genome.fa.s9469.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009469.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124177, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  332091

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1345--1464	40	3.0	40	87	1	159	13	17	30	38	1.88
12679--12775	31	3.2	30	66	14	81	41	2	16	40	1.60
12710--12804	30	3.1	30	65	14	86	43	4	14	37	1.65
12664--12804	61	2.3	61	97	0	264	42	4	15	37	1.67
13282--13319	20	1.9	20	94	0	67	63	0	0	36	0.95
13611--13767	80	2.0	76	87	7	226	28	14	37	19	1.91
14720--14748	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
16351--16416	6	11.5	6	70	15	50	43	1	3	51	1.26
16351--16413	17	3.7	17	82	0	81	42	1	3	52	1.27
16387--16433	23	2.1	23	84	4	60	42	4	4	48	1.42
18269--18448	28	6.3	29	81	8	208	40	27	2	30	1.68
18262--18486	29	7.8	29	81	5	235	39	25	3	32	1.72
18262--18486	115	1.9	117	86	8	327	39	25	3	32	1.72
25449--25486	18	2.1	18	95	0	67	18	36	0	44	1.50
26107--26145	19	2.0	21	85	10	55	38	7	7	46	1.61
26690--26725	17	2.1	17	94	0	63	27	0	2	69	1.02
30374--30495	59	2.0	60	85	6	167	34	9	6	49	1.62
30925--30998	28	2.7	27	82	4	76	40	32	5	21	1.76
40094--40132	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
52708--52745	18	2.1	18	100	0	76	50	0	34	15	1.45
52877--52918	20	2.0	20	86	4	57	33	0	14	52	1.42
55913--55983	34	2.1	34	97	0	133	39	12	11	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56484--56522	19	2.1	19	85	0	51	17	7	2	71	1.21
57521--57553	16	2.1	16	88	5	50	51	0	0	48	1.00
57755--58068	104	3.0	104	92	2	540	39	6	11	42	1.67
58128--58158	15	2.1	15	94	5	55	38	0	0	61	0.96
61917--61944	11	2.5	11	100	0	56	35	10	7	46	1.66
64951--65077	61	2.1	61	83	5	159	40	3	11	44	1.57
64978--65130	61	2.5	63	80	6	161	39	3	13	43	1.60
76742--76775	17	2.0	16	88	11	50	47	0	5	47	1.26
76763--76801	13	2.9	13	84	3	51	46	2	5	46	1.38
79942--79992	4	12.8	4	100	0	102	25	0	25	49	1.51
90712--90755	18	2.4	18	88	0	70	25	9	15	50	1.74
93738--93776	9	4.2	9	90	6	51	64	0	0	35	0.94
98955--99034	24	3.2	24	62	10	61	31	16	6	46	1.71
98937--99040	51	2.0	51	100	0	208	35	15	5	43	1.71
98956--99035	25	3.2	25	64	15	65	30	16	6	47	1.71
100788--100921	71	1.9	67	85	5	178	32	12	12	41	1.81
103847--103910	33	2.0	33	87	3	94	65	7	3	23	1.33
103859--103910	17	3.1	17	72	5	52	69	7	3	19	1.29
108961--109019	30	2.0	30	86	0	82	44	5	1	49	1.34
109793--109893	52	1.9	52	85	0	139	34	3	4	56	1.39
109798--109893	17	5.6	17	73	9	70	36	4	5	54	1.42
111703--111913	30	7.2	30	68	19	133	36	20	2	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111698--112187	29	16.7	29	73	12	337	34	24	2	39	1.67
111703--112187	59	8.3	59	85	7	541	34	24	2	39	1.67
111710--112248	29	18.4	31	70	20	285	33	24	2	39	1.68
111698--112248	59	9.4	58	82	10	495	34	24	2	39	1.68
112748--112780	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
116295--116413	31	3.8	31	83	4	141	55	2	2	39	1.27
116359--116410	16	3.2	16	71	10	52	53	1	1	42	1.23
116312--116440	63	2.0	63	79	5	136	53	3	3	39	1.35
117264--117325	24	2.5	23	82	12	79	46	0	1	51	1.10
121438--121477	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
121529--121553	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
122229--122253	6	4.2	6	100	0	50	48	36	0	16	1.46
124086--124253	82	2.0	82	98	0	327	29	14	20	34	1.93
132729--132913	96	1.9	96	83	6	241	36	14	19	30	1.91
