genome.fa.s104.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold104
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  327367

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 314 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149014--149400	52	7.1	53	75	14	252	24	24	14	36	1.93
149166--149292	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
149233--149380	53	2.8	52	82	4	172	25	23	16	34	1.95
149014--149507	227	2.2	223	85	5	647	23	24	15	36	1.94
150088--150143	13	3.8	13	75	24	58	32	14	19	33	1.92
150068--150168	32	3.1	32	95	1	175	32	11	19	35	1.89
150066--150162	19	5.8	17	71	28	75	30	12	19	37	1.89
150206--150230	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
150239--150419	52	3.5	52	96	0	326	35	17	18	28	1.94
154933--155020	16	5.4	16	72	11	72	17	14	26	42	1.87
154938--155020	32	2.6	32	84	3	96	16	14	26	42	1.87
155008--155125	53	2.2	52	83	3	146	22	12	25	39	1.89
161878--161913	18	1.9	19	88	5	56	38	16	0	44	1.48
161518--162095	165	3.5	164	79	7	603	28	12	7	50	1.68
163379--163675	162	1.8	164	90	2	481	36	11	11	40	1.77
163542--163778	129	1.9	128	83	5	309	31	10	14	43	1.79
163533--163799	129	2.1	129	80	7	299	33	10	13	42	1.78
164323--165066	155	4.8	154	79	7	668	23	16	20	39	1.92
164322--165017	311	2.2	311	84	4	897	23	16	20	39	1.92
168799--168823	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
169733--169790	6	9.7	6	75	17	50	77	1	17	3	0.99
169730--169790	21	3.0	20	81	11	70	78	1	16	3	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169730--169765	15	2.4	16	90	9	58	83	0	16	0	0.65
170052--170105	17	3.1	17	81	10	56	74	0	20	5	1.02
170052--170101	19	2.9	17	85	8	57	74	0	20	6	1.03
170070--170107	16	2.4	17	82	13	53	73	0	23	2	0.95
170367--170589	81	2.8	81	83	1	277	31	18	10	39	1.85
171908--171989	35	2.4	35	78	10	87	26	26	7	39	1.82
172249--173693	43	33.7	43	77	4	873	16	27	17	38	1.91
172238--173693	86	17.0	85	78	5	1067	16	27	17	38	1.91
172238--173693	129	11.3	128	78	5	1152	16	27	17	38	1.91
173275--173836	43	13.1	42	74	8	174	16	29	17	36	1.92
173699--173863	86	1.9	86	82	2	206	16	29	18	35	1.93
173684--174012	42	7.8	41	72	6	149	20	28	16	34	1.95
173660--173904	128	1.9	128	80	3	287	18	29	17	34	1.94
173684--174156	42	11.2	43	69	9	145	20	27	17	34	1.95
174230--174327	43	2.3	43	80	3	110	28	28	12	30	1.93
174364--174550	84	2.2	84	84	2	243	21	29	13	34	1.92
174421--174620	84	2.4	83	82	5	224	21	29	14	35	1.92
174482--174642	84	1.9	84	81	7	193	22	29	13	35	1.92
174722--174833	41	2.7	42	74	2	109	19	27	15	37	1.92
174744--174848	41	2.5	41	78	4	104	19	23	14	42	1.87
175694--175749	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
178028--178077	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181973--182010	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
185597--186156	165	3.4	163	82	10	666	28	12	8	51	1.68
185597--186263	322	2.0	325	80	9	761	27	13	8	50	1.71
185628--186302	321	2.1	322	79	9	712	27	13	9	49	1.72
186307--186344	18	2.2	18	86	9	53	28	0	10	60	1.30
186819--186861	21	2.0	21	86	0	59	76	0	20	2	0.89
186815--186860	14	3.2	15	84	6	51	76	0	21	2	0.90
187518--187543	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
191588--191653	20	3.7	20	73	26	83	34	15	12	37	1.84
191609--191666	13	4.9	13	74	23	65	32	15	13	37	1.87
191589--191668	33	2.4	33	100	0	160	33	15	12	38	1.84
192483--192777	163	1.8	164	90	0	484	37	12	10	40	1.76
193664--193689	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
193605--193764	86	1.9	86	98	0	311	28	17	18	35	1.93
