genome.fa.s15328.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015328.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130374, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  430948

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20902--20929	5	5.6	5	100	0	56	42	0	0	57	0.99
24835--24929	9	10.3	9	69	19	63	30	4	1	64	1.19
25581--25668	23	3.8	23	87	4	115	40	17	12	29	1.86
25580--25668	47	1.9	46	86	6	126	41	16	12	29	1.85
25582--25678	23	4.1	23	79	9	90	41	15	12	30	1.84
26252--26309	30	1.9	31	85	3	82	51	12	13	22	1.74
26922--26981	25	2.3	27	81	16	74	60	11	8	20	1.57
37549--37606	28	2.1	27	87	3	80	25	8	31	34	1.86
37585--37922	29	11.5	28	75	12	209	36	3	26	33	1.73
37592--38020	58	7.3	59	81	7	319	36	3	25	34	1.72
37561--37788	29	7.8	29	76	15	154	33	4	28	32	1.78
37650--38050	29	13.7	29	74	15	265	36	3	25	34	1.72
39087--39173	6	14.0	6	73	20	54	45	1	0	52	1.08
39087--39165	24	3.4	24	70	24	71	45	1	0	53	1.08
39087--39169	15	6.0	14	74	20	77	45	1	0	53	1.08
39824--39892	17	4.1	17	83	5	95	52	1	0	46	1.09
47840--47872	11	3.2	11	83	16	52	39	0	9	51	1.34
58674--58733	29	2.1	28	81	9	75	46	8	13	31	1.72
60832--61087	58	4.3	58	76	10	191	35	2	27	33	1.71
60832--61146	117	2.7	119	81	7	338	37	2	26	33	1.70
60886--61146	59	4.4	58	80	8	258	37	1	27	33	1.68
60890--61041	30	5.1	31	69	17	106	37	1	27	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61003--61112	29	3.6	30	74	9	98	37	2	26	33	1.71
60827--61204	59	6.4	58	76	13	251	36	2	27	33	1.71
61047--61261	30	7.3	29	74	9	150	38	2	22	37	1.67
61115--61273	59	2.7	59	85	4	196	38	1	21	38	1.64
61121--61270	30	5.0	30	80	5	153	39	2	20	38	1.64
67845--68166	59	5.4	59	76	9	228	40	2	23	32	1.69
67902--68165	120	2.2	120	82	8	308	40	2	24	32	1.69
68046--68189	30	4.9	29	73	18	95	41	3	21	33	1.70
68082--68320	60	4.0	60	81	10	235	39	2	23	35	1.66
68059--68323	90	3.0	90	82	8	287	39	2	23	35	1.67
68066--68323	30	8.7	29	78	11	195	38	2	23	35	1.68
69387--69424	9	4.2	9	96	0	58	36	0	0	63	0.95
69391--69489	3	32.0	3	76	4	81	35	2	5	57	1.32
70095--70187	6	16.0	6	71	18	72	51	4	1	43	1.28
70095--70187	17	5.4	17	81	12	100	51	4	1	43	1.28
75550--75749	30	6.7	30	89	6	273	32	2	31	35	1.69
75550--75754	89	2.3	90	87	5	283	32	1	31	34	1.69
75550--75749	59	3.4	58	86	7	285	32	2	31	35	1.69
77672--77742	17	4.1	17	80	8	72	47	2	2	46	1.31
77687--77733	6	8.2	6	81	9	62	51	0	2	46	1.13
80283--80316	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
82806--82850	22	2.0	22	100	0	90	22	4	8	64	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90042--90072	3	10.3	3	100	0	62	64	0	35	0	0.94
91385--91429	22	2.1	21	83	4	54	46	4	2	46	1.35
92096--92122	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
99565--99621	27	2.1	27	83	6	71	40	7	3	49	1.47
99704--99750	17	2.7	18	90	9	71	57	2	0	40	1.11
104381--104409	15	1.9	15	100	0	58	75	0	0	24	0.80
107539--107594	17	3.3	17	87	9	87	55	3	0	41	1.17
112997--113084	31	3.0	29	80	6	79	42	13	11	32	1.80
114321--114388	31	2.3	30	82	10	77	55	5	5	32	1.48
128874--128907	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
130783--130840	26	2.3	26	80	17	68	63	0	0	36	0.94
140374--140430	28	2.0	28	96	0	105	36	3	26	33	1.74
144785--145041	52	4.9	52	86	1	320	30	15	21	32	1.95
144786--145080	156	1.9	156	82	5	373	29	15	22	31	1.95
