genome.fa.s15325.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015325.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130371, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  591955

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1137--1184	15	3.3	15	76	2	53	14	16	27	41	1.87
1207--1270	17	3.8	17	89	0	92	53	3	0	43	1.16
2374--2468	47	2.0	47	93	0	163	32	0	7	60	1.25
4662--4703	22	2.0	22	90	4	68	38	4	14	42	1.66
11498--11528	16	1.9	16	93	0	53	45	0	22	32	1.53
15850--15875	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
16424--16507	42	2.0	42	86	4	116	30	0	20	48	1.50
21169--21214	17	2.7	17	93	0	83	19	34	0	45	1.51
22371--22451	9	8.9	9	73	17	69	30	2	2	64	1.20
22418--22450	17	2.0	17	88	5	50	24	0	3	72	0.98
22573--22618	19	2.4	19	85	0	56	26	4	0	69	1.07
22531--22598	26	2.5	28	81	13	88	29	2	2	64	1.22
22587--22638	9	5.7	9	81	2	50	21	3	3	71	1.18
22586--22628	19	2.3	19	88	8	61	20	2	2	74	1.04
23914--24043	59	2.2	60	91	2	208	26	16	6	51	1.67
30077--30135	26	2.3	26	87	0	82	57	0	16	25	1.39
32104--32128	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
39819--39844	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
43088--43177	46	2.0	46	84	4	121	34	7	24	33	1.84
44764--44797	16	2.2	15	89	5	50	47	2	0	50	1.16
46857--46923	31	2.2	31	83	5	82	49	4	2	43	1.38
67667--67718	4	12.5	4	84	8	59	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67668--67718	13	4.0	13	79	5	59	68	0	31	0	0.90
67667--67718	25	2.1	25	85	0	68	67	0	32	0	0.91
67666--67718	21	2.5	21	78	6	63	66	0	33	0	0.92
67755--67802	20	2.5	19	83	6	60	37	2	0	60	1.09
70343--70393	14	3.6	14	74	10	50	23	1	23	50	1.59
70338--70405	28	2.4	29	78	9	79	25	5	20	48	1.72
70672--70808	45	3.0	45	89	0	202	18	21	27	31	1.97
72767--72816	16	3.2	16	73	21	52	34	0	6	60	1.21
73276--73300	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
74391--74419	15	1.9	15	100	0	58	65	20	13	0	1.26
79073--79098	3	8.7	3	100	0	52	0	34	30	34	1.58
85725--85780	27	2.1	27	100	0	112	19	10	28	41	1.85
91429--91471	19	2.2	20	87	4	61	37	0	6	55	1.27
91460--91541	43	1.9	42	81	16	98	30	2	2	64	1.19
95630--95667	5	7.6	5	90	0	58	78	0	15	5	0.91
96645--96702	15	3.6	15	75	22	55	58	6	1	32	1.35
97273--97308	18	2.0	18	94	0	63	44	19	5	30	1.73
100849--100918	31	2.3	31	85	2	88	21	12	17	48	1.80
106019--106156	23	6.0	23	86	5	172	44	21	19	14	1.86
106019--106156	69	2.0	69	85	7	190	44	21	19	14	1.86
106028--106177	23	6.5	22	79	9	120	44	21	21	13	1.86
106028--106177	46	3.2	46	84	5	142	44	21	21	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119874--119903	14	2.1	14	93	0	51	3	13	10	73	1.21
122758--122792	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
126342--126390	24	2.0	24	100	0	98	67	4	4	24	1.26
129506--129536	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
133148--133200	23	2.3	23	77	6	54	60	3	0	35	1.15
133221--133250	7	4.3	7	100	0	60	66	0	0	33	0.92
138556--138637	6	14.3	6	69	23	61	45	1	1	52	1.16
138593--138644	10	4.8	10	82	17	68	44	0	1	53	1.11
138577--138644	27	2.7	25	84	10	86	44	1	1	52	1.19
138556--138644	17	5.3	16	78	8	97	44	1	1	52	1.15
139265--139306	19	2.2	20	87	12	61	54	0	0	45	0.99
140366--140764	59	6.8	59	87	0	546	35	30	2	31	1.71
140366--140787	118	3.6	118	88	1	603	35	30	2	31	1.72
140367--140764	177	2.2	176	91	3	629	35	30	2	31	1.71
