genome.fa.s15315.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015315.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130360, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  547892

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3316--3466	56	2.6	58	82	9	184	43	2	2	50	1.29
3636--3689	16	3.4	16	84	0	63	27	25	7	38	1.83
4737--4787	19	2.7	19	100	0	102	29	21	11	37	1.89
10219--10261	18	2.4	18	88	7	61	48	0	0	51	1.00
16143--16182	21	2.0	20	85	5	53	32	2	7	57	1.40
16884--16948	30	2.1	31	83	8	80	27	6	7	58	1.50
17364--17410	24	2.0	23	87	4	67	36	0	0	63	0.94
18047--18090	20	2.3	19	84	11	54	18	4	13	63	1.46
18058--18137	41	2.0	41	87	0	115	21	3	11	63	1.42
18114--18139	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
20544--20584	21	2.0	21	90	9	68	58	4	14	21	1.55
27120--27145	12	2.2	12	100	0	52	53	23	7	15	1.67
29913--29989	34	2.3	32	80	12	91	36	2	6	54	1.40
29934--30004	17	4.2	17	77	0	79	39	4	4	52	1.41
31839--32235	58	6.8	57	82	9	400	35	25	5	33	1.79
31839--32202	116	3.1	117	85	7	456	35	24	4	34	1.77
31869--32153	29	9.8	28	73	16	215	36	24	5	33	1.79
31838--32202	29	12.5	30	70	19	163	35	24	4	34	1.77
36137--36200	25	2.7	22	77	13	56	20	18	10	50	1.77
43980--44053	37	2.0	37	94	0	130	32	16	24	27	1.96
44020--45107	209	5.2	209	90	0	1631	37	16	22	23	1.94
47387--47686	58	5.2	56	76	12	254	36	23	5	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47445--47686	29	8.5	28	68	18	117	36	23	4	34	1.77
47387--47663	113	2.4	114	82	9	314	36	23	5	35	1.78
56890--56942	17	3.1	17	83	0	61	26	28	26	18	1.98
57760--57805	24	2.0	22	83	8	56	30	2	0	67	1.03
58129--58208	41	2.0	41	85	5	108	22	2	10	65	1.35
58194--58242	26	2.0	26	84	8	66	32	2	6	59	1.34
71229--71291	6	10.2	6	79	6	54	19	3	6	71	1.21
83555--83579	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
83906--83932	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
86672--86729	24	2.4	24	91	0	98	18	20	25	34	1.96
93466--93523	28	2.1	28	96	0	107	46	3	12	37	1.58
97835--97915	23	3.5	23	87	0	90	28	23	22	25	1.99
102974--103070	47	2.1	47	98	0	185	28	16	19	35	1.94
118753--118786	18	1.9	18	94	5	61	44	14	0	41	1.45
123352--123394	23	1.9	22	95	4	77	39	0	9	51	1.34
125709--125733	12	2.1	12	100	0	50	20	16	16	48	1.82
125691--125758	36	1.9	35	90	3	109	19	20	19	41	1.91
125794--125832	19	2.1	19	90	0	60	69	10	5	15	1.34
132042--132107	22	3.1	22	73	14	59	62	0	1	36	1.05
133331--133395	30	2.2	30	88	0	94	58	12	4	24	1.53
133950--134008	31	1.9	31	85	0	82	42	5	13	38	1.66
134324--134359	16	2.2	16	95	0	63	41	0	19	38	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134533--134683	56	2.6	57	82	12	175	52	3	1	43	1.26
148275--148449	39	4.5	39	80	6	140	22	17	21	38	1.93
149816--149849	17	2.0	17	100	0	68	29	29	5	35	1.81
152666--152834	84	2.0	84	94	2	295	26	25	20	27	1.99
155280--155944	337	2.0	337	88	1	985	29	26	18	24	1.98
162689--162848	87	1.8	86	81	10	200	33	21	16	29	1.95
164286--164310	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
167103--167138	18	2.0	18	94	0	63	16	19	5	58	1.58
167946--167994	22	2.2	22	82	13	57	65	0	6	28	1.16
168506--168729	108	2.1	108	88	4	328	55	7	4	33	1.47
168997--169054	29	2.0	30	82	3	73	44	13	3	37	1.61
178236--178358	51	2.4	50	87	5	174	43	12	8	36	1.72
180682--180789	53	2.0	53	100	0	216	44	10	7	37	1.66
181587--181622	18	2.0	18	88	0	54	47	2	8	41	1.48
