genome.fa.s4983.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01004983.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_118728, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365800

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334--383	21	2.4	21	82	0	64	32	14	24	30	1.94
7091--7137	21	2.2	21	84	0	58	34	10	23	31	1.89
8059--8101	4	11.0	4	85	5	52	83	0	16	0	0.64
8062--8099	12	3.2	12	88	0	58	86	0	13	0	0.56
8048--8112	23	2.8	22	76	19	69	78	0	16	4	0.91
11354--11514	49	3.3	49	75	11	177	37	17	22	21	1.94
11323--11508	97	1.9	97	97	0	354	37	17	24	21	1.94
11323--11481	48	3.3	47	77	11	187	35	18	23	22	1.95
11628--11840	75	2.8	75	84	1	266	41	15	19	23	1.89
11797--11984	48	3.9	48	85	0	250	41	13	20	24	1.88
11797--11981	96	1.9	96	88	0	280	42	12	20	24	1.87
11989--12369	96	4.0	94	79	5	383	38	18	20	22	1.93
12647--12874	84	2.7	83	82	3	294	31	22	17	28	1.96
12535--12783	130	1.9	130	84	3	331	32	20	18	28	1.96
12603--12895	46	6.7	46	71	13	235	32	21	17	29	1.95
12897--12999	42	2.6	39	77	8	116	28	28	14	29	1.95
12716--12958	130	1.9	126	83	9	312	31	23	17	27	1.97
12900--12985	42	2.0	42	88	0	127	27	27	16	27	1.97
14756--15022	147	1.8	147	80	8	326	25	13	4	55	1.58
18657--18701	10	4.2	10	81	15	54	0	20	0	80	0.72
29506--29552	23	2.0	23	88	8	69	10	21	19	48	1.78
35421--35556	67	2.0	67	95	0	245	43	8	13	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52717--52761	22	2.1	22	91	4	74	35	0	15	48	1.45
53073--53114	17	2.7	15	79	13	57	76	0	23	0	0.79
53705--53734	5	6.0	5	100	0	60	40	40	0	20	1.52
55991--56067	40	1.9	40	83	0	100	33	7	10	48	1.66
59833--59897	3	23.3	3	75	22	54	66	0	33	0	0.92
59833--59897	14	4.7	13	74	14	51	66	0	33	0	0.92
68162--68256	38	2.5	39	88	6	126	29	14	14	41	1.86
68183--68257	38	2.0	38	97	0	141	29	13	18	38	1.89
71735--71833	33	3.0	33	88	2	137	20	53	5	21	1.64
71824--71988	36	4.6	36	95	0	276	22	46	12	18	1.83
72790--72848	26	2.3	26	85	5	75	32	10	13	44	1.77
76142--76203	32	1.9	32	83	6	81	41	20	3	33	1.69
77030--77081	16	3.2	16	81	5	61	25	15	17	42	1.88
79563--79615	13	4.3	12	75	13	54	75	5	3	15	1.13
79563--79608	24	1.9	24	86	8	67	73	4	4	17	1.15
87704--87781	32	2.5	31	82	2	102	28	16	10	44	1.80
87645--87836	31	6.4	31	69	21	120	25	18	13	43	1.86
87732--87843	59	1.9	60	84	1	154	25	16	12	45	1.83
87728--87856	59	2.2	61	77	5	138	24	16	11	47	1.80
88002--88148	59	2.5	59	86	6	201	45	12	17	23	1.83
88002--88148	28	5.1	27	68	17	100	45	12	17	23	1.83
87984--88148	59	2.8	58	84	8	199	44	13	17	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93619--93659	19	2.2	19	86	0	55	36	4	9	48	1.58
95750--95979	52	4.4	52	87	5	322	26	13	23	36	1.92
95750--95979	106	2.2	104	89	4	340	26	13	23	36	1.92
100942--100975	13	2.6	13	95	0	59	35	8	23	32	1.86
101774--101812	21	1.9	21	94	5	71	46	0	20	33	1.51
102187--102477	52	5.5	52	83	5	359	27	13	22	35	1.92
104424--104453	13	2.4	12	89	10	51	23	10	6	60	1.52
105274--105445	59	2.9	60	79	7	172	36	22	2	38	1.67
105367--105421	28	1.9	29	88	3	85	30	25	0	43	1.55
105291--105472	30	6.1	30	75	7	140	37	23	2	37	1.67
109628--109662	15	2.3	15	90	0	52	37	17	8	37	1.80
116390--116508	38	3.1	39	79	13	113	47	15	23	14	1.82
117579--117746	85	2.0	85	83	4	214	38	16	20	25	1.92
117838--117908	37	1.9	37	91	0	115	36	16	21	25	1.94
117790--117956	85	2.0	85	87	2	246	35	16	23	23	1.95
