genome.fa.s3011.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01003011.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115519, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  423923

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5350--5378	11	2.6	11	100	0	58	65	6	0	27	1.18
9994--10153	39	4.1	40	73	8	123	20	17	29	33	1.95
11175--11222	21	2.3	21	85	7	62	29	18	33	18	1.95
11184--11225	21	2.0	21	95	0	75	26	19	35	19	1.95
31902--32192	52	5.6	51	82	6	300	26	13	23	36	1.92
31902--32141	104	2.3	104	86	2	331	27	11	22	37	1.89
31912--32192	156	1.8	156	83	3	377	26	13	22	37	1.92
32801--32874	21	3.5	21	77	3	69	29	12	28	29	1.93
34761--34805	19	2.4	18	78	7	54	20	2	13	64	1.38
35154--35228	24	3.1	24	88	0	114	25	10	8	56	1.61
36539--36844	151	2.0	152	93	1	524	26	8	23	41	1.83
37505--37563	3	21.7	3	80	16	67	69	0	28	1	0.98
37508--37563	8	6.6	8	81	6	58	69	0	28	1	0.98
37515--37563	11	4.2	11	89	7	62	67	0	30	2	1.02
39456--39495	12	3.3	12	80	13	55	72	17	0	10	1.11
39642--39672	15	2.1	15	100	0	62	25	29	12	32	1.93
41770--41873	46	2.2	47	81	5	122	59	14	2	23	1.48
42827--42887	21	2.7	23	75	12	56	45	1	4	47	1.34
49430--49464	16	2.2	16	89	0	52	17	11	2	68	1.31
49439--49469	16	1.9	16	93	0	53	19	6	6	67	1.35
50386--50514	64	2.0	64	98	0	249	34	15	14	34	1.88
53051--53135	30	2.9	29	75	18	77	34	7	3	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53073--53135	30	2.1	31	90	3	101	31	4	1	61	1.26
57098--57132	9	3.9	9	88	0	52	45	0	2	51	1.16
57097--57140	13	3.3	13	83	3	52	47	0	4	47	1.22
63595--63649	18	3.1	18	84	5	67	43	20	18	18	1.88
71084--71133	21	2.4	20	83	9	64	38	28	10	24	1.87
72808--72839	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
85588--85644	24	2.4	24	90	0	87	31	12	3	52	1.55
86517--86612	20	4.7	20	78	8	79	56	6	2	35	1.36
86576--86619	22	2.0	22	81	4	52	59	6	0	34	1.24
88255--88313	22	2.4	27	78	21	76	38	20	28	11	1.88
101642--101684	19	2.3	19	91	0	68	37	6	23	32	1.82
103286--103310	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
108063--108154	44	2.1	44	85	4	123	44	2	6	46	1.41
110123--110170	24	2.0	24	100	0	96	41	8	16	33	1.78
120473--120499	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
120896--120925	3	10.0	3	92	0	51	30	0	36	33	1.58
125678--125723	20	2.2	20	84	3	56	36	4	13	45	1.63
128264--128393	26	5.0	26	80	5	136	26	17	23	32	1.97
131763--131896	26	5.1	26	82	5	171	25	20	25	29	1.99
131763--131896	52	2.5	53	87	3	191	25	20	25	29	1.99
134054--134144	24	3.8	24	88	0	137	27	21	23	27	1.99
142137--142180	12	3.6	11	82	17	52	2	20	0	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155454--155527	24	3.1	24	86	3	114	60	6	6	25	1.47
163040--163167	61	2.1	61	86	4	179	30	10	9	49	1.70
166116--166222	47	2.3	47	95	0	187	23	20	10	45	1.81
166317--166345	12	2.5	12	94	5	51	27	0	0	72	0.85
166450--166519	36	1.9	36	83	11	90	22	7	2	67	1.29
166637--166685	22	2.2	22	82	7	55	22	6	4	67	1.30
169763--169878	58	2.0	58	98	0	223	31	18	27	21	1.97
171808--171858	21	2.4	21	83	0	57	37	21	11	29	1.89
195918--195952	17	2.1	17	100	0	70	34	17	5	42	1.73
199339--199932	48	12.5	48	81	3	655	38	26	13	22	1.90
202911--202964	28	2.0	27	85	3	72	64	14	9	11	1.48
207850--207920	36	1.9	37	85	2	99	22	8	1	67	1.25
213230--213272	21	2.0	22	90	4	70	27	4	27	39	1.76
213235--213288	21	2.6	21	84	0	72	29	5	29	35	1.80
