genome.fa.s6825.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01006825.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121424, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  245244

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--28	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1284--1324	20	2.0	20	86	9	57	31	17	29	21	1.96
3358--3428	18	3.9	18	72	17	58	47	0	9	42	1.36
5223--5301	22	3.6	22	89	0	131	34	11	13	40	1.81
8125--8172	21	2.3	21	85	7	62	2	33	0	64	1.05
9962--10006	16	2.8	16	87	9	65	75	0	13	11	1.05
23665--23689	9	2.8	9	100	0	50	56	0	12	32	1.36
28261--28490	115	2.0	115	89	0	352	40	10	19	29	1.85
30704--30753	15	3.3	15	82	0	64	14	28	4	54	1.58
34772--34815	19	2.3	19	88	0	61	34	11	29	25	1.91
42235--42292	22	2.6	22	88	0	89	32	12	17	37	1.86
44413--44453	21	2.0	21	85	0	55	24	39	14	21	1.91
46071--46346	23	12.0	23	83	3	340	47	14	4	34	1.64
46072--46339	92	2.9	92	89	0	410	47	14	4	33	1.64
46754--46831	36	2.2	36	82	13	90	34	23	10	32	1.88
48021--48102	9	9.9	9	68	21	54	50	1	0	48	1.08
48019--48061	21	2.0	22	90	4	70	46	2	0	51	1.13
48812--48880	26	2.5	26	82	15	86	47	1	0	50	1.09
48972--49051	29	2.8	29	92	0	124	20	30	23	26	1.98
52203--52320	58	2.0	58	96	0	218	26	22	16	34	1.95
59711--59753	21	2.0	21	95	0	77	46	11	13	27	1.78
59813--59891	26	3.0	27	81	5	74	34	22	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59884--59941	27	2.1	27	87	0	80	41	25	8	24	1.83
64054--64099	20	2.3	20	84	0	56	41	6	13	39	1.70
74325--74384	30	2.0	30	86	0	84	38	15	18	28	1.91
76916--76967	24	2.2	24	82	0	59	44	7	3	44	1.51
76923--76968	24	1.9	24	86	0	65	43	6	4	45	1.49
83214--83263	3	16.7	3	95	0	91	66	0	2	32	1.03
83352--83391	21	1.9	21	89	0	62	27	5	5	62	1.37
92072--92396	77	4.2	77	77	5	311	26	18	15	39	1.90
92038--93434	37	36.4	37	67	12	360	25	17	17	39	1.91
92340--92438	40	2.5	40	89	0	162	31	21	10	37	1.86
92672--92777	40	2.8	38	78	13	119	23	19	17	38	1.93
92886--93398	40	13.3	38	65	13	140	24	19	18	37	1.94
92637--93395	230	3.3	231	77	7	576	25	18	17	38	1.92
92410--93398	77	12.9	77	78	5	779	25	18	17	39	1.92
93862--93956	44	2.1	46	84	7	124	27	6	30	35	1.82
94057--94201	57	2.5	58	83	8	188	53	2	1	42	1.21
97156--97221	28	2.3	29	85	10	84	68	3	4	24	1.23
98779--98807	14	2.1	14	93	6	51	51	0	48	0	1.00
99269--99312	23	1.9	23	95	0	79	25	22	27	25	2.00
99477--99540	27	2.3	28	76	10	69	34	0	3	62	1.11
101006--101042	11	3.1	12	88	11	58	72	0	0	27	0.84
102221--102337	62	1.9	59	84	5	153	48	5	4	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102931--102972	20	2.2	20	86	4	59	26	0	9	64	1.24
106864--106901	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
108440--108471	5	6.6	5	96	3	57	18	0	0	81	0.70
108791--108843	3	17.7	3	92	0	88	32	0	3	64	1.12
125820--125868	21	2.4	20	76	6	53	14	4	32	48	1.62
128754--128843	37	2.4	38	84	1	119	24	36	17	21	1.94
