genome.fa.s104.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold104
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  327367

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 314 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6478--6740	92	2.9	91	82	3	316	37	11	21	30	1.88
10432--10559	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
10568--10592	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
10642--10699	20	3.0	20	84	2	73	46	12	10	31	1.74
15236--15563	171	1.9	171	95	1	595	37	14	24	23	1.93
15307--15460	49	3.0	49	76	6	146	36	16	23	24	1.94
15544--15937	43	8.8	43	81	12	404	32	18	24	25	1.97
15578--15937	92	3.9	92	84	9	468	31	18	24	25	1.97
15670--15922	134	1.9	134	94	0	452	31	19	24	24	1.98
15999--16103	52	2.0	52	84	5	138	36	16	22	24	1.94
15962--16103	55	2.6	55	80	3	164	33	16	23	26	1.95
16176--16792	35	17.9	35	87	7	806	34	11	33	21	1.89
16181--16823	34	18.9	34	85	7	787	34	11	32	21	1.90
25057--25184	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
25193--25217	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
25268--25325	20	3.0	20	84	2	73	46	12	10	31	1.74
30909--31132	115	2.0	114	84	4	299	33	20	16	30	1.94
37350--37389	20	2.0	20	95	0	71	32	5	0	62	1.17
37426--37478	28	1.9	27	84	3	70	35	9	5	49	1.59
37998--38035	16	2.3	17	86	4	51	60	0	7	31	1.25
38149--38229	15	5.3	15	76	4	72	34	3	2	59	1.29
38167--38225	31	1.9	31	82	6	75	42	1	1	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38285--38318	17	2.1	17	88	5	52	32	5	0	61	1.20
44016--44062	2	24.0	2	91	4	69	51	4	0	44	1.21
49397--49591	38	5.1	39	69	10	105	40	13	13	32	1.85
51471--51524	22	2.5	20	77	11	54	46	3	3	46	1.38
51944--51999	29	1.9	29	82	13	71	51	0	1	46	1.11
53163--53197	17	2.1	17	88	0	52	68	0	2	28	1.04
53786--53818	16	2.1	16	94	0	57	54	21	0	24	1.45
54362--54406	18	2.4	19	85	10	58	22	6	0	71	1.09
54828--54861	17	2.0	17	100	0	68	35	5	0	58	1.22
54877--54916	21	1.9	22	85	10	57	47	2	0	50	1.14
56451--56490	21	1.9	21	84	0	53	45	2	2	50	1.28
58700--58731	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
59603--59668	2	33.0	2	87	6	89	48	3	1	46	1.26
64032--64064	13	2.5	13	95	5	57	21	39	12	27	1.88
71040--71107	3	22.7	3	96	0	127	69	0	0	30	0.89
73715--73949	85	2.8	83	80	8	230	36	17	9	37	1.82
81681--81713	14	2.3	15	89	5	50	84	3	9	3	0.82
83004--83064	27	2.3	27	88	0	104	21	29	13	36	1.91
82977--83152	60	2.8	62	82	10	205	23	28	11	36	1.89
82978--83878	34	27.8	33	69	14	443	22	26	10	40	1.87
83067--83371	67	4.8	60	76	9	223	24	26	9	40	1.85
82978--83939	94	9.9	96	68	14	331	22	26	10	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82967--83718	128	5.8	127	78	8	641	22	26	10	40	1.87
83294--83353	27	2.2	27	84	0	75	21	23	13	41	1.88
83260--83385	60	2.1	61	85	4	166	25	23	10	41	1.85
83250--83509	138	1.9	141	84	4	357	23	25	11	40	1.87
83434--83490	27	2.2	26	84	9	71	21	24	15	38	1.92
83560--83619	27	2.2	27	81	3	66	25	26	11	36	1.90
83403--83879	194	2.5	193	79	7	517	21	25	11	41	1.86
83782--83904	66	1.9	63	80	12	144	22	26	10	39	1.87
84032--84256	95	2.3	98	79	5	235	31	31	14	22	1.94
84118--84275	33	4.9	31	78	9	156	30	31	15	22	1.95
84084--84262	31	5.5	33	75	12	147	30	31	14	23	1.94
83979--84275	64	4.6	65	75	8	223	30	30	15	23	1.95
83980--84283	33	9.4	32	70	15	155	30	30	15	23	1.95
84256--84586	62	5.3	61	76	6	270	29	19	14	35	1.92
87580--87687	10	10.8	10	73	13	80	1	18	0	78	0.89
