genome.fa.s816.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01000816.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_111903, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  253564

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6692--6727	18	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
13547--13839	152	1.9	150	91	1	478	40	15	14	29	1.87
14424--14467	22	2.0	22	82	8	54	50	0	11	38	1.39
15880--15968	3	30.0	3	74	10	76	65	4	2	28	1.24
16160--16205	14	3.1	14	80	17	56	78	0	4	17	0.91
20165--20228	29	2.2	29	97	0	119	25	21	9	43	1.82
21181--21450	89	2.9	89	85	5	335	38	15	18	27	1.91
21702--21948	30	8.4	29	83	8	238	36	2	23	37	1.67
21702--21962	59	4.5	57	79	12	257	36	1	24	37	1.67
21775--21969	30	6.6	28	83	7	110	36	2	24	36	1.67
23729--23759	13	2.3	14	94	5	55	19	0	29	51	1.47
23791--23837	23	2.1	22	88	4	67	57	2	0	40	1.11
23791--23850	17	3.6	16	80	10	59	56	1	0	41	1.09
24135--24554	209	2.0	209	90	0	662	21	22	19	36	1.95
25920--26008	3	30.0	3	74	10	76	65	4	2	28	1.24
26200--26245	14	3.1	14	80	17	56	78	0	4	17	0.91
30205--30268	29	2.2	29	97	0	119	25	21	9	43	1.82
31221--31490	89	2.9	89	85	5	335	38	15	18	27	1.91
31742--31988	30	8.4	29	83	8	238	36	2	23	37	1.67
31742--32002	59	4.5	57	79	12	257	36	1	24	37	1.67
31815--32009	30	6.6	28	83	7	110	36	2	24	36	1.67
33769--33799	13	2.3	14	94	5	55	19	0	29	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33831--33877	23	2.1	22	88	4	67	57	2	0	40	1.11
33831--33890	17	3.6	16	80	10	59	56	1	0	41	1.09
34180--34688	209	2.4	209	88	0	757	21	23	18	36	1.95
34613--34735	49	2.5	49	81	0	138	25	24	15	34	1.94
34405--34936	258	2.1	250	89	4	789	21	23	18	35	1.95
34663--35114	201	2.2	205	85	3	599	22	23	18	36	1.95
34203--35114	459	2.0	463	87	3	1320	22	23	18	35	1.95
37243--37275	3	11.0	3	93	0	57	0	33	3	63	1.10
46526--46786	97	2.7	96	91	2	409	38	16	19	25	1.92
47047--47103	28	2.0	28	82	3	69	28	3	35	33	1.74
47077--47134	30	1.9	30	86	6	82	34	0	25	39	1.56
47129--47284	57	2.7	58	78	14	160	35	1	28	34	1.68
47130--47302	29	5.9	29	78	9	122	34	1	28	34	1.68
47151--47465	30	10.8	28	80	9	206	36	1	24	38	1.64
47208--47470	60	4.5	59	80	12	283	36	1	24	38	1.63
47231--47458	117	1.9	120	86	7	333	37	0	22	39	1.60
49326--49361	17	2.1	17	89	5	54	52	0	0	47	1.00
49302--49360	10	5.9	10	74	21	61	55	1	0	42	1.09
53296--53354	12	4.9	12	74	12	50	79	0	16	3	0.86
53294--53353	30	2.0	31	83	9	79	80	0	15	5	0.88
54235--54477	49	4.9	49	75	6	197	32	17	31	19	1.95
54306--54493	98	1.9	100	80	4	220	30	17	32	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54235--54505	148	1.8	147	79	5	314	31	16	32	19	1.94
54607--54688	39	2.1	39	86	4	112	26	30	14	28	1.95
54865--55029	84	2.0	84	84	6	217	36	14	24	24	1.93
55072--55238	85	2.0	85	85	2	228	35	15	25	23	1.94
54686--55351	207	3.2	208	83	2	865	37	16	22	23	1.94
55157--55677	122	4.3	122	86	2	652	37	16	22	23	1.94
57834--58061	30	7.6	30	77	6	146	35	25	1	38	1.66
57862--58121	60	4.4	59	78	6	222	35	23	1	39	1.66
57857--58061	90	2.3	89	86	5	270	34	26	1	37	1.68
57857--58126	90	3.0	90	81	5	235	34	24	2	38	1.68
58398--59018	325	1.9	324	87	1	920	33	17	14	34	1.90
69168--69240	38	1.9	38	91	0	119	42	17	24	15	1.88
70267--70423	85	1.8	85	82	5	201	36	14	23	24	1.93
70187--70793	208	2.9	209	89	1	907	36	17	23	23	1.94
