genome.fa.s15373.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015373.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130420, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  603110

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
411--443	9	3.7	9	92	8	50	90	3	0	6	0.52
1996--2025	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
3821--3866	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
3918--3964	13	3.8	13	80	8	53	59	8	0	31	1.27
10231--10264	17	1.9	18	88	5	52	55	0	8	35	1.31
11256--11308	26	2.0	26	85	7	72	32	5	0	62	1.19
20664--20705	21	2.0	20	86	4	57	26	4	4	64	1.33
24667--24723	30	1.9	30	82	7	71	49	3	8	38	1.51
52517--52563	20	2.4	20	96	3	87	17	14	12	55	1.70
69944--70014	32	2.1	34	82	5	83	47	5	2	43	1.41
69997--70041	17	2.6	17	82	0	54	64	0	0	35	0.94
70706--70755	24	2.0	25	85	11	68	78	0	16	6	0.95
70704--70746	19	2.3	20	88	11	65	76	0	16	6	0.99
74896--74941	22	2.0	22	87	4	65	47	6	17	28	1.72
74947--74990	17	2.6	18	78	10	56	36	0	2	61	1.09
79374--79433	33	1.9	33	86	10	90	60	1	31	6	1.33
80180--80222	18	2.3	18	84	4	50	67	0	9	23	1.19
83423--83477	18	3.1	18	89	0	83	21	29	0	49	1.50
83423--83473	6	8.5	6	91	0	75	21	31	0	47	1.51
92122--92146	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
94728--94772	16	2.8	16	86	6	65	15	0	4	80	0.87
94728--94771	22	2.0	23	86	4	63	13	0	4	81	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99147--99198	26	2.0	26	92	7	88	30	3	7	57	1.45
101914--101957	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
103137--103188	25	2.1	25	88	0	77	51	15	7	25	1.69
106798--106862	26	2.5	28	75	14	75	26	20	24	29	1.99
118619--118658	16	2.6	16	85	14	50	27	20	12	40	1.88
118694--118729	3	12.0	3	88	11	56	69	0	0	30	0.89
118728--118783	3	18.7	3	96	0	103	33	0	30	35	1.58
118782--118830	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
123847--124215	49	7.6	49	71	4	192	39	17	24	18	1.91
123894--124281	98	4.0	96	75	6	307	40	18	24	16	1.91
124149--124280	50	2.7	50	86	1	176	43	19	21	15	1.88
124194--124301	50	2.2	50	87	0	153	41	21	20	16	1.90
124973--125024	25	2.1	25	85	7	70	50	13	13	23	1.77
125906--125944	20	1.9	19	85	10	51	20	2	2	74	1.06
126073--126154	3	27.3	3	100	0	164	32	0	0	67	0.91
128234--128272	19	2.1	19	85	0	51	15	30	17	35	1.91
128245--128315	19	3.8	18	75	14	63	15	16	21	46	1.84
131559--131649	48	2.0	46	84	6	121	41	18	13	26	1.87
132389--132436	17	2.8	17	83	3	60	58	0	14	27	1.37
136044--136084	21	2.0	21	100	0	82	56	4	14	24	1.58
137616--137661	22	2.1	22	100	0	92	23	19	30	26	1.98
139989--140415	30	14.5	29	80	9	395	39	22	2	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140340--140451	28	3.9	29	85	4	131	31	25	8	34	1.87
140371--140444	28	2.6	28	97	2	139	31	21	8	39	1.83
148992--149598	209	2.9	208	91	0	944	34	17	22	24	1.96
149415--149757	160	2.2	159	91	0	551	35	19	22	22	1.96
150156--150237	6	14.0	6	70	14	64	42	1	2	53	1.21
150166--150219	24	2.2	24	83	6	74	42	0	3	53	1.18
150147--150217	18	4.1	17	78	10	72	40	0	4	54	1.20
150149--150235	41	2.1	41	87	4	122	42	1	3	52	1.25
151877--152105	30	7.7	30	81	6	234	39	17	2	40	1.63
151877--152105	60	3.8	60	82	4	259	39	17	2	40	1.63
152024--152147	30	4.2	30	79	10	114	35	25	2	36	1.70
151892--152147	60	4.3	61	81	6	210	37	19	2	40	1.66
152126--152198	28	2.6	29	82	6	87	35	20	5	38	1.76
160811--161493	209	3.3	209	85	1	933	36	17	22	23	1.95