87580--87663	31	2.7	31	77	13	75	2	15	1	80	0.87
87607--87687	38	2.1	39	81	6	94	1	20	0	77	0.83
87606--87687	39	2.1	39	84	4	103	1	20	0	78	0.83
87570--87687	45	2.6	43	82	15	141	2	19	0	77	0.94
87607--87682	21	3.5	20	75	18	80	1	21	0	77	0.84
87574--87671	51	1.9	51	89	6	153	3	19	1	76	0.98
87604--87687	24	3.6	23	75	18	93	1	20	0	78	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87798--87842	20	2.3	21	85	11	60	13	13	0	73	1.10
90009--90696	44	15.6	44	73	6	385	39	14	23	21	1.91
90011--90607	132	4.5	132	77	4	558	39	14	23	21	1.91
90987--91036	3	16.3	3	95	4	91	34	0	0	66	0.92
94894--95382	79	6.2	78	80	5	473	27	26	12	33	1.93
94895--95366	160	3.0	157	82	4	520	27	26	13	32	1.93
94893--95365	239	2.0	238	85	3	648	27	26	13	33	1.93
96330--96382	20	2.6	21	87	3	72	43	5	15	35	1.70
96346--96396	20	2.5	20	83	3	57	41	11	13	33	1.81
100535--100569	16	2.2	16	100	0	70	57	5	11	25	1.56
100841--100865	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
100822--100884	32	1.9	33	87	9	94	28	17	17	36	1.93
102465--102497	16	2.1	16	100	0	66	42	6	27	24	1.78
105135--105530	153	2.5	155	82	7	401	29	24	13	33	1.93
105135--105567	79	5.6	78	79	6	412	28	24	13	32	1.94
110107--110350	76	3.2	77	82	2	294	42	12	22	22	1.87
111524--111592	20	3.5	20	75	13	63	13	15	0	71	1.16
111975--112007	15	2.2	15	89	10	50	0	12	0	87	0.53
114804--114941	72	1.9	73	89	4	217	42	10	8	39	1.70
119355--119580	97	2.3	95	83	7	269	29	24	11	34	1.91
120063--120105	22	2.0	22	100	0	86	55	9	9	25	1.61
120064--120111	22	2.2	22	92	0	78	56	10	10	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124662--124753	29	3.2	29	64	11	71	45	19	9	25	1.81
124605--124791	58	3.2	57	85	3	239	43	19	10	26	1.83
124626--124823	58	3.4	58	83	2	193	42	19	11	26	1.84
124801--125065	58	4.6	56	79	8	212	48	12	15	23	1.79
127686--127731	20	2.3	20	96	0	83	6	15	10	67	1.40
127697--127744	10	4.8	10	84	0	69	2	16	10	70	1.24
127687--127750	30	2.2	29	85	2	83	4	15	10	68	1.35
127686--127744	20	3.0	20	89	0	73	5	15	10	69	1.33
128030--128096	19	3.8	19	70	24	56	41	16	13	28	1.86
128729--128798	21	3.0	23	82	14	90	34	30	4	31	1.77
133398--133483	43	2.0	43	95	4	156	25	20	15	38	1.92
134808--134846	10	3.9	10	82	0	51	2	15	10	71	1.23
135036--135077	21	2.0	21	81	9	50	40	9	16	33	1.81
135097--135167	20	3.6	19	73	7	63	40	14	14	30	1.85
138802--138847	20	2.3	20	92	7	76	36	15	17	30	1.91
138808--138869	20	2.9	22	82	15	69	32	14	19	33	1.92
139708--139805	20	5.7	19	70	29	94	34	12	18	34	1.88
139729--139786	13	3.9	13	73	26	53	36	13	17	32	1.89
139709--139842	32	4.1	33	96	0	227	35	12	17	34	1.87
139729--139870	65	2.2	65	81	7	155	37	14	16	31	1.89
139880--139904	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
146779--146824	9	4.9	9	81	7	56	82	15	0	2	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147412--147470	31	2.0	29	83	6	73	38	25	5	30	1.77
148157--148623	100	4.7	99	77	10	478	20	34	13	31	1.91
148312--148607	36	8.9	34	77	12	230	19	35	13	31	1.91
148253--148576	64	5.1	64	80	12	310	20	33	13	32	1.92
148461--148622	31	5.0	31	78	12	148	19	35	13	32	1.90
148157--148623	131	3.6	128	75	13	391	20	34	13	31	1.91
148379--148613	31	6.9	35	80	10	122	18	33	13	34	1.90
148614--148739	32	3.9	33	90	3	211	30	34	19	16	1.94
148739--149211	49	9.8	49	79	9	496	25	25	17	31	1.97
148741--149107	92	4.0	92	95	0	653	25	26	18	29	1.98

Tables:   1   2   3