genome.fa.s15333.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015333.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130380, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  503969

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1770--1822	13	3.9	13	78	12	54	7	13	0	79	0.93
1790--1821	7	4.7	7	96	3	57	9	12	0	78	0.97
5431--5632	109	1.9	109	87	2	298	39	14	13	33	1.85
5878--5920	21	2.0	21	82	8	52	60	18	4	16	1.52
8396--8561	40	4.2	39	81	5	190	25	17	27	29	1.97
8396--8561	79	2.1	79	88	2	244	25	17	27	29	1.97
16111--16136	12	2.2	12	100	0	52	11	23	23	42	1.86
22118--22210	30	3.1	30	84	3	107	35	4	21	38	1.73
24789--24819	7	4.4	7	95	0	53	19	0	35	45	1.51
25984--26070	31	2.8	31	74	8	81	41	12	9	36	1.75
26393--26473	22	3.9	21	80	13	96	7	6	18	67	1.36
26380--26473	22	4.5	22	79	12	92	7	6	20	65	1.39
26380--26481	41	2.4	40	80	9	114	7	6	19	65	1.41
26460--26504	12	3.8	12	78	21	58	8	8	22	60	1.55
26466--26516	23	2.2	24	92	3	86	7	7	21	62	1.48
27359--27408	15	3.1	16	80	11	57	50	0	2	48	1.12
28661--28693	17	2.1	16	88	11	50	66	0	0	33	0.92
29411--29447	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
32260--32293	17	2.0	17	94	0	59	44	20	11	23	1.84
34808--34847	20	2.0	21	90	5	64	37	0	0	62	0.95
37367--37534	59	2.8	60	79	12	177	24	9	11	54	1.65
37814--37848	17	2.0	17	94	5	61	74	5	2	17	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37929--37961	3	11.3	3	87	6	50	27	3	0	69	1.03
41117--41150	14	2.2	16	90	10	54	47	0	2	50	1.16
41822--41861	18	2.1	19	86	9	55	47	0	0	52	1.00
42525--42571	21	2.1	23	84	7	62	46	0	4	48	1.21
44628--44667	21	1.9	21	84	0	53	12	12	2	72	1.22
44626--44673	21	2.3	21	74	0	51	10	12	2	75	1.14
47384--47440	30	1.9	30	96	3	107	29	3	12	54	1.54
47860--47898	18	2.2	18	86	9	53	35	7	2	53	1.43
51250--51320	29	2.4	30	75	13	74	38	4	26	30	1.76
51294--51429	30	4.5	30	73	5	114	40	6	16	36	1.75
52125--52710	124	4.7	124	87	1	782	22	19	17	39	1.92
52550--53160	220	2.7	225	83	7	760	21	19	16	41	1.90
53049--53141	48	1.9	48	86	0	132	22	21	15	40	1.90
52979--53213	124	1.9	123	83	7	307	22	21	14	40	1.90
53289--53390	46	2.2	46	85	0	159	25	16	22	35	1.95
53366--53507	42	3.4	40	79	10	151	29	14	27	28	1.95
53754--54043	49	5.9	49	70	10	146	23	25	14	36	1.92
54910--54952	7	7.2	6	80	19	54	2	16	0	81	0.79
54897--54971	18	4.4	17	75	18	57	1	22	1	74	0.97
55794--55838	23	1.9	24	95	4	83	0	20	2	77	0.87
55890--55932	17	2.6	16	85	7	59	4	18	0	76	0.95
60246--60415	59	2.9	56	77	8	137	37	4	20	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60303--60428	29	4.3	30	79	9	120	39	7	16	36	1.76
60275--60377	28	3.6	28	80	10	109	35	4	20	38	1.74
60329--60386	28	2.1	28	90	6	91	39	6	18	34	1.78
60234--60417	30	6.3	30	74	10	141	38	4	21	35	1.75
60234--60417	29	6.3	29	72	10	119	38	4	21	35	1.75
61989--62230	124	2.0	123	85	2	333	33	17	23	24	1.96
65672--65781	29	4.0	27	83	10	125	48	8	17	26	1.75
65672--65780	54	2.0	55	85	5	150	48	7	17	26	1.73
66873--66932	25	2.3	26	80	2	68	25	20	16	38	1.93
80392--80486	5	19.0	5	79	12	106	36	5	18	38	1.74
80392--80487	25	3.8	25	85	6	124	36	5	18	39	1.73
81525--81555	8	4.0	8	91	8	55	87	0	0	12	0.55
81525--81554	15	2.0	15	100	0	60	86	0	0	13	0.57
85370--85426	21	2.8	21	81	2	71	15	28	29	26	1.96
87599--87626	12	2.3	12	100	0	56	78	0	14	7	0.95
96153--96197	22	2.0	23	95	4	83	22	22	13	42	1.88
