genome.fa.s4568.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01004568.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_118051, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  248876

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768--917	23	6.4	23	84	6	106	11	21	21	46	1.82
789--915	46	2.7	46	86	4	175	11	19	22	46	1.82
1680--1731	20	2.6	20	87	0	68	26	9	32	30	1.89
5425--5542	58	2.0	58	95	0	209	23	9	20	46	1.79
13733--13912	72	2.5	71	87	0	252	26	3	13	56	1.54
14105--14298	101	1.9	101	97	0	370	31	11	20	36	1.89
17869--17925	20	2.8	20	81	5	51	66	3	3	26	1.24
17892--17983	9	9.9	9	70	15	55	58	4	3	33	1.34
30629--30669	20	2.1	20	86	4	57	63	12	2	21	1.40
39461--39504	23	1.9	23	85	0	61	56	11	4	27	1.53
39433--39501	29	2.4	29	85	0	102	52	11	8	27	1.67
44478--44548	29	2.4	29	88	0	97	39	14	22	23	1.91
46370--46439	35	2.0	35	100	0	140	42	20	5	31	1.75
56580--56614	18	1.9	18	94	0	61	34	14	11	40	1.82
62300--62334	18	1.9	18	94	0	61	34	14	11	40	1.82
70381--70428	20	2.4	20	86	6	62	33	27	6	33	1.82
72236--72273	19	2.0	19	100	0	76	47	10	15	26	1.78
75046--75090	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
82259--82517	133	1.9	134	86	3	371	38	6	4	50	1.49
88265--88658	207	1.9	205	92	2	655	39	18	9	33	1.82
104023--104052	16	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
106585--106615	16	1.9	16	100	0	62	19	32	6	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108156--108222	35	1.9	35	90	0	107	20	2	31	44	1.67
109368--109411	19	2.4	19	81	7	56	15	15	6	61	1.54
109439--109482	15	2.6	17	82	13	56	11	13	2	72	1.21
110299--110344	24	2.0	23	82	4	56	58	4	0	36	1.18
110396--110473	30	2.6	30	85	2	93	28	11	11	48	1.74
110711--110850	30	4.8	29	70	19	103	46	7	17	27	1.76
110701--110850	60	2.6	58	83	8	187	48	8	17	26	1.74
110711--110860	59	2.5	57	81	8	158	45	8	18	28	1.77
119929--119998	30	2.4	30	92	2	115	10	8	20	61	1.53
125213--125444	30	7.8	30	77	9	181	38	20	6	34	1.77
131295--131415	59	2.1	59	98	0	233	42	19	14	23	1.87
133155--133199	11	4.1	11	80	8	56	57	2	2	37	1.23
133157--133239	23	3.9	22	72	22	70	55	3	1	39	1.25
133155--133239	17	5.1	17	82	1	109	56	3	1	38	1.24
133157--133241	6	15.0	6	73	16	74	54	3	1	41	1.25
133157--133241	40	2.2	39	87	6	118	54	3	1	41	1.25
133955--134179	118	1.9	117	83	2	290	25	19	30	24	1.98
134053--134519	78	6.0	78	79	1	443	25	17	32	24	1.97
133877--134245	196	1.9	195	82	1	461	26	18	30	24	1.98
133860--134510	39	16.7	39	69	5	258	25	18	30	24	1.98
134112--134519	155	2.6	154	81	5	480	25	16	32	25	1.96
135053--135174	48	2.5	48	81	5	138	18	33	15	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136150--136187	17	2.2	17	90	9	60	0	21	0	78	0.74
142182--142228	23	2.1	22	84	4	58	51	8	2	38	1.45
142204--142258	17	3.2	17	84	0	74	58	5	0	36	1.21
147161--147267	50	2.1	50	86	3	144	32	15	27	24	1.96
148607--148815	30	7.0	30	80	5	181	39	20	3	36	1.69
148607--148815	60	3.5	60	83	4	242	39	20	3	36	1.69
148606--148815	90	2.3	89	82	4	244	39	20	3	37	1.69
149464--149505	21	2.0	21	100	0	84	14	14	14	57	1.66
152498--152545	16	2.9	16	77	14	53	60	0	0	39	0.97
152676--152731	28	2.0	29	86	6	80	51	0	0	48	1.00
152787--152824	17	2.3	17	86	4	51	21	2	2	73	1.07
158503--158556	16	3.4	16	71	0	54	33	18	3	44	1.67
166302--166355	12	4.8	12	73	17	53	66	1	3	27	1.19
166304--166370	33	2.0	33	100	0	134	67	2	5	23	1.27
180980--181167	30	6.3	29	79	11	177	36	23	2	37	1.67
180980--181167	59	3.2	59	81	8	202	36	23	2	37	1.67
180980--181214	59	4.0	58	77	10	165	35	25	2	36	1.71
192400--192483	26	3.2	26	81	0	78	29	17	25	27	1.98
195934--195967	6	5.7	6	89	0	50	0	58	0	41	0.98
195928--195969	18	2.3	18	91	0	66	0	54	0	45	0.99
195934--195967	12	2.8	12	95	0	59	0	58	0	41	0.98
199259--199305	24	2.0	24	91	0	76	38	31	10	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205734--205825	46	2.0	45	93	2	157	31	4	10	53	1.55
207935--207970	18	2.1	18	90	10	58	38	0	2	58	1.13
209880--209906	9	3.0	9	100	0	54	11	22	0	66	1.22
213306--213596	53	5.5	52	84	6	345	38	21	14	26	1.91
213306--213596	159	1.8	159	88	4	444	38	21	14	26	1.91
218057--218355	53	5.6	53	84	1	384	34	21	16	27	1.94
218057--218355	159	1.9	159	86	1	429	34	21	16	27	1.94
222020--222095	36	2.1	36	85	0	98	27	13	25	34	1.93
225019--225063	10	5.0	9	80	20	58	31	2	22	44	1.65
225223--225281	29	2.0	29	100	0	118	20	20	23	35	1.96
238511--238535	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
238569--238634	15	4.2	15	74	11	69	40	0	1	57	1.08
238569--238681	15	7.1	15	67	16	57	39	0	1	57	1.15
245251--245302	27	1.9	27	88	7	79	11	1	25	61	1.40
248460--248493	17	2.0	17	88	0	50	58	2	2	35	1.28
248473--248522	24	2.1	24	82	14	59	62	2	2	34	1.18

Tables:   1

The End!