genome.fa.s9633.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01009633.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_124350, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  296665

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973--1009	18	2.1	18	100	0	74	43	5	35	16	1.71
1101--1154	27	2.0	27	92	0	90	38	1	31	27	1.67
4045--4214	29	5.9	29	81	8	163	17	8	24	49	1.75
4503--5058	276	2.0	276	96	0	1013	36	20	18	24	1.95
19409--19469	23	2.5	23	84	7	68	52	9	19	18	1.72
25425--25490	23	2.9	23	90	2	107	50	12	19	18	1.78
27385--27437	26	2.1	25	86	10	72	41	5	0	52	1.25
27938--29393	747	1.9	747	84	3	1928	34	21	15	27	1.94
33396--33441	21	2.2	21	88	11	69	28	2	0	69	1.00
33766--33809	18	2.5	18	81	3	54	36	4	2	56	1.32
36954--37150	96	2.1	96	97	0	367	32	24	1	41	1.64
43729--43765	19	1.9	19	94	0	65	18	40	21	18	1.91
44634--44681	24	2.0	24	84	8	62	6	12	2	79	1.01
50330--50370	17	2.3	18	84	12	50	48	0	4	46	1.23
50315--50404	44	2.0	44	86	0	126	51	2	4	42	1.34
50372--50405	18	1.9	17	88	5	50	55	5	0	38	1.24
52400--52432	9	3.7	9	100	0	66	51	0	12	36	1.39
52463--52504	22	2.0	21	85	4	57	40	2	2	54	1.26
53439--53466	10	2.8	10	100	0	56	42	17	21	17	1.89
58794--58905	48	2.3	48	95	0	197	24	18	16	41	1.90
63346--63399	25	2.2	25	83	6	65	46	3	0	50	1.19
64753--64814	31	2.0	31	87	6	90	19	16	14	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65162--65227	30	2.2	31	86	2	89	46	9	15	28	1.76
65110--65239	30	4.4	31	71	12	85	46	10	15	26	1.78
68133--68341	41	5.3	41	82	13	251	40	10	23	25	1.86
68238--68297	31	1.9	31	96	0	111	45	5	23	26	1.73
68197--68346	72	2.1	73	91	1	239	40	8	24	26	1.84
69607--69644	2	19.0	2	94	0	67	0	2	50	47	1.15
75099--75133	6	5.8	6	93	0	61	65	2	0	31	1.07
82243--82267	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
87982--88056	3	24.7	3	94	2	132	65	1	1	32	1.09
92934--92987	23	2.3	23	84	9	65	59	7	3	29	1.42
92972--93044	29	2.6	29	79	14	89	54	4	4	36	1.38
93074--93164	44	2.1	44	100	0	182	59	10	8	20	1.58
93393--93471	19	4.2	19	70	12	63	74	3	3	17	1.12
93450--93483	14	2.5	13	90	9	59	82	5	0	11	0.83
93989--94029	19	2.0	20	86	9	57	14	7	9	68	1.39
94862--94955	42	2.3	41	89	7	138	30	23	20	25	1.98
94874--95003	43	2.9	43	85	8	156	30	25	17	26	1.97
98744--98797	20	2.7	20	79	0	54	33	11	22	33	1.89
113106--113167	24	2.7	23	72	22	65	62	3	1	32	1.20
114795--114967	41	4.2	41	79	2	168	33	20	25	20	1.97
114772--114967	82	2.4	82	75	3	196	35	19	25	19	1.95
116908--117020	41	2.8	40	79	2	127	35	19	22	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118326--118373	14	3.4	14	83	16	55	66	6	4	22	1.32
118522--118755	30	7.9	30	79	11	216	35	0	26	37	1.63
118522--118815	60	5.0	58	78	9	240	36	2	25	35	1.71
118488--118755	88	3.0	88	83	7	271	35	1	26	36	1.68
118483--118815	30	11.3	29	76	12	207	36	3	25	34	1.74
120108--120173	29	2.3	29	97	2	125	10	6	18	65	1.44
120875--120965	48	1.9	47	90	2	146	20	25	14	39	1.90
120893--121373	203	2.3	206	84	1	617	23	22	16	38	1.93
129675--129713	15	2.8	14	88	7	53	71	2	7	17	1.21
132584--132652	21	3.3	21	70	8	59	37	13	43	5	1.67
132978--133113	42	3.2	42	77	8	159	23	19	27	28	1.99
134139--134358	9	23.7	9	64	23	66	33	2	2	61	1.21
134139--134223	20	4.3	18	72	21	57	35	2	2	60	1.23
134162--134235	10	7.1	11	73	18	61	36	1	4	58	1.26
134136--134248	30	3.7	30	77	11	106	37	1	2	58	1.23