146520--146633	41	2.8	41	95	0	210	28	5	28	37	1.79
149716--149811	41	2.3	41	94	0	165	30	6	27	36	1.81
150424--150474	26	1.9	26	84	4	66	58	15	15	9	1.62
151256--151350	48	2.0	48	87	4	138	30	6	14	48	1.69
152050--152101	27	1.9	27	88	7	79	42	3	5	48	1.45
152740--152809	32	2.2	32	92	2	115	54	14	5	25	1.62
155845--155906	27	2.3	27	94	2	108	40	22	11	25	1.87
158464--158521	28	2.1	28	87	6	82	44	0	6	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158800--158853	27	2.0	26	89	3	81	59	3	22	14	1.51
171004--171056	23	2.2	24	83	3	63	56	1	5	35	1.34
175511--175586	29	2.7	28	80	11	75	57	5	3	32	1.39
175773--175816	15	3.1	15	75	24	51	20	0	9	70	1.14
175773--175817	14	3.3	14	81	15	58	22	0	8	68	1.16
175773--175827	27	2.1	27	83	10	69	23	0	7	69	1.14
178926--178989	19	3.4	19	67	30	55	34	6	6	53	1.51
178911--178996	38	2.3	38	95	0	154	34	8	4	52	1.52
179892--180065	30	5.9	30	84	6	153	36	2	26	35	1.69
179900--180065	29	5.7	29	81	7	167	35	2	26	35	1.70
179892--180063	59	2.9	58	80	6	193	36	2	25	35	1.69
182420--182481	31	2.0	31	87	6	90	35	11	14	38	1.82
184933--184975	22	2.0	22	90	0	68	46	23	0	30	1.52
184940--184971	15	2.1	15	94	0	55	53	18	0	28	1.45
185453--185479	5	5.4	5	100	0	54	40	59	0	0	0.98
194607--194650	22	2.0	21	83	12	54	47	2	11	38	1.52
194977--195010	18	1.9	18	88	5	52	61	8	2	26	1.40
200851--200879	13	2.1	14	93	6	51	6	0	3	89	0.57
200844--200871	11	2.5	11	100	0	56	7	0	0	92	0.37
205036--205116	36	2.3	35	89	2	126	25	8	23	41	1.83
205328--205358	3	10.3	3	92	0	53	3	0	32	64	1.09
213520--213586	31	2.2	31	83	2	100	38	22	11	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228561--228617	27	2.1	27	100	0	114	49	17	7	26	1.72
230868--230913	24	1.9	24	90	0	74	45	17	6	30	1.73
232534--232657	59	2.1	59	81	3	151	31	9	31	27	1.89
236802--236871	7	10.0	7	82	0	86	18	4	37	40	1.71
236799--236871	21	3.5	21	84	0	101	20	4	35	39	1.72
240212--240415	105	1.9	107	90	2	331	36	18	14	30	1.91
258415--258512	49	2.0	49	88	4	144	35	3	12	48	1.56
263631--264096	228	2.0	230	87	1	677	22	18	19	39	1.92
269700--269757	18	3.0	18	81	16	71	25	18	3	51	1.62
269700--269755	22	2.8	21	86	10	73	25	17	3	53	1.60
270940--270980	19	2.2	19	90	0	64	43	4	9	41	1.59
275828--275878	4	12.8	4	91	0	84	47	23	3	25	1.69
281103--281137	12	2.9	12	100	0	70	22	42	25	8	1.82
281906--281947	21	2.0	22	85	4	59	28	2	11	57	1.47
281970--282004	17	2.0	17	88	5	52	62	0	0	37	0.95
283866--283905	18	2.1	20	86	9	57	70	0	7	22	1.12
284532--284607	34	2.2	34	92	0	125	30	19	0	50	1.48
289143--289181	20	2.0	20	89	0	60	38	10	2	48	1.51
289148--289190	20	2.2	20	83	8	52	37	11	2	48	1.52
289153--289194	22	2.0	20	86	9	57	38	14	0	47	1.44
297887--298297	206	2.0	206	98	0	786	33	11	17	36	1.87
304790--304827	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305815--305937	57	2.2	57	96	0	228	36	15	26	21	1.93
307704--307744	20	2.1	19	86	4	55	26	0	2	70	0.99
314883--314925	22	2.0	22	81	9	52	51	11	11	25	1.72
321520--321563	22	2.0	22	100	0	88	40	9	9	40	1.68
336309--336343	18	1.9	18	100	0	70	42	5	0	51	1.25
340850--340878	11	2.6	11	100	0	58	34	31	6	27	1.83
343474--343537	29	2.2	28	81	13	69	35	3	4	56	1.36
353071--353116	24	2.0	23	95	4	83	30	19	8	41	1.82
358288--358346	29	2.0	29	86	3	82	47	11	10	30	1.73
358301--358365	29	2.2	29	83	10	78	44	13	9	32	1.76

Tables:   1   2