genome.fa.s15353.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015353.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130400, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  481496

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772--796	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
8315--8422	54	2.0	54	98	0	207	25	21	25	26	1.99
11772--11816	22	2.0	22	82	0	54	42	0	0	57	0.98
12786--12924	53	2.6	52	83	7	156	7	29	1	61	1.33
32513--32573	31	1.9	31	83	12	79	44	1	1	52	1.20
32560--32623	24	2.7	23	74	13	60	39	1	4	54	1.31
34600--34667	27	2.5	27	80	0	73	14	22	38	25	1.92
39878--39926	7	6.7	7	86	6	62	77	0	4	18	0.92
39878--39926	14	3.4	14	88	8	71	77	0	4	18	0.92
39898--39936	17	2.3	18	86	8	55	74	2	0	23	0.94
42404--42460	21	2.8	21	76	12	55	22	26	14	36	1.92
46390--46428	12	3.0	12	88	11	51	84	0	15	0	0.62
52100--52406	29	10.5	28	79	8	312	30	3	29	35	1.74
53470--53526	27	2.1	27	87	6	80	42	1	3	52	1.28
53490--53523	18	1.9	17	88	5	50	47	0	2	50	1.16
54205--54285	6	14.0	6	77	12	71	59	1	1	38	1.13
54198--54284	17	5.0	18	83	5	108	56	1	1	41	1.14
54199--54285	23	3.8	24	79	10	92	57	1	1	40	1.14
54704--55246	202	2.6	205	86	4	718	22	22	18	36	1.95
67003--67353	30	11.8	29	83	8	406	31	2	31	35	1.70
66981--67351	148	2.5	148	87	5	523	31	2	30	35	1.73
67327--67373	21	2.2	22	92	3	78	27	2	31	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67346--67402	29	1.9	29	89	3	87	29	0	28	42	1.56
68393--68444	18	2.8	19	77	11	63	40	3	0	55	1.18
68396--68512	15	7.5	15	65	19	53	44	3	3	48	1.36
69202--69282	6	14.0	6	76	12	62	56	1	1	40	1.15
69205--69281	11	6.8	11	78	10	75	57	1	1	40	1.15
69205--69282	17	4.5	17	84	9	88	57	1	1	39	1.15
69202--69282	23	3.5	23	78	9	85	56	1	1	40	1.15
74219--74268	25	2.0	24	81	11	57	28	2	2	68	1.12
74474--74508	17	2.1	17	88	0	52	74	0	8	17	1.06
78612--78653	17	2.4	18	80	15	52	33	4	2	59	1.31
81044--81068	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
94233--94284	24	2.1	25	82	10	63	59	1	0	38	1.08
96458--96517	25	2.7	21	72	18	66	21	28	10	40	1.85
105314--105367	26	2.1	26	86	10	76	27	0	3	68	1.06
105326--105379	25	2.1	26	82	3	65	31	1	1	64	1.14
126264--126318	26	2.1	27	83	10	69	36	0	0	63	0.95
128536--128647	51	2.2	50	81	7	120	42	9	16	30	1.81
135571--135731	42	3.8	42	85	4	182	25	28	9	36	1.88
136799--136823	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
142965--143214	100	2.5	98	81	3	295	36	20	27	16	1.93
143161--143471	49	6.3	49	75	8	220	38	20	27	13	1.90
143119--143442	146	2.2	148	81	3	368	37	19	27	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143070--143484	49	8.4	49	71	6	198	37	19	27	15	1.92
143170--143484	99	3.2	98	78	9	297	38	20	26	14	1.91
143012--143484	246	1.9	246	82	2	592	38	19	26	15	1.92
143744--143967	39	5.7	39	71	12	163	26	31	19	22	1.98
143746--143970	78	2.9	78	80	6	258	26	31	19	23	1.98
143991--144546	201	2.8	199	84	4	665	35	18	22	23	1.96
144389--144666	120	2.3	120	90	0	430	35	21	21	21	1.96
144586--144752	86	2.0	85	85	3	228	36	17	22	23	1.95
144230--144872	326	2.0	326	90	1	1020	35	19	21	22	1.96
144466--145164	206	3.4	206	87	1	936	35	19	22	22	1.96
144042--145068	532	1.9	527	87	2	1502	34	19	22	23	1.96
145456--145536	6	14.0	6	72	12	71	41	1	2	54	1.21
145462--145522	23	2.7	23	86	0	86	40	0	3	55	1.16
145456--145533	40	1.9	41	94	2	140	39	1	2	56	1.21
145456--145536	17	4.4	17	74	18	72	41	1	2	54	1.21
