genome.fa.s15316.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015316.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130361, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  577508

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319--2494	23	7.5	23	81	8	169	44	20	22	12	1.85
13225--13253	14	2.1	14	93	6	51	13	10	20	55	1.68
17315--17346	12	2.7	12	90	0	55	0	9	0	90	0.45
27533--27685	71	2.2	71	84	0	207	36	20	18	24	1.95
33778--33830	18	2.9	18	86	5	63	39	18	11	30	1.86
40483--40515	17	2.1	16	88	11	50	63	0	0	36	0.95
41957--42015	25	2.4	24	83	11	66	30	0	1	67	1.00
50744--50785	22	1.9	22	90	0	66	33	16	9	40	1.81
51218--51371	77	2.0	76	89	3	238	37	14	12	36	1.83
51295--51439	60	2.5	61	77	15	153	33	15	13	37	1.86
51514--51655	60	2.4	59	83	4	189	36	14	17	31	1.90
54676--54715	18	2.2	18	95	0	71	32	0	0	67	0.91
66280--66351	20	3.7	20	81	7	85	56	6	0	36	1.26
71051--71150	52	1.9	52	87	0	146	39	19	15	27	1.91
74618--74806	101	1.9	101	98	0	369	33	19	21	25	1.96
78540--78587	21	2.3	22	78	10	55	33	2	16	47	1.58
96261--96292	13	2.5	13	94	0	55	37	0	0	62	0.95
105820--105888	30	2.3	28	79	13	75	46	11	17	24	1.81
108896--108988	42	2.2	43	98	1	179	35	23	7	33	1.83
117354--117779	211	2.0	211	93	0	728	34	18	9	36	1.84
118740--118783	15	2.8	17	77	19	51	31	6	0	61	1.22
125355--126002	242	2.7	238	81	5	803	30	17	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133659--133689	9	3.4	9	95	0	53	83	0	0	16	0.64
134281--134316	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
134316--134354	2	19.5	2	94	0	69	53	0	46	0	1.00
136638--136679	20	2.0	22	90	9	70	47	0	0	52	1.00
136763--136804	12	3.5	12	90	0	66	0	57	0	42	0.99
136763--136804	6	7.0	6	94	0	57	0	57	0	42	0.99
137087--137142	24	2.3	24	96	0	103	39	12	16	32	1.85
139457--139849	52	7.6	52	88	1	592	25	14	24	35	1.93
140723--140762	21	1.9	21	94	0	71	30	17	27	25	1.97
143688--143721	17	2.0	17	100	0	68	23	0	17	58	1.38
143895--143927	16	2.1	16	94	0	57	54	3	18	24	1.57
144913--145306	52	7.6	52	88	0	592	26	13	23	36	1.92
148663--148702	21	1.9	21	85	10	55	65	5	0	30	1.14
149775--149842	34	1.9	35	82	5	84	45	27	7	19	1.76
152162--152225	26	2.4	26	78	2	65	25	17	18	39	1.92
152227--152378	41	3.7	41	83	3	153	19	20	30	30	1.97
170279--170617	98	3.4	98	80	2	342	38	18	25	18	1.93
173501--173535	11	3.0	12	83	8	54	11	8	0	80	0.92
173509--173547	20	2.0	20	90	5	62	7	12	0	79	0.93
177879--178121	134	1.8	135	87	3	364	40	12	8	38	1.73
178192--178253	19	3.2	20	72	19	60	51	3	1	43	1.27
185820--186062	134	1.8	135	87	3	364	40	12	8	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186133--186194	19	3.2	20	72	19	60	51	3	1	43	1.27
196463--196497	17	2.1	17	94	0	61	34	11	20	34	1.88
199000--199079	31	2.5	32	73	4	81	45	5	8	41	1.57
203103--203145	21	2.1	21	91	4	70	27	2	13	55	1.51
206633--207397	281	2.7	281	98	0	1458	34	12	18	34	1.89
209732--209766	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
213042--213066	13	1.9	13	100	0	50	24	24	36	16	1.94
213217--213249	11	2.8	12	86	9	50	18	18	12	51	1.76
213338--213383	23	2.0	23	83	8	58	39	10	17	32	1.84
213649--213695	20	2.3	20	96	0	85	27	6	6	59	1.46
215099--215146	22	2.1	23	88	3	71	64	16	12	6	1.46
236232--236289	29	2.0	30	86	3	82	46	15	5	32	1.68
236599--236628	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
240623--240769	23	6.3	23	76	12	122	43	20	24	11	1.85
