genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold101
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  827217

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7653--7692	17	2.4	17	86	0	53	30	0	10	60	1.30
8212--8239	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
8304--8349	23	2.0	23	84	12	60	34	2	0	63	1.07
12631--12706	36	2.1	36	82	2	91	40	11	5	42	1.64
14533--14564	13	2.5	13	94	0	55	87	0	12	0	0.54
15476--15505	13	2.2	14	94	5	53	63	0	20	16	1.31
16074--16136	26	2.4	26	86	0	81	57	20	1	20	1.50
22765--22811	23	2.0	24	84	12	62	53	0	0	46	1.00
23697--23752	24	2.4	24	76	8	62	51	0	0	48	1.00
24442--24481	17	2.4	17	87	8	55	52	0	2	45	1.14
24442--24483	16	2.5	17	80	11	50	52	0	2	45	1.13
33009--33225	34	6.4	34	87	1	285	24	7	27	41	1.81
33009--33227	67	3.3	66	87	2	303	24	7	27	41	1.81
33009--33227	101	2.2	101	90	4	343	24	7	27	41	1.81
37642--37859	34	6.5	34	87	1	287	24	7	27	40	1.81
37642--37861	67	3.3	66	87	2	305	24	7	27	40	1.81
37642--37861	101	2.2	101	90	4	345	24	7	27	40	1.81
40188--40372	34	5.5	34	83	5	241	40	27	7	24	1.82
40188--40372	68	2.7	68	90	0	282	40	27	7	24	1.82
40188--40372	102	1.8	101	89	3	291	40	27	7	24	1.82
44445--44501	19	3.0	19	89	0	87	33	17	17	31	1.93
44799--44984	34	5.5	34	82	5	234	39	27	8	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44799--44984	68	2.8	68	89	0	275	39	27	8	24	1.83
44799--44984	102	1.8	101	88	3	284	39	27	8	24	1.83
45280--45312	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
45776--45833	2	29.0	2	89	0	89	50	5	0	44	1.24
47566--47746	49	3.7	49	88	5	251	27	9	14	48	1.76
47765--47952	49	3.9	47	76	8	137	30	15	14	38	1.88
50501--50546	18	2.5	18	77	22	51	80	2	15	2	0.91
50512--50547	8	4.2	8	89	10	54	83	2	13	0	0.76
51151--51291	76	1.9	76	83	5	187	24	12	16	46	1.81
51468--51767	49	6.2	48	79	9	308	27	12	16	44	1.82
53866--53924	24	2.5	24	75	5	59	33	11	8	45	1.71
53864--53944	23	3.5	23	75	8	67	34	11	11	43	1.76
53911--53955	23	2.0	23	90	0	72	40	8	11	40	1.72
57098--57177	34	2.3	35	80	2	99	25	1	35	38	1.64
61079--61156	30	2.6	30	85	4	104	28	11	15	44	1.81
61272--61591	49	6.6	49	76	8	226	28	11	15	44	1.81
61343--61517	94	1.9	94	79	4	201	28	12	17	42	1.84
61500--61614	49	2.4	48	83	4	142	36	17	12	33	1.87
67271--67309	2	19.5	2	89	0	60	48	5	0	46	1.24
69039--69357	49	6.6	49	75	7	215	28	11	15	44	1.81
69085--69353	94	2.8	94	77	7	211	28	12	16	43	1.84
69267--69380	49	2.4	47	80	5	122	36	18	11	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71087--71177	23	4.0	22	75	10	76	36	9	9	43	1.71
75032--75064	15	2.3	15	89	5	50	27	0	0	72	0.85
80559--80591	15	2.3	15	89	5	50	27	0	0	72	0.85
81822--81889	34	2.0	34	83	13	86	32	1	1	64	1.11
82927--83111	34	5.5	34	86	3	248	40	25	7	26	1.82
87177--87239	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
87546--87730	34	5.5	34	86	3	248	40	25	7	26	1.82
88339--88367	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
90270--90326	30	1.9	29	89	3	87	29	10	14	45	1.78
90549--90623	38	2.0	38	89	0	114	28	12	13	46	1.78
90607--90838	98	2.4	96	80	9	242	27	13	15	43	1.84
90681--90848	49	3.4	49	79	3	203	28	13	14	43	1.83
90681--90859	98	1.8	98	86	0	259	30	15	13	41	1.85
91655--91682	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
96036--96060	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
96524--96566	2	21.5	2	90	0	68	48	4	0	46	1.22
98301--98620	49	6.6	49	75	9	210	28	11	16	43	1.82