196061--196107	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
198328--198357	15	2.0	15	93	0	51	13	20	16	50	1.78
202434--202459	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
202414--202484	19	4.0	18	72	25	53	26	12	21	39	1.89
202520--202545	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
202412--202620	86	2.4	86	95	0	375	29	15	17	36	1.91
203558--203924	195	1.9	194	83	5	481	23	16	20	39	1.92
207262--207727	130	3.6	129	78	6	401	34	12	24	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207420--207539	51	2.4	50	85	2	168	30	12	26	30	1.93
207472--207618	79	1.9	79	86	2	215	31	12	26	29	1.93
207605--207903	79	3.8	79	84	5	374	31	15	26	27	1.95
207233--207727	260	1.9	258	80	7	581	34	12	24	28	1.91
207839--208015	51	3.5	50	80	9	198	34	11	25	28	1.91
209344--209430	20	4.7	20	74	21	73	41	12	16	29	1.85
209344--209413	33	2.1	33	86	5	97	40	11	17	31	1.85
209364--209393	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
209915--210017	41	2.5	40	77	10	102	42	9	29	18	1.82
210052--210213	42	3.8	43	83	8	195	39	13	26	20	1.90
210371--210454	28	3.0	28	65	13	73	27	21	25	26	1.99
210197--210454	61	4.3	61	84	9	329	27	20	25	26	1.99
210380--210887	94	5.6	94	72	14	429	25	19	29	25	1.99
210475--210719	55	4.3	56	81	8	289	23	20	27	28	1.99
210310--210602	149	1.9	152	86	4	421	26	20	26	25	1.99
210251--210950	266	2.7	265	86	6	939	26	19	28	25	1.99
210480--210719	117	2.1	110	87	6	329	23	20	28	27	1.99
210859--210981	63	2.0	63	91	0	201	32	20	22	24	1.98
211962--212069	1	108.0	1	73	0	81	0	0	12	86	0.68
211973--212069	7	13.6	7	82	13	94	0	0	13	86	0.57
211985--212069	8	11.2	8	83	12	101	0	0	12	87	0.56
211962--212069	44	2.5	44	85	10	141	0	0	12	86	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211962--212069	25	4.5	24	79	15	116	0	0	12	86	0.68
220516--220644	52	2.5	52	93	0	231	28	17	17	35	1.93
220722--220805	13	5.5	13	69	28	51	36	17	11	33	1.87
220730--220792	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
220722--220807	32	2.7	32	94	0	154	38	17	11	32	1.86
221466--221643	59	3.1	59	90	1	261	22	16	29	31	1.96
221425--221644	29	7.6	29	79	5	205	21	16	29	32	1.95
221617--221914	34	8.8	35	83	4	335	30	11	34	22	1.90
221651--221914	102	2.6	102	92	1	433	29	11	35	22	1.89
221617--221916	68	4.4	68	87	2	372	30	11	35	22	1.90
223348--223432	15	5.8	15	73	21	58	0	3	14	82	0.80
223348--223424	23	3.6	23	79	10	83	0	3	14	81	0.82
223363--223430	36	1.9	35	93	3	118	0	4	10	85	0.73
237463--237593	52	2.5	52	88	2	201	30	15	18	35	1.92
237671--237773	32	3.2	32	91	0	170	37	17	10	33	1.84
237679--237774	19	5.7	19	66	26	72	38	16	10	34	1.83
237730--237754	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
245032--245150	51	2.3	50	85	5	166	31	14	26	28	1.95
244853--245176	130	2.5	128	79	5	364	34	13	25	27	1.93
245135--245209	28	2.7	28	87	4	107	26	17	30	25	1.97
245189--245308	51	2.4	51	81	8	154	27	14	29	29	1.95
245268--245542	79	3.5	78	85	5	333	31	13	26	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245480--245654	51	3.5	50	84	6	219	32	11	28	28	1.91
247883--247969	20	4.8	19	77	20	96	41	14	14	28	1.86
247899--247969	33	2.2	33	97	0	133	42	15	15	26	1.87
247899--247951	13	4.5	13	73	26	64	39	15	16	28	1.89
248371--248706	171	2.0	172	92	2	561	33	12	19	34	1.89
248716--248958	27	8.5	27	81	14	292	46	6	30	16	1.74
248769--248888	62	2.0	61	94	1	213	45	6	30	16	1.73
248743--248958	89	2.5	88	98	1	416	45	6	30	17	1.74
250188--250314	53	2.5	50	82	12	150	28	25	14	31	1.95
250243--250550	79	3.9	79	93	0	492	26	25	15	32	1.95

Tables:   1   2   3