70733--70803	37	1.9	37	88	5	108	36	19	21	22	1.95
70606--70954	161	2.2	161	89	1	529	36	17	21	23	1.94
70844--71002	85	1.9	84	86	1	228	37	14	21	27	1.92
71053--71176	48	2.6	48	84	2	142	38	13	20	26	1.90
70927--71301	173	2.2	173	83	4	454	39	15	20	24	1.91
71681--71716	18	1.9	19	94	5	65	41	0	2	55	1.14
72292--72347	10	5.6	10	72	16	53	64	1	0	33	1.04
72308--72347	16	2.8	13	80	20	53	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72312--72342	16	1.9	16	100	0	62	58	0	0	41	0.98
73271--73434	30	5.6	30	78	3	154	35	21	2	39	1.67
73312--73664	59	6.0	58	77	10	199	36	22	1	39	1.62
73312--73638	29	11.1	28	74	14	196	37	22	1	38	1.62
73312--73638	88	3.7	87	77	10	270	37	22	1	38	1.62
73355--73647	118	2.5	116	80	7	317	38	23	1	37	1.62
73355--73638	29	9.7	30	77	6	260	38	23	1	37	1.62
84881--84938	28	2.1	28	90	0	89	37	1	3	56	1.26
84909--84933	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
84977--85011	15	2.2	16	90	5	54	54	25	8	11	1.64
85571--85655	3	27.7	3	80	17	95	64	0	1	34	1.01
86662--86999	29	11.6	29	69	16	173	34	23	1	40	1.64
86794--86977	28	6.5	27	70	14	102	35	25	1	38	1.63
86660--87008	116	3.0	117	82	8	408	33	24	1	40	1.64
86665--87038	57	6.4	57	79	8	333	33	24	1	39	1.66
87011--87154	57	2.5	58	83	7	168	32	29	5	31	1.81
87061--87155	29	3.2	29	68	12	77	31	27	5	35	1.79
113864--113903	19	2.0	21	85	9	57	40	20	0	40	1.52
115734--115779	24	2.0	23	86	4	65	43	0	17	39	1.49
121540--121585	24	2.0	23	86	4	65	32	13	6	47	1.68
126620--126646	5	5.4	5	100	0	54	0	0	81	18	0.69
129137--129213	36	2.1	36	87	0	109	46	7	9	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129281--129338	27	2.1	28	83	3	73	24	15	5	55	1.61
134825--134876	21	2.5	21	84	12	63	26	25	9	38	1.86
137265--137295	15	2.1	15	93	0	53	32	6	6	54	1.51
145494--145552	29	2.0	29	96	0	109	28	8	20	42	1.81
147350--147460	17	6.4	17	75	7	73	38	0	5	54	1.29
147378--147460	6	14.2	6	76	8	82	39	1	3	55	1.25
147345--147486	29	5.0	28	74	6	106	38	1	5	54	1.33
147390--147445	23	2.4	23	93	0	94	41	1	1	55	1.21
147344--147460	40	2.9	40	82	6	137	37	0	5	55	1.30
147581--147656	36	2.1	36	90	0	116	43	18	13	25	1.86
149049--149405	29	12.2	28	74	16	198	34	25	5	34	1.79
149049--149405	58	6.1	59	74	13	251	34	25	5	34	1.79
149091--149318	88	2.6	87	76	8	246	35	25	4	35	1.76
161508--162724	209	5.8	209	84	2	1383	37	17	21	23	1.94
163138--163215	28	2.8	28	83	13	88	35	1	8	53	1.40
164417--164749	48	6.9	48	73	7	246	22	20	15	41	1.90
164337--164653	145	2.2	145	88	0	490	22	22	17	37	1.94
164703--164865	72	2.2	72	82	3	191	19	19	18	42	1.90
164920--165193	84	3.2	84	78	5	199	28	14	27	29	1.96
165066--165213	45	3.3	44	73	16	140	26	17	24	31	1.97
165106--165432	46	7.1	46	75	9	317	26	17	24	31	1.97
165066--165264	91	2.2	93	89	2	303	26	18	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164918--165193	42	6.4	42	73	9	171	28	14	27	29	1.96
165647--165824	49	3.6	49	77	8	175	17	24	16	40	1.90
165676--165899	98	2.3	97	79	4	236	19	24	16	38	1.92
165853--165967	49	2.3	49	82	2	133	23	26	12	38	1.90
166816--166854	9	4.1	10	87	12	64	0	15	0	84	0.62
166816--166854	19	2.1	19	90	9	62	0	15	0	84	0.62
166818--166867	12	4.3	12	83	14	61	0	16	0	84	0.63
166817--166875	21	2.8	21	78	14	68	0	16	1	81	0.78
166818--166881	23	2.8	23	79	13	69	0	17	1	81	0.77
167638--167729	48	1.9	48	93	0	157	22	26	13	38	1.91

Tables:   1   2