genome.fa.s15317.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015317.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130362, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  666550

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 168 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209--370	55	2.8	57	83	8	170	34	18	16	30	1.93
3522--3552	6	5.2	6	100	0	62	0	32	0	67	0.91
9726--10079	176	2.0	176	94	1	629	22	19	17	40	1.91
12594--12639	23	2.0	24	91	4	76	41	0	56	2	1.11
19732--19869	69	2.0	69	100	0	276	40	10	20	28	1.85
23765--23831	30	2.3	29	82	7	82	56	4	2	35	1.35
23781--23835	29	1.9	29	85	10	78	61	7	5	25	1.44
23782--23835	28	2.0	27	82	10	65	62	5	5	25	1.39
25631--25677	21	2.2	21	85	7	60	29	14	21	34	1.93
25683--25737	21	2.6	21	80	8	58	49	10	7	32	1.65
25707--25755	14	3.5	14	77	0	53	53	8	4	34	1.50
25708--25757	21	2.4	21	86	0	64	54	8	4	34	1.49
26662--26726	21	3.2	20	77	4	67	40	3	18	38	1.66
26741--26775	14	2.5	14	90	0	52	31	11	31	25	1.91
45894--45925	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
52922--52990	29	2.4	29	80	4	77	23	10	5	60	1.50
52922--52999	29	2.7	28	78	7	75	26	10	5	57	1.52
56793--56818	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60151--60190	21	1.9	21	89	0	62	45	7	5	42	1.54
66148--66187	19	2.0	20	85	4	55	35	15	5	45	1.68
66248--66292	22	2.0	22	83	8	56	48	2	2	46	1.26
68015--68077	31	2.1	30	85	8	83	47	0	4	47	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73005--73039	18	1.9	18	88	0	52	37	28	14	20	1.91
77496--77538	21	2.0	23	86	9	63	76	2	18	2	1.00
80207--80244	16	2.4	16	95	0	67	44	0	18	36	1.50
80474--80551	26	2.8	27	76	14	77	51	5	0	43	1.24
80423--80551	60	2.2	59	83	9	158	51	3	0	44	1.25
82974--83093	60	2.0	60	98	0	231	44	11	12	31	1.78
89697--89767	35	2.0	35	97	0	133	30	19	21	28	1.97
92147--92185	21	1.9	21	84	5	53	20	2	7	69	1.26
93330--93369	19	2.1	19	95	0	71	35	5	2	57	1.34
99393--99452	29	2.1	29	81	6	68	28	1	18	51	1.55
99597--99658	29	2.1	31	90	6	101	38	16	11	33	1.84
106869--106946	41	1.9	41	81	5	95	20	29	16	33	1.95
114506--114612	36	3.0	35	80	10	126	28	19	33	18	1.96
115314--115396	20	3.9	20	75	14	67	28	4	20	45	1.71
115363--115415	5	10.6	5	76	8	54	30	1	20	47	1.61
115363--115415	25	2.1	25	92	0	88	30	1	20	47	1.61
115314--115415	45	2.3	45	84	0	132	28	3	20	47	1.68
121756--121789	11	2.9	12	86	8	52	5	8	5	79	1.05
131728--131939	80	2.6	80	87	0	298	24	17	24	33	1.96
131984--132147	82	2.0	82	86	2	231	25	19	22	32	1.97
139749--139894	78	1.9	78	81	2	177	45	10	10	32	1.73
143448--143504	24	2.4	24	87	0	78	52	10	14	22	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143460--143507	24	2.0	24	95	0	87	52	8	14	25	1.69
145780--145822	21	2.0	21	100	0	86	34	13	0	51	1.42
150233--150262	2	14.5	2	93	6	51	0	50	3	46	1.18
157263--157297	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
177259--177321	24	2.6	24	87	0	90	26	14	9	49	1.74
177724--177798	24	3.1	24	92	0	114	25	10	8	56	1.61
177732--177810	24	3.3	24	87	3	97	29	12	7	50	1.68
177259--178155	489	1.8	489	92	1	1512	26	15	12	45	1.82
181701--181763	24	2.6	24	89	0	90	30	11	6	52	1.61
182206--182249	23	1.9	23	90	9	72	27	0	31	40	1.56
184520--184630	56	2.0	56	98	0	213	33	15	21	29	1.94
187011--187102	25	3.7	25	79	0	103	22	16	26	34	1.95
187831--187874	21	2.1	21	91	0	70	29	15	22	31	1.95
192439--192597	59	2.7	59	98	0	300	28	16	18	35	1.93
