genome.fa.s3190.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01003190.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115802, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  575368

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14084--14127	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
17383--17428	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
25119--25143	13	1.9	13	100	0	50	0	24	0	76	0.80
31990--32460	242	2.0	238	88	2	710	35	7	14	42	1.74
32894--32939	23	2.1	23	92	8	78	26	4	10	58	1.50
42087--42139	26	2.0	26	85	10	72	45	0	1	52	1.11
44069--44104	18	2.0	18	88	0	54	66	5	5	22	1.34
52498--52543	20	2.3	20	82	13	60	78	2	17	2	0.96
52965--53488	42	12.5	42	88	2	757	20	18	23	37	1.94
53875--53903	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
53902--53934	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
55757--56226	244	2.0	236	88	5	710	35	7	15	41	1.75
60576--60609	17	2.0	17	100	0	68	52	11	17	17	1.73
61727--61751	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
62127--62215	38	2.3	38	82	5	108	24	17	26	30	1.98
68605--68790	26	7.3	26	77	4	137	27	20	14	36	1.92
68605--68778	78	2.2	78	80	2	188	28	20	14	36	1.92
79730--79767	19	2.0	19	100	0	76	21	0	31	47	1.51
80039--80084	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
81114--81155	14	3.1	13	78	21	50	2	16	0	80	0.81
85001--85044	3	14.7	3	86	9	54	72	2	0	25	0.96
96381--96405	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97018--97075	24	2.3	25	88	5	82	58	3	0	37	1.15
105464--106166	23	30.4	23	78	6	650	35	5	13	44	1.68
109952--110136	71	2.7	70	76	2	158	33	11	16	38	1.85
110305--110437	56	2.4	56	81	6	153	25	9	18	45	1.80
110305--110457	57	2.7	55	81	5	164	26	9	20	43	1.82
113647--114095	43	10.5	43	78	2	411	22	16	22	39	1.92
113647--114018	170	2.2	170	82	5	439	22	15	22	39	1.92
119039--119478	194	2.3	195	83	2	546	27	27	17	28	1.97
126472--126500	14	2.0	15	93	6	51	51	13	0	34	1.42
127041--127088	16	2.9	16	81	9	53	66	4	8	20	1.35
127669--128153	146	3.2	144	82	8	555	43	7	3	44	1.51
128939--128969	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
130780--130839	18	3.3	18	90	2	93	50	3	33	13	1.58
130780--130839	6	9.8	6	87	1	84	50	3	33	13	1.58
135765--135824	29	2.1	29	100	0	120	16	23	16	43	1.87
141549--141659	52	2.1	52	81	5	125	42	6	19	31	1.76
143386--143414	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
145018--145057	17	2.3	18	91	8	66	32	0	0	67	0.91
146383--146421	8	4.9	8	93	0	69	61	0	0	38	0.96
146383--146426	9	5.2	9	81	13	58	56	0	0	43	0.99
147938--148027	44	2.1	43	82	2	108	57	4	2	35	1.31
147914--148153	113	2.1	113	94	3	430	53	4	5	36	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148052--148140	43	2.1	43	85	4	117	57	4	1	37	1.26
151325--151413	44	2.0	44	100	0	178	38	17	21	22	1.94
151826--152079	28	8.9	29	84	8	233	35	3	27	33	1.75
151821--152079	57	4.5	56	75	14	217	34	3	27	33	1.75
153144--153193	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
153832--153894	17	3.7	17	82	0	81	53	6	3	36	1.42
153832--153898	34	2.0	34	87	0	98	55	5	2	35	1.40
153866--153915	23	2.2	23	85	7	66	52	6	4	38	1.45
155037--155098	6	10.3	6	94	0	61	54	11	0	33	1.36
155064--155101	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
160324--160358	6	5.8	6	100	0	70	17	34	14	34	1.90
166615--166753	67	2.1	66	97	1	260	32	14	12	40	1.84
177655--177765	55	2.0	55	100	0	222	53	12	5	28	1.61