142785--142834	16	3.2	16	81	16	52	28	0	0	72	0.86
144856--144892	16	2.2	17	90	4	58	83	2	2	10	0.84
145224--145275	20	2.8	18	78	21	63	42	5	3	48	1.45
153541--153619	22	3.5	22	74	6	68	34	18	12	34	1.89
160995--161031	19	2.0	19	89	5	58	37	2	0	59	1.12
163853--163892	6	6.7	6	97	0	71	32	0	37	30	1.58
172406--172442	6	6.2	6	100	0	74	51	0	32	16	1.45
172402--172440	18	2.2	18	95	0	69	51	0	30	17	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174994--175041	21	2.2	22	85	10	64	62	4	2	31	1.26
174994--175059	21	3.0	21	78	14	62	60	3	3	33	1.27
176229--176260	16	2.0	16	93	0	55	65	0	6	28	1.16
176549--176640	6	15.8	6	69	10	57	43	0	4	52	1.21
176534--176640	17	6.2	17	82	3	106	42	0	6	51	1.28
176549--176627	35	2.3	34	82	2	95	41	0	3	54	1.18
176684--176729	22	2.1	22	88	4	67	47	19	10	21	1.80
178390--178756	30	12.4	30	69	17	123	38	26	2	31	1.71
178390--178784	29	13.4	29	71	15	195	38	26	3	32	1.72
178510--178756	59	4.2	59	80	6	277	39	27	2	30	1.70
178408--178826	118	3.5	117	76	12	340	36	27	3	32	1.75
180676--180724	21	2.3	21	78	0	53	30	12	20	36	1.89
181084--181138	26	2.1	26	90	6	85	34	21	10	32	1.89
184205--184378	14	12.4	14	68	16	65	26	1	28	44	1.62
184221--184268	21	2.3	21	81	0	60	20	2	31	45	1.63
184205--184316	35	3.2	35	78	5	93	25	0	28	44	1.60
184263--184378	42	2.8	41	76	16	112	27	0	26	44	1.60
184317--184405	28	3.2	28	82	3	92	23	2	32	41	1.67
184365--184414	26	2.0	26	92	4	84	18	2	40	40	1.62
191550--191584	18	1.9	18	88	0	52	0	40	8	51	1.33
192724--192765	21	2.1	21	86	8	61	45	2	0	52	1.13
199552--199595	14	2.8	17	70	22	51	31	11	4	52	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210211--210255	21	2.1	22	84	12	58	53	0	2	44	1.13
217265--217316	24	2.2	24	86	6	70	46	9	30	13	1.75
221368--221405	16	2.3	17	86	4	51	63	0	0	36	0.95
222251--222316	29	2.6	24	72	22	62	60	10	9	19	1.56
222303--222340	11	3.5	11	88	0	58	60	10	10	18	1.57
222298--222362	22	3.0	22	76	0	67	64	16	7	10	1.47
225346--225403	30	1.9	30	85	0	80	29	3	6	60	1.39
225528--225624	31	3.2	30	72	8	90	48	6	2	43	1.39
227553--227585	15	2.1	16	88	5	50	27	3	9	60	1.42
228041--228087	20	2.4	18	78	21	51	63	0	6	29	1.19
228041--228089	19	2.6	18	77	22	55	61	0	6	32	1.21
231166--231373	29	7.1	29	87	5	276	34	26	2	35	1.72
231166--231403	59	4.1	59	82	8	288	34	27	2	34	1.72
231152--231403	88	2.8	86	81	9	294	34	28	3	34	1.75
232369--232464	47	2.0	47	95	0	174	35	8	13	42	1.74
233193--233253	25	2.5	25	78	2	70	34	6	8	50	1.58
233437--233461	13	1.9	13	100	0	50	20	16	24	40	1.91
235801--235872	30	2.4	29	88	9	101	54	16	2	26	1.56
236464--236505	3	14.7	3	80	9	52	0	26	0	73	0.83
236776--236800	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
236984--237022	14	2.7	14	88	4	51	56	0	0	43	0.99
241092--241129	18	2.1	19	85	14	53	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241092--241157	16	3.9	16	80	13	62	60	3	1	34	1.21
241097--241157	17	3.7	16	80	10	61	60	3	1	34	1.23
241628--241657	9	3.3	9	100	0	60	56	10	10	23	1.62
241940--242008	28	2.5	28	100	0	138	28	18	10	42	1.83
245630--245673	4	11.0	4	95	0	79	25	2	25	47	1.63
249707--249756	3	17.0	3	83	4	66	60	2	4	34	1.27
249841--249897	25	2.4	25	83	13	75	61	0	0	38	0.96
250607--250656	12	4.1	12	82	5	55	70	2	0	28	0.99
250614--250674	25	2.4	25	86	0	77	67	6	0	26	1.15
255481--255534	21	2.6	21	82	5	65	40	3	12	42	1.61

Tables:   1   2   3