98529--98644	49	2.4	48	82	4	135	37	17	12	32	1.88
106299--106325	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
107817--107848	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
108079--108114	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
109649--109701	2	26.5	2	78	14	56	49	3	1	45	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112816--112849	13	2.6	13	82	17	52	61	5	2	29	1.34
114789--114894	48	2.2	49	86	1	151	48	15	10	26	1.77
114801--114913	49	2.3	48	87	1	163	46	12	10	30	1.76
116897--116932	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
118225--118254	6	5.0	6	100	0	60	16	0	33	50	1.46
118297--118357	27	2.3	24	73	15	59	68	1	1	27	1.08
123351--123395	23	2.0	23	90	0	72	40	11	8	40	1.72
125521--125698	49	3.6	49	77	6	162	43	11	13	31	1.80
125979--126054	30	2.5	30	78	4	82	47	13	11	27	1.77
126064--126120	30	1.9	29	85	3	78	43	17	10	28	1.82
127594--127871	49	5.8	48	73	12	205	44	16	12	26	1.83
127790--127919	48	2.7	48	80	3	127	46	19	7	26	1.76
128031--128108	30	2.6	30	83	4	95	46	15	10	28	1.78
135262--135385	64	1.9	64	88	0	185	52	5	6	35	1.51
135562--135615	16	3.2	17	76	7	65	44	3	0	51	1.19
135563--135635	33	2.1	38	87	12	111	42	2	1	53	1.23
135577--135637	20	3.3	18	71	13	54	42	1	1	54	1.20
136075--136131	24	2.4	24	85	5	71	38	0	1	59	1.08
136095--136136	11	3.7	11	79	14	50	45	0	0	54	0.99
136088--136129	13	3.2	13	82	0	57	38	0	0	61	0.96
136494--136574	27	3.0	28	71	20	75	60	0	0	39	0.97
137595--137651	29	1.9	30	82	3	71	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137632--137676	19	2.4	19	81	7	56	35	0	0	64	0.94
137637--137676	21	1.9	21	90	10	64	37	0	0	62	0.95
138056--138174	61	2.0	61	89	3	186	37	5	8	47	1.58
138392--138439	15	3.3	15	82	2	53	70	4	2	22	1.15
138505--138590	28	3.1	28	79	11	88	63	1	0	34	1.02
139983--140041	28	2.0	29	83	6	75	64	1	0	33	1.04
140948--141031	19	4.7	19	81	18	108	33	11	17	36	1.87
140988--141012	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
140969--141036	32	2.1	32	97	0	127	33	11	17	36	1.86
141074--141098	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
141110--141235	52	2.4	52	93	0	216	38	17	15	28	1.91
146041--146087	19	2.5	19	80	13	53	23	6	4	65	1.33
146219--146313	30	3.2	30	72	15	79	46	15	3	34	1.62
146936--146970	14	2.5	14	85	0	52	14	0	2	82	0.77
147884--147930	23	2.1	23	84	4	60	38	4	0	57	1.18
148112--148145	15	2.3	15	89	0	50	44	0	0	55	0.99
148737--148778	3	14.0	3	89	0	66	33	0	4	61	1.17
148737--148778	15	2.8	15	100	0	84	33	0	4	61	1.17
149838--149868	16	1.9	16	93	0	53	19	9	29	41	1.83
150046--150091	20	2.3	20	88	0	65	34	4	50	10	1.57
150168--150238	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76
153588--153633	20	2.3	20	88	0	65	34	4	50	10	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153710--153780	27	2.6	27	88	6	99	46	23	7	22	1.76
156733--156786	22	2.5	22	96	3	101	61	9	11	18	1.55
157700--157774	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
157697--157774	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
158410--161333	28	104.5	28	86	6	2109	24	16	32	25	1.96
158378--160113	116	15.0	114	85	5	1998	21	18	32	28	1.96
160040--161333	55	24.0	54	88	4	1877	28	14	33	23	1.94
160153--160195	21	2.0	21	100	0	86	20	18	32	27	1.96
160040--161333	82	16.0	81	87	5	1816	28	14	33	23	1.94
160637--160679	21	2.0	21	95	0	77	23	18	30	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6