genome.fa.s15344.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015344.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130391, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  296268

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8692--8717	7	3.7	7	100	0	52	57	0	30	11	1.34
9419--9448	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
14684--14754	28	2.5	28	79	0	97	26	19	22	30	1.98
15557--15622	30	2.2	30	84	7	82	34	25	6	33	1.81
15954--16005	20	2.6	19	80	14	61	30	0	19	50	1.48
15958--16009	21	2.5	21	84	9	72	30	0	21	48	1.51
16749--16791	18	2.4	18	76	0	50	27	6	37	27	1.83
18524--18602	9	8.4	9	70	13	52	68	0	1	30	0.98
18511--18608	17	6.1	16	72	17	69	67	0	1	31	0.98
18719--18754	9	4.0	9	88	0	54	33	0	22	44	1.53
18753--18786	11	2.9	12	86	8	52	50	0	26	23	1.50
19783--19828	24	1.9	24	82	8	58	23	19	13	43	1.86
23753--23823	18	3.9	17	71	14	52	40	4	0	54	1.20
25988--26021	12	2.8	12	95	0	59	2	52	8	35	1.47
32722--32844	30	4.1	30	79	6	115	34	2	20	42	1.65
40863--40901	13	3.0	13	88	7	53	71	2	7	17	1.21
51856--51902	23	2.1	22	85	14	62	48	29	0	21	1.50
52813--52837	11	2.3	11	100	0	50	24	0	16	60	1.36
53153--53245	31	3.1	28	76	18	98	40	21	3	34	1.69
53153--53334	29	6.1	30	76	11	151	37	20	4	36	1.74
53149--53319	59	2.9	56	79	9	155	35	19	5	39	1.75
53168--53334	30	5.6	30	77	11	164	37	22	4	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60014--60226	44	4.9	42	83	4	201	35	23	15	26	1.94
60014--60228	87	2.5	86	81	5	254	35	23	15	26	1.94
60014--60849	45	19.9	42	72	13	327	33	23	16	26	1.96
60312--60622	78	3.8	78	73	9	185	31	24	16	27	1.97
60085--60463	40	9.3	39	75	10	169	32	24	18	24	1.97
60312--60995	42	16.4	42	71	13	236	32	24	16	26	1.96
60497--60987	253	1.9	253	90	1	779	33	24	16	25	1.96
62679--62730	19	2.7	19	68	14	52	28	3	5	61	1.37
64967--65238	46	5.8	46	78	9	269	35	4	11	49	1.58
64966--65238	100	2.9	92	83	6	296	35	4	10	49	1.58
64967--65163	23	8.6	23	84	1	243	34	4	11	49	1.60
65133--65192	32	1.9	32	93	3	104	35	3	13	48	1.59
65165--65242	23	3.5	22	84	5	102	37	2	11	48	1.53
65111--65215	54	1.9	55	88	1	158	36	3	11	48	1.57
65087--65254	77	2.2	78	85	2	221	36	4	11	47	1.59
65247--65338	39	2.4	39	84	0	130	39	6	16	38	1.74
79224--79273	23	2.1	24	88	3	75	18	2	30	50	1.58
79257--79336	15	5.2	15	74	16	58	17	0	31	51	1.46
79289--79335	14	3.2	15	79	14	53	12	0	27	59	1.34
79948--79987	18	2.3	18	86	4	55	27	2	5	65	1.27
83559--83604	18	2.5	19	75	10	51	6	17	10	65	1.45
88196--88895	45	16.3	45	75	10	436	26	17	24	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88196--88719	91	6.0	90	79	6	490	28	16	22	32	1.96
88187--88881	136	5.4	135	76	9	481	26	16	24	32	1.96
88583--88920	39	8.5	39	78	7	320	25	15	28	30	1.96
88583--88728	40	3.7	39	87	1	166	30	13	23	32	1.93
88619--88920	81	3.7	81	89	1	437	24	15	28	31	1.95
89879--89928	19	2.9	18	85	11	61	2	22	0	76	0.89
91722--91765	23	2.0	20	87	12	61	25	9	2	63	1.35
99224--99298	21	3.5	22	79	13	84	80	1	16	2	0.90
99215--99297	29	2.8	29	76	12	87	79	1	14	4	0.95
99208--99299	15	6.1	14	74	7	67	80	1	13	5	0.94
99223--99295	39	1.9	37	83	10	94	78	1	16	4	0.98
100310--100683	49	7.8	49	72	7	230	41	18	22	17	1.90
100436--100654	48	4.6	48	69	12	130	41	16	23	18	1.90
100367--100644	139	2.0	139	98	0	538	41	18	22	17	1.90
102245--102284	17	2.4	16	80	8	53	70	0	0	30	0.88
