genome.fa.s101.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold101
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  827217

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160877--160946	21	3.0	21	78	17	77	25	17	31	25	1.97
162350--162377	10	2.8	10	100	0	56	0	0	7	92	0.37
167791--167844	22	2.5	22	96	3	101	61	9	11	18	1.55
168759--168833	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
168756--168833	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
169199--169321	65	1.9	65	100	0	246	47	2	0	49	1.14
169199--169289	24	4.1	24	63	23	63	47	3	0	49	1.18
170917--170960	16	2.6	17	82	10	54	68	0	0	31	0.90
171571--171616	11	4.4	11	76	20	53	65	0	0	34	0.93
171592--171667	40	1.9	40	84	10	102	60	2	6	30	1.36
172362--172401	18	2.2	18	86	0	53	55	2	5	37	1.35
173081--173110	15	2.1	14	93	6	51	73	0	0	26	0.84
173218--173276	11	5.2	11	78	13	66	66	0	1	32	1.02
173218--173278	23	2.7	22	85	12	79	65	0	1	32	1.02
173389--173457	13	5.1	13	81	10	66	5	18	0	75	1.00
173388--173456	19	3.8	18	77	9	68	5	18	0	75	1.00
173753--173820	29	2.4	28	80	2	73	26	1	5	66	1.23
174110--174191	33	2.5	32	75	11	94	52	0	0	47	1.00
174115--174159	24	1.9	23	82	13	56	53	0	0	46	1.00
174125--174170	16	2.8	17	77	12	51	47	0	0	52	1.00
174421--174450	2	15.0	2	92	0	51	0	53	0	46	1.00
185507--185531	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189415--189476	20	3.6	17	74	25	67	54	0	0	45	0.99
189416--189464	24	2.0	24	84	7	64	57	0	0	42	0.99
194092--194133	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
195049--195085	3	12.7	3	88	5	58	0	35	2	62	1.10
196281--196317	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
197681--197739	21	2.9	22	80	9	63	59	0	0	40	0.97
197663--197738	19	3.9	19	75	16	57	60	1	0	38	1.05
197723--197782	15	4.1	15	73	23	56	53	0	0	46	1.00
197722--197782	14	4.1	16	73	26	62	54	0	0	45	1.00
198090--198145	21	2.5	21	83	13	60	58	0	1	39	1.08
199022--199059	20	2.0	20	84	5	51	52	0	2	44	1.14
201254--201285	14	2.1	16	88	11	50	31	6	6	56	1.49
201552--201589	11	3.5	11	85	0	58	28	0	7	63	1.23
203969--204016	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
204918--204945	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
205069--205106	15	2.5	15	79	12	51	55	0	2	42	1.14
205166--205205	21	2.0	20	85	5	53	45	0	0	55	0.99
205508--205599	18	4.6	21	77	17	90	44	1	0	54	1.07
205496--205625	40	3.2	40	83	6	138	41	3	0	54	1.21
205621--205657	13	2.6	14	87	12	58	62	2	0	35	1.10
209797--209870	34	2.2	36	81	16	95	47	1	0	51	1.09
210319--210371	26	2.0	28	88	7	83	24	1	3	69	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210668--210706	18	2.2	18	90	0	60	35	2	0	61	1.10
211450--211483	15	2.3	15	89	0	50	52	0	2	44	1.16
212566--212604	16	2.4	17	91	4	62	64	2	2	30	1.21
216145--216190	15	3.0	16	78	18	53	52	0	2	45	1.13
218118--218147	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
218556--218595	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
218969--219020	26	2.1	26	82	13	65	51	0	1	46	1.12
219067--219120	23	2.3	23	81	9	65	42	0	1	55	1.10
219065--219112	21	2.3	20	78	21	55	37	0	2	60	1.09
219294--219336	22	2.0	22	81	9	52	32	0	4	62	1.15
219285--219397	16	6.8	16	69	17	70	39	0	3	56	1.16
225689--225731	22	2.0	22	86	8	63	51	0	0	48	1.00
225649--225747	33	3.1	32	76	11	80	55	1	1	42	1.13
228041--228080	21	2.0	20	85	5	53	40	10	0	50	1.36