161806--161931	11	11.0	11	70	15	69	40	0	2	56	1.18
161806--161933	17	7.4	17	81	9	152	40	0	2	56	1.18
161806--161933	6	22.2	6	69	16	83	40	0	2	56	1.18
163528--163708	30	6.1	29	81	8	127	37	20	3	38	1.71
163528--163771	30	8.1	30	76	8	120	38	20	3	37	1.70
163626--163830	62	3.4	61	80	11	192	37	21	2	38	1.67
163556--163902	30	11.6	30	78	9	243	36	22	3	37	1.71
163737--163987	29	8.7	29	76	6	181	35	23	5	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163766--163988	86	2.6	84	80	7	223	34	24	5	35	1.78
163736--163958	57	3.8	57	78	9	211	35	23	4	36	1.77
163796--163983	57	3.3	58	80	5	211	34	22	6	36	1.80
165657--165723	17	3.9	17	78	0	71	50	13	16	19	1.77
165657--165723	34	2.0	34	85	5	91	50	13	16	19	1.77
166324--166385	30	2.1	30	90	0	97	20	41	9	27	1.84
174142--174201	23	2.6	23	83	0	75	30	8	23	38	1.84
175422--175447	6	4.3	6	100	0	52	53	0	0	46	1.00
177402--177457	29	1.9	29	85	7	78	55	8	7	28	1.57
181761--181793	15	2.1	16	88	5	50	54	6	0	39	1.25
182935--182974	21	1.9	21	85	10	55	60	5	0	35	1.19
186394--186584	97	2.0	97	95	0	346	45	10	12	30	1.77
187930--188298	183	2.0	183	97	0	702	42	6	10	40	1.64
191190--191314	49	2.5	49	81	12	139	44	0	1	54	1.09
191682--191732	23	2.5	20	79	17	59	37	0	9	52	1.34
191902--191981	31	2.6	30	84	5	90	53	11	1	33	1.44
200976--201022	4	11.8	4	100	0	94	51	25	0	23	1.49
202821--202911	45	2.0	45	97	0	173	46	13	5	35	1.66
204908--205133	80	2.8	80	84	4	253	30	28	17	23	1.97
205375--205414	3	13.3	3	89	0	62	35	5	0	60	1.19
205790--206362	151	3.7	151	76	9	527	43	3	10	42	1.55
207448--207483	17	2.1	17	90	10	56	44	2	2	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208099--208136	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
209208--209338	30	4.4	30	83	7	169	37	18	1	42	1.60
209204--209338	58	2.3	60	84	5	186	36	19	1	42	1.60
209172--209338	30	5.6	30	79	3	167	36	19	1	42	1.59
209297--209535	29	8.4	28	76	11	134	36	27	2	33	1.69
209322--209536	29	7.7	28	74	15	142	36	28	1	33	1.68
216799--216840	21	1.9	23	85	9	61	40	2	33	23	1.68
225242--225287	24	1.9	24	95	0	83	50	0	0	50	1.00
226163--226195	13	2.4	14	85	10	50	69	0	0	30	0.88
229896--229984	45	2.0	45	84	4	117	22	31	6	39	1.80
234743--234789	7	6.3	7	81	13	58	0	17	0	82	0.66
234743--234789	15	3.1	14	85	11	58	0	17	0	82	0.66
234734--234792	24	2.5	24	83	13	77	0	18	0	81	0.69
241887--241930	19	2.4	19	82	14	56	11	6	20	61	1.52
242154--242219	28	2.7	23	71	22	62	39	0	1	59	1.07
242294--242333	21	1.9	21	85	10	55	37	10	37	15	1.80
258000--258049	24	2.0	25	84	3	66	58	2	0	40	1.10
261340--261370	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
268113--268154	18	2.3	19	84	8	52	42	14	9	33	1.78
268748--268780	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
272720--272899	41	4.3	41	84	6	227	34	11	27	26	1.91
273481--273534	21	2.6	21	82	5	65	29	14	25	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279757--279872	39	2.9	40	82	7	128	32	11	25	31	1.91
279752--279872	41	3.0	40	80	4	136	33	10	25	30	1.90
279855--279969	42	2.7	41	81	7	133	34	10	26	28	1.89
286693--286904	41	5.2	42	81	10	215	33	12	26	26	1.92
289187--289213	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
292249--292293	23	2.0	23	95	0	81	68	0	2	28	1.01
293347--293410	31	2.1	31	84	0	83	25	7	7	59	1.52
300110--300154	21	2.1	21	84	8	56	35	0	6	57	1.25
300121--300154	10	3.3	10	84	8	50	35	0	2	61	1.11
300136--300185	24	2.1	24	81	7	57	46	0	2	52	1.12

Tables:   1   2   3