129926--130106	88	2.1	88	90	0	281	44	16	17	22	1.86
131878--131934	11	5.1	11	78	2	51	26	42	15	15	1.87
131878--131934	22	2.5	22	80	2	69	26	42	15	15	1.87
136114--136192	13	6.0	13	69	14	54	43	13	0	43	1.44
136122--136178	27	2.1	27	86	0	78	40	15	0	43	1.47
150801--150851	18	2.8	18	75	0	57	45	9	31	13	1.76
150802--150859	18	3.2	18	70	4	55	50	8	29	12	1.69
154991--155049	28	2.1	28	87	0	82	52	13	13	20	1.74
155247--155407	43	3.7	43	80	5	182	36	19	10	32	1.86
155238--155409	86	2.0	87	87	5	251	36	21	9	31	1.86
159178--159244	5	13.4	5	84	6	73	76	2	16	4	1.08
161084--161117	17	1.9	18	88	5	52	73	5	14	5	1.21
162617--162705	34	2.6	33	91	8	144	44	19	19	16	1.86
169353--169380	14	2.0	14	100	0	56	14	21	14	50	1.78
175691--175882	92	2.1	92	84	8	255	35	19	9	35	1.84
177207--177243	15	2.4	16	86	13	51	75	2	2	18	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177235--177274	18	2.2	18	86	8	55	72	2	2	22	1.09
177242--177302	19	3.2	18	76	19	61	65	4	3	26	1.28
177238--177302	30	2.2	30	83	10	80	66	4	3	26	1.26
177249--177310	19	3.2	18	71	11	52	61	4	3	30	1.33
177502--177595	38	2.5	37	80	13	104	27	6	3	62	1.35
177591--177642	27	1.9	28	85	14	74	38	3	0	57	1.17
177567--177656	27	3.4	27	72	17	73	31	3	1	64	1.17
177784--177836	20	2.7	20	84	0	70	52	11	3	32	1.55
180762--180790	15	1.9	15	100	0	58	27	27	6	37	1.82
180944--180991	21	2.3	21	77	0	51	37	22	12	27	1.90
190736--190772	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
191069--191104	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
199697--199863	85	2.0	85	100	0	334	34	25	8	31	1.86
200607--200637	12	2.6	12	100	0	62	25	12	19	41	1.87
203875--203920	21	2.2	21	100	0	92	19	13	17	50	1.78
204787--204858	29	2.5	29	81	0	81	30	4	22	43	1.72
204813--204861	15	3.4	14	78	16	55	26	0	24	48	1.51
210756--210902	73	2.0	73	97	2	278	54	9	8	27	1.61
211257--211295	9	4.4	9	80	6	53	53	5	0	41	1.23
211257--211295	13	3.0	13	80	0	51	53	5	0	41	1.23
212193--212291	31	3.4	30	68	14	80	54	8	11	26	1.63
212213--212262	26	1.9	26	95	0	91	48	4	18	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216499--216530	16	2.0	16	93	0	55	62	9	0	28	1.26
217770--217829	29	2.1	29	87	6	86	50	5	1	43	1.34
219576--219803	123	1.9	123	81	5	282	27	17	15	39	1.90
223727--224112	85	4.5	85	91	1	612	43	5	5	46	1.50
224201--224265	22	3.0	23	77	11	73	40	27	9	23	1.85
224278--224335	10	5.8	10	77	0	53	13	22	25	37	1.91
226019--226096	24	3.2	24	75	10	63	26	33	30	8	1.87
226032--226096	12	5.4	12	78	7	60	26	33	30	9	1.88
227456--227870	60	7.1	59	71	14	277	36	13	19	31	1.90
227538--227745	109	1.9	110	89	1	328	40	12	16	30	1.86
227648--227867	119	1.8	121	84	9	308	37	12	18	31	1.89
228609--228655	23	2.0	23	100	0	94	63	4	4	27	1.31
229582--229785	89	2.3	88	85	5	259	27	8	9	53	1.63
232455--232526	3	24.0	3	100	0	144	33	0	0	66	0.92
243976--244221	30	8.3	29	74	12	171	36	26	2	35	1.70

Tables:   1

The End!