genome.fa.s1076.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1076
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  197709

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312--357	21	2.3	20	81	7	58	52	6	8	32	1.58
1291--1335	22	2.1	22	87	4	65	22	35	4	37	1.74
3005--3046	19	2.3	19	91	4	68	38	14	7	40	1.73
3304--3438	56	2.4	56	77	4	137	18	14	17	49	1.80
3424--4081	56	11.8	56	70	8	214	24	17	15	42	1.87
3649--4026	168	2.3	167	79	5	397	24	15	16	44	1.85
3819--4032	111	1.9	112	82	0	268	24	15	15	44	1.85
4152--4371	56	3.9	56	76	3	196	25	19	11	43	1.85
4124--4379	111	2.3	111	80	9	270	24	19	12	44	1.85
6449--6497	19	2.5	20	86	3	64	38	14	16	30	1.88
7738--7791	11	5.1	11	80	8	58	51	0	16	31	1.45
10964--11092	52	2.5	52	93	2	224	30	18	17	34	1.94
10964--11112	52	2.9	51	87	6	219	32	18	16	32	1.93
11164--11232	32	2.1	33	97	2	131	34	18	11	34	1.87
11188--11212	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
15970--16009	19	2.1	19	85	0	53	12	10	7	70	1.35
26674--26742	33	2.1	33	83	5	86	39	15	11	33	1.84
26770--26831	20	3.2	19	81	6	70	37	14	11	37	1.82
26811--26850	13	3.1	13	88	0	62	42	12	12	32	1.80
27684--27745	21	3.0	20	83	4	61	54	4	20	19	1.62
29004--29412	79	5.2	78	80	7	441	33	12	26	27	1.92
29004--29413	158	2.6	157	83	3	511	32	12	26	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29269--29525	131	2.0	130	86	5	358	34	12	25	28	1.91
33628--33672	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
37584--37620	13	2.8	13	100	0	74	29	13	16	40	1.86
39399--39442	21	2.1	21	87	8	63	36	4	31	27	1.77
39399--39438	20	2.0	21	85	5	55	35	5	30	30	1.79
39410--39585	86	2.0	86	98	0	343	38	6	30	24	1.81
40231--40256	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
44007--44055	20	2.4	20	93	3	80	30	4	20	44	1.70
44806--44844	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
51284--51915	49	12.8	49	77	8	478	32	16	25	24	1.96
51291--51895	101	6.1	98	79	7	444	32	17	25	24	1.96
51416--51895	150	3.3	148	79	6	406	32	17	26	24	1.96
51726--51921	92	2.1	92	87	0	275	34	18	22	24	1.96
51908--52023	27	4.1	27	80	14	137	29	14	32	23	1.94
51999--52167	28	5.9	28	79	3	176	19	17	31	31	1.95
52032--52174	29	5.0	29	79	4	173	20	17	30	30	1.96
52004--52174	57	3.0	57	89	0	261	20	16	31	30	1.95
53604--53650	12	4.2	11	84	10	60	0	4	8	87	0.67
67548--67575	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
70437--70980	79	6.9	79	81	6	439	36	12	23	27	1.91
70437--70980	158	3.5	158	78	7	534	36	12	23	27	1.91
72593--72617	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72574--72713	32	4.4	32	73	11	108	34	14	17	33	1.90
72552--72634	19	4.6	19	71	20	70	36	10	18	34	1.85
72688--72715	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
72668--72733	33	2.0	33	88	5	98	30	16	13	39	1.87
76919--77043	51	2.5	51	86	0	169	44	12	14	28	1.82
77016--77066	21	2.5	21	83	3	68	49	11	11	27	1.74
80288--80375	32	2.8	32	91	0	131	25	20	14	39	1.90
82491--82602	56	2.0	55	94	1	197	41	19	11	27	1.86
83400--83474	39	1.9	38	94	2	132	40	10	8	41	1.69
83398--83474	20	4.0	20	93	5	131	40	10	9	40	1.71
85592--85656	33	2.0	33	85	11	89	32	16	13	36	1.89
86701--86771	33	2.2	33	87	5	99	38	21	16	23	1.93
88219--88243	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
94297--94321	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
94372--94466	20	4.8	20	76	14	72	37	13	13	34	1.85
94549--94602	21	2.5	22	75	3	56	48	16	5	29	1.69
95155--95179	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
