genome.fa.s15324.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015324.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130370, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  507159

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
462--587	45	2.8	44	85	4	162	31	26	22	19	1.98
593--635	21	2.0	21	86	0	59	23	34	13	27	1.93
9617--9672	23	2.5	22	80	11	69	44	0	0	55	0.99
11342--11370	13	2.3	13	94	5	51	0	10	0	89	0.48
16033--16103	23	3.0	23	78	11	90	35	16	23	23	1.95
16428--16522	30	3.2	30	93	0	145	26	5	13	54	1.60
18728--18769	13	3.2	13	87	12	59	33	2	21	42	1.66
35382--35415	15	2.3	15	94	0	59	91	0	8	0	0.43
41717--41761	15	3.0	15	80	0	54	15	4	73	6	1.21
42327--42365	18	2.2	18	85	0	51	17	10	35	35	1.84
46805--46896	42	2.2	42	100	0	184	23	18	18	39	1.92
55043--55079	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
62456--62560	51	2.1	50	80	5	113	38	4	18	39	1.72
67041--67070	15	2.0	15	100	0	60	60	13	13	13	1.60
67414--67464	22	2.3	23	75	18	54	43	1	0	54	1.11
69517--69553	5	6.7	6	87	12	53	0	13	0	86	0.57
70500--70531	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
79897--79964	24	2.8	24	93	0	109	25	11	10	52	1.69
79897--79976	24	3.3	23	86	6	97	26	13	11	48	1.76
81363--81513	76	2.0	76	98	0	293	33	17	15	33	1.92
84061--84113	13	4.1	12	77	22	54	45	1	0	52	1.11
84174--84206	7	4.9	7	92	3	50	0	63	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84167--84207	13	3.1	13	82	6	55	0	63	0	36	0.95
84738--84789	12	4.2	12	85	4	50	44	0	53	1	1.11
84738--84779	19	2.3	18	84	8	57	40	0	59	0	0.97
84736--84771	6	5.8	6	93	6	63	36	0	63	0	0.94
84847--84887	11	3.8	11	87	3	57	53	0	0	46	1.00
88117--88159	3	14.7	3	80	4	52	2	30	0	67	1.03
96799--96845	23	2.1	22	84	11	60	55	8	8	27	1.59
97088--97150	30	2.1	30	88	2	92	47	11	7	33	1.68
101582--101631	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
101810--101847	19	1.9	20	89	10	60	21	5	2	71	1.19
106483--106535	11	5.0	10	77	8	52	79	0	18	1	0.83
107661--107707	7	6.6	7	81	13	60	61	0	0	38	0.96
107661--107713	29	1.9	28	85	11	74	64	0	0	35	0.94
108850--109203	29	12.0	29	75	14	289	34	33	4	28	1.77
108850--109203	59	6.0	58	86	5	437	34	33	4	28	1.77
108906--109203	119	2.5	117	89	3	454	34	32	4	28	1.76
118690--118731	18	2.6	15	82	17	57	42	0	0	57	0.99
122992--123078	39	2.2	39	95	0	156	33	10	5	50	1.60
129304--129330	4	6.8	4	100	0	54	51	25	0	22	1.48
130936--130970	3	11.7	3	87	0	52	0	40	0	60	0.97
130921--130973	18	2.9	18	86	5	63	3	39	1	54	1.29
130935--130979	6	7.5	6	87	0	54	0	46	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138170--138310	50	2.8	49	83	4	158	35	2	8	53	1.43
143336--143394	14	4.1	14	76	8	55	52	3	0	44	1.17
143332--143394	30	2.1	30	90	0	99	53	3	0	42	1.16
143611--143661	22	2.3	21	80	9	57	60	9	3	25	1.45
144432--144485	20	2.7	19	81	16	56	66	5	0	27	1.13
144612--144663	9	5.7	9	80	11	61	63	5	0	30	1.18
145114--145142	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
145178--145262	10	9.0	10	76	13	83	34	1	2	62	1.16
145181--145261	19	4.2	20	69	25	59	35	1	2	60	1.18
145159--145258	46	2.1	47	90	1	166	35	1	3	61	1.18
145178--145250	28	2.6	29	81	14	82	34	1	2	61	1.19
145159--145262	18	5.6	19	69	17	83	34	0	2	61	1.17
145231--145270	20	2.0	20	85	9	55	37	5	0	57	1.21
146050--146126	33	2.3	33	90	0	118	25	27	25	20	1.99
150066--150092	14	1.9	14	100	0	54	33	22	7	37	1.82