117998--118164	85	2.0	84	84	1	217	35	16	22	25	1.94
117500--118372	209	4.2	209	87	2	1126	38	17	20	23	1.93
118211--118504	85	3.5	85	80	0	345	38	16	22	22	1.93
120406--120511	28	3.6	28	87	5	122	34	22	2	39	1.69
120405--120540	28	4.7	29	82	6	89	33	22	2	40	1.69
123592--123641	18	2.8	18	90	0	73	40	10	14	36	1.79
124075--124270	72	2.7	72	97	0	365	22	5	17	54	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124207--124308	31	3.5	31	66	22	83	24	2	16	55	1.55
136780--136813	12	2.8	12	86	4	50	11	2	0	85	0.71
139978--140008	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
140184--140208	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
141044--141119	29	2.6	29	80	2	89	40	9	14	35	1.78
150687--150770	28	3.0	28	85	0	123	33	15	28	22	1.95
151490--151543	21	2.6	21	87	0	81	40	12	18	27	1.87
158316--158365	18	2.8	18	81	0	64	4	18	10	68	1.34
165072--165212	62	2.3	62	87	6	198	39	9	14	36	1.79
165055--165186	31	4.3	31	95	0	219	41	9	13	35	1.76
173663--173705	20	2.2	20	100	0	86	27	16	20	34	1.94
185128--185339	106	2.0	106	91	1	345	28	12	16	42	1.85
191420--191451	11	2.9	11	95	0	55	34	25	9	31	1.87
192419--192476	29	2.0	29	86	6	82	20	22	13	43	1.87
194161--194206	23	2.0	23	100	0	92	26	26	13	34	1.92
197662--197750	42	2.1	42	93	0	151	28	17	14	39	1.89
207705--207784	34	2.4	34	84	0	106	32	26	21	20	1.97
208533--208559	14	1.9	14	100	0	54	29	0	11	59	1.32
209074--209112	20	2.0	20	85	9	55	38	2	5	53	1.37
211649--211673	13	1.9	13	100	0	50	36	32	0	32	1.58
216824--216881	17	3.4	17	68	25	50	18	34	1	44	1.60
216816--216915	34	2.9	34	88	4	139	18	32	4	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217379--217442	33	1.9	34	87	3	94	25	9	21	43	1.82
218118--218172	18	3.1	18	76	10	58	10	16	47	25	1.79
219788--220074	141	2.0	141	99	0	565	29	17	20	32	1.96
223167--223197	16	1.9	16	100	0	62	45	0	19	35	1.51
228253--228283	3	10.3	3	92	0	53	61	0	38	0	0.96
234380--234430	25	2.0	25	88	0	75	25	11	17	45	1.83
239076--239125	10	4.7	11	80	14	61	60	0	0	40	0.97
239077--239125	21	2.3	21	93	6	82	59	0	0	40	0.98
239077--239136	21	2.9	21	82	9	70	55	0	1	43	1.10
241512--241565	22	2.4	23	90	3	83	18	25	18	37	1.94
241499--241581	22	3.6	22	77	9	60	13	28	19	38	1.89
244966--245064	12	8.0	12	70	6	72	39	5	11	44	1.62
244967--245054	8	10.6	8	74	7	50	39	5	10	44	1.62
253825--253891	33	2.0	33	94	0	116	22	7	5	64	1.42
256814--256873	16	3.8	16	88	0	84	26	30	3	40	1.72
257559--257613	2	27.5	2	88	0	65	3	5	49	41	1.43
259224--259263	20	2.0	20	85	4	55	17	7	2	72	1.19
263190--263215	10	2.6	10	100	0	52	92	0	0	7	0.39
263430--263552	56	2.2	54	81	2	138	37	13	7	42	1.71
264607--264641	11	3.0	12	87	8	54	71	0	2	25	1.00
265050--265190	10	14.3	10	67	14	53	25	4	2	68	1.19
265120--265166	17	2.6	19	80	10	62	25	4	2	68	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265120--265168	8	5.6	8	79	13	53	24	4	2	69	1.17
265659--265683	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
267303--267356	20	2.7	19	77	8	63	25	12	24	37	1.91
267578--267624	20	2.3	20	85	0	58	34	8	29	27	1.87
276752--276784	17	1.9	17	93	0	57	42	0	3	54	1.15
276751--276838	43	2.0	44	86	4	126	43	9	5	42	1.60
278347--278541	30	6.6	28	77	11	160	40	17	1	40	1.57
278322--278485	58	2.8	59	80	6	172	39	17	2	40	1.63
278379--278527	58	2.5	60	80	9	164	41	19	0	38	1.56
278348--278541	88	2.2	89	81	7	216	40	18	1	40	1.57

Tables:   1   2