145548--145576	14	2.0	15	93	6	51	51	20	6	20	1.70
147078--147182	30	3.6	30	77	13	112	38	23	0	37	1.62
147081--147182	29	3.5	30	80	11	115	39	23	0	36	1.62
147138--147331	90	2.2	90	99	0	381	31	21	5	41	1.75
147254--147453	59	3.4	58	75	14	169	27	24	6	41	1.79
147716--147908	96	2.0	97	87	7	277	31	18	12	38	1.87
151674--151963	149	2.0	147	82	8	355	34	15	12	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156146--156232	30	2.9	30	96	1	156	39	6	12	41	1.70
159021--159063	22	1.9	23	85	4	61	58	9	2	30	1.42
163648--163678	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
165532--165569	5	8.0	5	88	11	62	0	0	39	60	0.97
165533--165561	13	2.2	13	100	0	58	0	0	37	62	0.96
165532--165566	18	1.9	18	100	0	70	0	0	40	60	0.97
165656--165683	14	2.0	14	100	0	56	28	28	14	28	1.95
171344--171447	48	2.2	48	98	0	199	30	21	33	14	1.93
174791--174849	29	2.0	29	100	0	118	40	16	0	42	1.49
180254--181306	196	5.3	196	80	5	1136	29	12	22	34	1.92
184431--184485	25	2.2	25	93	3	94	43	1	10	43	1.50
184568--184602	14	2.5	14	85	0	52	42	0	8	48	1.33
200555--200599	21	2.1	21	84	8	56	26	2	2	68	1.12
200728--200760	16	1.9	18	88	11	52	33	0	3	63	1.10
205562--205592	6	5.2	6	92	0	53	64	0	35	0	0.94
206172--206196	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
206600--206646	25	1.9	24	83	12	60	19	4	2	74	1.09
212658--212905	73	3.3	73	71	15	216	26	26	10	36	1.89
212665--212950	79	3.7	77	71	14	237	27	25	10	36	1.89
214205--214281	31	2.6	29	76	13	75	48	9	7	35	1.64
224954--224987	15	2.3	15	94	0	59	58	14	5	20	1.57
229368--229414	24	1.9	25	91	4	78	53	14	6	25	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231852--231888	19	1.9	19	88	0	56	48	2	0	48	1.15
235295--235328	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
236496--236560	31	2.1	31	85	0	85	44	15	10	29	1.80
240706--240760	26	2.1	26	89	0	83	43	16	7	32	1.75
247476--247536	30	2.0	31	84	9	81	63	4	0	31	1.15
250098--250134	6	6.2	6	100	0	74	16	16	32	35	1.91
255575--255685	54	2.1	54	92	0	186	53	13	7	26	1.65
256342--256377	16	2.1	16	90	10	54	44	0	0	55	0.99
259707--260570	176	4.9	174	81	5	886	41	17	11	29	1.84
259707--260570	349	2.5	341	80	7	905	41	17	11	29	1.84
269067--269100	10	3.3	10	87	4	50	44	0	55	0	0.99
269407--269458	20	2.6	20	75	6	61	53	1	0	44	1.11
275433--275478	15	3.1	15	75	25	53	56	4	8	30	1.49
275970--276029	28	2.1	28	88	11	88	48	8	8	35	1.63
283710--283739	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
284007--284043	11	3.2	12	82	17	51	13	8	0	78	0.96
289873--289900	14	2.0	14	100	0	56	28	0	7	64	1.20
289889--289927	18	2.1	18	85	4	51	41	0	5	53	1.23
302508--302599	44	2.1	44	100	0	184	56	4	13	26	1.55
305776--306221	225	2.0	223	82	5	553	29	17	16	36	1.92
306786--306810	9	2.8	9	100	0	50	32	0	12	56	1.36
307074--307215	63	2.3	63	91	3	234	38	7	8	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307078--307181	34	3.2	32	67	27	85	35	5	8	50	1.57
312312--312406	42	2.3	42	83	1	120	31	5	12	50	1.62
313461--313518	31	1.9	31	83	13	77	48	5	1	44	1.35
315813--315845	4	8.2	4	93	0	57	75	3	0	21	0.93
319202--319243	15	3.0	14	80	10	50	45	4	0	50	1.23
322581--322633	26	1.9	28	85	11	74	67	3	0	28	1.07
326514--326542	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
326541--326574	3	11.0	3	93	6	59	64	0	35	0	0.94
328703--328741	21	1.9	20	89	5	60	23	2	2	71	1.10
331632--331656	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2