134159--134247	20	4.3	20	72	16	67	37	1	3	58	1.22
134281--134359	28	2.9	26	77	19	90	29	1	1	68	1.05
134283--134359	19	4.3	18	79	11	88	27	1	1	70	1.03
134290--134357	36	1.9	35	85	8	93	25	1	1	72	1.02
134283--134366	36	2.4	34	78	13	89	25	2	1	71	1.05
134290--134367	19	4.3	19	76	15	85	24	2	1	71	1.06
138577--138790	80	2.7	79	86	4	270	32	26	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146354--146560	80	2.6	81	80	6	244	30	24	20	24	1.98
153271--153315	19	2.4	19	92	0	72	33	15	24	26	1.95
153344--153438	36	2.6	37	86	5	122	35	9	23	31	1.87
153348--153484	72	1.9	70	80	2	157	35	10	24	29	1.90
153390--153480	35	2.6	36	82	1	112	36	12	26	25	1.91
154142--154197	21	2.7	21	77	5	60	26	12	26	33	1.92
154658--154723	32	2.1	32	100	0	132	50	6	12	31	1.64
158789--158913	61	2.0	61	95	0	223	16	32	14	36	1.89
163355--163421	31	2.2	31	86	5	91	25	0	7	67	1.17
163370--163443	31	2.4	31	83	2	85	27	5	9	58	1.51
175069--175100	16	1.9	17	93	6	57	75	0	25	0	0.81
183464--183504	21	2.0	21	85	0	55	29	24	19	26	1.98
184236--184472	52	4.6	52	81	2	251	36	21	13	27	1.92
192935--192989	23	2.5	22	85	5	74	41	0	9	49	1.34
197840--197878	20	2.0	20	94	0	69	35	23	28	12	1.91
203613--203715	53	1.9	53	86	3	145	16	14	18	50	1.78
203668--204142	98	4.8	98	75	3	346	21	20	16	42	1.89
203696--204057	147	2.5	146	84	2	431	20	20	15	43	1.87
203700--204113	147	2.8	147	81	2	341	21	20	14	42	1.88
203707--204142	49	8.9	49	71	4	252	20	21	16	41	1.90
208501--208628	40	3.2	39	78	5	139	28	25	20	25	1.99
212327--212409	41	2.0	41	97	0	157	27	16	20	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217771--217821	26	2.0	26	96	0	93	62	11	7	17	1.51
217778--217845	26	2.7	26	83	2	75	61	10	7	20	1.51
221546--221602	27	2.1	28	86	3	80	36	0	5	57	1.21
221568--221622	12	4.8	11	82	6	65	38	0	1	60	1.08
221589--221643	6	9.2	6	82	6	67	41	0	3	54	1.18
221563--221638	11	7.2	11	71	14	52	38	0	3	57	1.17
221578--221628	24	2.2	24	89	3	77	39	0	0	60	0.97
223245--223532	30	9.9	30	76	15	145	36	27	2	34	1.69
223283--223535	86	2.9	88	82	10	258	35	27	1	35	1.67
223249--223713	29	16.0	30	73	12	283	35	26	3	34	1.73
223404--223795	58	6.8	58	74	12	265	34	26	4	34	1.75
223665--223795	29	4.6	29	79	9	101	31	26	6	35	1.83
228328--228418	9	8.9	10	72	23	57	76	0	19	3	0.92
228310--228373	31	2.1	31	88	11	96	78	0	14	7	0.96
228327--228402	11	6.9	11	76	18	70	77	0	18	3	0.92
228359--228419	30	2.1	27	85	14	79	78	0	19	1	0.83
228310--228422	44	2.6	42	78	17	99	76	0	18	5	0.98
229373--229641	50	5.5	50	76	3	258	33	14	31	20	1.93
229424--229692	48	5.5	48	74	8	213	33	15	30	20	1.94
229339--229734	98	4.0	97	82	4	398	34	16	29	19	1.94
229429--229747	48	6.5	48	75	5	181	35	15	29	19	1.93
230090--230231	37	3.7	37	78	5	140	27	34	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230090--230381	39	7.5	37	70	11	167	25	33	16	23	1.95
230090--230374	76	3.7	75	75	11	218	25	34	15	23	1.95
230422--231216	207	3.8	208	82	3	902	35	17	23	23	1.95
231617--231731	6	19.5	6	70	10	85	39	0	2	58	1.12
231617--231746	17	7.4	17	77	13	77	39	0	3	56	1.17
231645--231731	41	2.1	43	93	4	151	39	0	1	59	1.05
231700--231751	16	3.2	16	83	8	61	34	0	9	55	1.32
231629--231773	17	9.7	15	70	23	76	39	0	4	55	1.26
233334--233555	30	7.6	30	72	14	128	35	27	3	33	1.73
233436--233906	28	16.5	28	71	12	212	34	25	5	34	1.78

Tables:   1   2