133297--133543	88	2.8	87	81	7	295	33	3	27	36	1.73
133203--133550	29	12.0	29	76	10	304	33	3	28	35	1.73
135312--135377	6	11.3	6	71	18	50	51	1	1	45	1.19
135315--135377	17	3.6	17	83	10	83	52	1	1	44	1.20
136730--136754	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
142761--142814	27	2.0	26	85	3	72	66	1	0	31	1.02
143451--143529	20	4.2	19	72	13	56	62	1	2	34	1.17
143473--143530	19	3.0	19	73	12	55	62	1	1	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143468--143569	38	2.7	36	80	11	107	59	3	1	34	1.27
143662--143728	31	2.2	31	81	10	75	59	1	4	34	1.26
144306--144384	41	2.0	38	90	7	122	30	5	3	60	1.36
144497--144608	17	6.4	17	78	5	116	41	0	2	54	1.20
144498--144565	18	3.8	18	77	11	59	42	0	2	54	1.15
144544--144576	6	5.7	6	85	7	50	42	0	3	54	1.15
144536--144586	11	4.4	12	80	7	52	37	1	1	58	1.20
144497--144608	35	3.2	33	82	8	116	41	0	2	54	1.20
145350--145387	19	1.9	21	89	10	62	52	0	0	47	1.00
145355--145398	20	2.2	20	84	11	56	56	2	0	40	1.11
146309--146646	30	11.4	30	81	4	346	37	29	1	31	1.68
146309--146647	58	5.7	59	83	4	416	37	29	1	31	1.68
149155--149207	18	3.0	18	81	10	65	37	1	0	60	1.08
149161--149209	17	2.7	18	84	12	64	32	2	0	65	1.04
155077--155101	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
156660--156732	2	37.0	2	97	2	139	49	0	0	50	1.00
159528--159615	20	4.4	20	73	9	72	34	6	12	46	1.68
159528--159615	40	2.2	40	83	4	106	34	6	12	46	1.68
160391--160454	17	3.8	17	81	10	69	50	1	6	42	1.37
160756--160815	23	2.6	22	75	14	59	48	1	3	46	1.28
165639--165706	31	2.3	30	80	10	77	29	11	11	47	1.76
184866--184904	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187041--187073	16	2.1	16	88	11	50	72	15	6	6	1.24
192289--192364	21	3.5	21	78	7	73	71	19	1	7	1.18
192361--192404	23	1.9	23	90	0	70	70	22	2	4	1.17
192345--192411	32	2.1	32	83	5	82	71	17	2	7	1.22
192363--192413	23	2.2	23	82	6	59	74	17	3	3	1.12
192381--192447	22	3.2	21	79	8	66	70	19	5	4	1.26
199446--199510	20	3.4	18	76	21	62	23	13	6	56	1.59
199583--199626	22	2.0	22	86	0	61	52	6	0	40	1.28
202206--202296	30	3.0	31	68	17	73	64	4	12	18	1.42
202206--202284	30	2.5	32	69	19	76	64	2	13	18	1.39
203192--203216	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
206179--206224	25	2.0	24	83	12	60	36	17	28	17	1.92
206190--206317	48	2.7	48	82	11	149	39	19	28	13	1.89
206177--206317	23	6.0	23	76	14	126	39	19	26	14	1.90
207881--208051	30	5.8	30	79	7	152	38	23	2	35	1.68
207916--208112	29	6.6	28	80	11	207	36	25	2	35	1.70
207877--208112	58	3.9	59	84	9	300	36	25	2	35	1.70
207916--208140	29	7.6	29	79	12	203	35	25	3	35	1.74
207917--208192	29	9.4	28	75	15	102	34	25	4	35	1.76
208100--208258	59	2.7	57	79	6	151	28	21	8	41	1.82
208095--209288	596	2.0	596	97	0	2248	27	19	9	43	1.81
212470--212498	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215540--215568	12	2.3	13	94	5	51	3	6	0	89	0.57
217304--217352	20	2.5	20	76	6	55	44	26	10	18	1.81
229411--229449	18	2.2	17	90	4	60	0	66	5	28	1.12
229964--230145	96	1.9	96	82	6	226	36	14	19	29	1.91
230369--230739	59	6.3	59	90	1	566	30	4	31	32	1.79
232416--232472	17	3.4	17	82	0	69	50	3	1	43	1.29
232860--233041	96	1.9	96	82	6	226	36	14	19	30	1.91
238241--238275	6	5.8	6	86	0	52	42	0	54	2	1.15
238761--238790	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
262154--262190	19	1.9	19	89	10	58	54	13	8	24	1.66

Tables:   1   2