95273--95311	20	2.0	20	89	0	60	25	17	15	41	1.89
95768--95827	32	2.0	31	87	9	88	30	15	25	30	1.95
97400--97451	21	2.4	22	80	3	70	57	1	25	15	1.48
99759--99791	16	2.1	16	94	0	57	27	6	9	57	1.53
99877--99919	21	2.0	21	86	8	61	41	2	27	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100777--100832	19	2.9	19	73	19	53	32	16	12	39	1.85
101364--101450	36	2.5	36	85	10	112	32	14	25	27	1.95
101364--101458	32	2.8	35	83	12	126	34	13	24	27	1.93
105196--105262	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
105216--105240	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
105303--105327	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
105336--105464	52	2.5	52	97	0	240	34	17	17	29	1.94
108626--108650	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
109546--109871	48	6.8	48	84	5	383	32	17	23	26	1.96
109891--110042	28	5.3	28	84	5	173	19	15	28	37	1.91
109891--110047	84	1.8	84	82	8	201	21	14	28	36	1.92
110033--110106	35	2.1	35	85	2	96	33	9	32	24	1.87
110085--110256	29	5.9	29	76	10	156	25	16	29	28	1.97
110102--110262	86	1.9	86	84	5	218	24	16	29	29	1.97
111710--111771	1	62.0	1	78	0	61	0	1	9	88	0.58
111691--111771	27	3.2	24	86	11	117	0	1	13	85	0.67
111693--111771	6	11.7	7	77	20	64	0	1	13	84	0.68
111690--111759	32	2.2	33	87	7	99	0	2	14	82	0.77
111691--111771	25	3.2	25	88	10	119	0	1	13	85	0.67
121326--121351	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
123571--123620	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
125415--125445	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127632--127677	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
130041--130066	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
130023--130086	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
135419--135443	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
135397--135463	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
138779--138822	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
138876--138901	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
140061--140156	30	2.9	34	70	17	85	42	16	19	20	1.89
141565--141685	44	2.9	41	81	9	145	12	10	15	61	1.57
141571--141682	21	5.2	22	68	17	74	11	10	16	61	1.56
141565--141703	43	3.3	40	75	11	125	12	11	15	59	1.61
143449--143489	21	1.9	22	90	5	66	70	7	0	21	1.11
143528--143572	20	2.3	20	88	3	65	64	2	0	33	1.06
143527--143576	7	7.6	7	73	13	52	62	2	0	36	1.07
143541--143589	11	4.6	11	75	17	50	65	2	0	32	1.04
144677--144717	13	3.5	12	80	12	50	51	0	0	48	1.00
144677--144725	24	2.1	22	81	7	53	53	0	2	44	1.12
144737--144774	12	3.2	12	92	0	58	36	0	0	63	0.95
145698--145894	109	1.8	107	82	6	247	32	10	8	48	1.66
145698--145919	109	2.0	109	80	6	245	31	11	8	48	1.68
148230--148377	75	2.0	75	93	0	251	52	6	11	29	1.63
149990--150021	5	6.4	5	92	0	55	78	0	3	18	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153622--153665	6	7.3	6	94	0	70	38	18	43	0	1.50
154641--154665	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
158467--158600	47	2.8	46	78	3	133	36	20	11	32	1.88
159487--159996	153	3.3	150	79	7	535	31	8	9	50	1.66
161173--161721	156	3.5	157	87	2	739	28	10	16	44	1.81
162565--163003	156	2.8	156	84	3	510	27	15	19	38	1.91
163985--164053	25	2.8	24	78	4	66	31	27	7	33	1.84
165207--165432	69	3.3	69	91	1	364	38	9	21	30	1.85
165348--165849	193	2.6	194	87	1	697	32	11	26	30	1.91
165348--165837	97	5.1	97	89	1	680	32	11	26	30	1.91

Tables:   1   2