194738--194771	8	4.2	8	100	0	68	23	14	11	50	1.76
208541--208779	117	2.0	117	83	2	300	55	13	8	22	1.65
210959--210992	9	3.7	9	88	4	50	32	8	14	44	1.76
228717--228789	27	2.8	27	72	13	64	53	4	2	39	1.34
241605--241652	21	2.3	21	100	0	96	29	22	4	43	1.72
244248--244279	15	2.1	15	94	0	55	78	0	21	0	0.76
247627--247676	18	2.8	18	90	0	73	48	14	8	30	1.72
250548--250581	12	2.6	13	90	9	52	41	5	26	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254872--254926	24	2.2	24	90	3	83	45	10	16	27	1.80
257536--257585	12	3.9	12	78	21	57	2	26	0	72	0.96
257534--257586	15	3.5	15	80	14	65	1	28	0	69	0.99
257548--257592	18	2.6	17	86	13	58	4	26	0	68	1.08
269126--269170	20	2.2	20	84	7	56	51	2	13	33	1.53
277610--277657	25	2.0	24	87	4	69	37	12	12	37	1.81
277871--277946	11	6.8	11	70	24	52	53	2	0	43	1.14
293340--293495	3	50.7	3	77	20	130	66	1	0	30	1.07
293397--293470	4	18.2	4	78	10	62	67	4	0	28	1.09
294103--294273	74	2.3	74	79	7	184	26	24	21	28	1.99
299915--299968	20	2.4	23	82	14	60	64	3	9	22	1.38
301323--301455	60	2.2	60	82	5	162	24	13	14	47	1.80
306056--306094	14	2.8	14	84	0	51	38	7	20	33	1.81
311713--311755	22	2.0	22	86	9	61	18	30	13	37	1.90
316481--316553	31	2.4	31	83	4	85	32	9	6	50	1.61
316893--317006	31	3.8	27	70	18	66	42	10	9	37	1.72
317576--317635	31	2.0	30	90	3	93	48	10	13	28	1.74
319880--319930	21	2.4	21	80	6	59	33	27	11	27	1.92
320715--320956	52	4.7	52	90	1	342	33	23	13	29	1.93
330819--330868	17	3.1	17	78	16	61	48	8	0	44	1.32
334109--334133	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
336499--336535	19	1.9	19	88	0	56	56	2	2	37	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337558--337617	20	3.0	19	83	13	68	58	5	1	35	1.30
337560--337622	19	3.2	20	82	13	78	55	4	1	38	1.31
337613--337661	24	2.1	24	88	7	75	57	0	0	42	0.99
339434--339500	27	2.5	27	90	0	98	10	11	41	35	1.76
354002--354045	18	2.4	18	88	0	70	40	29	15	13	1.86
360157--360202	3	15.3	3	78	17	51	67	0	32	0	0.91
360157--360202	21	2.2	21	84	7	58	67	0	32	0	0.91
369089--369190	17	5.8	18	74	10	86	63	1	7	26	1.32
369143--369258	35	3.4	33	72	15	101	65	5	6	22	1.37
369362--369417	30	1.9	28	82	13	69	53	5	14	26	1.62
374172--374289	59	2.0	59	91	0	191	22	13	25	38	1.90
383788--383996	87	2.4	87	90	1	321	33	19	20	27	1.97
398096--398137	20	2.1	20	91	8	68	42	0	23	33	1.55
398550--398725	52	3.4	52	84	2	219	27	13	25	33	1.93
404843--404884	20	2.1	20	91	8	68	42	0	23	33	1.55
405744--406016	52	5.2	52	83	2	289	29	14	23	32	1.94
405744--405997	103	2.4	104	83	1	294	29	13	23	34	1.93
409699--409773	24	3.1	24	75	9	71	25	22	24	28	2.00
414172--414229	24	2.4	24	85	5	73	22	20	25	31	1.98
414185--414231	24	2.0	24	91	0	76	23	21	25	29	1.99
417488--417576	24	3.7	24	80	7	99	20	19	28	32	1.96
428852--428903	20	2.5	20	80	19	63	28	3	0	67	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
429801--429841	18	2.3	18	91	0	64	43	12	36	7	1.70
433481--433529	21	2.3	21	85	0	62	42	28	14	14	1.84
435450--435708	127	2.0	128	91	0	421	28	16	20	34	1.94
445242--445268	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
452054--452086	16	2.1	16	94	0	57	54	6	3	36	1.41
455168--455200	16	2.1	16	100	0	66	18	6	6	69	1.30
455192--455659	23	20.4	23	85	1	393	34	5	13	47	1.65
455192--455663	46	10.3	46	86	3	592	34	5	13	47	1.64
455192--455663	69	6.9	69	85	2	567	34	5	13	47	1.64
459133--459600	23	20.3	23	84	1	598	32	5	14	47	1.68

Tables:   1   2