	37	83	9	117	50	0	0	49	1.00
111848--111952	11	9.7	11	70	22	64	50	0	0	48	1.07
112662--112766	32	3.4	30	78	6	113	42	0	1	54	1.18
116716--116793	30	2.6	31	78	10	90	20	17	11	50	1.77
117045--117102	20	2.8	21	89	5	91	13	43	6	36	1.71
117438--117470	16	2.0	17	88	5	50	21	0	15	63	1.30
118696--118795	24	4.1	24	76	3	85	30	25	19	26	1.98
138380--138413	17	2.0	17	88	11	52	29	8	20	41	1.82
140667--140761	38	2.4	39	84	3	138	41	8	26	24	1.83
142300--142414	60	1.9	60	94	0	203	54	17	3	24	1.58
142379--142447	23	3.2	23	76	16	83	52	17	1	28	1.53
142339--142447	9	12.3	9	72	22	72	54	17	2	25	1.56
142339--142449	42	2.5	45	82	10	140	54	17	2	26	1.56
142543--142606	30	2.1	30	94	0	110	64	3	7	25	1.36
144704--144877	51	3.4	51	90	0	258	30	22	14	32	1.94
148808--148961	41	3.8	41	93	0	263	26	23	11	38	1.88
149331--149378	22	2.2	21	77	3	51	35	14	0	50	1.44
151175--151250	38	2.0	38	100	0	152	28	21	13	36	1.91
155397--155554	41	3.9	41	91	1	246	25	24	9	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155927--155974	22	2.2	21	77	3	51	35	14	2	47	1.56
162733--162765	16	2.1	16	100	0	66	45	18	12	24	1.83
174543--174593	21	2.7	18	82	14	66	27	19	0	52	1.46
175095--175133	15	2.6	15	79	0	51	53	7	0	38	1.30
179839--179864	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
180498--180539	18	2.4	18	84	4	50	59	11	9	19	1.59
189090--189115	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
191736--191786	21	2.7	20	82	14	63	29	17	0	52	1.45
193260--193480	30	7.4	30	73	15	140	35	7	21	35	1.81
193260--193466	60	3.5	60	78	5	215	35	7	22	34	1.83
195192--195268	39	2.0	39	86	0	109	19	19	31	29	1.96
195418--196621	123	9.9	122	73	11	553	23	20	17	39	1.92
195752--195865	48	2.4	48	98	0	219	30	22	9	36	1.87
195624--195988	171	2.2	167	84	2	451	25	20	13	39	1.90
195967--196139	75	2.3	76	91	2	278	22	17	18	41	1.91
196095--196186	48	1.9	48	86	0	130	20	20	17	41	1.91
195839--196262	198	2.1	199	87	1	620	22	18	17	41	1.90
196873--197175	49	6.2	49	75	3	234	21	25	16	36	1.94
196916--197097	97	1.9	97	83	4	242	18	23	19	38	1.93
198003--198087	18	4.8	17	75	16	66	0	20	1	78	0.81
198010--198114	12	8.3	12	72	20	56	0	21	0	77	0.83
198005--198102	10	8.9	11	72	12	60	0	21	1	77	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198005--198105	39	2.6	37	82	11	123	0	20	0	78	0.81
198038--198087	23	2.2	23	89	7	75	0	22	0	78	0.76
198007--198103	49	2.0	49	82	10	117	0	21	1	77	0.83
198005--198105	16	6.5	15	76	21	70	0	20	0	78	0.81
199036--199100	18	3.7	16	74	22	51	1	21	0	76	0.86
199050--199086	4	8.8	4	91	8	56	0	21	0	78	0.75
199044--199088	9	5.0	9	82	17	58	0	22	0	77	0.76
199050--199086	13	2.9	13	96	4	67	0	21	0	78	0.75
201845--201906	30	2.0	32	84	9	83	67	1	8	22	1.25
201987--202221	30	7.9	29	76	9	111	33	8	24	34	1.85
202002--202222	60	3.7	59	76	9	164	33	8	25	32	1.85
202064--202176	30	3.8	29	81	3	127	33	5	23	37	1.78
202079--202211	59	2.2	60	78	5	153	32	8	23	36	1.84
202342--202393	16	3.3	16	74	15	54	63	5	5	25	1.39
203038--203073	8	4.4	8	96	3	63	36	0	13	50	1.43
205674--205787	54	2.1	54	81	3	131	43	13	20	22	1.86
205674--205787	27	4.2	27	77	2	95	43	13	20	22	1.86
205701--205791	27	3.4	27	81	0	110	42	13	21	21	1.87
208237--208287	21	2.4	21	93	0	84	33	17	17	31	1.94
213798--213844	24	2.0	24	83	8	60	65	8	21	4	1.37
214594--214633	13	3.1	13	82	10	55	80	0	20	0	0.72
214591--214635	6	7.3	6	83	11	56	82	0	17	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225500--225524	7	3.6	7	100	0	50	44	40	0	16	1.47
235379--236098	354	2.0	354	89	0	1080	26	17	18	36	1.93
237780--237845	28	2.4	28	86	0	87	33	19	19	27	1.96
240489--240606	50	2.4	47	76	14	114	21	13	6	58	1.58
241285--241782	253	2.0	247	89	2	762	32	12	18	36	1.88
241896--242003	53	2.0	53	96	0	198	27	33	20	18	1.96
242584--242609	6	4.3	6	100	0	52	50	0	34	15	1.45
265019--265099	41	2.0	41	100	0	162	27	17	19	35	1.94
266455--266508	21	2.6	21	82	5	65	29	27	11	31	1.91
276492--276527	18	1.9	19	88	5	56	27	33	0	38	1.57
276645--276705	29	2.1	30	87	3	88	21	36	0	42	1.53
283411--283471	28	2.2	28	90	0	95	26	4	29	39	1.77
284698--284758	20	3.1	20	70	13	54	39	6	11	42	1.67
288383--288458	38	2.0	39	87	10	113	32	5	27	34	1.79
293323--293664	167	2.0	168	98	1	677	38	13	18	30	1.89
295187--295214	11	2.5	11	100	0	56	46	10	7	35	1.66
295612--295675	25	2.6	24	76	11	67	12	39	23	25	1.90
297182--297440	128	2.0	128	91	1	421	44	14	9	30	1.77
297812--297842	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
299020--299108	25	3.5	26	81	1	74	33	26	20	19	1.96
299040--299108	25	2.7	25	84	2	84	33	28	18	18	1.95
299052--299140	25	3.6	25	80	3	90	39	25	13	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304642--304690	22	2.2	22	82	7	55	34	16	0	48	1.46
307715--307818	53	2.0	53	98	0	199	30	16	21	31	1.95
314094--314282	51	3.7	51	87	0	261	31	25	13	29	1.93
318033--318076	15	2.8	15	86	6	52	38	4	6	50	1.50
320637--320698	22	2.9	22	83	7	74	72	1	9	16	1.18
323166--323253	41	2.1	41	100	0	176	53	7	2	36	1.43
323895--323928	18	1.9	18	94	5	61	88	5	2	2	0.70
324268--324303	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
325337--325385	7	7.0	7	90	0	80	4	38	0	57	1.18
325337--325385	14	3.5	14	97	0	89	4	38	0	57	1.18

Tables:   1   2