228191--228251	24	2.6	24	71	19	65	54	0	0	45	1.00
228246--228301	7	7.8	8	77	15	52	64	0	0	35	0.94
229163--229201	19	2.0	21	85	10	55	48	0	0	51	1.00
229219--229259	12	3.4	12	90	10	66	34	0	0	65	0.93
229167--229253	33	2.5	34	80	14	97	40	0	0	59	0.97
229425--229566	6	22.8	6	67	21	62	37	0	0	61	1.01
229426--229549	11	11.9	11	67	16	52	38	0	0	61	0.96
229459--229540	27	2.9	27	75	19	85	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229454--229545	32	2.8	32	83	9	107	41	0	0	58	0.98
229832--229894	21	3.2	21	78	17	73	68	0	0	31	0.90
230290--230356	21	3.1	21	74	19	66	58	0	0	41	0.98
230300--230348	24	2.0	26	84	15	68	57	0	0	42	0.99
230738--230766	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
230951--230980	14	2.1	14	93	0	51	33	0	0	66	0.92
231326--231374	23	2.2	22	85	10	64	36	0	2	61	1.08
231524--231585	19	3.2	19	78	15	56	37	4	0	58	1.20
231948--232004	24	2.4	23	77	8	60	56	1	0	42	1.10
232002--232041	14	2.9	14	88	3	55	32	0	2	65	1.06
232264--232293	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
232573--232608	17	2.2	16	90	5	54	66	0	0	33	0.92
232654--232693	20	2.0	20	85	9	55	47	0	0	52	1.00
232768--232812	21	2.1	21	83	0	54	4	20	2	73	1.11
232994--233050	19	3.1	18	80	9	71	61	0	0	38	0.96
232994--233050	18	3.1	19	82	5	73	61	0	0	38	0.96
233023--233064	21	2.0	21	86	9	59	64	2	0	33	1.07
233287--233341	29	2.0	27	86	13	76	30	0	0	69	0.89
233538--233595	30	1.9	30	85	0	80	51	0	0	48	1.00
233774--233829	20	2.8	20	73	13	60	33	1	1	62	1.16
233855--233935	28	3.0	28	74	12	80	49	0	0	50	1.00
233857--233949	27	3.4	27	69	19	77	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234001--234048	21	2.2	21	89	10	71	50	0	0	50	1.00
234034--234078	17	2.7	15	83	16	54	62	0	0	37	0.96
234021--234106	27	3.3	26	69	19	63	53	0	1	45	1.07
234056--234133	27	2.8	27	74	21	63	47	1	1	50	1.17
234067--234118	27	2.0	26	85	10	72	42	0	1	55	1.10
234271--234325	23	2.4	25	74	20	66	60	0	0	40	0.97
235300--235354	15	3.4	17	75	7	53	41	0	0	58	0.98
235300--235387	30	3.0	29	76	15	83	45	0	0	54	0.99
235518--235550	5	6.6	5	90	10	50	21	0	0	78	0.75
235541--235581	16	2.4	18	76	16	50	39	0	0	60	0.96
235526--235581	17	3.3	17	73	9	51	33	0	0	66	0.92
236086--236110	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
236131--236165	9	4.0	9	88	7	54	65	0	0	34	0.93
236825--236870	20	2.3	21	81	11	60	45	0	0	54	0.99
237383--237441	27	2.2	26	84	3	73	57	13	3	25	1.52
238116--238149	2	17.5	2	87	6	52	52	0	0	47	1.00
240158--240230	36	2.0	36	100	0	146	41	16	10	31	1.83
245483--245610	11	11.8	11	70	13	54	39	1	0	57	1.13
245527--245589	17	3.6	17	76	21	51	44	0	0	55	0.99
245936--245968	17	2.0	17	88	5	50	30	0	12	57	1.35
246280--246318	19	2.1	18	95	4	69	35	5	0	58	1.20
246584--246609	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247622--247683	24	2.6	24	80	7	74	54	0	0	45	0.99
247664--247700	17	2.2	17	90	0	56	51	0	2	45	1.15
251530--251596	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
252075--252100	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
253231--253284	27	2.0	27	85	7	74	48	0	0	51	1.00
254142--254189	20	2.6	18	76	6	51	56	0	0	43	0.99
254818--254958	30	4.7	30	76	9	128	41	4	0	54	1.20
254834--254872	21	1.9	19	90	10	60	38	0	0	61	0.96
254823--254935	60	1.9	59	85	8	158	39	3	0	56	1.16
254822--254948	60	2.1	60	81	13	156	42	3	0	54	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6