185711--185823	30	3.7	30	83	4	138	32	29	3	34	1.75
185712--185838	61	2.1	60	84	7	159	33	26	3	36	1.73
197820--197872	19	2.7	19	76	5	52	24	18	5	50	1.68
198469--198632	50	3.1	50	67	24	145	42	15	18	23	1.89
198564--198832	97	2.8	97	79	1	297	42	16	17	23	1.89
200453--200498	21	2.2	21	77	14	51	19	4	2	73	1.10
200453--200505	16	3.4	16	76	5	54	22	3	1	71	1.12
201507--201573	30	2.2	30	83	2	89	43	7	14	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208097--208266	10	17.1	9	67	20	65	60	4	0	35	1.18
208099--208176	29	3.2	23	77	15	61	62	3	0	33	1.13
208153--208255	40	2.6	39	79	10	111	61	4	0	33	1.17
208071--208193	19	6.3	19	67	12	61	60	4	0	34	1.21
212425--212457	15	2.3	15	89	5	50	54	0	3	42	1.15
212688--212717	9	3.4	9	95	4	53	60	0	0	40	0.97
214776--214816	18	2.3	18	82	0	55	34	21	41	2	1.67
218455--218490	15	2.4	15	100	0	72	25	27	8	38	1.84
221404--221439	3	12.0	3	87	0	54	38	0	61	0	0.96
230277--230518	51	4.7	51	84	2	270	29	23	14	31	1.94
237540--237828	51	5.6	51	88	4	395	29	23	13	32	1.93
248469--248669	54	3.5	56	83	9	264	33	15	12	38	1.86
248469--248697	114	2.0	111	85	5	300	31	16	14	36	1.90
248469--248702	54	4.1	56	80	12	241	31	16	14	37	1.89
252607--252641	17	2.1	16	89	5	52	54	0	8	37	1.31
252694--252730	19	1.9	19	88	0	56	43	0	10	45	1.39
252853--253466	93	6.6	93	92	0	987	45	6	4	44	1.48
254711--254760	20	2.5	20	80	6	57	24	4	6	66	1.32
254810--254878	36	1.9	36	85	8	97	34	5	4	55	1.44
254792--255107	153	2.1	154	95	0	562	36	6	3	53	1.44
256161--256243	31	2.7	29	85	12	112	32	4	3	59	1.36
257126--257282	52	2.9	55	77	9	169	45	14	15	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257398--257688	116	2.5	114	83	5	345	35	16	16	32	1.91
257335--257557	60	4.0	57	74	9	174	38	16	16	29	1.90
257237--257659	167	2.5	167	82	6	478	37	15	16	30	1.90
259854--259953	49	2.1	46	87	5	137	39	13	13	35	1.83
260543--260578	16	2.1	16	90	10	54	55	0	0	44	0.99
262848--262899	25	2.1	24	82	13	61	67	0	0	32	0.91
262840--262898	28	2.1	27	84	3	73	66	0	0	33	0.92
262853--262932	29	2.9	29	81	9	96	63	0	0	36	0.94
262852--262932	28	2.9	28	76	8	85	62	0	0	37	0.95
262853--262932	27	2.8	27	78	14	81	63	0	0	36	0.94
263980--264031	6	8.7	6	89	0	59	30	9	55	3	1.50
263980--264031	18	2.9	18	82	0	68	30	9	55	3	1.50
263980--264034	12	4.6	12	83	0	65	30	9	56	3	1.48
265178--265235	30	1.9	30	86	6	82	18	29	27	24	1.98
265792--265849	20	2.8	20	76	16	57	48	29	1	20	1.60
268303--268534	77	3.0	77	84	3	281	29	16	19	34	1.94
268303--268534	39	6.1	39	73	5	172	29	16	19	34	1.94
270775--270803	9	3.0	10	90	10	51	31	0	10	58	1.31
272045--272077	17	1.9	18	88	11	52	42	9	0	48	1.35
285032--285072	11	3.8	11	80	6	57	29	0	0	70	0.87
289450--289478	11	2.6	11	100	0	58	13	31	6	48	1.69
293912--293951	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299161--299204	19	2.4	18	82	14	54	52	15	2	29	1.55
311662--311696	17	2.1	17	89	10	54	62	0	5	31	1.18
315225--315291	33	2.0	33	97	0	125	32	23	10	32	1.89
316244--316287	17	2.8	16	76	10	54	43	0	0	56	0.99
317262--317329	31	2.1	31	83	5	82	48	8	5	36	1.59
320324--320981	327	2.0	327	93	0	1111	30	22	15	31	1.95
324891--324917	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
331036--331065	12	2.5	12	94	0	51	60	0	3	36	1.14
338419--338544	12	10.8	12	69	13	77	68	15	6	9	1.37
338405--338497	44	2.1	44	82	7	109	67	18	4	9	1.35

Tables:   1   2