genome.fa.s104.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold104
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  327367

Tables:   1   2   3   

This is table  3  of  3  ( 314 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256695--257862	61	19.2	60	90	3	1758	25	26	19	28	1.99
256695--257862	121	9.6	120	90	3	1783	25	26	19	28	1.99
257849--257992	42	3.4	40	81	8	128	20	27	13	38	1.90
258778--258961	27	6.2	27	77	20	181	44	6	32	17	1.74
258806--258932	35	3.9	35	81	16	182	42	6	33	18	1.75
258776--258970	62	3.1	62	96	3	349	42	6	32	17	1.76
258903--258961	26	2.2	28	93	6	104	44	6	32	16	1.74
259730--259854	53	2.4	50	82	12	146	28	26	13	31	1.94
259784--260091	79	3.9	79	91	1	449	27	25	15	31	1.95
261145--261242	19	5.8	18	66	28	63	37	16	12	33	1.86
261140--261240	32	3.1	32	89	1	157	36	16	11	34	1.86
261164--261220	13	3.9	13	76	24	60	35	17	14	33	1.90
262017--262893	49	18.1	49	84	8	1109	31	17	25	24	1.97
262375--262893	101	5.3	101	92	3	846	32	17	25	25	1.97
262893--263128	33	7.2	33	83	6	311	21	16	33	27	1.95
262886--263118	97	2.4	96	88	5	335	19	17	34	28	1.95
263130--263258	34	3.8	33	79	6	116	35	12	31	20	1.90
263143--263240	34	2.9	34	83	4	117	35	9	33	21	1.85
263238--263361	30	4.0	31	72	17	98	32	16	29	22	1.95
263294--263360	33	2.0	33	85	0	89	35	14	29	19	1.92
263456--263493	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
264315--264367	16	3.4	16	75	17	58	0	7	11	81	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264306--264366	27	2.4	24	86	8	77	0	9	8	81	0.86
264604--264644	12	3.2	12	81	18	55	0	0	14	85	0.60
264604--264640	15	2.5	15	91	4	58	0	0	13	86	0.57
269330--269396	27	2.5	27	100	0	134	16	14	44	23	1.85
269698--269775	38	2.1	38	100	0	156	46	15	17	20	1.84
271563--271743	52	3.5	52	98	0	344	28	17	18	35	1.94
271752--271776	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
271799--271896	19	5.8	18	68	28	72	36	16	12	34	1.86
271794--271894	32	3.1	32	92	1	166	35	16	11	35	1.86
271818--271874	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
274901--274972	20	3.6	20	92	0	117	27	12	13	45	1.80
274960--274999	13	3.1	13	92	0	71	32	7	15	45	1.74
277516--277593	32	2.4	32	91	0	129	30	16	10	42	1.82
283688--283808	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
283688--283828	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
283817--283841	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
284730--284856	67	1.9	67	88	0	191	37	11	25	25	1.90
284802--285765	49	20.0	49	86	4	1354	32	17	26	24	1.96
285793--285857	33	1.9	34	93	3	114	16	20	36	26	1.93
285894--286281	160	2.4	155	85	9	523	30	12	35	21	1.91
285862--286279	194	2.1	192	85	10	548	30	12	35	21	1.91
285862--286432	34	17.8	32	79	11	422	31	13	32	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286251--286463	31	6.8	31	80	7	227	29	16	29	24	1.97
286256--286463	63	3.3	63	91	2	314	28	17	28	25	1.97
294730--294850	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
294730--294870	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
294859--294883	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
294948--294972	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
294926--294992	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
298690--298892	34	6.0	34	92	0	307	40	34	0	24	1.59
298781--298882	25	4.4	25	64	28	71	41	37	0	21	1.54
303802--303981	34	5.3	34	93	0	288	40	36	0	22	1.58
303859--303960	25	4.4	25	64	28	71	41	37	0	21	1.54
307082--307267	79	2.3	78	73	8	178	34	13	25	26	1.93
307273--307866	51	11.4	50	68	13	306	31	12	27	28	1.93
307219--307703	51	9.4	51	73	11	306	31	12	27	29	1.93
307424--307500	28	2.8	28	77	15	79	23	16	33	25	1.96
307274--307863	262	2.3	260	94	0	1036	31	12	27	28	1.93
307686--307761	28	2.8	28	84	6	84	23	19	32	23	1.97
310207--310232	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
310219--310260	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
310285--310347	19	3.7	18	72	24	64	34	17	14	33	1.90
310277--310349	32	2.3	32	92	0	128	34	17	13	34	1.90
311711--311843	52	2.6	52	85	2	169	44	11	15	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312066--312098	16	2.1	16	94	0	57	39	9	15	36	1.79
312833--312858	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
312883--312937	20	2.9	17	78	19	56	30	18	14	36	1.91
313016--313056	21	2.0	20	85	9	55	43	7	4	43	1.53
313015--313066	21	2.8	18	81	18	54	42	7	3	46	1.51
315590--315614	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
320302--320356	19	2.8	20	77	2	67	38	16	10	34	1.84
326793--326843	20	2.5	20	87	6	68	37	13	17	31	1.89

Tables:   1   2   3

The End!