99929--100085	43	3.7	43	76	0	145	36	21	17	24	1.94
100790--100833	22	1.9	24	86	9	65	47	2	9	40	1.48
101969--102026	27	2.1	27	90	0	89	36	24	22	17	1.95
102320--102365	23	2.0	23	100	0	92	8	13	21	56	1.63
103432--103476	15	3.2	15	78	18	51	0	35	2	62	1.08
106098--106124	14	1.9	14	100	0	54	29	11	29	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108981--109011	16	1.9	16	93	0	53	58	9	3	29	1.46
123139--123178	21	1.9	21	84	0	53	30	5	40	25	1.77
127705--127779	24	3.1	24	80	3	89	69	17	5	8	1.32
127826--127866	22	1.9	21	85	14	57	68	17	9	4	1.35
128498--128535	20	2.0	20	89	5	60	57	13	2	26	1.49
129903--129972	32	2.2	32	90	5	108	50	8	12	28	1.70
130392--130443	11	5.0	10	80	13	52	73	0	1	25	0.94
130392--130444	26	2.1	26	86	6	74	73	0	1	24	0.93
130394--130441	18	2.8	17	87	6	62	75	0	2	22	0.91
133217--133270	21	2.7	19	77	11	54	31	20	12	35	1.90
135303--135341	18	2.2	19	86	9	55	56	0	23	20	1.42
142927--143103	43	4.1	43	81	3	162	45	17	14	22	1.85
142904--143109	43	4.8	42	78	8	152	43	18	14	22	1.87
154803--154848	23	2.0	23	83	12	58	17	6	21	54	1.65
171805--171850	21	2.2	21	92	3	76	32	17	13	36	1.88
177213--177258	21	2.2	21	84	7	58	63	0	36	0	0.95
177661--177699	17	2.2	18	86	13	55	15	12	10	61	1.56
177662--177715	17	3.2	17	78	19	51	16	12	11	59	1.61
179862--179909	24	2.0	23	84	4	60	27	18	8	45	1.78
189591--189634	18	2.4	18	84	0	61	4	9	18	68	1.34
192316--192354	20	2.0	20	84	0	51	71	5	7	15	1.26
195018--195051	16	2.1	16	94	0	59	41	23	14	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197380--197431	8	6.2	8	73	8	50	78	1	5	13	1.01
197463--197517	5	10.8	5	74	18	51	76	5	0	18	0.97
200836--200881	21	2.1	21	84	4	56	71	2	0	26	0.97
218299--218350	26	2.0	26	85	11	70	44	3	0	51	1.19
218326--218358	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
221108--221166	29	2.0	30	90	3	93	54	13	1	30	1.49
221806--221857	18	3.0	18	86	10	65	53	0	0	46	1.00
222046--222096	15	3.5	15	71	15	52	54	0	3	41	1.19
232672--232719	24	2.0	24	87	0	69	22	2	8	66	1.29
239098--239127	13	2.3	13	94	0	51	66	0	33	0	0.92
239619--239664	18	2.6	17	86	6	56	69	0	23	6	1.11
256424--256631	52	4.1	51	66	15	126	50	8	1	39	1.43
256070--256741	151	4.5	149	86	5	885	47	9	2	40	1.50
257186--257211	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
257555--257867	42	7.5	42	87	1	430	35	22	20	21	1.96
275570--275609	22	2.0	20	85	14	55	0	27	0	72	0.85
277368--277396	13	2.1	14	93	6	51	82	3	6	6	0.93
294049--294101	24	2.2	24	100	0	106	39	20	18	20	1.92
303058--303087	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
305236--305276	18	2.3	18	87	4	57	56	12	14	17	1.68
307530--307569	20	2.0	21	85	5	55	65	10	5	20	1.42
321805--321844	21	1.9	21	89	0	62	27	42	5	25	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330572--330613	21	2.1	19	86	8	57	28	28	9	33	1.88
331250--331372	18	6.8	18	85	0	156	34	26	19	19	1.96
335156--335210	23	2.4	23	100	0	110	67	3	14	14	1.37
335743--335809	33	2.0	33	100	0	134	35	14	14	34	1.88
335902--336196	48	6.4	48	78	9	335	35	18	27	18	1.94
335887--336196	24	12.4	24	70	11	194	36	17	26	19	1.94
336024--336095	36	2.0	36	86	0	99	29	19	33	18	1.95
335976--336143	84	2.0	84	91	0	273	33	18	29	19	1.95
335928--336191	132	2.0	132	87	0	384	34	18	28	18	1.95
342152--342198	23	2.1	22	88	4	67	65	0	14	19	1.26

Tables:   1   2