216603--216918	138	2.3	138	87	1	456	46	6	7	39	1.58
218797--218889	48	1.9	48	88	0	141	22	20	16	40	1.91
218807--218966	85	1.9	85	88	2	241	21	19	18	41	1.91
218693--219881	208	5.7	206	85	2	1323	23	21	16	38	1.93
219015--219181	85	2.0	85	84	4	221	24	22	16	36	1.94
219638--219804	85	2.0	85	80	4	194	22	23	16	37	1.93
220049--220204	85	1.8	85	87	0	231	24	23	16	35	1.94
220231--220374	42	3.3	43	77	5	148	30	14	29	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220704--220954	49	5.1	49	75	6	197	17	31	17	33	1.93
221901--221925	7	3.6	7	100	0	50	0	24	0	76	0.80
221875--221937	27	2.3	27	76	13	67	3	22	0	74	0.96
226316--226377	18	3.3	18	70	16	63	41	9	3	45	1.53
226313--226397	38	2.2	38	100	0	170	40	12	2	44	1.56
226334--226397	20	3.3	20	70	16	71	42	14	1	42	1.54
228002--228051	23	2.2	24	82	13	61	0	14	16	70	1.18
228011--228053	21	2.0	21	82	8	52	0	13	16	69	1.19
228364--228743	138	2.8	137	86	1	526	47	6	7	39	1.56
232197--232260	30	2.1	30	88	0	92	21	7	4	65	1.37
232360--232407	9	5.8	9	72	18	50	29	0	16	54	1.43
232364--232400	14	2.6	14	91	8	58	29	0	16	54	1.43
232358--232421	23	2.8	23	90	2	94	31	0	15	53	1.43
236819--236859	21	2.0	21	85	9	57	7	24	0	68	1.15
244085--244137	26	2.0	26	85	7	70	69	7	0	22	1.13
244080--244118	20	2.0	20	85	10	53	71	10	0	17	1.12
244251--244351	44	2.3	44	84	3	123	64	20	5	8	1.43
244251--244330	20	3.8	21	76	16	67	66	21	5	7	1.36
244372--244411	12	3.6	12	77	19	50	65	25	7	2	1.32
244381--244420	21	1.9	21	89	0	62	72	20	5	2	1.15
249488--249528	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
256707--256773	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257393--258775	461	3.0	461	97	0	2604	31	12	19	36	1.89
260831--260887	28	2.0	28	100	0	114	31	14	10	43	1.79
261886--261939	19	2.9	19	75	5	58	35	3	1	59	1.26
261911--261944	17	2.0	17	88	0	50	35	0	2	61	1.11
263720--263886	81	2.1	81	94	2	291	44	11	10	33	1.75
263885--263950	31	2.2	30	86	5	89	33	13	4	48	1.63
263885--263974	32	2.9	30	82	8	101	35	16	4	43	1.68
264218--264291	31	2.4	31	82	6	80	31	4	13	51	1.60
264442--264512	29	2.4	30	80	4	81	47	15	4	32	1.65
275148--275193	20	2.3	20	92	3	76	17	23	13	45	1.83
275155--275196	20	2.1	20	100	0	84	14	23	16	45	1.84
276273--276335	15	4.4	15	80	8	60	63	3	4	28	1.30
277111--277236	23	5.5	23	93	0	207	48	13	3	34	1.61
280193--280421	23	10.0	23	87	3	336	47	13	4	34	1.64
289064--289123	30	2.0	30	96	0	111	36	11	23	28	1.90
295114--295168	2	27.5	2	92	0	92	50	45	0	3	1.19
295114--295169	20	2.8	20	100	0	112	50	44	0	5	1.25
296375--296402	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
299457--299537	29	3.1	26	80	13	103	54	11	11	23	1.67
299797--299845	25	2.0	25	88	4	73	34	0	0	65	0.93
299795--299856	25	2.7	22	75	18	63	38	0	0	61	0.96
300434--300500	14	4.5	14	72	20	55	64	2	2	29	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302056--302103	20	2.4	20	96	0	87	56	8	4	31	1.48
302606--302638	9	3.7	9	84	15	50	78	0	0	21	0.75
303036--303069	15	2.3	15	89	0	50	67	0	0	32	0.91
303703--303744	18	2.3	18	88	8	59	45	0	0	54	0.99
312075--312113	13	2.9	13	80	3	51	17	5	2	74	1.12
312099--312162	10	6.0	10	73	23	51	18	4	3	73	1.14
312107--312148	16	2.7	16	82	17	61	16	4	4	73	1.17
312255--312285	15	2.1	15	93	0	53	25	12	9	51	1.70
315885--315921	17	2.2	17	95	0	65	21	21	13	43	1.87
315934--315969	18	2.0	18	88	0	54	27	13	13	44	1.82

Tables:   1   2