185537--185605	19	3.6	19	94	0	111	17	30	20	31	1.95
185537--185701	19	8.9	19	77	10	85	25	25	20	29	1.99
189167--189284	62	2.0	61	88	5	177	52	5	2	39	1.37
197107--197150	15	2.9	15	80	16	54	56	0	0	43	0.99
197474--197504	15	2.1	15	100	0	62	45	6	22	25	1.76
199250--199331	27	3.0	28	71	7	78	19	29	15	35	1.93
203276--203420	23	6.2	22	78	13	123	12	26	22	39	1.89
205142--205202	27	2.2	28	91	2	97	26	8	32	32	1.86
205187--205496	59	5.2	58	80	6	250	39	2	25	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205246--205496	29	8.4	30	68	16	128	39	1	25	33	1.67
205160--205472	118	2.6	117	79	6	303	39	3	25	31	1.72
205246--205539	59	4.9	59	78	11	198	39	2	24	33	1.67
205395--205539	29	4.9	28	81	11	157	41	1	22	34	1.63
207366--207413	17	2.8	17	87	0	69	45	0	4	50	1.21
207400--207438	11	3.5	11	79	6	51	56	5	0	38	1.22
208117--208300	98	1.9	98	81	0	224	15	26	19	38	1.91
208262--208537	49	5.6	50	71	9	149	15	24	21	38	1.92
208264--208537	97	2.8	98	85	2	363	15	24	21	38	1.92
220183--220514	29	11.4	29	73	17	142	38	2	22	36	1.66
220183--220514	58	5.7	56	77	10	251	38	2	22	36	1.66
220239--220514	29	9.5	29	74	14	162	39	1	21	36	1.64
220236--220553	29	10.9	29	72	14	144	39	1	21	36	1.65
220432--220587	29	5.3	29	76	11	122	37	1	23	37	1.66
220236--220565	58	5.7	58	79	8	176	39	2	22	36	1.66
220379--220573	59	3.3	59	75	13	143	39	2	21	36	1.67
222411--222473	30	2.1	30	90	0	99	41	3	4	50	1.39
222422--222478	17	3.6	17	70	18	59	47	0	5	47	1.24
222458--222498	11	3.6	11	80	6	55	58	4	0	36	1.20
227782--227829	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
227900--228042	48	3.0	47	79	14	168	13	23	21	41	1.88
227895--228039	23	6.2	23	78	15	136	13	24	21	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230278--230320	21	2.0	21	95	0	77	37	30	20	11	1.89
231686--231725	18	2.2	18	86	0	53	57	30	0	12	1.36
232522--232554	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
233143--233173	10	3.1	10	95	0	53	32	25	38	3	1.72
233564--233592	5	6.0	5	92	8	51	0	0	82	17	0.66
233768--233827	28	2.1	28	82	11	70	36	0	1	61	1.06
233758--233826	28	2.5	26	78	17	68	39	0	1	59	1.06
235232--235295	18	3.4	18	85	10	76	65	1	0	32	1.02
235232--235289	19	2.9	19	82	12	73	62	1	0	36	1.06
235261--235294	9	3.7	9	88	4	50	70	0	0	29	0.87
235255--235295	19	2.2	18	91	4	64	73	0	0	26	0.84
239454--239491	18	2.2	17	90	4	58	36	7	2	52	1.45
240019--240067	3	16.3	3	95	0	89	63	0	2	34	1.06
240357--240429	26	2.8	26	82	12	87	35	4	2	57	1.32
241184--241215	12	2.7	12	100	0	64	62	9	21	6	1.47
243436--243478	22	1.9	23	85	4	61	25	11	9	53	1.67
247749--248099	160	2.3	155	84	7	446	30	11	20	37	1.87
255920--256070	56	2.7	55	90	2	248	43	8	10	37	1.70
256020--256105	35	2.5	35	84	0	127	43	8	10	38	1.69
255964--256169	90	2.3	91	86	1	288	42	8	10	38	1.71
256055--256160	55	1.9	55	96	0	194	38	11	12	37	1.79
257314--257424	45	2.5	45	89	0	168	33	27	8	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257438--257601	87	1.9	87	87	2	240	33	45	3	17	1.66
257583--257619	18	2.1	18	94	0	65	21	64	0	13	1.27
257496--257706	105	2.0	105	90	0	332	30	49	4	16	1.64
257601--257789	87	2.2	87	87	0	234	32	44	4	17	1.69
257437--257784	192	1.8	192	87	1	518	33	45	4	17	1.68
257779--257852	24	3.1	24	82	3	87	27	45	0	27	1.54
261676--261822	72	2.0	72	98	0	285	33	12	17	37	1.86
269299--269334	18	2.1	18	89	5	56	61	13	11	13	1.58
269983--270047	26	2.5	26	78	9	69	21	1	4	72	1.11
269961--270048	27	3.2	26	72	13	70	18	2	6	72	1.17

Tables:   1   2