240669--240768	25	4.2	25	70	21	79	45	20	24	11	1.83
240623--240768	71	2.1	69	86	7	197	43	19	24	11	1.84
245778--245805	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
249718--249769	12	4.4	12	80	2	61	69	25	1	3	1.16
249720--249765	24	2.0	24	91	4	76	67	26	2	4	1.21
249754--249779	8	3.2	8	100	0	52	76	23	0	0	0.78
249704--249771	20	3.2	20	76	15	73	69	23	1	5	1.19
249744--249798	28	1.9	29	88	3	85	72	20	1	5	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249718--249800	12	6.6	12	73	10	58	69	22	2	4	1.19
249762--249848	23	3.8	24	78	17	78	70	18	3	8	1.27
249785--249860	20	3.7	20	83	11	84	69	18	3	7	1.29
249797--249858	20	3.0	20	88	6	88	69	16	4	9	1.33
249788--249858	22	3.3	22	86	9	101	70	16	4	8	1.28
259059--259084	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
265750--265807	17	3.5	17	76	4	64	5	3	48	43	1.42
265748--265812	33	2.0	33	96	0	121	4	6	47	41	1.49
265855--266473	93	7.0	84	83	10	596	16	22	18	43	1.88
265998--266444	93	4.8	93	92	0	723	16	23	17	42	1.89
265907--266444	279	2.0	267	87	5	781	16	23	18	42	1.88
290820--290852	6	5.5	6	100	0	66	0	15	48	36	1.45
306672--306736	25	2.6	25	73	20	64	55	4	1	38	1.30
307935--307968	17	1.9	18	88	5	52	58	2	0	38	1.13
313587--313625	15	2.7	14	80	7	51	28	0	2	69	1.02
314406--314440	11	3.2	11	91	0	52	0	37	0	62	0.95
315092--315117	5	5.2	5	100	0	52	19	0	42	38	1.51
315481--315560	23	3.5	22	84	3	88	38	28	20	12	1.89
315555--315624	23	3.0	23	97	0	131	40	21	30	8	1.83
317597--317696	43	2.3	43	87	1	139	32	14	17	37	1.89
318072--318129	28	2.0	30	83	12	77	46	1	1	50	1.22
320362--320392	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320637--320664	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
320767--320808	16	2.6	16	82	10	59	73	0	0	26	0.83
320768--320814	18	2.7	18	81	18	55	72	0	0	27	0.85
329797--329924	37	3.3	37	67	23	100	46	4	7	42	1.52
329783--329937	80	1.9	81	90	1	249	44	6	6	42	1.55
330105--330134	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
333719--333761	4	10.8	4	85	9	61	76	0	23	0	0.78
334125--334167	21	2.1	21	86	4	61	25	2	13	58	1.48
335564--335606	22	1.9	23	85	4	61	46	0	2	51	1.13
339301--339329	11	2.6	11	100	0	58	65	0	0	34	0.93
339578--339612	16	2.2	16	94	0	61	37	31	5	25	1.80
345263--345340	36	2.2	37	83	4	97	56	5	3	34	1.40
345496--345597	49	2.0	51	83	10	131	49	1	1	47	1.24
346079--346148	31	2.3	30	87	4	104	32	4	5	57	1.42
348146--348240	48	2.0	48	87	6	140	17	35	9	36	1.83
350471--350521	24	2.1	24	96	0	93	29	9	15	45	1.79
350461--350521	24	2.4	26	81	13	81	26	8	16	49	1.73
353765--353820	24	2.3	25	75	9	62	7	17	1	73	1.15
354231--354846	198	3.1	197	88	4	895	40	9	16	33	1.82
357133--357162	15	1.9	16	93	6	53	13	6	10	70	1.34
360394--360448	26	2.2	25	83	9	67	56	0	25	18	1.42
363910--363934	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
367022--367072	18	2.8	19	82	8	70	25	21	23	29	1.99
368672--368717	21	2.2	21	88	7	67	36	19	13	30	1.90
379167--379233	18	3.7	18	89	0	98	20	20	25	32	1.97
379271--379331	27	2.3	27	97	0	113	44	11	31	13	1.79
379971--380042	21	3.4	21	73	3	65	26	15	23	34	1.94
386135--386231	48	2.0	48	97	0	185	20	26	19	32	1.97
388010--388053	13	3.2	13	83	6	52	36	27	4	31	1.77
388871--388915	23	1.9	24	82	13	58	35	15	4	44	1.67
389344--389494	43	3.5	42	81	3	176	27	27	16	27	1.97
389442--389545	51	2.0	52	83	5	131	25	24	18	32	1.97

Tables:   1   2