151733--151771	19	2.0	21	85	10	55	46	0	12	41	1.42
160215--160267	28	1.9	27	84	3	70	30	3	5	60	1.37
164449--164582	67	2.0	67	89	2	205	41	3	5	48	1.45
165364--165392	6	4.8	6	100	0	58	0	51	0	48	1.00
167857--167898	22	1.9	22	85	0	57	66	7	0	26	1.17
184213--184250	6	6.2	6	93	3	58	52	13	2	31	1.54
186656--186736	29	2.7	29	86	5	99	45	12	8	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192748--192780	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
194125--194194	23	3.0	23	87	2	104	31	12	15	40	1.85
194114--194189	12	6.3	12	69	14	50	30	15	14	39	1.88
194860--194942	20	4.0	21	82	14	111	34	16	25	22	1.95
199951--200004	20	2.7	20	77	11	74	33	9	27	29	1.88
200092--200159	30	2.3	29	82	2	73	47	2	22	27	1.66
201000--201103	52	2.0	53	98	1	201	23	2	22	51	1.61
201948--201988	16	2.5	16	80	4	55	75	0	0	24	0.80
202369--202419	10	5.2	10	73	4	50	39	1	0	58	1.09
206711--206749	20	2.0	20	90	10	62	28	0	10	61	1.28
207415--207464	24	2.0	25	81	11	59	36	8	10	46	1.67
208248--208276	14	2.1	14	100	0	58	6	34	6	51	1.55
209038--209088	15	3.5	15	75	5	50	58	7	5	27	1.49
209209--209255	22	2.1	22	88	7	69	59	2	0	38	1.09
212697--212746	19	2.6	19	87	12	68	30	0	8	62	1.24
213128--213171	23	1.9	23	85	0	61	52	2	6	38	1.41
214750--214795	24	1.9	24	90	0	74	28	13	17	41	1.86
215219--215315	28	3.5	28	100	0	194	35	13	30	20	1.91
218623--218783	80	2.0	80	100	0	322	43	9	26	20	1.83
219486--219529	19	2.2	19	84	8	52	15	0	15	68	1.22
233562--233615	22	2.5	22	75	6	56	48	3	1	46	1.30
234275--234324	18	2.7	18	78	6	55	38	2	2	58	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234389--234426	20	1.9	20	88	0	58	50	0	10	39	1.37
234506--234550	3	15.3	3	95	4	83	31	0	0	68	0.89
240189--240265	24	3.3	24	78	7	68	55	1	3	38	1.26
240552--240577	6	4.3	6	100	0	52	0	19	0	80	0.71
244058--244091	7	4.9	7	92	0	59	29	14	26	29	1.95
248410--248437	14	2.0	14	100	0	56	28	50	7	14	1.69
264651--264878	108	2.1	110	95	2	415	21	14	16	46	1.83
266172--266204	14	2.3	15	89	5	50	54	0	0	45	0.99
271279--271322	6	7.3	6	81	0	52	63	2	29	4	1.26
286946--286990	22	2.0	22	82	0	54	42	2	0	55	1.12
293859--293894	5	7.2	5	100	0	72	19	0	38	41	1.52
294796--294852	21	2.7	21	86	10	80	75	1	8	14	1.11
294822--294851	15	1.9	16	93	6	53	73	0	10	16	1.09
294796--294857	22	2.9	22	90	7	92	74	1	9	14	1.15
295622--295651	14	2.1	14	93	0	51	73	3	6	16	1.18
295653--295695	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
300646--300714	25	2.8	24	95	4	97	15	21	23	39	1.92
300646--300776	23	5.5	25	78	13	132	14	20	21	43	1.87
300645--300796	25	6.4	22	80	13	96	14	22	21	42	1.89
300651--300823	71	2.5	66	82	11	186	14	21	20	43	1.87
305356--305426	30	2.5	28	82	15	76	50	0	1	47	1.09
305514--305562	19	2.4	19	80	10	53	30	4	4	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309003--309051	26	1.9	26	87	4	73	36	4	2	57	1.30
312927--313163	131	1.8	129	90	3	386	30	10	16	41	1.83
313275--313311	16	2.4	15	90	4	56	56	5	0	37	1.22
319573--319838	131	2.0	129	86	4	363	27	14	21	36	1.93
319883--319917	17	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
320654--320718	18	3.6	18	71	10	51	61	6	1	30	1.29
324729--324780	10	4.9	10	73	13	50	73	3	1	21	1.10
325110--325158	9	5.3	9	80	11	55	40	2	0	57	1.10
325139--325169	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
327553--327605	22	2.3	23	84	9	74	35	0	1	62	1.06

Tables:   1   2