102843--102902	23	2.6	23	75	0	66	50	0	21	28	1.49
103597--103637	21	2.0	21	90	0	64	51	4	0	43	1.23
104213--104237	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
104374--104414	21	2.0	21	85	9	57	41	4	2	51	1.36
106362--106532	29	5.9	29	78	10	163	30	5	28	35	1.81
106333--106512	29	6.1	31	77	10	137	29	6	27	36	1.81
106320--106464	59	2.4	60	83	5	168	32	4	26	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106354--106529	59	3.0	59	78	10	155	31	6	27	35	1.82
108335--109030	124	5.6	124	84	1	851	23	20	16	39	1.92
108937--109029	48	1.9	48	84	0	123	19	23	17	39	1.92
109103--109313	90	2.3	90	78	1	226	29	15	20	34	1.94
109022--109307	45	6.4	43	72	7	176	29	16	22	32	1.95
109024--109314	135	2.2	135	87	1	422	28	17	21	32	1.96
109087--109313	45	5.1	44	74	4	186	28	16	20	33	1.95
109697--109805	49	2.2	49	80	3	121	23	18	17	40	1.91
109589--109830	98	2.5	98	75	6	231	21	23	16	38	1.93
110720--110778	7	8.7	7	78	17	54	0	27	0	72	0.84
110724--110776	13	3.9	13	78	14	54	0	24	0	75	0.80
110725--110776	20	2.5	22	85	14	76	0	23	0	76	0.78
110725--110778	27	1.9	29	88	7	85	0	24	0	75	0.80
110751--110792	18	2.3	18	83	0	57	0	21	0	78	0.75
111724--111775	8	6.8	8	76	6	54	1	13	1	82	0.84
111724--111774	11	4.1	12	75	14	50	1	11	1	84	0.79
111730--111775	20	2.4	19	82	7	56	2	13	2	82	0.85
115740--115911	30	5.8	30	81	3	177	31	3	24	40	1.72
115740--115911	89	1.9	89	87	4	249	31	3	24	40	1.72
115740--115936	89	2.2	87	82	6	243	31	3	24	40	1.72
115740--115937	30	6.7	29	78	11	172	31	3	24	40	1.72
115887--115952	30	2.2	29	91	2	105	33	3	21	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116818--116850	13	2.5	13	100	0	66	12	6	57	24	1.57
122485--122539	26	2.2	24	81	9	65	54	0	3	41	1.18
122615--122657	21	2.0	21	86	4	59	65	2	0	32	1.06
125972--126024	23	2.3	23	74	3	54	32	1	9	56	1.42
126734--126767	17	2.0	17	88	0	50	23	5	5	64	1.38
127425--127459	15	2.3	15	100	0	70	57	14	5	22	1.59
135173--135376	43	4.8	43	81	4	236	33	28	14	24	1.94
135212--135367	83	1.9	83	86	0	222	35	30	11	22	1.90
139155--139179	11	2.3	11	100	0	50	44	24	8	24	1.80
139246--139471	41	5.4	41	72	8	168	21	26	19	33	1.96
140233--140287	23	2.4	22	77	14	58	56	0	20	23	1.42
142761--142843	40	2.3	37	84	14	102	32	4	10	51	1.58
143482--143556	33	2.3	33	84	6	91	49	10	6	33	1.64
143510--143582	33	2.2	33	82	4	85	49	15	5	30	1.67
144167--144273	40	2.7	40	85	0	133	45	19	18	15	1.85
144310--144343	16	2.1	16	94	0	59	26	11	23	38	1.89
144228--144417	99	1.9	99	85	0	263	41	15	22	20	1.90
148870--148916	22	2.1	22	96	0	85	53	14	12	19	1.73
150657--150733	23	3.0	24	71	21	68	38	1	3	55	1.26
150629--150741	52	2.2	52	82	4	129	38	0	4	55	1.26
150659--150758	29	3.7	29	67	17	79	34	1	5	60	1.25
150656--150762	52	2.1	52	87	3	153	35	0	4	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150699--150738	21	1.9	21	84	0	53	37	0	5	57	1.21
153200--153228	14	2.1	14	100	0	58	93	0	6	0	0.36
157824--157849	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
161824--161882	6	9.8	6	98	0	100	37	33	28	0	1.58
163091--163238	31	4.8	31	81	0	161	30	18	13	37	1.90
163091--163238	62	2.4	62	83	2	181	30	18	13	37	1.90
164608--164648	21	2.0	21	90	9	66	41	2	0	56	1.13
171236--171754	256	2.0	258	93	0	880	35	11	10	42	1.76
172107--172162	25	2.2	25	87	6	78	69	10	3	16	1.30
181087--181389	38	8.0	37	81	4	300	16	19	27	36	1.93

Tables:   1   2